/[PAMELA software]/PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp
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Diff of /PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp

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revision 1.1.1.1 by pam-fi, Fri Jun 16 16:43:55 2006 UTC revision 1.58 by pam-fi, Tue Nov 27 19:34:08 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #include <PamLevel2.h>  #include <PamLevel2.h>
2    
3    
4    
5    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
6    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
7    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
8    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
9    
10    void GPamela::Clear(){
11        Irun   = 0;
12        Ievnt  = 0;
13        Ipa    = 0;
14        X0     = 0.;
15        Y0     = 0.;
16        Z0     = 0.;
17        Theta  = 0.;
18        Phi    = 0.;
19        P0     = 0.;
20        Nthtof  = 0;
21        Nthcat  = 0;
22        Nthcas  = 0;
23        Nthspe  = 0;
24        Nstrpx  = 0;
25        Nstrpy  = 0;
26        Nthcali = 0;
27        Nthcal  = 0;
28        Nthnd   = 0;
29        Nthcard = 0;
30    }
31    
32    void GPamela::Delete(){
33    
34        Clear();
35    
36        delete []    Ipltof;  
37        delete []    Ipaddle;
38        delete []    Ipartof;
39        delete []    Xintof;  
40        delete []    Yintof;  
41        delete []    Zintof;  
42        delete []    Xouttof;
43        delete []    Youttof;
44        delete []    Zouttof;
45        delete []    Ereltof;
46        delete []    Timetof;
47        delete []    Pathtof;
48        delete []    P0tof;  
49        delete []    Iparcat;
50        delete []    Icat;  
51        delete []    Xincat;  
52        delete []    Yincat;  
53        delete []    Zincat;  
54        delete []    Xoutcat;
55        delete []    Youtcat;
56        delete []    Zoutcat;
57        delete []    Erelcat;
58        delete []    Timecat;
59        delete []    Pathcat;
60        delete []    P0cat;  
61        delete []    Iparcas;
62        delete []    Icas;  
63        delete []    Xincas;  
64        delete []    Yincas;  
65        delete []    Zincas;  
66        delete []    Xoutcas;
67        delete []    Youtcas;
68        delete []    Zoutcas;
69        delete []    Erelcas;
70        delete []    Timecas;
71        delete []    Pathcas;
72        delete []    P0cas;  
73        delete []    Iparspe;
74        delete []    Itrpb;  
75        delete []    Itrsl;  
76        delete []    Itspa;  
77        delete []    Xinspe;  
78        delete []    Yinspe;  
79        delete []    Zinspe;  
80        delete []    Xoutspe;
81        delete []    Youtspe;
82        delete []    Zoutspe;
83        delete []    Xavspe;  
84        delete []    Yavspe;  
85        delete []    Zavspe;  
86        delete []    Erelspe;
87        delete []    Pathspe;
88        delete []    P0spe;  
89        delete []    Nxmult;  
90        delete []    Nymult;  
91        delete []    Npstripx;
92        delete []    Ntstripx;
93        delete []    Istripx;
94        delete []    Qstripx;
95        delete []    Xstripx;
96        delete []    Npstripy;
97        delete []    Ntstripy;
98        delete []    Istripy;
99        delete []    Qstripy;
100        delete []    Ystripy;
101        delete []    Icaplane;
102        delete []    Icastrip;
103        delete []    Icamod;  
104        delete []    Enestrip;
105        delete []    Icapl;  
106        delete []    Icasi;  
107        delete []    Icast;  
108        delete []    Xincal;  
109        delete []    Yincal;  
110        delete []    Zincal;  
111        delete []    Erelcal;
112        delete []    Itubend;
113        delete []    Iparnd;  
114        delete []    Xinnd;  
115        delete []    Yinnd;  
116        delete []    Zinnd;  
117        delete []    Xoutnd;  
118        delete []    Youtnd;  
119        delete []    Zoutnd;  
120        delete []    Erelnd;  
121        delete []    Timend;  
122        delete []    Pathnd;  
123        delete []    P0nd;  
124        delete []    Iparcard;
125        delete []    Icard;  
126        delete []    Xincard;
127        delete []    Yincard;
128        delete []    Zincard;
129        delete []    Xoutcard;
130        delete []    Youtcard;
131        delete []    Zoutcard;
132        delete []    Erelcard;
133        delete []    Timecard;
134        delete []    Pathcard;
135        delete []    P0card;  
136    
137    
138    };
139    
140    
141    
142    void GPamela::SetBranchAddress( TChain* fhBookTree ){
143    
144    //    cout << "fhBookTree "<<fhBookTree << endl;
145        // prepare tree
146        fhBookTree->SetBranchAddress("Irun",&Irun);
147        fhBookTree->SetBranchAddress("Ievnt",&Ievnt);
148        fhBookTree->SetBranchAddress("Ipa",&Ipa);
149        fhBookTree->SetBranchAddress("X0",&X0);
150        fhBookTree->SetBranchAddress("Y0",&Y0);
151        fhBookTree->SetBranchAddress("Z0",&Z0);
152        fhBookTree->SetBranchAddress("Theta",&Theta);
153        fhBookTree->SetBranchAddress("Phi",&Phi);
154        fhBookTree->SetBranchAddress("P0",&P0);
155        fhBookTree->SetBranchAddress("Nthtof",&Nthtof);
156        fhBookTree->SetBranchAddress("Ipltof",Ipltof);
157        fhBookTree->SetBranchAddress("Ipaddle",Ipaddle);
158        fhBookTree->SetBranchAddress("Ipartof",Ipartof);
159        fhBookTree->SetBranchAddress("Xintof",Xintof);
160        fhBookTree->SetBranchAddress("Yintof",Yintof);
161        fhBookTree->SetBranchAddress("Zintof",Zintof);
162        fhBookTree->SetBranchAddress("Xouttof",Xouttof);
163        fhBookTree->SetBranchAddress("Youttof",Youttof);
164        fhBookTree->SetBranchAddress("Zouttof",Zouttof);
165        fhBookTree->SetBranchAddress("Ereltof",Ereltof);
166        fhBookTree->SetBranchAddress("Timetof",Timetof);
167        fhBookTree->SetBranchAddress("Pathtof",Pathtof);
168        fhBookTree->SetBranchAddress("P0tof",P0tof);
169        fhBookTree->SetBranchAddress("Nthcat",&Nthcat);
170        fhBookTree->SetBranchAddress("Iparcat",Iparcat);
171        fhBookTree->SetBranchAddress("Icat",Icat);
172        fhBookTree->SetBranchAddress("Xincat",Xincat);
173        fhBookTree->SetBranchAddress("Yincat",Yincat);
174        fhBookTree->SetBranchAddress("Zincat",Zincat);
175        fhBookTree->SetBranchAddress("Xoutcat",Xoutcat);
176        fhBookTree->SetBranchAddress("Youtcat",Youtcat);
177        fhBookTree->SetBranchAddress("Zoutcat",Zoutcat);
178        fhBookTree->SetBranchAddress("Erelcat",Erelcat);
179        fhBookTree->SetBranchAddress("Timecat",Timecat);
180        fhBookTree->SetBranchAddress("Pathcat",Pathcat);
181        fhBookTree->SetBranchAddress("P0cat",P0cat);
182        fhBookTree->SetBranchAddress("Nthcas",&Nthcas);
183        fhBookTree->SetBranchAddress("Iparcas",Iparcas);
184        fhBookTree->SetBranchAddress("Icas",Icas);
185        fhBookTree->SetBranchAddress("Xincas",Xincas);
186        fhBookTree->SetBranchAddress("Yincas",Yincas);
187        fhBookTree->SetBranchAddress("Zincas",Zincas);
188        fhBookTree->SetBranchAddress("Xoutcas",Xoutcas);
189        fhBookTree->SetBranchAddress("Youtcas",Youtcas);
190        fhBookTree->SetBranchAddress("Zoutcas",Zoutcas);
191        fhBookTree->SetBranchAddress("Erelcas",Erelcas);
192        fhBookTree->SetBranchAddress("Timecas",Timecas);
193        fhBookTree->SetBranchAddress("Pathcas",Pathcas);
194        fhBookTree->SetBranchAddress("P0cas",P0cas);
195        fhBookTree->SetBranchAddress("Nthspe",&Nthspe);
196        fhBookTree->SetBranchAddress("Iparspe",Iparspe);
197        fhBookTree->SetBranchAddress("Itrpb",Itrpb);
198        fhBookTree->SetBranchAddress("Itrsl",Itrsl);
199        fhBookTree->SetBranchAddress("Itspa",Itspa);
200        fhBookTree->SetBranchAddress("Xinspe",Xinspe);
201        fhBookTree->SetBranchAddress("Yinspe",Yinspe);
202        fhBookTree->SetBranchAddress("Zinspe",Zinspe);
203        fhBookTree->SetBranchAddress("Xoutspe",Xoutspe);
204        fhBookTree->SetBranchAddress("Youtspe",Youtspe);
205        fhBookTree->SetBranchAddress("Zoutspe",Zoutspe);
206        fhBookTree->SetBranchAddress("Xavspe",Xavspe);
207        fhBookTree->SetBranchAddress("Yavspe",Yavspe);
208        fhBookTree->SetBranchAddress("Zavspe",Zavspe);
209        fhBookTree->SetBranchAddress("Erelspe",Erelspe);
210        fhBookTree->SetBranchAddress("Pathspe",Pathspe);
211        fhBookTree->SetBranchAddress("P0spe",P0spe);
212        fhBookTree->SetBranchAddress("Nxmult",Nxmult);
213        fhBookTree->SetBranchAddress("Nymult",Nymult);
214        fhBookTree->SetBranchAddress("Nstrpx",&Nstrpx);
215        fhBookTree->SetBranchAddress("Npstripx",Npstripx);
216        fhBookTree->SetBranchAddress("Ntstripx",Ntstripx);
217        fhBookTree->SetBranchAddress("Istripx",Istripx);
218        fhBookTree->SetBranchAddress("Qstripx",Qstripx);
219        fhBookTree->SetBranchAddress("Xstripx",Xstripx);
220        fhBookTree->SetBranchAddress("Nstrpy",&Nstrpy);
221        fhBookTree->SetBranchAddress("Npstripy",Npstripy);
222        fhBookTree->SetBranchAddress("Ntstripy",Ntstripy);
223        fhBookTree->SetBranchAddress("Istripy",Istripy);
224        fhBookTree->SetBranchAddress("Qstripy",Qstripy);
225        fhBookTree->SetBranchAddress("Ystripy",Ystripy);
226        fhBookTree->SetBranchAddress("Nthcali",&Nthcali);
227        fhBookTree->SetBranchAddress("Icaplane",Icaplane);
228        fhBookTree->SetBranchAddress("Icastrip",Icastrip);
229        fhBookTree->SetBranchAddress("Icamod",Icamod);
230        fhBookTree->SetBranchAddress("Enestrip",Enestrip);
231        fhBookTree->SetBranchAddress("Nthcal",&Nthcal);
232        fhBookTree->SetBranchAddress("Icapl",Icapl);
233        fhBookTree->SetBranchAddress("Icasi",Icasi);
234        fhBookTree->SetBranchAddress("Icast",Icast);
235        fhBookTree->SetBranchAddress("Xincal",Xincal);
236        fhBookTree->SetBranchAddress("Yincal",Yincal);
237        fhBookTree->SetBranchAddress("Zincal",Zincal);
238        fhBookTree->SetBranchAddress("Erelcal",Erelcal);
239        fhBookTree->SetBranchAddress("Nthnd",&Nthnd);
240        fhBookTree->SetBranchAddress("Itubend",Itubend);
241        fhBookTree->SetBranchAddress("Iparnd",Iparnd);
242        fhBookTree->SetBranchAddress("Xinnd",Xinnd);
243        fhBookTree->SetBranchAddress("Yinnd",Yinnd);
244        fhBookTree->SetBranchAddress("Zinnd",Zinnd);
245        fhBookTree->SetBranchAddress("Xoutnd",Xoutnd);
246        fhBookTree->SetBranchAddress("Youtnd",Youtnd);
247        fhBookTree->SetBranchAddress("Zoutnd",Zoutnd);
248        fhBookTree->SetBranchAddress("Erelnd",Erelnd);
249        fhBookTree->SetBranchAddress("Timend",Timend);
250        fhBookTree->SetBranchAddress("Pathnd",Pathnd);
251        fhBookTree->SetBranchAddress("P0nd",P0nd);
252        fhBookTree->SetBranchAddress("Nthcard",&Nthcard);
253        fhBookTree->SetBranchAddress("Iparcard",Iparcard);
254        fhBookTree->SetBranchAddress("Icard",Icard);
255        fhBookTree->SetBranchAddress("Xincard",Xincard);
256        fhBookTree->SetBranchAddress("Yincard",Yincard);
257        fhBookTree->SetBranchAddress("Zincard",Zincard);
258        fhBookTree->SetBranchAddress("Xoutcard",Xoutcard);
259        fhBookTree->SetBranchAddress("Youtcard",Youtcard);
260        fhBookTree->SetBranchAddress("Zoutcard",Zoutcard);
261        fhBookTree->SetBranchAddress("Erelcard",Erelcard);
262        fhBookTree->SetBranchAddress("Timecard",Timecard);
263        fhBookTree->SetBranchAddress("Pathcard",Pathcard);
264        fhBookTree->SetBranchAddress("P0card",P0card);
265    
266    //    fhBookTree->SetBranchStatus("*",0);
267    
268    }
269    
270    ClassImp(GPamela);
271    
272    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
273    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
274    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
275    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
276  //--------------------------------------  //--------------------------------------
277  //  //
278  //  //
# Line 7  Line 281 
281   * Default constructor   * Default constructor
282   */   */
283  PamTrack::PamTrack(){  PamTrack::PamTrack(){
284      trk_track  = this->TrkTrack::GetTrkTrack();      trk_track  = 0;
285      calo_track = this->CaloTrkVar::GetCaloTrkVar();      calo_track = 0;
286      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      tof_track  = 0;
287        candeleteobj = 0;
288        pscore = 0;
289        iscore = 0;
290  };  };
291  //--------------------------------------  //--------------------------------------
292  //  //
# Line 19  PamTrack::PamTrack(){ Line 296  PamTrack::PamTrack(){
296   * Constructor   * Constructor
297   */   */
298  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkVar* c, ToFTrkVar* o){  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkVar* c, ToFTrkVar* o){
299      trk_track  = this->TrkTrack::GetTrkTrack();  
300      calo_track = this->CaloTrkVar::GetCaloTrkVar();      trk_track  = 0;
301      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      calo_track = 0;
302      if(t) *trk_track  = *t;      tof_track  = 0;
303      if(c) *calo_track = *c;  //     if(t)trk_track  = new TrkTrack(*t);
304      if(o) *tof_track  = *o;  //     if(c)calo_track = new CaloTrkVar(*c);
305    //     if(o)tof_track  = new ToFTrkVar(*o);
306        if(t)trk_track  = t;
307        if(c)calo_track = c;
308        if(o)tof_track  = o;
309        candeleteobj = 0;
310    
311  };  };
312    PamTrack::PamTrack(const PamTrack& track){
313    
314        TrkTrack   *t = track.trk_track;
315        CaloTrkVar *c = track.calo_track;
316        ToFTrkVar  *o = track.tof_track;
317    
318        trk_track  = 0;
319        calo_track = 0;
320        tof_track  = 0;
321        if(t)trk_track  = new TrkTrack(*t);
322        if(c)calo_track = new CaloTrkVar(*c);
323        if(o)tof_track  = new ToFTrkVar(*o);
324        candeleteobj = 1;
325        
326    }
327    void PamTrack::Clear(){
328    
329    //    cout << "PamTrack::Clear() "<<candeleteobj<<endl;
330        if(candeleteobj){
331            if(trk_track)  trk_track->TrkTrack::Clear();
332            if(calo_track) calo_track->CaloTrkVar::Clear();//???
333            if(tof_track)  tof_track->ToFTrkVar::Clear();//???
334        }else{
335            trk_track  = 0;
336            calo_track = 0;
337            tof_track  = 0;
338        }
339        pscore = 0;
340        iscore = 0;
341    
342    }
343    void PamTrack::Delete(){
344    //    cout << "PamTrack::Delete() "<<candeleteobj<<endl;
345        if(candeleteobj){
346            if(trk_track)  {
347                trk_track->TrkTrack::Clear();
348                delete trk_track;
349            }
350            if(calo_track){
351                calo_track->CaloTrkVar::Clear();//???
352                delete calo_track;
353            }
354            if(tof_track){
355                tof_track->ToFTrkVar::Clear();//???
356                delete tof_track;
357            }
358        }else{
359            Clear();
360        }
361    }
362  //--------------------------------------  //--------------------------------------
363  //  //
364  //  //
365  //--------------------------------------  //--------------------------------------
366  /**  /**
367   * Constructor   * Default Constructor
368   */   */
369  PamLevel2::PamLevel2(){  PamLevel2::PamLevel2(){
370      trk_obj  = this->TrkLevel2::GetTrkLevel2();      Initialize();
371      calo_obj = this->CaloLevel2::GetCaloLevel2();  };
372      tof_obj  = this->ToFLevel2::GetToFLevel2();  
373      trig_obj = this->TrigLevel2::GetTrigLevel2();  /**
374      s4_obj   = this->S4Level2::GetS4Level2();   * Constructor
375      nd_obj   = this->NDLevel2::GetNDLevel2();   * @param ddir Name of directory where level2 files are stored.
376      ac_obj   = this->AcLevel2::GetAcLevel2();   * @param list Name of an ascii file containing the list of file names
377     * @param detlist Options to chose what to load.
378     * Possible options are:
379     *       +AUTO --> load all trees/branches in the input files
380     *       +(-)ALL --> inlcude(exclude) all trees/branches
381     *       +(-)TRK1+(-)TRK2+(-)CAL1+(-)CAL2+(-)TOF+(-)TRG+(-)ND+(-)S4+(-)ORB+(-)AC --> inlcude(exclude) trees and branches
382     *       +(-)TRK0 --> include(exclude) tracker level0 tree
383     *       +(-)GP --> include exclude GPAMELA output tree
384     * If no options are specified, the default is assumed. Default is:
385     * +TRK2+CAL2+CAL1+TOF+TRG+ND+AC+S4+ORB
386     */
387    PamLevel2::PamLevel2(TString ddir,TString list,TString detlist){
388        Initialize();
389        TList*  listf = GetListOfLevel2Files(ddir,list);
390        GetPamTree(listf,detlist);
391        GetRunTree(listf);
392    };
393    
394    /**
395     * Constructor
396     * @param ddir Name of directory where level2 files are stored.
