/[PAMELA software]/PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp
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Diff of /PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp

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revision 1.1 by pam-fi, Fri Jun 16 16:43:55 2006 UTC revision 1.18 by pam-fi, Thu Jan 18 08:51:16 2007 UTC
# Line 7  Line 7 
7   * Default constructor   * Default constructor
8   */   */
9  PamTrack::PamTrack(){  PamTrack::PamTrack(){
10      trk_track  = this->TrkTrack::GetTrkTrack();      trk_track  = 0;
11      calo_track = this->CaloTrkVar::GetCaloTrkVar();      calo_track = 0;
12      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      tof_track  = 0;
13        candeleteobj = 0;
14  };  };
15  //--------------------------------------  //--------------------------------------
16  //  //
# Line 19  PamTrack::PamTrack(){ Line 20  PamTrack::PamTrack(){
20   * Constructor   * Constructor
21   */   */
22  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkVar* c, ToFTrkVar* o){  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkVar* c, ToFTrkVar* o){
23      trk_track  = this->TrkTrack::GetTrkTrack();  
24      calo_track = this->CaloTrkVar::GetCaloTrkVar();      trk_track  = 0;
25      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      calo_track = 0;
26      if(t) *trk_track  = *t;      tof_track  = 0;
27      if(c) *calo_track = *c;  //     if(t)trk_track  = new TrkTrack(*t);
28      if(o) *tof_track  = *o;  //     if(c)calo_track = new CaloTrkVar(*c);
29    //     if(o)tof_track  = new ToFTrkVar(*o);
30        if(t)trk_track  = t;
31        if(c)calo_track = c;
32        if(o)tof_track  = o;
33        candeleteobj = 0;
34    
35  };  };
36    PamTrack::PamTrack(const PamTrack& track){
37    
38        TrkTrack   *t = track.trk_track;
39        CaloTrkVar *c = track.calo_track;
40        ToFTrkVar  *o = track.tof_track;
41    
42        trk_track  = 0;
43        calo_track = 0;
44        tof_track  = 0;
45        if(t)trk_track  = new TrkTrack(*t);
46        if(c)calo_track = new CaloTrkVar(*c);
47        if(o)tof_track  = new ToFTrkVar(*o);
48        candeleteobj = 1;
49        
50    }
51    void PamTrack::Clear(){
52    
53    //    cout << "PamTrack::Clear() "<<candeleteobj<<endl;
54        if(candeleteobj){
55            if(trk_track)  trk_track->TrkTrack::Clear();
56            if(calo_track) calo_track->CaloTrkVar::Clear();//???
57            if(tof_track)  tof_track->ToFTrkVar::Clear();//???
58        }else{
59            trk_track  = 0;
60            calo_track = 0;
61            tof_track  = 0;
62        }
63    }
64    void PamTrack::Delete(){
65    //    cout << "PamTrack::Delete() "<<candeleteobj<<endl;
66        if(candeleteobj){
67            if(trk