397     * @param list Name of an ascii file containing the list of file names
398     * Default trees/branches are loaded. Default is:
399     * +TRK2+CAL2+CAL1+TOF+TRG+ND+AC+S4+ORB
400     */
401    PamLevel2::PamLevel2(TString ddir,TString list){
402        Initialize();
403        TList*  listf = GetListOfLevel2Files(ddir,list);
404        GetPamTree(listf,"");
405        GetRunTree(listf);
406    };
407    
408    
409    void PamLevel2::Initialize(){
410            
411        h0_obj    = 0;
412        trk0_obj  = 0;
413        calo0_obj  = 0;
414    
415        trk2_obj  = 0;
416        trk1_obj  = 0;
417        trkh_obj  = 0;
418        calo1_obj = 0;
419        calo2_obj = 0;
420        tof_obj   = 0;
421        trig_obj  = 0;
422        s4_obj    = 0;
423        nd_obj    = 0;
424        ac_obj    = 0;
425        orb_obj   = 0;
426        gp_obj    = 0;
427    
428        run_obj   = 0;//new GL_RUN();
429        soft_obj   = 0;// Emiliano
430        irun = -1LL;
431        irunt = -1LL;
432        runfirstentry = 0LL;
433        runlastentry = 0LL;
434    
435        l0_file = NULL;
436        l0_tree = NULL;
437        iroot   = -1;
438        dbc     = 0;
439    
440        prevshift = 0;
441        maxshift = 10; //EMILIANO
442        
443        run_tree = NULL;
444        run_tree_clone = NULL;
445        sel_tree = NULL;
446        sel_tree_clone = NULL;
447        
448        irunentry = -1LL;
449        pam_tree = NULL;
450        for(Int_t i=0; i<NCLONES; i++ )pam_tree_clone[i]=NULL;
451    
452        totdltime[0] = 0LL;
453        totdltime[1] = 0LL;
454        totdltime[2] = 0LL;
455    
456        host = "mysql://localhost/pamelaprod";
457        user = "anonymous";
458        psw = "";
459        const char *pamdbhost=gSystem->Getenv("PAM_DBHOST");
460        const char *pamdbuser=gSystem->Getenv("PAM_DBUSER");
461        const char *pamdbpsw=gSystem->Getenv("PAM_DBPSW");
462        if ( !pamdbhost ) pamdbhost = "";
463        if ( !pamdbuser ) pamdbuser = "";
464        if ( !pamdbpsw ) pamdbpsw = "";
465        if ( strcmp(pamdbhost,"") ) host = pamdbhost;
466        if ( strcmp(pamdbuser,"") ) user = pamdbuser;
467        if ( strcmp(pamdbpsw,"") ) psw = pamdbpsw;
468    
469        
470    
471    //    sorted_tracks = 0;//new TRefArray();
472        
473        CAL0 = false;
474        CAL1 = true;
475        CAL2 = true;
476        TRK2 = true;
477        TRK1 = false;
478        TRK0 = false;
479        TRKh = false;
480        TRG  = true;
481        TOF  = true;
482        TOF0 = false;
483        S4   = true;
484        ND   = true;
485        AC   = true;
486        ORB  = true;    
487        GP   = false;
488    
489        RUN  = true;
490    
491        SELLI = -1;
492    
493        ISGP = false;
494    
495        tsorted=0;
496        timage=0;
497        
498        howtosort = "+CAL+TOF";
499        //howtosort = "+TOF";
500        sortthr = 100.;
501    
502    };
503    /**
504     * Delete the event (act as Dtor)
505     */
506    void PamLevel2::Delete(){
507            
508        if(run_obj)delete run_obj;
509        if(soft_obj)delete soft_obj; //Emiliano
510    
511    //    cout << "void PamLevel2::Clear()"<<endl;
512        if(h0_obj)   delete h0_obj;
513        if(trk0_obj) delete trk0_obj;      
514        if(calo0_obj) delete calo0_obj;    
515        if(trk1_obj) delete trk1_obj;      
516        if(trk2_obj) delete trk2_obj;
517        if(trkh_obj) delete trkh_obj;
518        if(calo1_obj)delete calo1_obj;
519        if(calo2_obj)delete calo2_obj;
520        if(tof_obj)  delete tof_obj;
521        if(trig_obj) delete trig_obj;
522        if(s4_obj)   delete s4_obj;
523        if(nd_obj)   delete nd_obj;
524        if(ac_obj)   delete ac_obj;
525        if(orb_obj)  delete orb_obj;
526        if(gp_obj)   delete gp_obj;
527        
528        if(tsorted){
529            tsorted->Delete();
530            delete tsorted;
531        }
532        if(timage){
533            timage->Delete();
534            delete timage;
535        }
536    
537        if(dbc){
538            dbc->Close();
539            delete dbc;
540        }
541        
542        if(l0_file)l0_file->Close();
543        //    if(pam_tree)pam_tree->Delete();;
544    
545        if ( pam_tree ){
546            //
547            // we have first to find which chains we have to delete, then delete the main chain and only after delete the friend chains. Any other order causes a segfault...
548            //
549            TList *temp = pam_tree->GetListOfFriends();
550            TList *contents  = new TList; // create chain friend list
551            contents->SetOwner();
552            TIter next(temp);
553            TChain *questo = 0;
554            while ( (questo = (TChain*) next()) ){
555                TString name =  questo->GetName();
556                contents->Add((TChain*)gROOT->FindObject(name.Data()));// add object to the list
557            };
558            //
559            // deleting the main chain
560            //
561            pam_tree->Delete();
562            //
563            // deleting the friends...
564            //
565            TIter next2(contents);
566            TChain *questa = 0;
567            while ( questa = (TChain*)next2() ){
568                TString name =  questa->GetName();
569                questa->Delete();      
570                questa=NULL;
571            };
572            //
573        };
574        pam_tree = NULL;
575    
576        if(run_tree)run_tree->Delete();;
577        if(sel_tree)sel_tree->Delete();;
578        for(Int_t i=0; i<NCLONES; i++ )if(pam_tree_clone[i])pam_tree_clone[i]->Delete();;
579        if(run_tree_clone)run_tree_clone->Delete();;
580        if(sel_tree_clone)sel_tree_clone->Delete();;
581        
582        if(irunoffset) delete [] irunoffset;
583    
584    };
585    
586    /**
587     * Clear the event (NB! does not deallocate objects)
588     */
589    void PamLevel2::Clear(){
590            
591    //    cout << "void PamLevel2::Clear()"<<endl;
592    
593    //
594    // This method is called once for every entry but RunInfo and SoftInfo do not change until the next run so we cannot clear them here unless we don't
595    // want to load them for each event even if they are the same...
596    //
597    //    if(run_obj)delete run_obj;
598    //    if(run_obj) run_obj->Clear();  // Emiliano: Do not deallocate run_obj here, it will give segmentation fault! call clear instead
599    //    if(soft_obj) soft_obj->Clear();
600    
601        if(h0_obj)   h0_obj->Clear();      
602    //    if(trk0_obj) trk0_obj->Clear();  
603        if(trk1_obj) trk1_obj->Clear();    
604        if(trk2_obj) trk2_obj->Clear();
605        if(trkh_obj) trkh_obj->Clear();
606        if(calo0_obj) calo0_obj->Clear();  
607        if(calo1_obj)calo1_obj->Clear();
608        if(calo2_obj)calo2_obj->Clear();
609        if(tof_obj)  tof_obj->Clear();
610        if(trig_obj) trig_obj->Clear();
611        if(s4_obj)   s4_obj->Clear();
612        if(nd_obj)   nd_obj->Clear();
613        if(ac_obj)   ac_obj->Clear();
614        if(orb_obj)  orb_obj->Clear();
615        if(gp_obj)   gp_obj->Clear();
616        
617    //    if(sorted_tracks)sorted_tracks->Clear();
618    //    sorted_tracks.Clear();
619    
620        if(tsorted){
621            tsorted->Delete();
622        }
623        if(timage){
624            timage->Delete();
625        }
626    };
627    
628    void PamLevel2::Reset(){
629        //
630        // First of all clear everything
631        //
632        Clear();
633        //
634        // close and reset chains and pointers
635        //    
636        if ( pam_tree ){
637            //
638            // we have first to find which chains we have to delete, then delete the main chain and only after delete the friend chains. Any other order causes a segfault...
639            //
640            TList *temp = pam_tree->GetListOfFriends();
641            TList *contents  = new TList; // create chain friend list
642            contents->SetOwner();
643            TIter next(temp);
644            TChain *questo = 0;
645            while ( (questo = (TChain*) next()) ){
646                TString name =  questo->GetName();
647                contents->Add((TChain*)gROOT->FindObject(name.Data()));// add object to the list
648            };
649            //
650            // deleting the main chain
651            //
652            pam_tree->Delete();
653            //
654            // deleting the friends...
655            //
656            TIter next2(contents);
657            TChain *questa = 0;
658            while ( questa = (TChain*)next2() ){
659                TString name =  questa->GetName();
660                questa->Delete();      
661                questa=NULL;
662            };
663            //
664        };
665        pam_tree = NULL;
666        //
667        if(run_tree)run_tree->Delete();;
668        run_tree = NULL;
669        if(sel_tree)sel_tree->Delete();;
670        sel_tree = NULL;
671        //
672        // Close file
673        //
674        if(l0_file)l0_file->Close("R");
675        l0_file = NULL;
676        //
677        h0_obj    = 0;
678        trk0_obj  = 0;
679        calo0_obj  = 0;
680        //
681        trk2_obj  = 0;
682        trk1_obj  = 0;
683        trkh_obj  = 0;
684        calo1_obj = 0;
685        calo2_obj = 0;
686        tof_obj   = 0;
687        trig_obj  = 0;
688        s4_obj    = 0;
689        nd_obj    = 0;
690        ac_obj    = 0;
691        orb_obj   = 0;
692        gp_obj    = 0;
693        //
694        // Reset run pointers
695        //
696        run_obj   = 0;//new GL_RUN();
697        soft_obj   = 0;// Emiliano
698        irun = -1;
699        irunt = -1;
700        runfirstentry = 0ULL;
701        runlastentry = 0ULL;    
702        //
703        totdltime[0] = 0LL;
704        totdltime[1] = 0LL;
705        totdltime[2] = 0LL;
706        //
707    };
708    
709    Bool_t PamLevel2::IsGood(){
710        Bool_t goodev=true;
711        //  if(trk2_obj && trk2_obj->UnpackError() != 0 ) goodev = false;
712        if(calo2_obj && calo2_obj->good != 1) goodev = false;
713        if(tof_obj && tof_obj->unpackError != 0) goodev = false;  
714        if(trig_obj && trig_obj->unpackError != 0) goodev = false;
715        if(s4_obj && s4_obj->unpackError != 0) goodev = false;  
716        if(nd_obj && nd_obj->unpackError != 0) goodev = false;  
717        if(ac_obj && ac_obj->unpackError != 255) goodev = false;  
718        //  if(orb_obj)  
719        return goodev;
720    };
721    
722    //--------------------------------------
723    //
724    //
725    //--------------------------------------
726    void *PamLevel2::GetPointerTo(const char* c ){
727    
728        TString objname = c;
729    
730        if(!objname.CompareTo("TrkLevel1"))  {
731            if(!trk1_obj){
732                trk1_obj  = new TrkLevel1();
733                trk1_obj->Set();
734            }
735            return &trk1_obj;
736        };
737        if(!objname.CompareTo("TrkLevel2"))  {
738            if(!trk2_obj){  
739                trk2_obj  = new TrkLevel2();
740                trk2_obj->Set();
741            }
742            return &trk2_obj;
743        };
744        if(!objname.CompareTo("TrkHough"))   {
745            if(!trkh_obj)  trkh_obj  = new TrkHough();
746            return &trkh_obj;
747        };
748        if(!objname.CompareTo("CaloLevel1")) {
749            if(!calo1_obj) calo1_obj = new CaloLevel1();
750            return &calo1_obj;
751        };
752        if(!objname.CompareTo("CaloLevel2")) {
753            if(!calo2_obj){
754                calo2_obj = new CaloLevel2();
755                calo2_obj->Set();
756            };
757            return &calo2_obj;
758        };
759        if(!objname.CompareTo("ToFLevel2"))  {
760            if(!tof_obj){
761                tof_obj   = new ToFLevel2();
762                tof_obj->Set();
763            }
764            return &tof_obj;
765        };
766        if(!objname.CompareTo("TrigLevel2")) {
767            if(!trig_obj)  trig_obj  = new TrigLevel2();
768            return &trig_obj;
769        };
770        if(!objname.CompareTo("S4Level2"))   {
771            if(!s4_obj)    s4_obj    = new S4Level2();
772            return &s4_obj;
773        };
774        if(!objname.CompareTo("NDLevel2"))   {
775            if(!nd_obj)    nd_obj    = new NDLevel2();
776            return &nd_obj;
777        };
778        if(!objname.CompareTo("AcLevel2"))   {
779            if(!ac_obj)    ac_obj    = new AcLevel2();
780            return &ac_obj;
781        };
782        if(!objname.CompareTo("OrbitalInfo")){
783            if(!orb_obj)   orb_obj   = new OrbitalInfo();
784            return &orb_obj;
785        };
786        if(!objname.CompareTo("GPamela")){
787            if(!gp_obj)   gp_obj   = new GPamela();
788            return &gp_obj;
789        };
790        
791        if(!objname.CompareTo("RunInfo"))return &run_obj;
792    
793        if(!objname.CompareTo("SoftInfo"))return &soft_obj; // Emiliano
794    
795        return NULL;
796    };
797    //--------------------------------------
798    //
799    //
800    //--------------------------------------
801    /**
802     * Retrieves the calorimeter track matching the seqno-th tracker stored track.
803     * (If seqno = -1 retrieves the self-trigger calorimeter track)
804     */
805    CaloTrkVar *PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int seqno){
806        
807        if( !calo2_obj )return 0;
808    
809        if( calo2_obj->CaloLevel2::ntrk()==0 ){
810            cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no Calorimeter tracks are stored"<<endl;
811            return NULL;
812        };
813        
814        CaloTrkVar *c = 0;
815        Int_t it_calo=0;
816        
817        do{
818            c = calo2_obj->CaloLevel2::GetCaloTrkVar(it_calo);
819            it_calo++;
820        } while( c && seqno != c->trkseqno && it_calo < calo2_obj->CaloLevel2::ntrk());    
821        
822        if(!c || seqno != c->trkseqno){
823            c = 0;
824            if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match Calorimeter stored tracks"<<endl;
825        };
826        return c;
827        
828    };
829    //--------------------------------------
830    //
831    //
832    //--------------------------------------
833    /**
834     * Retrieves the ToF track matching the seqno-th tracker stored track.
835     * (If seqno = -1 retrieves the tracker-independent tof track)
836     */
837    ToFTrkVar *PamLevel2::GetToFStoredTrack(int seqno){
838            
839        if( !tof_obj )return 0;
840    
841        if( tof_obj->ToFLevel2::ntrk()==0 ){
842            cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no ToF tracks are stored"<<endl;
843            return NULL;
844        };
845        
846        ToFTrkVar *c = 0;
847        Int_t it_tof=0;
848        
849        do{
850            c = tof_obj->ToFLevel2::GetToFTrkVar(it_tof);
851            it_tof++;
852        } while( c && seqno != c->trkseqno && it_tof < tof_obj->ToFLevel2::ntrk());
853        
854        if(!c || seqno != c->trkseqno){
855            c = 0;
856            if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match ToF stored tracks"<<endl;
857        };
858        return c;
859        
860    };
861    
862    //--------------------------------------
863    //
864    //
865    //--------------------------------------
866    /**
867     * Give the pamela track associated to a tracker track, retrieving related calorimeter and tof track information.
868     */
869    PamTrack* PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t){
870        
871        cout <<"PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t) **obsolete** "<<endl;
872        cout <<"(if you use it, remember to delete the PamTrack object)"<<endl;
873    
874        CaloTrkVar *c = 0;
875        ToFTrkVar  *o = 0;
876        
877        if(CAL2) c = GetCaloStoredTrack(t->GetSeqNo());
878        if(TOF) o = GetToFStoredTrack(t->GetSeqNo());
879        
880    //    if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);
881        PamTrack *track = new PamTrack(t,c,o);
882        
883        return track;
884    
885  };  };
886  //--------------------------------------  //--------------------------------------
887  //  //
# Line 55  PamLevel2::PamLevel2(){ Line 895  PamLevel2::PamLevel2(){
895    
896  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){
897            
898      // retrieve itrk-th tracker stored track      cout <<"PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk) **to-be-updated** "<<endl;
899      TrkTrack   *t = 0;      cout <<"for the moment, better use separately the methods: TrkLevel2::GetStoredTrack(seqno) CaloLevel2::GetCaloTrkVar(Int_t notrack) ToFLevel2::GetToFTrkVar(Int_t notrack)"<<endl;
900      CaloTrkVar *c = 0;      cout <<"(if you use it, remember to delete the PamTrack object)"<<endl;
901      ToFTrkVar  *o = 0;      PamTrack *track = 0;
902        
903        if( itrk >=0 && itrk < trk2_obj->TrkLevel2::ntrk() ){
904            
905            TrkTrack *t = trk2_obj->TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);
906            track = GetPamTrackAlong(t);
907            
908            
909    
910      if( itrk >=0 && itrk < TrkLevel2::ntrk() ){      }else{
911          t = TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);              cout << "PamLevel2::GetStoredTrack(int) : tracker track SeqNo "<< itrk <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
         c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());  
         o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());  
912      };      };
     //  retrieve related ToF-track  
913            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
914      return track;      return track;
915            
916  }  }
917  //--------------------------------------  //--------------------------------------
918  //  //
919    
920    /**
921     * Sort physical (tracker) tracks. Left here as backward compatibility method.
922     **/
923    void PamLevel2::SortTracks(TString how){
924        printf(" WARNING! obsolete, use SortTracks() and SetSortingMethod(TString) instead! \n Setting sorting method to %s \n",how.Data());
925        howtosort = how;  
926        SortTracks();
927    };
928    
929  //  //
930  //--------------------------------------  //--------------------------------------
931  /**  /**
932   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in a TObjectArray (of TrkTrack objects).   * Sort physical (tracker) tracks.
933   * The total number of physical tracks is given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the method GetTrack(int it).   * @param how String to set the sorting cryterium (es: "CAL" or "TRK+CAL+TOF" ecc...).
934   * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.   * Sorting cryteria:
935   * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.   * TRK: lower chi**2
936     * CAL: lower Y spatial residual on the first calorimeter plane
937     * TOF: bigger numebr of hit PMTs along the track, on S12 S21 S32 (where paddles are along the Y axis).
938     * S1: (ask Emiliano)
939     * S2: (ask Emiliano)
940     * S3: (ask Emiliano)
941     * GP: more GP hits
942     * The default sorting cryterium is "TOF+CAL".
943     *
944     * The total number of physical tracks is always given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the methods GetTrack(int it) and GetTrack(int it, TString how).
945   */   */
946  TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){  void PamLevel2::SortTracks(){
947        TString how = howtosort;
948    
949      // define new array for sorted tracker tracks      //  cout <<" PamLevel2::SortTracks(TString how) "<<endl;
950      TClonesArray *aa = new TClonesArray("TrkTrack");      if( !trk2_obj ){
951      TClonesArray &sorted = *aa;          cout << "void PamLevel2::SortTracks():  TrkLevel2 not loaded !!!";
952            return;
953        };
954        //Save current Object count
955        Int_t ObjectNumber = TProcessID::GetObjectCount();
956    
957      // loop over the tracks sorted by the tracker      // create TCloneArrays to store tracks and its images
958      for(Int_t i=0; i < TrkLevel2::GetNTracks(); i++){      if(!tsorted)tsorted = new TClonesArray("PamTrack",trk2_obj->GetNTracks());
959        tsorted->Delete();
960        TClonesArray &ttsorted = *tsorted;
961    
962        if(!timage)timage = new TClonesArray("PamTrack",trk2_obj->GetNTracks());
963        timage->Delete();
964        TClonesArray &ttimage = *timage;
965    
         TrkTrack *ts=0;  
966    
         // get tracker tracks  
         TrkTrack   *tp = TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker  
         CaloTrkVar *cp = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(tp->GetSeqNo()); //calorimeter  
         ToFTrkVar  *op = ToFLevel2::GetToFTrkVar(tp->GetSeqNo());   //tof  
967    
968        //--------------------------------------------------
969        // retrieve sorting method
970        //--------------------------------------------------
971        Bool_t use_TRK = how.Contains("TRK", TString::kIgnoreCase);
972        Bool_t use_CAL = how.Contains("CAL", TString::kIgnoreCase);
973        Bool_t use_TOF = how.Contains("TOF", TString::kIgnoreCase);
974        Bool_t use_S1 = how.Contains("S1", TString::kIgnoreCase);
975        Bool_t use_S2 = how.Contains("S2", TString::kIgnoreCase);
976        Bool_t use_S3 = how.Contains("S3", TString::kIgnoreCase);
977        Bool_t use_GP = how.Contains("GP", TString::kIgnoreCase);
978      
979        if ( use_TOF ){
980            use_S1 = true;
981            use_S2 = true;
982            use_S3 = true;
983        };
984        if( !CAL2 &&  use_CAL) use_CAL = false;
985        if( !TOF ){
986            use_TOF = false;
987            use_S1  = false;
988            use_S2  = false;
989            use_S3  = false;
990        }
991        if( !GP ){
992            use_GP  = false;
993        }
994    
995        if( !TRK2 ){
996            cout << "SortTracks() : without tracker does not work!!! (not yet)" << endl;
997            return;
998        };
999    
1000        //   cout << "use_CAL "<<use_CAL<<" use_TOF "<<use_TOF<<" use_TRK "<<use_TRK <<endl;
1001      
1002    
1003        //--------------------------------------------------
1004        // loop over "physical" tracks sorted by the tracker
1005        //--------------------------------------------------
1006        for(Int_t i=0; i < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks(); i++){
1007            
1008            TrkTrack   *ts = 0;
1009            CaloTrkVar *cs = 0;
1010            ToFTrkVar  *os = 0;
1011            
1012            // get tracker tracks
1013            TrkTrack   *tp = trk2_obj->TrkLevel2::GetTrack(i); //tracker
1014            CaloTrkVar *cp = GetCaloStoredTrack(tp->GetSeqNo());
1015            ToFTrkVar  *op = GetToFStoredTrack(tp->GetSeqNo());
1016    
1017            TrkTrack   *ti = 0; //tracker (image)
1018            CaloTrkVar *ci = 0;
1019            ToFTrkVar  *oi = 0;
1020            //      cout << "trk track n. "<<i << " "<<hex<< tp <<dec<< endl;
1021          // if track has an image, check image selection          // if track has an image, check image selection
1022    
1023            Int_t tp_score = 0;  //main track sorted by the tracker
1024            Int_t ti_score = 0;  //image track
1025            Int_t totp_score = 0;  //main track sorted by the tracker
1026            Int_t toti_score = 0;  //image track
1027    
1028          if(tp->HasImage()){          if(tp->HasImage()){
1029              TrkTrack   *ti = TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)              
1030              CaloTrkVar *ci = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(ti->GetSeqNo());//calorimeter (image)              ti = trk2_obj->TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)
1031              ToFTrkVar  *oi = ToFLevel2::GetToFTrkVar(ti->GetSeqNo());  //tof (image)              ci = GetCaloStoredTrack(ti->GetSeqNo());
1032                oi = GetToFStoredTrack(ti->GetSeqNo());
1033                
1034                //      cout << "its image "<<i << " "<<hex<< ti <<dec<< endl;
1035    
1036              //assign starting scores              //assign starting scores
1037              Int_t tp_score = 1;              tp_score = 0;  //main track sorted by the tracker
1038              Int_t ti_score = 0;              ti_score = 0;  //image track
1039              // ------------------------              
1040                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1041                // *****************************************************************************************
1042                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1043              // calorimeter check              // calorimeter check
1044              // ------------------------              // -----------------------------------------------------------------------------------------
1045                if( use_CAL && !calo2_obj ){
1046                    cout << "void PamLevel2::SortTracks(): howtosort= "<<how<<" but CaloLevel2 not loaded !!!";
1047                    return;
1048                };
1049                if( use_CAL && !cp &&  ci ){
1050                    ti_score++;
1051                    toti_score++;
1052                };
1053                if( use_CAL &&  cp && !ci ){
1054                    tp_score++;
1055                    totp_score++;
1056                };
1057              if(              if(
1058                        npcfit[1] > 3   &&  //no. of fit planes on Y view                  use_CAL            &&
1059  //              varcfit[1] < 50.&&  //fit variance on Y view                  cp && ci &&
1060                        true){                  true){
1061    
1062                  Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;                  
1063                  Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;                  if(
1064                        cp->npresh > ci->npresh &&
1065                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;                      true){
1066                  else                 ti_score++;                      tp_score++;
1067                        };                      totp_score++;
1068              // ------------------------                  };
1069                    if(
1070                        cp->npresh < ci->npresh &&
1071                        true){
1072                        ti_score++;
1073                        toti_score++;
1074                    };
1075    
1076                    //      cout << "CALO "<<tp_score<<ti_score<<endl;
1077    
1078                };
1079                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1080                // *****************************************************************************************
1081                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1082              // TOF check              // TOF check
1083              // ------------------------                  // -----------------------------------------------------------------------------------------
1084                // check the number of hit pmts along the track
1085                // on S12 S21 and S32, where paddles are parallel to Y axis
1086                if( (use_TOF || use_S1 || use_S2 || use_S3 ) && !tof_obj ){
1087                    cout << "void PamLevel2::SortTracks(): howtosort= "<<how<<" but ToFLevel2 not loaded !!!";
1088                    return;
1089                };
1090                //
1091                if( (use_TOF || use_S1 || use_S2 || use_S3 ) && !op && oi ){
1092                    ti_score++;
1093                    toti_score++;
1094                };
1095                if( (use_TOF || use_S1 || use_S2 || use_S3 ) && op && !oi ){
1096                    tp_score++;
1097                    totp_score++;
1098                };
1099                if( (use_TOF || use_S1 || use_S2 || use_S3 ) && op && oi ){
1100                    //
1101                    Float_t sen = 0.;
1102                    for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
1103                        Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
1104                        if ( pl == 2 || pl == 3 || pl == 4 || pl == 5 ) sen += (op->dedx).At(ih);
1105                    };
1106                    for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
1107                        Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
1108                        if ( pl == 2 || pl == 3 || pl == 4 || pl == 5 ) sen += (oi->dedx).At(ih);
1109                    };
1110                    //
1111                    if (  sen >= sortthr && false){ // temporary disabled NUCLEI special algorithm since the new one should work for every particle (to be checked!)
1112                        //printf(" IS A NUCLEUS! en = %f \n",sen);
1113                        //
1114                        // is a nucleus use a different algorithm
1115                        //
1116                        Int_t nz = 6; Float_t zin[6];                                          // << define TOF z-coordinates
1117                        for(Int_t ip=0; ip<nz; ip++)
1118                            zin[ip] = tof_obj->ToFLevel2::GetZTOF(tof_obj->ToFLevel2::GetToFPlaneID(ip));     // << read ToF plane z-coordinates
1119                        Trajectory *tr = new Trajectory(nz,zin);
1120                        //
1121                        Int_t nphit_p =0;
1122                        Int_t nphit_i =0;
1123                        Float_t enhit_p = 0.;
1124                        Float_t enhit_i = 0.;
1125                        //
1126                        for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
1127                            Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
1128                            if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5){
1129                                nphit_p++;
1130                                enhit_p += (op->dedx).At(ih);
1131                            };
1132                        };
1133                        //
1134                        tp->DoTrack2(tr);
1135                        //
1136                        if ( fabs(tr->y[0]-oi->ytofpos[0]) < 2. ){
1137                            for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
1138                                Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
1139                                if(pl == 0){
1140                                    nphit_p++;
1141                                    enhit_p += (op->dedx).At(ih);
1142                                };
1143                            };
1144                        };
1145                        if ( fabs(tr->y[3]-oi->ytofpos[1]) < 2. ){
1146                            for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
1147                                Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
1148                                if(pl == 3){
1149                                    nphit_p++;
1150                                    enhit_p += (op->dedx).At(ih);
1151                                };
1152                            };
1153                        };
1154                        if ( fabs(tr->y[4]-oi->ytofpos[2]) < 2. ){
1155                            for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
1156                                Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
1157                                if(pl == 4){
1158                                    nphit_p++;
1159                                    enhit_p += (op->dedx).At(ih);
1160                                };
1161                            };
1162                        };
1163    
1164                        for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
1165                            Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
1166                            if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5){
1167                                nphit_i++;  
1168                                enhit_i += (op->dedx).At(ih);
1169                            };
1170                        };
1171                        //
1172                        ti->DoTrack2(tr);
1173                        //
1174                        if ( fabs(tr->y[0]-oi->ytofpos[0]) < 2. ){
1175                            for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
1176                                Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
1177                                if(pl == 0){
1178                                    nphit_i++;
1179                                    enhit_i += (op->dedx).At(ih);
1180                                };
1181                            };
1182                        };
1183                        if ( fabs(tr->y[3]-oi->ytofpos[1]) < 2. ){
1184                            for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
1185                                Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
1186                                if(pl == 3){
1187                                    nphit_i++;
1188                                    enhit_i += (op->dedx).At(ih);
1189                                };
1190                            };
1191                        };
1192                        if ( fabs(tr->y[4]-oi->ytofpos[2]) < 2. ){
1193                            for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
1194                                Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
1195                                if(pl == 4){
1196                                    nphit_i++;
1197                                    enhit_i += (op->dedx).At(ih);
1198                                };
1199                            };
1200                        };          
1201    
1202                    
1203                        if(
1204                            (use_TOF || use_S1 || use_S2 || use_S3)            &&
1205                            (nphit_p+nphit_i) !=0 &&        
1206                            true){
1207                        
1208                            //          printf(" seqno %i nphit_p %i nphit_i %i enhit_p %f enhit_i %f \n",trk2_obj->TrkLevel2::GetSeqNo(i),nphit_p,nphit_i,enhit_p,enhit_i);
1209                            //          printf(" score p %i score i %i \n",tp_score,ti_score);
1210                            //                if( enhit_p > enhit_i ) tp_score++;
1211                            //                if( nphit_p >= nphit_i && enhit_p > enhit_i ) tp_score++;
1212                            if ( nphit_p > nphit_i ) tp_score++;
1213                            if ( nphit_p < nphit_i ) ti_score++;
1214                            if ( nphit_p == nphit_i ){
1215                                if ( enhit_p > enhit_i ) tp_score++;
1216                                else ti_score++;
1217                            };
1218                            //          printf(" dopo score p %i score i %i \n",tp_score,ti_score);
1219                        };
1220                        delete tr;
1221                        //
1222                    } else {
1223                        // -------------
1224                        // NOT a NUCLEUS
1225                        // -------------
1226                        //printf(" NOT a NUCLEUS! en = %f \n",sen);
1227    
1228                        Int_t nphit_p =0;
1229                        Int_t nphit_i =0;
1230                    
1231                    
1232                        /*                          cout << "track: npmtadc "<< op->npmtadc << endl;
1233                                                    cout << "track: npmttdc "<< op->npmttdc << endl;
1234                                                    cout << "image: npmtadc "<< oi->npmtadc << endl;
1235                                                    cout << "image: npmttdc "<< oi->npmttdc << endl;*/
1236                    
1237    //        for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
1238    //          Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
1239    //          if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_p++;
1240    //        };
1241                    
1242    //        for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
1243    //          Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
1244    //          if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_i++;
1245    //        };
1246                        // --- modified to count tdc signals (more efficient?)
1247                        // --- and to implement check on tdcflag
1248                        for (Int_t ih=0; ih < op->npmttdc; ih++){
1249                            Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmttdc).At(ih) );
1250    //          if( (op->tdcflag).At(ih)==0 && (pl == 1 || pl == 2 || pl == 5) )nphit_p++;
1251                            if ( (use_S1 && ( pl == 0 || pl == 1 )) || (use_S2 && ( pl == 2 || pl == 3 )) || (use_S3 && ( pl == 4 || pl == 5 )) ){
1252                                if( (op->tdcflag).At(ih)==0 )nphit_p++;
1253                            };
1254                        };
1255                    
1256                        for (Int_t ih=0; ih < oi->npmttdc; ih++){
1257                            Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmttdc).At(ih) );
1258    //          if( (oi->tdcflag).At(ih)==0 && (pl == 1 || pl == 2 || pl == 5) )nphit_i++;  
1259                            if ( (use_S1 && ( pl == 0 || pl == 1 )) || (use_S2 && ( pl == 2 || pl == 3 )) || (use_S3 && ( pl == 4 || pl == 5 )) ){
1260                                if( (oi->tdcflag).At(ih)==0 )nphit_i++;    
1261                            };
1262                        };
1263                    
1264                        if(
1265                            (nphit_p+nphit_i) !=0 &&        
1266                            true){
1267                        
1268                            if ( nphit_p != nphit_i ){
1269                                totp_score += nphit_p;
1270                                toti_score += nphit_i;
1271                                tp_score+=nphit_p;
1272                                ti_score+=nphit_i;
1273                            };
1274                            //          if     ( nphit_p > nphit_i) tp_score+=nphit_p;
1275                            //          else if( nphit_p < nphit_i) ti_score+=nphit_i;
1276                            //          else ;//niente
1277                        };
1278                    };
1279                    //      cout << "TOF "<<tp_score<<ti_score<<endl;
1280                };
1281    
1282    
1283    //      if(tp_score == ti_score) use_TRK = true;
1284    
1285    
1286                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1287                // *****************************************************************************************
1288                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1289                // tracker check
1290                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1291                // chi**2 difference is not always large enough to distinguish among
1292                // the real track and its image.
1293                // Tracker check will be applied always when calorimeter and tof information is ambiguous.
1294                // *** MODIFIED ON AUGUST 2007 ***
1295                if(use_TRK){
1296    //      if(      tp->chi2 > 0 && tp->chi2 < ti->chi2 ) tp_score++ ;
1297    //      else if( ti->chi2 > 0 && ti->chi2 < tp->chi2 ) ti_score++ ;
1298    
1299                    // CHECK 1 : number of points along X  
1300                    if ( tp->GetNX() >= ti->GetNX() ){
1301                        tp_score++ ;
1302                        totp_score++ ;
1303                    };
1304                    if ( tp->GetNX() <= ti->GetNX() ){
1305                        ti_score++ ;
1306                        toti_score++ ;
1307                    };
1308                    // CHECK 2 : number of points along Y  
1309                    if ( tp->GetNY() >= ti->GetNY() ){
1310                        tp_score++ ;
1311                        totp_score++ ;
1312                    };
1313                    if ( tp->GetNY() <= ti->GetNY() ){
1314                        ti_score++ ;
1315                        toti_score++ ;
1316                    };
1317    
1318                    //      cout << "TRK "<<tp_score<<ti_score<<endl;
1319                };
1320                
1321    
1322                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1323                // *****************************************************************************************
1324                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1325                // GPamela check
1326                // -----------------------------------------------------------------------------------------
1327                
1328                //---------------------------------------------------
1329                // count the number of GP hits
1330                //---------------------------------------------------
1331                if(use_GP){
1332                    int ngphits_p=0;
1333                    int ngphits_i=0;
1334                    float toll = 0.02; //200 micron
1335                    for(int ih=0; ih<GetGPamela()->Nthspe; ih++){
1336                        int ip = (Int_t) GetGPamela()->Itrpb[ih] - 1;
1337                        if(
1338                            tp &&
1339                            tp->YGood(ip) &&
1340                            fabs(tp->ym[ip]- GetGPamela()->Yavspe[ih])<toll &&
1341                            true) ngphits_p++;
1342                        if( ti &&
1343                            ti->YGood(ip) &&
1344                            fabs(ti->ym[ip]- GetGPamela()->Yavspe[ih])<toll &&
1345                            true) ngphits_i++;
1346                    }
1347                    if(
1348                        ngphits_p > ngphits_i &&
1349                        true){
1350                        tp_score++ ;
1351                        totp_score++ ;                  
1352                    }
1353                    if(
1354                        ngphits_p < ngphits_i &&
1355                        true){
1356                        ti_score++ ;
1357                        toti_score++ ;                  
1358                    }
1359                }
1360    
1361    
1362              // ------------------------              // *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1363              // the winner is....              // the winner is....
1364              // ------------------------                  // *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1365                        if(tp_score > ti_score) ts = tp;//the track sorted by the tracker!!              if      (tp_score > ti_score) {
1366                        else                    ts = ti;//its image!!          
1367    
1368                }else if (tp_score < ti_score) {
1369    
1370    
1371                    ts = ti;//its image!!
1372                    cs = ci;
1373                    os = oi;
1374                    Int_t totis = toti_score;
1375    
1376                    ti = tp;//its image!!
1377                    ci = cp;
1378                    oi = op;
1379    
1380                    tp = ts;//its image!!
1381                    cp = cs;
1382                    op = os;
1383    
1384                    toti_score = totp_score;
1385                    totp_score = totis;
1386    
1387                    
1388                }else {
1389    
1390    //      cout << "Warning - track image ambiguity not solved" << endl;
1391    
1392                };
1393                
1394          }else{          }else{
1395              ts = tp;              totp_score = 1;
1396                toti_score = 0;
1397          
1398                //      ts = tp;
1399                //      cs = cp;
1400                //      os = op;
1401          };          };
1402                    
1403          new(sorted[i]) TrkTrack(*ts); //save the track in the sorted array          //      cout <<" SortTracks() "<<i<<" -- "<<ts<<endl;
1404            //      sorted_tracks->Add(ts);//save the track in the sorted array
1405            //      sorted_tracks.Add(ts);//save the track in the sorted array
1406            //      sorted_tracks.Add(tp);//save the track in the sorted array
1407            //      cout << "SortTracks:: sorted_tracks->Add(it) "<<i<<" "<<ts<<endl;
1408            //      cout<<"o "<<tp<<endl;
1409            //      cout<<"o "<<cp<<endl;
1410            //      cout<<"o "<<op<<endl;
1411    
1412            new(ttsorted[i]) PamTrack(tp,cp,op);
1413            new(ttimage[i])  PamTrack(ti,ci,oi);
1414    
1415            ((PamTrack*)(ttsorted[i]))->SetPScore(totp_score);
1416            ((PamTrack*)(ttsorted[i]))->SetIScore(toti_score);
1417            ((PamTrack*)(ttimage[i]))->SetPScore(totp_score);
1418            ((PamTrack*)(ttimage[i]))->SetIScore(toti_score);
1419      };      };
1420    
1421      return aa;      if( tsorted->GetEntries() != trk2_obj->GetNTracks() ){
1422            cout << "void PamLevel2::SortTracks(): tsorted->GetEntries() "<<tsorted->GetEntries()<<" != trk2_obj->GetNTracks() = "<<trk2_obj->GetNTracks() <<endl;
1423            tsorted->Delete(); tsorted=0;
1424            timage->Delete(); timage=0;    
1425        }
1426    
1427        //Restore Object count
1428        //To save space in the table keeping track of all referenced objects
1429        //We reset the object count to what it was at the beginning of the event.
1430        TProcessID::SetObjectCount(ObjectNumber);
1431        
1432    };
1433    //--------------------------------------
1434    //
1435    //
1436    //--------------------------------------
1437    /**
1438     * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.
1439     * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.
1440     */
1441    // TRefArray *PamLevel2::GetTracks(){
1442    
1443    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1444    //     SortTracks("+CAL+TOF");
1445    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1446    
1447    // //   return  sorted_tracks;
1448    //     return &sorted_tracks;
1449        
1450    //  };
1451    TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){
1452    
1453    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1454        SortTracks();
1455    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1456    
1457        return tsorted;
1458        
1459  };  };
1460  //--------------------------------------  //--------------------------------------
1461  //  //
# Line 152  TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){ Line 1468  TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){
1468   */   */
1469  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){
1470    
1471      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //    if(!trk2_obj) return 0;
1472      TClonesArray &sorted = *aa;          
1473    // //  *-*-*-*+-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1474    //     SortTracks("+CAL+TOF");
1475    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1476    // //    if(!sorted_tracks)return 0;
1477    //     if(sorted_tracks.IsEmpty())return 0;
1478    
1479      TrkTrack   *t = 0;  //     PamTrack *track = 0;
1480      CaloTrkVar *c = 0;      
1481      ToFTrkVar  *o = 0;  //     if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() && it<sorted_tracks.GetEntriesFast() ){    
1482    //      TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
1483    //      track = GetPamTrackAlong(t);
1484    //     }else{
1485    //      cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
1486    //     };
1487        
1488    //     return track;
1489    
1490      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){  //    cout << "PamLevel2::GetTrack(int it) "<<endl;
1491          t = (TrkTrack*)sorted[it];  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1492          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());      SortTracks();
1493          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1494        if(!tsorted)return 0;
1495        if(!tsorted->GetEntries())return 0;
1496    
1497        PamTrack *track = 0;
1498        
1499        if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()){
1500    //      TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
1501    //      track = GetPamTrackAlong(t);
1502            TClonesArray &t = *(tsorted);
1503            track = (PamTrack*)t[it];
1504            
1505        }else{
1506            cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
1507      };      };
1508            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
1509      return track;      return track;
1510        
1511  };  };
1512    
1513  //--------------------------------------  //--------------------------------------
1514  //  //
1515  //  //
1516  //--------------------------------------  //--------------------------------------
1517  /**  /**
1518   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::GetTracks().   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::SortTracks().
1519   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
1520   */   */
1521  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){
1522    
1523      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //     if(!trk2_obj) return 0;
     TClonesArray &sorted = *aa;  
1524    
1525      TrkTrack   *t = 0;  // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1526      CaloTrkVar *c = 0;  //     SortTracks("+CAL+TOF");
1527      ToFTrkVar  *o = 0;  // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1528    // //    if(!sorted_tracks)return 0;
1529    //     if(sorted_tracks.IsEmpty())return 0;
1530        
1531    //     PamTrack *image = 0;
1532        
1533    //     if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() ){
1534    //      TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
1535    //      if( temp->HasImage() ){
1536    //          TrkTrack   *t = trk2_obj->TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());
1537    //          image = GetPamTrackAlong(t);
1538    //      }else{
1539    //          cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
1540    //      };
1541    //     }else{
1542    //      cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
1543    //     };
1544        
1545    //     return image;
1546    
1547      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){  
1548          TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted[it];  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1549          if( temp->HasImage() ){      SortTracks();
1550              t = TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
1551              c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(temp->GetImageSeqNo());      if(!timage)return 0;
1552              o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(temp->GetImageSeqNo());      if(!timage->GetEntries())return 0;
1553        
1554        PamTrack *image = 0;
1555        
1556        if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() ){
1557            TClonesArray &t = *(tsorted);
1558            PamTrack *temp = (PamTrack*)t[it];
1559            if( temp->GetTrkTrack()->HasImage() ){
1560                TClonesArray &t = *(timage);
1561                image = (PamTrack*)t[it];
1562            }else{
1563    //          cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
1564          };          };
1565        }else{
1566            cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
1567      };      };
1568            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *image = 0;  
     if(t && c && o)image = new PamTrack(t,c,o);  
1569      return image;      return image;
       
1570  }  }
1571    
1572  //--------------------------------------  //--------------------------------------
# Line 209  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i Line 1574  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i
1574  //  //
1575  //--------------------------------------  //--------------------------------------
1576  /**  /**
1577   * Get the Pamela detector trees and make them friends.   * Get the Pamela detector trees in a single file and make them friends.
1578     * @param f TFile pointer
1579     * @param detlist String to select trees to be included
1580     * @return Pointer to a TTree
1581   */   */
1582  TTree *PamLevel2::LoadPamTrees(TFile *f){  TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile *f, TString detlist ){
1583        
1584      TTree *Tout =0;      if( detlist.Contains("+AUTO", TString::kIgnoreCase) ) {
1585                cout << "+AUTO"<<endl;
1586      // Tracker          GetWhichTrees(f);
1587        };
1588        SetWhichTrees(detlist);
1589    
1590        if ( pam_tree ){
1591            printf("WARNING: TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile *fl, TString detlist) -- pam_tree already exists!\n ");
1592            return pam_tree;
1593        };
1594        //
1595    
1596        cout << "TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile *f, TString detlist ) -- obsolte "<<endl;
1597    
1598    //    SetWhichTrees(detlist);
1599    
1600        TTree *Trout =0;
1601    
1602        TString fname = f->GetName();
1603        if(!CheckLevel2File(fname))return NULL;
1604    
1605    //    UInt_t *found=0;    
1606    
1607        cout<< "GetPamTree(TFile*,TString): detector list --> ";
1608        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1609        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1610        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1611        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1612        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1613        if(TOF)cout<<"TOF ";
1614        if(TRG)cout<<"TRG ";
1615        if(AC)cout<<"AC ";
1616        if(ND)cout<<"ND ";
1617        if(S4)cout<<"S4 ";
1618        if(ORB)cout<<"ORB ";
1619        if(GP)cout<<"GP ";
1620        cout << endl;
1621        if(SELLI)cout<<">>> Found selection-list <<<"<<endl;
1622    
1623        f->cd();
1624    
1625    // Tracker
1626      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1627      if(T) {      if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
1628          T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerToTrk());          if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1629          cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;  //      else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
1630          if(!Tout)Tout=T;          if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1631            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1632    //      else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
1633            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1634            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1635    //      else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
1636            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1637            if(!Trout)Trout=T;
1638            else Trout->AddFriend(T);
1639      }else{      }else{
1640          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
1641      };      };
1642      // Calorimeter      // Calorimeter
1643      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1644      if(C) {      if(C && (CAL2||CAL1)) {
1645          C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerToCalo());          if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1646          cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;  //      else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
1647          if(!Tout)Tout=C;          if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1648          else Tout->AddFriend(C);          if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1649    //      else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
1650            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1651            if(!Trout)Trout=C;
1652            else Trout->AddFriend(C);
1653      }else{      }else{
1654          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
1655      };      };
1656    
1657      // ToF          // ToF    
1658      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");
1659      if(O) {      if(O && TOF) {
1660          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerToToF());          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1661          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1662          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
1663          else Tout->AddFriend(O);          else Trout->AddFriend(O);
1664      }else{      }else{
1665          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
1666      };      };
1667      // Trigger      // Trigger
1668      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");
1669      if(R) {      if(R && TRG) {
1670          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerToTrig());          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1671          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1672          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=R;
1673          else Tout->AddFriend(R);          else Trout->AddFriend(R);
1674      }else{      }else{
1675          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
1676      };      };
1677      // S4      // S4
1678      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");
1679      if(S) {      if(S && S4) {
1680          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerToS4());          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1681          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1682          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=S;
1683          else Tout->AddFriend(S);          else Trout->AddFriend(S);
1684      }else{      }else{
1685          cout << "S4           : missing tree"<<endl;          cout << "S4           : missing tree"<<endl;
1686      };      };
1687      // Neutron Detector      // Neutron Detector
1688      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");
1689      if(N) {      if(N && ND) {
1690          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerToND());          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1691          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1692          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=N;
1693          else Tout->AddFriend(N);          else Trout->AddFriend(N);
1694      }else{      }else{
1695          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
1696      };      };
1697      // Anticounters      // Anticounters
1698      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");
1699      if(A) {      if(A && AC) {
1700          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerToAc());          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1701          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1702          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=A;
1703          else Tout->AddFriend(A);          else Trout->AddFriend(A);
1704      }else{      }else{
1705          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
1706      };      };
1707        // Orbital Info
1708        TTree *B = (TTree*)f->Get("OrbitalInfo");
1709        if(B && ORB) {
1710            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1711            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1712            if(!Trout)Trout=B;
1713            else Trout->AddFriend(B);
1714        }else{
1715            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
1716        };
1717    
1718        // GPamela
1719        TTree *G = (TTree*)f->Get("h20");
1720        if(G && GP) {
1721            if(!gp_obj)gp_obj=new GPamela();
1722    //      ------------------------------------
1723    //      ATTENZIONE!!!
1724    //      non so per quale arcano motivo,
1725    //      per l'albero di gpamela il branch address lo devo settare
1726    //      DOPO aver fatto friend
1727    //      FGRRRVZZZZUTSALKJMSLKJ!!!
1728    //      ------------------------------------
1729    //      gp_obj->SetBranchAddress(G); //ho dovuto fare in maniera diversa dagli altri
1730    //      cout << "h20          : set branch address GPamela "<<endl;
1731            if(!Trout)Trout=G;
1732            else Trout->AddFriend(G);
1733        }else{
1734    //      cout << "h20          : missing tree"<<endl;
1735        };
1736    
1737    
1738        TTree *L = (TTree*)f->Get("SelectionList");
1739        if(L && SELLI==1) {
1740            cout << " TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile, TString) >>> SelectionList not implemented!!!!"<<endl;
1741            sel_tree = 0;
1742        }else{
1743            cout << "SelectionList  : missing tree"<<endl;
1744        };
1745        
1746        cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
1747    
1748    //      ------------------------------------
1749    //      ATTENZIONE!!!
1750    //      non so per quale arcano motivo,
1751    //      per l'albero di gpamela il branch address lo devo settare
1752    //      DOPO aver fatto friend
1753    //      FGRRRVZZZZUTSALKJMSLKJ!!!
1754    //      ------------------------------------
1755        if(G && GP) {      
1756            gp_obj->SetBranchAddress(Trout); //ho dovuto fare in maniera diversa dagli altri
1757            cout << "h20          : set branch address GPamela "<<endl;
1758        }else{
1759            cout << "h20          : missing tree"<<endl;
1760        };
1761    
1762        pam_tree = (TChain*)Trout;
1763            
1764      return Tout;      return Trout;
1765            
1766  }  }
1767    //--------------------------------------
1768    //
1769    //
1770    //--------------------------------------
1771    /**
1772     * Get list of Level2 files.
1773     * @param ddir Level2 data directory.
1774     * @param flisttxt Name of txt file containing file list.
1775     * @return Pointer to a TList of TSystemFiles
1776     * If no input file list is given , all the Level2 files inside the directory are processed.
1777     */
1778    TList*  PamLevel2::GetListOfLevel2Files(TString ddir, TString flisttxt = ""){
1779            
1780        TString wdir = gSystem->WorkingDirectory();
1781        
1782        //    if(ddir=="")ddir = wdir;
1783    //      TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
1784        if ( ddir != ""){
1785            cout << "Level2 data directory : "<<  ddir << endl;
1786        } else {
1787            cout << "Level2 data directory not given as input: trying to evaluate from list or taking working directory " << endl;
1788        };
1789        TList *contents  = new TList; // create output list
1790        contents->SetOwner();
1791        
1792    //    char *fullpath;
1793    //    const char *fullpath;
1794        
1795        // if no input file list is given:  
1796        if ( flisttxt != "" ){
1797            
1798    //      if( !gSystem->IsFileInIncludePath(flisttxt,&fullpath) ){        
1799    //      if( !(fullpath = gSystem->FindFile("./",flisttxt)) ){
1800    //          cout <<"File "<<flisttxt<<" not found"<<endl;
1801    //          return 0;
1802    //      }      
1803    //      flisttxt = fullpath;
1804            if ( !flisttxt.EndsWith(".root") ){
1805    
1806                flisttxt = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(flisttxt),gSystem->BaseName(flisttxt));
1807    
1808                if( !gSystem->ChangeDirectory(ddir) ){
1809                    cout << "Cannot change directory : "<<ddir<<endl;
1810                    return 0;
1811                }
1812            
1813                cout <<"Input file list : " << flisttxt <<endl;
1814                ifstream in;
1815                in.open(flisttxt, ios::in); //open input file list
1816                if(!in.good()){
1817                    cout <<" ERROR opening the file "<<endl;
1818                    gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
1819                    return 0;
1820                }  
1821                int line=0;
1822                while (1) {
1823                    TString file;
1824                    in >> file;
1825                    if (!in.good()) break;
1826                    line++;
1827    //          cout <<"(1) " << file << endl;
1828                    if(file.IsNull()){
1829                        cout << "-- list interrupted at line "<<line <<endl;
1830                        break;
1831                    }
1832                    if(file.Contains("#"))file = file(0,file.First("#"));
1833    //          cout <<"(2) " << file << endl;
1834    //          if( gSystem->IsFileInIncludePath(file,&fullpath) ){
1835    //          if( (fullpath = gSystem->FindFile(ddir,file)) ){
1836                    if( file.EndsWith(".root") ){
1837                        TString filedir;
1838                        if (ddir != ""){
1839                            filedir = ddir; // take the input dir
1840                        } else {
1841                            gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
1842                            filedir = gSystem->DirName(file); // this will take the path if exist in the list otherwise it will return automatically the working dir
1843                        };
1844                        char *fullpath = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(filedir),gSystem->BaseName(file));
1845                        contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));// add file to the list
1846                        delete fullpath;
1847                    }
1848    //          }else{
1849    //              if(file.Data()!="")cout << "File: "<<file<<" ---> missing "<< endl;
1850    //          };
1851                };
1852                in.close();
1853            } else {
1854                if(flisttxt.Contains("#"))flisttxt = flisttxt(0,flisttxt.First("#"));
1855                char *fullpath = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(flisttxt),gSystem->BaseName(flisttxt));
1856                contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));// add file to the list
1857                delete fullpath;
1858            };      
1859        }else{
1860            
1861            cout << "No input file list given."<<endl;
1862            cout << "Check for existing root files."<<endl;
1863    //              cout << "Warking directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
1864            if ( ddir == "" ){
1865                ddir = wdir;
1866                cout << "Level2 data directory : "<<  ddir << endl;
1867            };
1868    
1869            TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
1870            TList *temp = datadir->GetListOfFiles();
1871    //              temp->Print();
1872    //              cout << "*************************************" << endl;
1873            
1874            TIter next(temp);
1875            TSystemFile *questo = 0;
1876            
1877            
1878            while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1879                TString name =  questo-> GetName();
1880                if( name.EndsWith(".root") ){
1881    //              const char *fullpath = gSystem->FindFile(ddir,name);
1882    //              char *fullpath;
1883    //              gSystem->IsFileInIncludePath(name,&fullpath);
1884                    char *fullpath = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(ddir),gSystem->BaseName(name));
1885                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));
1886                    delete fullpath;
1887                };
1888            }
1889            delete temp;
1890            delete datadir;
1891            
1892        };
1893        gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
1894    //      cout << endl << "Selected files:" << endl;
1895    //      contents->Print();
1896        cout << contents->GetEntries()<<" files \n";
1897    //      cout << endl;
1898    //      cout << "Working directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
1899        return contents;
1900    };
1901    //--------------------------------------
1902    //
1903    //
1904    //--------------------------------------
1905    /**
1906     * Get the Pamela detector chains from a list of files and make them friends.
1907     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1908     * @param detlist String to select trees to be included
1909     * @return Pointer to a TChain
1910     */
1911    TChain *PamLevel2::GetPamTree(TList *fl, TString detlist ){
1912        //
1913        //
1914        //
1915        if ( pam_tree ){
1916            printf("WARNING: TChain *PamLevel2::GetPamTree(TList *fl, TString detlist) -- pam_tree already exists!\n ");
1917            return pam_tree;
1918        };
1919        //
1920        
1921        TChain *Trout =0;
1922    
1923        // -------------------------------------------
1924        // set flags to include/exclude trees/branches
1925        // -------------------------------------------
1926        if( detlist.Contains("+AUTO", TString::kIgnoreCase) ) {
1927            if( fl->GetEntries()>0 ){
1928                cout << "+AUTO"<<endl;
1929                TFile *fprimo = new TFile( fl->At(0)->GetName() );
1930                GetWhichTrees(fprimo);
1931                fprimo->Close();// AAAAARGGGGGHHHHH!!!!!!! non commentare questa riga, altrimenti si incasina il TChain
1932                fprimo->Delete();
1933            }
1934        };
1935        SetWhichTrees(detlist);    
1936    
1937    
1938        // -------------------------------------------
1939        // build chains
1940        // -------------------------------------------
1941        TChain *T = 0;      
1942        TChain *C = 0;
1943        TChain *O = 0;
1944        TChain *R = 0;
1945        TChain *S = 0;
1946        TChain *N = 0;
1947        TChain *A = 0;
1948        TChain *B = 0;
1949        TChain *G = 0;
1950    
1951        TChain *L = 0;
1952        
1953        if(TRK2||TRK1||TRKh) T = new TChain("Tracker");    
1954        if(CAL2||CAL1)       C = new TChain("Calorimeter");
1955        if(TOF)              O = new TChain("ToF");
1956        if(TRG)              R = new TChain("Trigger");
1957        if(S4)               S = new TChain("S4");
1958        if(ND)               N = new TChain("NeutronD");
1959        if(AC)               A = new TChain("Anticounter");
1960        if(ORB)              B = new TChain("OrbitalInfo");
1961        if(GP)               G = new TChain("h20");
1962        L = new TChain("SelectionList");
1963        
1964        // loop over files and create chains        
1965        TIter next(fl);
1966        TSystemFile *questo = 0;
1967        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1968            TString name =  questo->GetName();
1969            cout << "File: "<< name << endl;
1970            if( CheckLevel2File(name) ){
1971                if(TRK2||TRK1||TRKh) T->Add(name);
1972                if(CAL1||CAL2)       C->Add(name);
1973                if(TOF)              O->Add(name);
1974                if(TRG)              R->Add(name);
1975                if(S4)               S->Add(name);
1976                if(ND)               N->Add(name);
1977                if(AC)               A->Add(name);
1978                if(ORB)              B->Add(name);
1979                if(GP)               G->Add(name);
1980                if(SELLI==1)         L->Add(name);
1981            };
1982        };
1983        
1984        cout << "done chains\n";
1985        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1986    
1987    
1988        // -------------------------------------------
1989        // make friends
1990        // -------------------------------------------
1991    
1992    // Tracker
1993        cout << "Friends: "<<endl;
1994        if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
1995            if(!Trout)Trout=T;
1996            else Trout->AddFriend("Tracker");
1997    //      cout << "+Tacker"<<endl;
1998        };
1999        // Calorimeter
2000        if(C && (CAL2||CAL1)) {
2001            if(!Trout)Trout=C;
2002            else Trout->AddFriend("Calorimeter");
2003    //      cout << "+Calorimeter"<<endl;
2004        };
2005        // ToF    
2006        if(O && TOF) {
2007            if(!Trout)Trout=O;
2008            else Trout->AddFriend("ToF");
2009    //      cout << "+ToF"<<endl;
2010        };
2011        // Trigger
2012        if(R && TRG) {
2013            if(!Trout)Trout=O;
2014            else Trout->AddFriend("Trigger");
2015    //      cout << "+Trigger"<<endl;
2016        };
2017        // S4
2018        if(S && S4) {
2019            if(!Trout)Trout=O;
2020            else Trout->AddFriend("S4");
2021    //      cout << "+S4"<<endl;
2022        };
2023        // Neutron Detector
2024        if(N && ND) {
2025            if(!Trout)Trout=O;
2026            else Trout->AddFriend("NeutronD");
2027    //      cout << "+NeutronD"<<endl;
2028        };
2029        // Anticounters
2030        if(A && AC) {
2031            if(!Trout)Trout=O;
2032            else Trout->AddFriend("Anticounter");
2033    //      cout << "+Anticounter"<<endl;
2034        };
2035        // Orbital Info
2036        if(B && ORB) {
2037            if(!Trout)Trout=O;
2038            else Trout->AddFriend("OrbitalInfo");
2039    //      cout << "+OrbitalInfo"<<endl;
2040        };
2041        // GPamela
2042        if(G && GP) {
2043            if(!Trout)Trout=G;
2044            else Trout->AddFriend("h20");
2045    //      cout << "+h20"<<endl;
2046        };
2047    
2048    //  =====================================
2049    //  SET BRANCH-ADDRESS AFTER CHAIN+FRIEND
2050    //  =====================================
2051        SetBranchAddress(Trout);
2052    
2053    
2054    //  ------------------------------------
2055    //  finally handle selection trees...
2056    //  (it is not friend of pamela tree)
2057    //  ------------------------------------
2058    
2059        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2060    
2061        // Selection List
2062        if(L && SELLI==1) {
2063            cout<<">>> Found selection-list <<<"<<endl;
2064    //      L->SetBranchAddress("RunEntry",&irun);
2065            L->SetBranchAddress("RunEntry",&irunt);//NEWNEW
2066            cout << "SelectionList: set branch address RunEntry"<<endl;
2067            L->SetBranchAddress("EventEntry",&irunentry);
2068            cout << "SelectionList: set branch address EventEntry"<<endl;
2069            sel_tree = L;
2070    //      if(!Trout)Trout=O;
2071    //      else Trout->AddFriend("SelectionList");
2072            cout << "+SelectionList"<<endl;
2073            cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2074        }else{
2075    //      cout << "SelectionList  : missing tree"<<endl;
2076            if(L)L->Delete();
2077        };
2078    
2079    //  --------------------------------------------
2080    //  return the pamela chain with all the friends
2081    //  --------------------------------------------
2082    
2083        pam_tree = Trout;
2084        
2085        return Trout;
2086    }
2087    
2088    
2089    
2090    //--------------------------------------
2091    //
2092    //
2093    //--------------------------------------
2094    /**
2095     * Set branch addresses for Pamela friend trees
2096     */
2097    void PamLevel2::SetBranchAddress(TTree *t){
2098    
2099        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
2100        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
2101        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
2102        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
2103        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
2104        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
2105        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
2106        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
2107        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
2108        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
2109        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
2110        GP     = GP  & t->GetBranchStatus("h20");
2111    
2112    
2113        // Tracker
2114        if(TRK1) {
2115            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel2"));
2116            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
2117        };
2118        if(TRK2) {
2119            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel1"));
2120            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
2121        };
2122        if(TRKh) {
2123            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
2124            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
2125        };
2126        
2127        // Calorimeter
2128        if(CAL1) {
2129            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
2130            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
2131        };
2132        if(CAL2) {
2133            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
2134            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
2135        };
2136        
2137        // ToF    
2138        if(TOF) {
2139            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
2140            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
2141        };
2142        // Trigger
2143        if(TRG) {
2144            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
2145            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
2146        };
2147        // S4
2148        if(S4) {
2149            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
2150            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
2151        };
2152        // Neutron Detector
2153        if(ND) {
2154            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
2155            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
2156        };
2157        // Anticounters
2158        if(AC) {
2159            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
2160            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
2161        };
2162        // OrbitalInfo
2163        if(ORB) {
2164            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
2165            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
2166        };
2167        // GPamela
2168        if(GP) {
2169    //      GetPointerTo("GPamela");
2170            if(!gp_obj)gp_obj = new GPamela();
2171            gp_obj->SetBranchAddress(t); //ho dovuto fare in maniera diversa dagli altri
2172            cout << "h20          : set branch address GPamela "<<endl;
2173        };
2174        
2175    }
2176    /**
2177     * Set branch addresses for Pamela friend trees
2178     */
2179    void PamLevel2::SetBranchAddress(TChain *t){
2180    
2181    //     TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
2182    //     TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
2183    //     TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
2184    //     CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
2185    //     CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
2186    //     TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
2187    //     TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
2188    //     S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
2189    //     ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
2190    //     AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
2191    //     ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
2192    //    GP     = GP & t->GetBranchStatus("h20");
2193    
2194        // Tracker
2195        if(TRK2) {
2196            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
2197            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
2198        };
2199        if(TRK1) {
2200            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
2201            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
2202        };
2203        if(TRKh) {
2204            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
2205            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
2206        };
2207        
2208        // Calorimeter
2209        if(CAL2) {
2210            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
2211            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
2212        };  
2213        if(CAL1) {
2214            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
2215            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
2216        };
2217        
2218        // ToF    
2219        if(TOF) {
2220            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
2221            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
2222        };
2223        // Trigger
2224        if(TRG) {
2225            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
2226            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
2227        };
2228        // S4
2229        if(S4) {
2230            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
2231            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
2232        };
2233        // Neutron Detector
2234        if(ND) {
2235            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
2236            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
2237        };
2238        // Anticounters
2239        if(AC) {
2240            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
2241            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
2242        };
2243        // OrbitalInfo
2244        if(ORB) {
2245            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
2246            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
2247        };
2248        // GPamela
2249    //    cout <<"GP "<<GP<<endl;
2250        if(GP) {
2251    //      GetPointerTo("GPamela");
2252            if(!gp_obj)gp_obj = new GPamela();
2253            gp_obj->SetBranchAddress(t); //ho dovuto fare in maniera diversa dagli altri
2254            cout << "h20          : set branch address GPamela "<<endl;
2255        };
2256        // SelectionList
2257    //     if(SELLI==1){
2258    //      t->SetBranchAddress("RunEntry",&irunt);//NEWNEW
2259    //      cout << "SelectionList: set branch address RunEntry"<<endl;
2260    //      t->SetBranchAddress("EventEntry",&irunentry);
2261    //      cout << "SelectionList: set branch address EventEntry"<<endl;
2262            
2263    //     }
2264    
2265    }
2266    
2267    
2268    //--------------------------------------
2269    //
2270    //
2271    //--------------------------------------
2272    /**
2273     * Get the Run tree chain from a list of files.
2274     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
2275     * @return Pointer to a TChain
2276     */
2277    TChain *PamLevel2::GetRunTree(TList *fl){
2278        //
2279        //
2280        //
2281        if ( run_tree ){
2282            printf("WARNING: TChain *PamLevel2::GetRunTree(TList *fl) -- run_tree already exists!\n ");
2283            return run_tree;
2284        };  
2285        //
2286        TChain *R = new TChain("Run");
2287        
2288        // loop over files and create chains        
2289        TIter next(fl);
2290        TSystemFile *questo = 0;
2291        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
2292            TString name =  questo->GetName();
2293    //              cout << "File: "<< name << endl;
2294            if( CheckLevel2File(name) ){
2295                R->Add(name);
2296            };
2297        }
2298    
2299        if(R->GetNtrees()){
2300        
2301            R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
2302            cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
2303            R->SetBranchAddress("SoftInfo", GetPointerTo("SoftInfo")); // Emiliano
2304            cout << "Software    : set branch address SoftInfo"<<endl; // Emiliano
2305    
2306            irunoffset = new int[R->GetNtrees()];
2307            cout << "----------------------------------------------------"<<endl;
2308            cout << "irun\t | ";
2309            cout << "tree\t |";
2310    //      cout << "offset\t |";
2311            cout << "RUN\t";
2312            cout << "FRAG\t";
2313            cout << "NEVENTS\t";
2314            cout << "absolute time\t\t\t";
2315            cout << "on-board time";
2316            cout<<endl;
2317            for (Int_t ii=0; ii<R->GetEntries(); ii++){
2318                R->GetEntry(ii);
2319                cout << ii<< "\t | ";
2320                cout << R->GetTreeNumber()<< "\t |";
2321    //          cout << R->GetChainOffset()<< "\t |";
2322                cout <<GetRunInfo()->ID<<"\t";
2323                cout <<GetRunInfo()->ID_RUN_FRAG<<"\t";
2324                cout <<GetRunInfo()->NEVENTS<< "\t";
2325                cout <<GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME<<" <---> "<<GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME <<"\t";
2326                cout <<GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT<<" <---> "<<GetRunInfo()->RUNTRAILER_OBT<<"\t";
2327                cout <<endl;
2328                irunoffset[R->GetTreeNumber()]=R->GetChainOffset();
2329            }
2330            cout << "----------------------------------------------------"<<endl;
2331    
2332    
2333    
2334        }else{
2335            delete R;
2336            R=0;
2337        }
2338    
2339        run_tree = R;
2340    
2341        return R;
2342        
2343    }
2344    //--------------------------------------
2345    //
2346    //
2347    //--------------------------------------
2348    /**
2349     * Get the Run tree  from a file.
2350     * @param f Pointer to a TFile
2351     * @return Pointer to a TTree
2352     */
2353    TTree *PamLevel2::GetRunTree(TFile *f){
2354        if ( run_tree ){
2355            printf("WARNING: TTree *PamLevel2::GetRunTree(TFile *f) -- run_tree already exists!\n ");
2356            return run_tree;
2357        };
2358            
2359    
2360        cout << "TTree *PamLevel2::GetRunTree(TFile *f) -- obsolte "<<endl;
2361    
2362        TTree *T = (TTree*)f->Get("Run");
2363        
2364        if(T){
2365            T->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
2366            cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
2367            T->SetBranchAddress("SoftInfo", GetPointerTo("SoftInfo")); // Emiliano
2368            cout << "Software    : set branch address SoftInfo"<<endl; // Emiliano
2369    
2370        }
2371    
2372        run_tree = (TChain*)T;
2373    
2374        return T;
2375        
2376    }
2377    /**
2378     * Update the runinfo informations (to be used to have Run infos event by event basis)
2379     * @param run Pointer to the chain/tree which contains run infos
2380     * @return true if a new run has been read, false if it is still the same run
2381     */
2382    Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TChain *run, Long64_t iev){
2383        //
2384        // check if we have already called once GetEntry, if not call it
2385        //
2386        cout << "Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TChain *run, Long64_t iev) --- ATTENZIONE --- NON E` MANTENUTA!!!!!!!.... "<<endl;
2387        if(!run){
2388            cout << "Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TChain *run, ULong64_t iev) -- ERROR -- missing RunInfo tree "<<endl;
2389            return(false);  
2390        }
2391        if ( run->GetEntries() <= 0 ) return(false);
2392        //
2393      
2394        //  Int_t oldrun = irun;
2395        Long64_t oldrun = irun;
2396    
2397        // --------------------------------------
2398        // if it is a full file (not preselected)
2399        // --------------------------------------
2400        if(SELLI==0){
2401    
2402            //
2403            // the absolute time is necessary to relate the event with the run
2404            //
2405            if( !GetOrbitalInfo() && !ISGP){
2406                cout << "Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TChain *run, ULong64_t iev) -- ERROR -- missing OrbitalInfo "<<endl;
2407                return(false);
2408            }
2409    
2410            ULong64_t abstime = 0;
2411            if( GetOrbitalInfo() )abstime=GetOrbitalInfo()->absTime;
2412    
2413    
2414            //
2415            // the first time the routine is called, set run search from the beginning
2416            //
2417            if ( irun < 0LL ){
2418                irun = 0LL;
2419                run->GetEntry(irun);
2420                runfirstentry = 0LL;
2421                runlastentry += (Long64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS);
2422                if ( (Long64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS) > 0LL ) runlastentry -= 1LL;
2423              
2424                if( ISGP && run->GetEntries()!=1 ){
2425                    cout << "** WARNING ** simulated files are assumed to have 1 single run, not "<< run->GetEntries() << endl;
2426                    cout << "** WARNING ** run will not be updated"<<endl;
2427                }
2428    
2429            };      
2430            //
2431            if(ISGP)abstime = GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME; // BARBATRUCCO
2432            //
2433            if ( irun == run->GetEntries()-1LL &&
2434                 !(abstime >= GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME &&
2435                   abstime <= GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME)
2436                ){
2437                irun = -1LL;
2438                irunt = -1LL;
2439                runfirstentry = 0LL;
2440                runlastentry = -1LL;
2441            };
2442            // modificato il controllo sull'aggiornamento del run, per evitare problemi
2443            // dovuti agli eventi annidati (NB! NEVENTS conta anche questi!!)
2444            //
2445            bool fromfirst = true;
2446            //
2447            while ( !(abstime >= GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME && abstime <= GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME) && irun < run->GetEntries()-1LL ){
2448    //      while ( iev > (runfirstentry+(ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS-1)) && irun < run->GetEntries() ){
2449                irun++;
2450                run->GetEntry(irun);
2451                runfirstentry = runlastentry;
2452                if ( (Long64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS) > 0LL ) runfirstentry += 1LL;
2453                runlastentry += (Long64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS);
2454    //        cout << " ))))) UPDATE RUN INFO (((((  @iev "<<iev<<" run "<<GetRunInfo()->ID<<" irun "<<irun<<endl;
2455    //        cout << "runfirstentry "<<runfirstentry<<endl;
2456                //    printf(" iev %llu %u %llu \n",iev,this->GetRunInfo()->NEVENTS,(ULong64_t)(runfirstentry+(ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS)));
2457                //    printf(" abstime %u trailertime %u \n",abstime,GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME);
2458                //    printf(" IDRUN %u \n",GetRunInfo()->ID);
2459                //
2460    //        prevshift = 0;
2461                //
2462                if ( irun == (Long64_t)(run->GetEntries()-1LL) && fromfirst && !(abstime >= GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME && abstime <= GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME)){
2463                    printf(" resetting irun  (it should NOT happen!!!)\n");
2464                    fromfirst = false;
2465                    irun = 0;
2466                    run->GetEntry(irun);
2467                    runfirstentry = 0ULL;
2468                    runlastentry += (Long64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS);
2469                    if ( (Long64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS) > 0LL ) runlastentry -= 1LL;
2470                };
2471                //
2472            };
2473            //
2474            if (
2475                !(abstime >= GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME &&
2476                  abstime <= GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME)
2477                ) {
2478                printf(" Something very wrong here: cannot find RUN containing absolute time %llu \n",abstime);
2479                return false;
2480            }
2481            //
2482            if ( irun == oldrun || irun >= run->GetEntries() ) return(false);
2483            //
2484            //  printf(" iev %llu irun %i nevents %u 1st %llu last %llu \n",iev,irun,this->GetRunInfo()->NEVENTS,(ULong64_t)runfirstentry,(ULong64_t)runlastentry);
2485            //
2486            prevshift = 0;
2487            cout << " ))))) UPDATE RUN INFO (((((  @iev "<<iev<<" run "<<GetRunInfo()->ID<<" irun "<<irun<<endl;
2488    //      cout << "runfirstentry "<<runfirstentry<<endl;
2489            return(true);    
2490        };
2491        // ----------------------------------------------------
2492        // if it is a preselected file (there is SelectionList)
2493        // NBNB - the event tree MUST be read first
2494        // ----------------------------------------------------
2495        if(SELLI==1){      
2496            sel_tree->GetEntry(iev);
2497    //      cout << irun << " "<< irunentry << endl;
2498            if(irun != oldrun){
2499                run->GetEntry(irun);
2500                cout << " ))))) UPDATE RUN INFO (((((  @iev "<<iev<<" run "<<GetRunInfo()->ID<<" irun "<<irun<<endl;
2501                prevshift = 0;
2502                return true;
2503            }
2504            return false;
2505        }
2506    
2507        return false;
2508        //
2509    };
2510    
2511    Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(Long64_t iev){
2512    
2513        if(!run_tree){
2514            cout << " Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(ULong64_t iev) -- ERROR -- run tree not loaded"<<endl;
2515            return false;
2516        }
2517        if ( run_tree->GetEntries() <= 0 ) {
2518            cout << " Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(ULong64_t iev) -- ERROR -- run tree is empty"<<endl;
2519            return(false);
2520        }
2521      
2522        Int_t oldrun = irun; // store current run index
2523    
2524        // -----------------------------------------------------------------------
2525        // the first time the routine is called, set run search from the beginning
2526        // -----------------------------------------------------------------------
2527    
2528        if ( irun < 0 ){
2529            irun = 0LL;
2530            irunt = 0LL;
2531            irunentry = 0;
2532            prevshift = 0;
2533            run_tree->GetEntry(irun);
2534            if( !GetOrbitalInfo() )cout << "** WARNING ** missing OrbitalInfo ---> run info might be not correctly updated "<<endl;
2535        };      
2536        // ---------------------------------------------------------------
2537        // retrieve OBT and absolute time of the event
2538        // ---------------------------------------------------------------
2539        ULong64_t abstime = 0LL;
2540        ULong64_t obt     = 0LL;
2541        if( GetOrbitalInfo() ){
2542            abstime = GetOrbitalInfo()->absTime;
2543            obt     = GetOrbitalInfo()->OBT;
2544    //      cout << " ABS >>> "<<abstime<<" OBT >>> "<<obt<<" "<<endl;
2545        }else{
2546            abstime = GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME;
2547            obt     = GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT;
2548        }
2549    //    cout << ISGP << " "<<abstime<<endl;
2550        // ---------------------------------------------------------------
2551        // the absolute time is necessary to relate the event with the run
2552        // ---------------------------------------------------------------
2553    //     if( !GetOrbitalInfo() && !ISGP ){
2554    //      cout << "Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(Long64_t iev) -- ERROR -- missing OrbitalInfo "<<endl;
2555    //      return(false);
2556    //     }
2557        // -----------------------------------------------------------------------
2558        // if it is simulation, assign abstime by hand (temporaneo!!!)
2559        // -----------------------------------------------------------------------
2560    //     if(ISGP){
2561    //      abstime = GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME; // BARBATRUCCO
2562    //      obt     = GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT; // BARBATRUCCO
2563    //     }
2564        
2565    
2566        // +-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-
2567        // if it is a full file (not preselected)
2568        // +-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-
2569        if(SELLI==0){
2570    
2571            // ---------------------------------------------------------------
2572            // increment dead and live-time counters
2573            // (only when reading a file not preselected)
2574            // ---------------------------------------------------------------
2575            if(SELLI==0){
2576                if( GetTrigLevel2() ){
2577                    totdltime[0]+=GetTrigLevel2()->dltime[0];
2578                    totdltime[1]+=GetTrigLevel2()->dltime[1];
2579                }
2580                totdltime[2]++;
2581            }
2582    //      cout << setw(10)<<totdltime[0]<<setw(10)<<totdltime[1]<<setw(10)<<totdltime[2]<<endl;
2583    
2584    //      // ---------------------------------------------------------------
2585    //      // retrieve OBT and absolute time of the event
2586    //      // ---------------------------------------------------------------
2587    //      ULong64_t abstime = 0;
2588    //      ULong64_t obt     = 0;
2589    //      if( GetOrbitalInfo() ){
2590    //          abstime = GetOrbitalInfo()->absTime;
2591    //          obt     = GetOrbitalInfo()->OBT;
2592    //      }
2593    //      // ---------------------------------------------------------------
2594    //      // the absolute time is necessary to relate the event with the run
2595    //      // ---------------------------------------------------------------
2596    //      if( !GetOrbitalInfo() && !ISGP ){
2597    //          cout << "Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(Long64_t iev) -- ERROR -- missing OrbitalInfo "<<endl;
2598    //          return(false);
2599    //      }
2600          
2601    //      // -----------------------------------------------------------------------
2602    //      // the first time the routine is called, set run search from the beginning
2603    //      // -----------------------------------------------------------------------
2604    //      if ( irun < 0 ){
2605    //          irun = 0LL;
2606    //          irunt = 0LL;
2607    //          irunentry = 0;
2608    //          prevshift = 0;
2609    //          run_tree->GetEntry(irun);
2610    
2611    //          if( ISGP && run_tree->GetEntries()!=1 ){
2612    //              cout << "** WARNING ** simulated files are assumed to have 1 single run, not "<< run_tree->GetEntries() << endl;
2613    //              cout << "** WARNING ** run will not be updated"<<endl;
2614    //          }
2615    //      };      
2616    
2617    //      // -----------------------------------------------------------------------
2618    //      // if it is simulation, assign abstime by hand (temporaneo!!!)
2619    //      // -----------------------------------------------------------------------
2620    //      if(ISGP){
2621    //          abstime = GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME; // BARBATRUCCO
2622    //          obt     = GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT; // BARBATRUCCO
2623    //      }
2624            //
2625            bool fromfirst = true; // first loop over runs
2626    
2627    //      Bool_t hasfrag = false;
2628    //      if( GetRunInfo()->ID_RUN_FRAG!=0 && GetRunInfo()->ID_RUN_FRAG != GetRunInfo()->ID)hasfrag=true;
2629    //      ULong64_t fragid = GetRunInfo()->ID_RUN_FRAG;
2630    
2631            // ------------------------------------------------------
2632            // loop over runs to find the one that contains the event
2633            // ------------------------------------------------------
2634            while (
2635                (
2636                    (
2637                        !(abstime >= GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME &&    // check on absolute time (s)
2638                          abstime <= GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME) &&
2639                        !(obt >= GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT &&         // additional check on OBT (ms)
2640                          obt <= GetRunInfo()->RUNTRAILER_OBT)
2641                        )
2642                    || GetRunInfo()->NEVENTS==0
2643    //              || !(irunentry < GetRunInfo()->NEVENTS-1-prevshift) // ERRORE!!! fa saltare i run con 1 evento
2644                    || !(irunentry <= GetRunInfo()->NEVENTS-1-prevshift)
2645                    )
2646                && irun < run_tree->GetEntries() ){
2647    
2648                // - - - - - - - - - - - - -
2649                // irunentry = position of current entry, relative to the run
2650                // prevshift = shift needed to synchronize l0 and l2 data (nested events)
2651                // - - - - - - - - - - - - -
2652    
2653                // -----------------------------------------
2654                // store dead and live-time of previous run
2655                // -----------------------------------------
2656    //          if(SELLI==0){
2657                    if(fromfirst){
2658                        if(oldrun==irun){
2659                            /// decrement counters
2660                            if( GetTrigLevel2()){
2661                                totdltime[0]-=GetTrigLevel2()->dltime[0];//live-time
2662                                totdltime[1]-=GetTrigLevel2()->dltime[1];//dead-time
2663                            }
2664                            totdltime[2]--;                              //event counter
2665                            cout << endl;
2666                            cout << "n.events     : "<<totdltime[2]<<endl;
2667                            cout << "RUN LIVE-TIME: "<<totdltime[0]*0.16<<" ms"<<endl;
2668                            cout << "RUN DEAD-TIME: "<<totdltime[1]*0.01<<" ms"<<endl;          
2669                        }else{
2670                            totdltime[0]=0;//live-time
2671                            totdltime[1]=0;//dead-time
2672                            totdltime[2]=0;                             //event counter
2673                            cout << " *** JUMP RUN *** irun "<<irun<<endl;
2674                        }
2675                        /// add an entry
2676                        if(run_tree_clone)
2677                            if(run_tree_clone->GetBranch("DeadLiveTime")->GetEntries() < run_tree->GetEntries())
2678                                run_tree_clone->GetBranch("DeadLiveTime")->Fill();
2679                        /// reset counters
2680                        if( GetTrigLevel2() ){
2681                            totdltime[0]=GetTrigLevel2()->dltime[0];//live-time
2682                            totdltime[1]=0;                         //dead-time
2683                        }
2684                        totdltime[2]=1;                             //event counter
2685                    }
2686    //          }
2687    
2688                irun++;        
2689                // ------------------------------------
2690                // if the end of run tree is reached...
2691                // ------------------------------------
2692                if( irun == run_tree->GetEntries() ){
2693                    if(!fromfirst){
2694                        // -----------------------------------------------------
2695                        // if it happened already once and the run was not found
2696                        // ---> exit with error
2697                        // -----------------------------------------------------
2698                        cout << "Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(Long64_t iev) -- ERROR -- event entry #"<<iev<<" does not belong to any run (should not happen)" <<endl;
2699                        return false;
2700                    }
2701                    // -----------------------------------------
2702                    // ...otherwise repeat search from beginning
2703                    // -----------------------------------------
2704                    cout << "Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(Long64_t iev) -- WARNING -- reached end of run tree. searchin again from beginning " <<endl;
2705                    fromfirst = false;
2706                    irun = 0LL;
2707                    runfirstentry = 0LL;
2708                }
2709                // -------------------------------------------------------------------
2710                // save the index of the first entry of the run, relative to pam_tree,
2711                // and read a new run
2712                // -------------------------------------------------------------------
2713                if(irun>0)runfirstentry += (GetRunInfo()->NEVENTS)-prevshift;
2714                irunentry = 0;
2715                prevshift = 0;          
2716                run_tree->GetEntry(irun);
2717                irunt = irun - irunoffset[run_tree->GetTreeNumber()];
2718                if(GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT>GetRunInfo()->RUNTRAILER_OBT ){
2719                    cout << "Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(Long64_t iev) -- WARNING -- irun "<<irun<<"  has RUNHEADER_OBT>=RUNTRAILER_OBT " <<endl;
2720                    cout << "                                                            (NB!! in this case some events are assigned to a wrong run)"<<endl;
2721                }
2722    //          if(hasfrag &&  fragid != GetRunInfo()->ID){
2723    //              cout << "... where is the next fragment ??"<<endl;
2724    //          }
2725            };
2726    
2727    
2728            // --------------------------------------
2729            // if there was no need to update the run
2730            // ---> exit with FALSE
2731            // --------------------------------------
2732            if ( irun == oldrun ) return(false);
2733    
2734            // --------------------------------------
2735            // ... otherwise
2736            // --------------------------------------
2737    
2738    
2739    
2740    
2741            // --------------------------------------
2742            // ---> exit with TRUE
2743            // --------------------------------------
2744            cout << endl << " ))))) UPDATE RUN INFO (((((  @iev "<<iev<<" run "<<GetRunInfo()->ID<<" irun "<<irun<<endl;
2745            // ----------------------------------------------------
2746            // then check if the run has a fragment
2747            // in this case we have to switch to the next fragment
2748            // when the end of the first fragment is reached
2749            // ----------------------------------------------------
2750            if(
2751                GetRunInfo()->ID_RUN_FRAG != 0 &&
2752    //          GetRunInfo()->ID_RUN_FRAG != GetRunInfo()->ID &&
2753                true ){
2754                cout << "* fragment *"<<endl;              
2755            }
2756    
2757            return(true);    
2758        };
2759        // +-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-
2760        // if it is a preselected file (there is SelectionList)
2761        // +-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-
2762        // irun  = run entry relative to the chain
2763        // irunt = run entry relative to the tree
2764        if(SELLI==1){      
2765            sel_tree->GetEntry(iev);// read irunt from SelectionList
2766            irun = irunt + irunoffset[sel_tree->GetTreeNumber()];//NEWNEW
2767            if(irun != oldrun ){
2768                if( irun < run_tree->GetEntries() )run_tree->GetEntry(irun);
2769                // check if the time is ok (with merged files it is not...)
2770                // if not loop over run and look for the proper entry
2771                bool SECONDO_GIRO=false;
2772                Long64_t irun_start   = irun;
2773                int      offset_start = irunoffset[sel_tree->GetTreeNumber()];
2774                while (
2775                    (
2776                        (
2777                            !(abstime >= GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME &&    // check on absolute time (s)
2778                              abstime <= GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME)
2779    //                      ||
2780    //                      !(obt >= GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT &&         // additional check on OBT (ms)
2781    //                        obt <= GetRunInfo()->RUNTRAILER_OBT)
2782                            )
2783                        || GetRunInfo()->NEVENTS==0
2784                        )
2785    //              && irun < run_tree->GetEntries()
2786                    ){
2787                    cout << " (test) ";
2788                    cout << " tree "<<sel_tree->GetTreeNumber();
2789                    cout << " irunt "<<irunt;
2790                    cout << " offset "<<irunoffset[sel_tree->GetTreeNumber()];
2791                    cout << " abs "<<abstime;
2792                    cout <<" >> "<<GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME<<" "<<GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME;
2793                    cout << " obt "<<obt;
2794                    cout <<" >> "<<GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT<<" "<<GetRunInfo()->RUNTRAILER_OBT;
2795                    cout << " *** JUMP RUN *** irun "<<irun;
2796    //              if(!SECONDO_GIRO)cout << " (don't worry)";
2797    //              else             cout << " (start worring...)";
2798                    cout << endl;
2799    //              irun++;
2800                    irunoffset[sel_tree->GetTreeNumber()]++;
2801                    irun = irunt + irunoffset[sel_tree->GetTreeNumber()];//NEWNEW          
2802                    if(irun == run_tree->GetEntries() && SECONDO_GIRO){
2803    //              if(irun == irun_start ){
2804                        cout << " ...grrrvzzkhhhajsdkj!!!! "<<endl;
2805                        irunoffset[sel_tree->GetTreeNumber()] = offset_start;
2806                        return false;
2807                    }
2808                    if( irun >= run_tree->GetEntries() || irun < 0){
2809                        cout << "irun = "<<irun<<" >>  search from the beginning... <<"<<endl;
2810                        SECONDO_GIRO=true;
2811                        irun=0;
2812                        irunoffset[sel_tree->GetTreeNumber()]=-irunt;
2813                    }
2814                    run_tree->GetEntry(irun);
2815                }
2816    
2817                cout << " (test) ";
2818                cout << " tree "<<sel_tree->GetTreeNumber();
2819                cout << " irunt "<<irunt;
2820                cout << " offset "<<irunoffset[sel_tree->GetTreeNumber()];
2821                cout << " abs "<<abstime;
2822                cout <<" >> "<<GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME<<" "<<GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME;
2823                cout << " obt "<<obt;
2824                cout <<" >> "<<GetRunInfo()->RUNHEADER_OBT<<" "<<GetRunInfo()->RUNTRAILER_OBT;
2825                cout << endl;
2826                cout << endl << " ))))) UPDATE RUN INFO (((((  @iev "<<iev<<" run "<<GetRunInfo()->ID<<" irun "<<irun<<endl;
2827                cout << endl;
2828                prevshift = 0;
2829                return true;
2830            }
2831            return false;
2832        }
2833    
2834        return false;
2835        //
2836    };
2837    /**
2838     * Update the runinfo informations (to be used to have Run infos event by event basis)
2839     * @param run Pointer to the chain/tree which contains run infos
2840     * @return true if a new run has been read, false if it is still the same run
2841     */
2842    Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TTree *run, Long64_t iev){
2843        return(UpdateRunInfo((TChain*)run,iev));
2844    };
2845    
2846    //--------------------------------------
2847    //
2848    //
2849    //--------------------------------------
2850    /**
2851     * Set which trees shoul be analysed
2852     * @param detlist TString containing the sequence of trees required
2853     */
2854    void PamLevel2::SetWhichTrees(TString detlist){
2855        
2856    //    if(detlist.IsNull() || detlist.Contains("+ALL", TString::kIgnoreCase)){
2857        if( detlist.Contains("+ALL", TString::kIgnoreCase)){
2858    
2859            cout << " ======================================================== "<<endl;
2860            cout << "                       (( WARNING ))                      "<<endl;
2861            cout << " The meaning of the option +ALL has changed!!             "<<endl;
2862            cout << " Now it includes really all (level0+level1+level2+gpamela)"<<endl;
2863            cout << " and the file is discarded if it does not contain         "<<endl;
2864            cout << " all trees or  if level0 files are not available!!        "<<endl;
2865            cout << " ======================================================== "<<endl;
2866                
2867            CAL0 = true;
2868            CAL1 = true;
2869            CAL2 = true;
2870            TRK2 = true;
2871            TRK1 = true;
2872            TRKh = true;
2873            TRK0 = true;
2874            TRG = true;
2875            TOF = true;
2876            TOF0 = true;
2877            S4  = true;
2878            ND  = true;
2879            AC  = true;
2880            ORB = true;
2881            GP  = true;
2882        }else if( detlist.Contains("-ALL", TString::kIgnoreCase) ){
2883            CAL0 = false;
2884            CAL1 = false;
2885            CAL2 = false;
2886            TRK2 = false;
2887            TRK1 = false;
2888            TRKh = false;
2889            TRK0 = false;
2890            TRG = false;
2891            TOF = false;
2892            TOF0 = false;
2893            S4  = false;
2894            ND  = false;
2895            AC  = false;
2896            ORB = false;
2897            GP  = false;
2898        };
2899        
2900    //  -------------------------------------------------------------------------
2901        if( detlist.Contains("CAL1", TString::kIgnoreCase) ){
2902            if ( detlist.Contains("-CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=false;
2903            if ( detlist.Contains("+CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=true;
2904        };
2905    
2906        if( detlist.Contains("CAL0", TString::kIgnoreCase) ){
2907            if ( detlist.Contains("-CAL0", TString::kIgnoreCase) )CAL0=false;
2908            if ( detlist.Contains("+CAL0", TString::kIgnoreCase) )CAL0=true;
2909        };
2910            
2911        if( detlist.Contains("CAL2", TString::kIgnoreCase)){
2912            if ( detlist.Contains("-CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=false;
2913            if ( detlist.Contains("+CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=true;
2914        };
2915            
2916        if( detlist.Contains("+CAL", TString::kIgnoreCase) && !CAL1 && !CAL2 )CAL2=true;
2917        if( detlist.Contains("-CAL", TString::kIgnoreCase) && CAL1 && CAL2 ){
2918            CAL2=false;
2919            CAL1=false;
2920        }
2921    //  -------------------------------------------------------------------------
2922        if( detlist.Contains("TRK0", TString::kIgnoreCase) ){
2923            if ( detlist.Contains("-TRK0", TString::kIgnoreCase) )TRK0=false;
2924            if ( detlist.Contains("+TRK0", TString::kIgnoreCase) )TRK0=true;
2925        };
2926    
2927        if( detlist.Contains("TRK1", TString::kIgnoreCase) ){
2928            if ( detlist.Contains("-TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=false;
2929            if ( detlist.Contains("+TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=true;
2930        };
2931            
2932        if( detlist.Contains("TRK2", TString::kIgnoreCase)){
2933            if ( detlist.Contains("-TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=false;
2934            if ( detlist.Contains("+TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=true;
2935        };
2936    
2937        if( detlist.Contains("TRKh", TString::kIgnoreCase)){
2938            if ( detlist.Contains("-TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=false;
2939            if ( detlist.Contains("+TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=true;
2940        };
2941            
2942        if( detlist.Contains("+TRK", TString::kIgnoreCase) && !TRK1 && !TRK2 && !TRKh )TRK2=true;
2943        if( detlist.Contains("-TRK", TString::kIgnoreCase) && TRK1 && TRK2 && TRKh){
2944            TRK2=false;
2945            TRK1=false;
2946            TRKh=false;
2947        }
2948    //  -------------------------------------------------------------------------
2949        
2950        if( detlist.Contains("-TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = false;
2951        else if( detlist.Contains("+TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = true;
2952        
2953        if( detlist.Contains("-TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = false;
2954        else if( detlist.Contains("+TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = true;
2955    
2956        if( detlist.Contains("-TOF0", TString::kIgnoreCase) )TOF0 = false;
2957        else if( detlist.Contains("+TOF0", TString::kIgnoreCase) )TOF0 = true;
2958        
2959        if( detlist.Contains("-S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = false;
2960        else if( detlist.Contains("+S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = true;
2961        
2962        if( detlist.Contains("-ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = false;
2963        else if( detlist.Contains("+ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = true;
2964        
2965        if( detlist.Contains("-AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = false;
2966        else if( detlist.Contains("+AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = true;
2967        
2968        if( detlist.Contains("-ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = false;
2969        else if( detlist.Contains("+ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = true;
2970    
2971        if( detlist.Contains("-GP", TString::kIgnoreCase) )GP = false;
2972        else if( detlist.Contains("+GP", TString::kIgnoreCase) )GP = true;
2973    
2974        cout<< "tree/branch list from input --> ";
2975        if(TRK0)cout<<"TRK0 ";
2976        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
2977        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
2978        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
2979        if(CAL0)cout<<"CAL0 ";
2980        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
2981        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
2982        if(TOF)cout<<"TOF ";
2983        if(TRG)cout<<"TRG ";
2984        if(AC)cout<<"AC ";
2985        if(ND)cout<<"ND ";
2986        if(S4)cout<<"S4 ";
2987        if(ORB)cout<<"ORB ";
2988        if(GP)cout<<"GP ";
2989        cout << endl;
2990    //     cout<< "Set detector list --> ";
2991    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
2992    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
2993    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
2994    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
2995    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
2996    //     if(TOF0)cout<<"TOF0 ";
2997    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
2998    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
2999    //     if(AC)cout<<"AC ";
3000    //     if(ND)cout<<"ND ";
3001    //     if(S4)cout<<"S4 ";
3002    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
3003    //     cout << endl;
3004        
3005    };
3006    
3007    
3008    /**
3009     * Set tree/branch detector flags from the content of a tree
3010     */
3011    void  PamLevel2::GetWhichTrees(TFile* f){
3012        
3013    
3014    
3015    //    cout << "void  PamLevel2::GetWhichTrees(TFile* f) --- WARNING!! --- ...potrebbe non funzionare "<<endl;
3016        // -----------
3017        // reset flags
3018        // -----------
3019        CAL1   = false;    
3020        CAL2   = false;    
3021        TRK2   = false;    
3022        TRK1   = false;    
3023        TRKh   = false;    
3024        TRG    = false;    
3025        TOF    = false;    
3026        S4     = false;    
3027        ND     = false;    
3028        AC     = false;    
3029        ORB    = false;    
3030        GP     = false;    
3031        
3032        RUN    = false;
3033            
3034        cout << "Checking file: "<<f->GetName()<<endl;
3035        if( !f || f->IsZombie() ){
3036            cout << "File: "<< f->GetName() <<" Non valid root file"<< endl;
3037            return;
3038        }
3039    
3040        TList *lk = f->GetListOfKeys();
3041        TIter next(lk);
3042        TKey *key =0;
3043    
3044        Int_t nev = 0;
3045    
3046        while( (key = (TKey*)next()) ){
3047            
3048            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN = true;
3049    
3050            //=========================================================    
3051            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
3052                TRG = true;
3053                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
3054                if( nev && nevt!=nev){
3055                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3056                    TRG = false;
3057                }else nev=nevt;
3058            }
3059            //=========================================================    
3060            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
3061                TOF = true;
3062                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
3063                if( nev && nevt!=nev){
3064                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"     ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3065                    TOF = false;
3066                }else nev=nevt;
3067            }
3068            //=========================================================  
3069            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
3070                S4 = true;
3071                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
3072                if( nev && nevt!=nev){
3073                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"      S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3074                    S4 = false;
3075                }else nev=nevt;
3076            }
3077            //=========================================================  
3078    
3079            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
3080                ND = true;
3081                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
3082                if( nev && nevt!=nev){
3083                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3084                    ND =false;
3085                }else nev=nevt;
3086            }      
3087            //=========================================================  
3088            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
3089                AC = true;
3090                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
3091                if( nev && nevt!=nev){
3092                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3093                    AC =false;
3094                }else nev=nevt;
3095            }
3096            //=========================================================  
3097            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
3098                ORB = true;
3099                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
3100                if( nev && nevt!=nev){
3101                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3102                    ORB = false;
3103                }else nev=nevt;
3104            }
3105            //=========================================================  
3106            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
3107                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
3108                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
3109                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
3110                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1=true;
3111                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2=true;
3112                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh=true;
3113                };      
3114                Int_t nevt = T->GetEntries();
3115                if( nev && nevt!=nev){
3116                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3117                    TRK1 = false;
3118                    TRK2 = false;
3119                    TRKh = false;
3120                }else nev=nevt;
3121    //          T->Delete();
3122            };
3123            //=========================================================  
3124            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
3125                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
3126                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
3127                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
3128                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1=true;
3129                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2=true;
3130                };    
3131                Int_t nevt = T->GetEntries();
3132                if( nev && nevt!=nev){
3133                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"  Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3134                    CAL1 = false;
3135                    CAL2 = false;
3136                }else nev=nevt;
3137    //          T->Delete();
3138            };      
3139            //=========================================================  
3140            if( !strcmp(key->GetName(),"h20") ){
3141                GP = true;
3142                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("h20"))->GetEntries();
3143                if( nev && nevt!=nev){
3144                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" h20 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3145                    GP = false;
3146                }else nev=nevt;
3147            }
3148    
3149        };
3150        
3151    //    delete lk;
3152    
3153        cout<< "tree/branch list from file  --> ";
3154        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
3155        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
3156        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
3157        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
3158        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
3159        if(TOF)cout<<"TOF ";
3160        if(TRG)cout<<"TRG ";
3161        if(AC)cout<<"AC ";
3162        if(ND)cout<<"ND ";
3163        if(S4)cout<<"S4 ";
3164        if(ORB)cout<<"ORB ";
3165        if(GP)cout<<"GP ";
3166        cout << endl;
3167          
3168        return ;
3169            
3170    };
3171    
3172    
3173    //--------------------------------------
3174    //
3175    //
3176    //--------------------------------------
3177    /**
3178     * Check if a file contains selected Pamela Level2 trees.
3179     * @param name File name
3180     * @return true if the file is ok.
3181     */
3182    Bool_t  PamLevel2::CheckLevel2File(TString name){
3183            
3184        Bool_t CAL1__ok   = false;    
3185        Bool_t CAL2__ok   = false;    
3186        Bool_t TRK2__ok   = false;    
3187        Bool_t TRK1__ok   = false;    
3188        Bool_t TRKh__ok   = false;    
3189        Bool_t TRG__ok    = false;    
3190        Bool_t TOF__ok    = false;    
3191        Bool_t S4__ok     = false;    
3192        Bool_t ND__ok     = false;    
3193        Bool_t AC__ok     = false;    
3194        Bool_t ORB__ok    = false;    
3195        Bool_t GP__ok     = false;    
3196        
3197        Bool_t RUN__ok    = false;
3198        
3199        Bool_t SELLI__ok  = false;
3200    
3201    //    cout << "Checking file: "<<name<<endl;
3202        TFile *f = new TFile(name.Data());
3203        if( !f || f->IsZombie() ){
3204            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Non valid root file"<< endl; return false;
3205        }
3206    //    cout << "Get list of keys: "<<f<<endl;
3207        TList *lk = f->GetListOfKeys();
3208    //    lk->Print();
3209        TIter next(lk);
3210        TKey *key =0;
3211    
3212        Int_t nev = 0;
3213    
3214        while( (key = (TKey*)next()) ){
3215            
3216    //      cout << key->GetName() << endl;
3217    //      cout << key->GetName() << ""<<key->GetClassName()<<endl;
3218    //              cout << " Get tree: " << f->Get(key->GetName())<<endl;
3219    //      nev_previous = nev;
3220    //      cout << " n.entries  "<< nev <<endl;
3221    //      if( key->GetClassName()=="TTree" && nev_previous && nev != nev_previous ){
3222    //          nev = ((TTree*)f->Get(key->GetName()))->GetEntries();
3223    //          cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- "<< key->GetName() << " tree: n.entries does not match "<<nev<<" "<<nev_previous<< endl;
3224    //          return false;
3225    //      };
3226    
3227            //=========================================================    
3228            // check if the file
3229            
3230    
3231            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN__ok = true;      
3232    
3233            //=========================================================    
3234            if( !strcmp(key->GetName(),"SelectionList"    ) ){
3235                SELLI__ok = true;
3236                if(SELLI==1){
3237                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("SelectionList"))->GetEntries();
3238                    if( nev && nevt!=nev){
3239                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- SelectionList tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3240                        return false;
3241                    }
3242                    nev=nevt;
3243                }
3244            }
3245    
3246            //=========================================================    
3247            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
3248                TRG__ok = true;
3249                if(TRG){
3250                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
3251                    if( nev && nevt!=nev){
3252                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3253                        return false;
3254                    }
3255                    nev=nevt;
3256                }
3257            }
3258            //=========================================================    
3259            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
3260                TOF__ok = true;
3261                if(TOF){
3262                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
3263                    if( nev && nevt!=nev){
3264                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3265                        return false;
3266                    }
3267                    nev=nevt;
3268                }
3269            }
3270            //=========================================================  
3271            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
3272                S4__ok = true;
3273                if(S4){
3274                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
3275                    if( nev && nevt!=nev){
3276                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3277                        return false;
3278                    }
3279                    nev=nevt;
3280                }
3281            }
3282            //=========================================================  
3283    
3284            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
3285                ND__ok = true;
3286                if(ND){
3287                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
3288                    if( nev && nevt!=nev){
3289                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3290                        return false;
3291                    }
3292                    nev=nevt;
3293                }
3294            }      
3295            //=========================================================  
3296            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
3297                AC__ok = true;
3298                if(AC){
3299                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
3300                    if( nev && nevt!=nev){
3301                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3302                        return false;
3303                    }
3304                    nev=nevt;
3305                }
3306            }
3307            //=========================================================  
3308            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
3309                ORB__ok = true;
3310                if(ORB){
3311                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
3312                    if( nev && nevt!=nev){
3313                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3314                        return false;
3315                    }
3316                    nev=nevt;
3317                }
3318            }
3319            //=========================================================  
3320            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
3321                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
3322                if(TRK1||TRK2||TRKh){
3323                    Int_t nevt = T->GetEntries();
3324                    if( nev && nevt!=nev){
3325                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3326                        return false;
3327                    }
3328                    nev=nevt;
3329                }
3330                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
3331                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
3332                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1__ok=true;
3333                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2__ok=true;
3334                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh__ok=true;
3335                };      
3336                T->Delete();
3337            };
3338            //=========================================================  
3339            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
3340                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
3341                if(CAL1||CAL2){
3342                    Int_t nevt = T->GetEntries();
3343                    if( nev && nevt!=nev){
3344                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3345                        return false;
3346                    }
3347                    nev=nevt;
3348                }
3349                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
3350                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
3351                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1__ok=true;
3352                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2__ok=true;
3353                };    
3354                T->Delete();
3355            };      
3356            //=========================================================    
3357            if( !strcmp(key->GetName(),"h20") ){
3358                ISGP = true;    
3359                GP__ok = true;
3360                if(GP){
3361                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("h20"))->GetEntries();
3362                    if( nev && nevt!=nev){
3363                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
3364                        return false;
3365                    }
3366                    nev=nevt;
3367                }
3368            }
3369    
3370        };
3371    
3372        if( SELLI==-1 )SELLI = (Int_t)SELLI__ok;
3373        if( SELLI==0 && SELLI__ok ){
3374            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- found SelectionList (it is not a full-event file)" << endl;
3375            return false;  
3376        }
3377        if( SELLI==1 && !SELLI__ok ){
3378            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- SelectionList missing" << endl;
3379            return false;
3380        }
3381        
3382    //    cout << "SELLI "<<SELLI<<endl;
3383    
3384    //     cout<< "CheckLevel2File(TString): detector list --> ";
3385    //     if(TRK1__ok)cout<<"TRK1 ";
3386    //     if(TRK2__ok)cout<<"TRK2 ";
3387    //     if(TRKh__ok)cout<<"TRKH ";
3388    //     if(CAL1__ok)cout<<"CAL1 ";
3389    //     if(CAL2__ok)cout<<"CAL2 ";
3390    //     if(TOF__ok)cout<<"TOF ";
3391    //     if(TRG__ok)cout<<"TRG ";
3392    //     if(AC__ok)cout<<"AC ";
3393    //     if(ND__ok)cout<<"ND ";
3394    //     if(S4__ok)cout<<"S4 ";
3395    //     if(ORB__ok)cout<<"ORB ";
3396    //     cout << endl;
3397    
3398    
3399        if(TRK2 && TRK1__ok)TRK1=1;
3400    // ----------------------------------------------------------------------------
3401    // NOTA
3402    // se c'e` il level1, lo devo necessarimente leggere.
3403    // infatti (non ho capito perche`) i cluster vengono letti e allocati in memoria
3404    // comunque, ma non vengono disallocati da PamLevel2::Clear()
3405    // ----------------------------------------------------------------------------
3406    
3407    
3408        if(!RUN__ok) {
3409            cout << "File: "<< f->GetName() <<" *WARNING* ---- Missing RunInfo tree"<< endl;
3410    //      return false;
3411        };
3412    
3413        if(CAL1 && !CAL1__ok){
3414            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel1 branch"<< endl;
3415            return false;
3416        };
3417        if(CAL2 && !CAL2__ok){
3418            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel2 branch"<< endl;
3419            return false;
3420        };
3421        if(TRK2 && !TRK2__ok){
3422            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel2 branch"<< endl;
3423            return false;
3424        };
3425        if(TRK1 && !TRK1__ok){
3426            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel1 branch"<< endl;
3427            return false;
3428        };
3429        if(TRKh && !TRKh__ok){
3430            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkHough branch"<< endl;
3431            return false;
3432        };
3433        if(ORB && !ORB__ok){
3434            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ORB tree"<< endl;
3435            return false;
3436        };
3437        if(AC && !AC__ok){
3438            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing AC tree"<< endl;
3439            return false;
3440        };
3441        if(S4 && !S4__ok){
3442            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing S4 tree"<< endl;
3443            return false;
3444        };
3445        if(TOF && !TOF__ok){
3446            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ToF tree"<< endl;
3447            return false;
3448        };
3449    
3450        if(ND && !ND__ok){
3451            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ND tree"<< endl;
3452            return false;
3453        };
3454        if(TRG && !TRG__ok){
3455            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing Trigger tree"<< endl;
3456            return false;
3457        };
3458        if(GP && !GP__ok){
3459            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing h20 tree"<< endl;
3460            return false;
3461        };
3462        
3463    
3464    //    lk->Delete();
3465    //    delete lk;
3466        f->Close();
3467    
3468    //     cout<< "CheckLevel2File(TString): detector list --> ";
3469    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
3470    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
3471    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
3472    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
3473    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
3474    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
3475    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
3476    //     if(AC)cout<<"AC ";
3477    //     if(ND)cout<<"ND ";
3478    //     if(S4)cout<<"S4 ";
3479    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
3480    //     if(GP)cout<<"GP ";
3481    //     cout << endl;
3482          
3483        return true;
3484            
3485    };
3486    
3487    
3488    /**
3489     * Create clone-trees
3490     */
3491    void PamLevel2::CreateCloneTrees0( TChain *fChain, TFile *ofile ){
3492    
3493        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
3494        cout << "Create clones of PAMELA trees "<<endl;
3495        
3496        Int_t i=0;
3497        pam_tree_clone[i] = fChain->GetTree()->CloneTree(0);
3498        TString name =  pam_tree_clone[i]->GetName();
3499        name.Append("_clone");
3500    //    pam_tree_clone[i]->SetName(name.Data());
3501        cout << pam_tree_clone[i]->GetName() <<endl;
3502        i++;
3503    
3504        TList *li = fChain->GetListOfFriends();
3505        TIter next(li);
3506        TFriendElement* T_friend=0;
3507        ofile->cd();
3508        while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
3509    //      cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
3510    //      cout<<T_friend->GetTree()->GetName()<< endl;
3511            pam_tree_clone[i] = T_friend->GetTree()->CloneTree(0);
3512            pam_tree_clone[i]->SetAutoSave(1000000);
3513            name =  pam_tree_clone[i]->GetName();
3514            name.Append("_clone");
3515    //      pam_tree_clone[i]->SetName(name.Data());
3516            cout << pam_tree_clone[i]->GetName() << endl;
3517            i++;
3518        }
3519        
3520        delete li;
3521    
3522        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
3523    
3524    }
3525    
3526    /**
3527     * Create clone-trees
3528     */
3529    void PamLevel2::CreateCloneTrees(TFile *ofile){
3530    
3531    
3532    //  if the pointer is null, create a default file
3533    
3534        if(!ofile){
3535            cout << "void PamLevel2::CreateCloneTrees(TFile*) -- WARNING -- Creating file: clone-tree.root "<<endl;
3536            ofile = new TFile("clone-tree.root","recreate");
3537        }
3538    
3539        ofile->cd();
3540    
3541        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
3542        cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
3543            
3544    
3545        run_tree_clone = new TTree("Run","PAMELA Level2 data from the GL_RUN table ");
3546        run_tree_clone->Branch("RunInfo","GL_RUN",GetPointerTo("RunInfo"));
3547        cout << "Run          : branch RunInfo"<<endl;
3548        run_tree_clone->Branch("SoftInfo","SoftInfo",GetPointerTo("SoftInfo"));
3549        cout << "Run          : branch SoftInfo"<<endl;
3550        // ------------------
3551        // replicate run tree
3552        // ------------------
3553    //    cout << "----------------------------------------------------"<<endl;
3554    //    cout << "irun\t | RUN\t NEVENTS\t absolute time"<<endl;
3555        for (Int_t i=0; i<run_tree->GetEntries(); i++){
3556            run_tree->GetEntry(i);
3557    //      cout << i<< "\t | "<<GetRunInfo()->ID<<"\t "<<GetRunInfo()->NEVENTS<< "\t "<<GetRunInfo()->RUNHEADER_TIME<<" <---> "<<GetRunInfo()->RUNTRAILER_TIME<<endl;
3558            run_tree_clone->Fill();
3559        }
3560        cout << "----------------------------------------------------"<<endl;
3561    
3562        // ------------------------------------
3563        // add branch with dead and live times
3564        // ------------------------------------
3565        run_tree_clone->Branch("DeadLiveTime",totdltime,"dltime[3]/l");
3566        cout << "Run          : branch DeadLiveTime"<<endl;
3567    
3568    
3569        sel_tree_clone = new TTree("SelectionList","List of selected events ");
3570    //    sel_tree_clone->Branch("RunEntry",&irun,"runentry/L");
3571        sel_tree_clone->Branch("RunEntry",&irunt,"runentry/L");//NEWNEW
3572        sel_tree_clone->Branch("EventEntry",&irunentry,"eventry/L");
3573        
3574    
3575        Int_t i=0;
3576        if(TRK1||TRK2||TRKh){
3577            pam_tree_clone[i] = new TTree("Tracker","PAMELA tracker level2 data ");
3578            if(TRK1) {
3579                pam_tree_clone[i]->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
3580                pam_tree_clone[i]->BranchRef();
3581                cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
3582    //          cout << "CreateCloneTrees " << GetTrkLevel1()<<endl;
3583            };
3584            if(TRK2) {
3585                pam_tree_clone[i]->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",GetPointerTo("TrkLevel2"));
3586                cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
3587            };
3588            if(TRKh) {
3589                pam_tree_clone[i]->Branch("TrkHough","TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
3590                cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
3591            };
3592            i++;
3593        }
3594    
3595        // Calorimeter
3596        if(CAL1||CAL2){
3597            pam_tree_clone[i] = new TTree("Calorimeter","PAMELA calorimeter level2 data ");
3598            if(CAL1) {
3599                pam_tree_clone[i]->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
3600                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
3601            };
3602            if(CAL2) {
3603                pam_tree_clone[i]->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
3604                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
3605            };
3606            i++;
3607        }    
3608    
3609        // ToF    
3610        if(TOF) {
3611            pam_tree_clone[i] = new TTree("ToF","PAMELA ToF level2 data ");
3612            pam_tree_clone[i]->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
3613            cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
3614            i++;
3615        };
3616        // Trigger
3617        if(TRG) {
3618            pam_tree_clone[i] = new TTree("Trigger","PAMELA trigger level2 data ");
3619            pam_tree_clone[i]->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
3620            cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
3621            i++;
3622        };
3623        // S4
3624        if(S4) {
3625            pam_tree_clone[i] = new TTree("S4","PAMELA S4 level2 data ");  
3626            pam_tree_clone[i]->Branch("S4Level2","S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
3627            cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
3628            i++;
3629        };
3630        // Neutron Detector
3631        if(ND) {
3632            pam_tree_clone[i] = new TTree("NeutronD","PAMELA neutron detector level2 data ");      
3633            pam_tree_clone[i]->Branch("NDLevel2","NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
3634            cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
3635            i++;
3636        };
3637        // Anticounters
3638        if(AC) {
3639            pam_tree_clone[i] = new TTree("Anticounter","PAMELA anticounter detector level2 data ");        
3640            pam_tree_clone[i]->Branch("AcLevel2","AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
3641            cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
3642            i++;
3643        };
3644        // OrbitalInfo
3645        if(ORB) {
3646            pam_tree_clone[i] = new TTree("OrbitalInfo","PAMELA oribital info  ");  
3647            pam_tree_clone[i]->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
3648            cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
3649            i++;
3650        };
3651        // GPamela
3652        if(GP) {
3653            pam_tree_clone[i] = new TTree("h20","PAMELA oribital info  ");  
3654            pam_tree_clone[i]->Branch("GPamela","GPamela", GetPointerTo("GPamela"),32000,1);//split
3655            cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
3656            i++;
3657        };
3658        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
3659    
3660    }
3661    
3662    
3663    /**
3664     * Fill tree (created with CreateCloneTrees)
3665     *
3666     */
3667    //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
3668    void PamLevel2::FillCloneTrees(){
3669        
3670    //    cout << "PamLevel2::FillCloneTrees()" << irunentry << endl;
3671    
3672        for(Int_t i=0; i<NCLONES; i++){
3673            if(pam_tree_clone[i])pam_tree_clone[i]->Fill();
3674        }
3675        if(sel_tree_clone)sel_tree_clone->Fill();    
3676    
3677    }
3678    
3679    
3680    TTree* PamLevel2::GetCloneTree(TString name){
3681    
3682        for(Int_t i=0; i<NCLONES; i++){    
3683            if(pam_tree_clone[i]){
3684                TString na = pam_tree_clone[i]->GetName();
3685                if(!name.CompareTo(na))return pam_tree_clone[i];
3686            };
3687        }
3688        if(run_tree_clone){
3689            TString na = run_tree_clone->GetName();
3690            if(!name.CompareTo(na))return run_tree_clone;
3691        }
3692        if(sel_tree_clone){
3693            TString na = sel_tree_clone->GetName();
3694            if(!name.CompareTo(na))return sel_tree_clone;
3695        }
3696        return NULL;
3697    
3698    }
3699    void PamLevel2::WriteCloneTrees(){
3700        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
3701        cout << "Write clones of PAMELA trees "<<endl;
3702        cout << run_tree_clone->GetName()<<endl;  
3703        if(run_tree_clone->GetBranch("DeadLiveTime")->GetEntries() < run_tree->GetEntries())
3704            run_tree_clone->GetBranch("DeadLiveTime")->Fill();
3705        run_tree_clone->Write();
3706        cout << sel_tree_clone->GetName()<<endl;    
3707        sel_tree_clone->Write();
3708        for(Int_t i=0; i<NCLONES; i++){    
3709            if(pam_tree_clone[i]){
3710                cout << pam_tree_clone[i]->GetName()<<endl;
3711                pam_tree_clone[i]->Write();
3712            };
3713        }
3714        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
3715    
3716    }
3717    
3718    /**
3719     * Method to get level2-trees entry, the corresponding run entry and (if required) the level0 entry.
3720     */
3721    //Int_t PamLevel2::GetEntry(Int_t iee){
3722    Int_t PamLevel2::GetEntry(Long64_t iee){
3723        
3724    //     cout << "-------------------------------------"<<endl;
3725    //     cout << "Int_t PamLevel2::GetEntry("<<iee<<")"<<endl;
3726    
3727        if(!pam_tree){
3728            cout << " Int_t PamLevel2::GetEntry(Int_t) -- ERROR -- level2 trees not loaded"<<endl;
3729            return 0;
3730        }
3731    
3732    
3733        //
3734        // This is a sort of bug: if you don't have the run tree you don't want to exit here you want to have loaded the event anyway...
3735        //
3736        //    if(!run_tree ){
3737        //  cout << " Int_t PamLevel2::GetEntry(Int_t) -- ERROR -- run tree not loeaded"<<endl;
3738        //  return 0;
3739        //    }
3740    
3741        Long64_t ii=0;
3742        //-------------------------------
3743        ii = iee;
3744        if( !pam_tree->GetEntry(ii) ){      
3745            cout << " Int_t PamLevel2::GetEntry(Int_t) -- ERROR -- error reading pam tree"<<endl;
3746            return 0;
3747        }
3748    
3749        //
3750        // ... that's way I put it here. Notice that nothing change in the code (is backward compatible) since in any case you return with 0.
3751        // in theory one would like to return 1 if run is not loaded but now I don't have the will to add that 2 lines of code and it is not
3752        // a problem if you don't check the return code of getentry.
3753        //
3754        if(!run_tree ){
3755            if ( TRK0 || CAL0 || TOF0 || RUN ) { //forse cosi` va bene per tornare 1?
3756                cout << " Int_t PamLevel2::GetEntry(Int_t) -- ERROR -- run tree not loaded"<<endl;
3757                return 0;
3758            }  else {
3759                return 1; //cosi` se non c'e` run esce qua...
3760            }
3761        }
3762    
3763        //-------------------------------
3764        ii = iee;
3765    //    Bool_t UPDATED = UpdateRunInfo(run_tree,ii);
3766    //    Bool_t UPDATED = UpdateRunInfo(ii);
3767        UpdateRunInfo(ii);
3768        if(SELLI==0)irunentry = iee-runfirstentry;
3769    //    if(UPDATED && run_tree_clone)run_tree_clone->Fill();
3770      
3771    //    cout << "PamLevel2::GetEntry("<<iee<<") "<<irun<<" "<<runfirstentry<<" "<<irunentry<<endl;
3772    
3773    //     cout << "irunentry     "<<irunentry << endl;
3774    //     cout << "runfirstentry "<<runfirstentry << endl;
3775    //     cout << "nevents       "<<GetRunInfo()->NEVENTS<< endl;
3776    
3777    //     if( TRK0 || CAL0 || TOF0 ){
3778    //      if( !GetYodaEntry( ) ){
3779    //          cout << " Int_t PamLevel2::GetEntry(Int_t) -- ERROR -- error reading level0 tree"<<endl;
3780    //          return 0;
3781    //      }
3782    //     }
3783    
3784    
3785        return 1;
3786    
3787    }
3788    
3789    TrkLevel0    *PamLevel2::GetTrkLevel0(){
3790        if( !TRK0 )return NULL;
3791        if( !GetYodaEntry( ) ){
3792            cout << " Int_t PamLevel2::GetTrkLevel0() -- ERROR -- error reading level0 tree"<<endl;
3793            return 0;
3794        }
3795        return trk0_obj;
3796    };
3797    CaloLevel0    *PamLevel2::GetCaloLevel0(){
3798        if( !CAL0 )return NULL;
3799        if( !GetYodaEntry( ) ){
3800            cout << " Int_t PamLevel2::GetCaloLevel0() -- ERROR -- error reading level0 tree"<<endl;
3801            return 0;
3802        }
3803        return calo0_obj;
3804    };
3805    
3806    
3807    /**
3808     * Method to retrieve the level0 tree (YODA tree) that contains the current event.
3809     * Given the run ID (...), if needed it query the DB and load the proper file.
3810     * @return Pointer to the tree
3811     */
3812    
3813    
3814    TTree* PamLevel2::GetYodaTree( ){
3815        
3816    //    cout << "TTree* PamLevel2::GetYodaTree( )"<<endl;
3817        //===================================
3818        // check if iroot has changed
3819        //===================================
3820        if( irun<0 ){
3821            cout << "PamLevel2::GetYodaTree() -- ERROR -- irun = "<<irun<<endl;
3822    //      cout << "In order to use this method you have to first load the RunInfo tree "<<endl;
3823            return NULL;
3824        }    
3825        Int_t irootnew = run_obj->ID_ROOT_L0;
3826    //      cout << "iroot    "<<iroot<<endl;
3827    //      cout << "irootnew "<<irootnew<<endl;
3828    
3829        //===================================
3830        // load the level0 file
3831        // (if not already loaded)
3832        //===================================
3833        if( iroot != irootnew || !l0_tree){
3834            iroot = irootnew;
3835            //===================================
3836            // open the DB connection
3837            // (if not already opened)
3838            //===================================
3839            if(!dbc || (dbc && !dbc->IsConnected()))SetDBConnection();
3840            GL_ROOT glroot = GL_ROOT();
3841            if( glroot.Query_GL_ROOT(iroot,dbc) ){
3842                cout << "TTree* PamLevel2::GetYodaTree( ) -- ERROR -- level0 file iroot = "<<iroot<< " does not exists"<<endl;
3843                return NULL;
3844            };
3845            TString filename = glroot.PATH + glroot.NAME;
3846            if(l0_file){
3847                l0_file->Close();
3848                l0_file->Delete();
3849            }
3850            cout << "Opening LEVEL0 file: "<< filename << endl;
3851            FileStat_t t;
3852            if( gSystem->GetPathInfo(filename.Data(),t) ){
3853                cout << " PamLevel2::GetYodaTree() -- ERROR opening file "<<endl;
3854                return NULL;
3855            }
3856            l0_file = new TFile(filename);
3857            if( !l0_file )return NULL;
3858            l0_tree = (TTree*)l0_file->Get("Physics");
3859            if(!h0_obj)h0_obj = new EventHeader();
3860            l0_tree->SetBranchAddress("Header" ,&h0_obj);
3861            prevshift = 0;
3862            //---------------------------------------------------
3863            // TRACKER:
3864            if(TRK0){
3865                if(!trk0_obj){
3866                    trk0_obj = new TrkLevel0();
3867                    trk0_obj->Set();
3868                };
3869                l0_tree->SetBranchAddress("Tracker" ,trk0_obj->GetPointerToTrackerEvent());
3870            }
3871            //--------------------------------------------------
3872            // CALORIMETER:
3873            if(CAL0){
3874                if(!calo0_obj){
3875                    calo0_obj = new CaloLevel0();
3876                    calo0_obj->Set();
3877                };
3878                l0_tree->SetBranchAddress("Calorimeter" ,calo0_obj->GetPointerToCalorimeterEvent());
3879                //      cout << "PamLevel2::GetYodaTree() --- level0 calorimeter not implemented "<<endl;
3880            }
3881            //---------------------------------------------------
3882            // TOF:
3883            if(TOF0){
3884                cout << "PamLevel2::GetYodaTree() --- level0 TOF not implemented "<<endl;
3885            }
3886    
3887            dbc->Close(); // EMILIANO, do not leave open connections, open only when needed
3888    
3889    
3890        };
3891    
3892    //     if(!dbc || (dbc && !dbc->IsConnected())){
3893    //      cout << " TTree* PamLevel2::GetYodaTree( ) -- no DB connected... hai fatto qualche cazzata "<<endl;
3894    //     }
3895    
3896        if ( TRK0 ){
3897            TrkParams::Load(6);
3898            if( !TrkParams::IsLoaded(6) ){
3899                cout << " TTree* PamLevel2::GetYodaTree( ) -- WARNING -- VK-mask not loaded"<<endl;
3900            };
3901            if(!dbc || (dbc && !dbc->IsConnected()))SetDBConnection();
3902            TrkParams::SetCalib(run_obj,dbc);
3903            TrkParams::LoadCalib( );
3904            if( !TrkParams::CalibIsLoaded() ){
3905                cout << " TTree* PamLevel2::GetYodaTree( ) -- WARNING -- Calibration not loaded"<<endl;
3906            };
3907            dbc->Close(); // EMILIANO, do not leave open connections, open only when needed
3908        }
3909    
3910    
3911    //    cout << l0_tree << endl;
3912        return l0_tree;
3913    
3914    }
3915    
3916    /**
3917     * Method to retrieve the level0 tree (YODA tree) that contains the current event.
3918     */
3919    Int_t PamLevel2::GetYodaEntry(){
3920    
3921    //    cout << "Int_t PamLevel2::GetYodaEntry()"<<endl;
3922        if(!GetYodaTree())return 0;
3923        
3924        // patch
3925        if( irunentry < 0){
3926    //      cout << "Int_t PamLevel2::GetYodaEntry() -- ATTENZIONE -- irunentry negativo?!?! "<<(Int_t)irunentry<<endl;
3927            irunentry=0LL;
3928        }
3929        //  ---------------------------------
3930        //  if file is NOT a preselected file
3931        //  ---------------------------------
3932        Long64_t quellagiusta = irunentry + (Long64_t)(run_obj->EV_FROM);
3933    //     cout << " irunentry "<<irunentry<<endl;
3934    //     cout << " EV_FROM "<<run_obj->EV_FROM<<endl;
3935    //     cout << " quellagiusta = irunentry + EV_FROM "<< quellagiusta << endl;
3936    
3937    //     cout << " irun "<< irun << " irunentry "<< irunentry<<" run_obj->EV_FROM "<<run_obj->EV_FROM <<" quella giusta "<<quellagiusta << endl;
3938    //     cout << " iroot "<<iroot<<" run_obj->ID_ROOT_L0 "<<run_obj->ID_ROOT_L0<<endl;
3939    //     cout << " time "<< abstime << endl;
3940    //     cout << " trk_calib_used "<<run_obj->TRK_CALIB_USED<< endl;
3941        
3942        ULong64_t obt     = 0;
3943        ULong64_t pktn    = 0;
3944        if( GetOrbitalInfo() ){
3945            obt     = GetOrbitalInfo()->OBT;
3946            pktn    = GetOrbitalInfo()->pkt_num;
3947        }
3948    
3949        if( !GetOrbitalInfo() && !ISGP){
3950            cout << "Int_t PamLevel2::GetYodaEntry() -- ERROR -- missing OrbitalInfo "<<endl;
3951            return 0;
3952        }
3953        if( obt==0 && pktn==0 && !ISGP ){
3954            cout << "Int_t PamLevel2::GetYodaEntry() -- ERROR -- level2 event corrupted ?? "<<endl;
3955            return 0;
3956        }
3957    
3958        // ---------------------------------------------------------------------
3959        // ATTENTION!!!
3960        // If data are not pre-processed with cleaner, the level0 tree may contain
3961        // spurious nested physics packets.
3962        // The GL_RUN variables EV_FROM, EV_TO and NEVENTS counts also these entries
3963        // while level2 tree DOES NOT!!
3964        // This means that "quellagiusta" in these cases is not correct.
3965        // In order to retrieve the correct level0 event, I implemented a check
3966        // of the OBT and pkt-number. In case of mismatch, the level0 entry number
3967        // is shift forward until when the packets match.
3968        // ---------------------------------------------------------------------
3969        Int_t answer = 0;
3970        Int_t shift =0;
3971        //    printf(" siamo qui %i %i \n",shift,prevshift);
3972        //    Int_t maxshift = 50; // EMILIANO
3973        do{
3974            if(shift>0){    
3975                cout << " PKTNUM  L2 --- "<< pktn << " --- L0 --- "<< GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetCounter()<<endl;
3976                cout << "         RUN: ID "<< GetRunInfo()->ID << " ID_ROOT_L0 "<<run_obj->ID_ROOT_L0<<" ID_RUN_FRAG "<<GetRunInfo()->ID_RUN_FRAG << " EV_FROM "<<GetRunInfo()->EV_FROM  <<endl;
3977                cout << "         L2 <--> L0 mismatch ( irun "<<irun<<" irunentry "<<irunentry<<" shift "<<shift<<" prevshift "<<prevshift<<" )"<<endl;
3978            }
3979            answer = l0_tree->GetEntry(quellagiusta+(Long64_t)shift+(Long64_t)prevshift);
3980            shift++;
3981            if( !GetEventHeader() ){
3982                cout << "Int_t PamLevel2::GetYodaEntry() -- ERROR -- missing EventHeader "<<endl;
3983                return 0;
3984            }
3985    
3986            if(ISGP){
3987                obt = (UInt_t)(GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetOrbitalTime()); //BARBATRUCCO
3988                pktn = (UInt_t)(GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetCounter()); //BARBATRUCCO
3989            }
3990    
3991    //      cout << "PKTNUM "<<shift<<" ==  L2 --- "<< pktn << " --- L0 --- "<< GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetCounter()<<endl;
3992    //      cout << " L2 --- "<< obt << " --- L0 --- "<< GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetOrbitalTime()<<endl;
3993    //      if( (quellagiusta+shift) == l0_tree->GetEntries()+1 )cout << ">>> end of level0 tree <<<"<<endl;
3994    //      cout << " obt "<< obt << endl;
3995    //      cout << " GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetOrbitalTime() "<< GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetOrbitalTime() << endl;
3996    //      cout << " pktn "<< pktn << endl;
3997    //      cout << " GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetCounter() "<< GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetCounter() << endl;
3998    //      printf(" IDRUN %u \n",GetRunInfo()->ID);
3999    //
4000            if ( prevshift != 0 && (quellagiusta+(Long64_t)shift) == GetYodaTree()->GetEntries() ){
4001                prevshift = 0;
4002                shift = -1;
4003            };
4004    
4005        }while( ( obt != (UInt_t)(GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetOrbitalTime()) ||
4006                  pktn != (UInt_t)(GetEventHeader()->GetPscuHeader()->GetCounter())       )
4007                && (quellagiusta+(Long64_t)shift) < GetYodaTree()->GetEntries() && shift < maxshift);
4008    
4009        if ( (quellagiusta+(Long64_t)shift+(Long64_t)prevshift) > GetYodaTree()->GetEntries() || shift == maxshift ) {
4010            cout << " Big trouble here, no such event in Level0 data! " <<endl;
4011            return 0;
4012        }
4013    //    cout << "LA ENTRY GIUSTA E`: "<<quellagiusta<<" (spero...)"<<endl;
4014    //    return GetYodaTree()->GetEntry(quellagiusta);
4015        if ( shift > 1 ) prevshift += (shift-1);
4016        
4017        return answer;
4018        
4019    }
4020    /**
4021     * \Brief Set DB connection
4022     */
4023    Bool_t PamLevel2::SetDBConnection(){
4024    
4025        cout<<"~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~"<<endl;
4026        cout<<"Connecting to DB"<<endl;
4027        cout<<"HOST "<<host<<endl;
4028        cout<<"USER "<<user<<endl;
4029        cout<<"PSW  "<<psw<<endl;
4030        dbc = TSQLServer::Connect(host.Data(),user.Data(),psw.Data());
4031        if( !dbc )return false;
4032        if( !dbc->IsConnected() )return false;    
4033        stringstream myquery;  // EMILIANO
4034        myquery.str("");  // EMILIANO
4035        myquery << "SET time_zone='+0:00'";  // EMILIANO
4036        dbc->Query(myquery.str().c_str());  // EMILIANO
4037        cout<<"~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~"<<endl;
4038        return true;
4039    
4040    }
4041    
4042    /**
4043     * \Brief Add a friend to the pamela chain.
4044     * @param cname name of the chain to be added
4045     */
4046    
4047    TChain* PamLevel2::AddFriend(TString cname){
4048    
4049        if(!GetPamTree()){
4050            cout << " TChain* PamLevel2::AddFriend(TString cname) --- a pamela tree must be created first"<<endl;
4051            return NULL;
4052        }
4053    
4054    
4055        TChain *c = new TChain( cname.Data() );
4056    
4057        TIter next( GetPamTree()->GetListOfFiles() );
4058        Int_t nf = 0;
4059        TChainElement* element = 0;    
4060        while ((element = (TChainElement*) next())) {      
4061            c->Add(element->GetTitle());
4062            nf++;
4063        }
4064    
4065        GetPamTree()->AddFriend(cname.Data());
4066    
4067        cout << "external chain created and added to pamela friends :"<<cname<<endl;
4068        cout << "n.files "<<nf<<endl;
4069        
4070    
4071        return c;    
4072    
4073    }
4074    
4075    

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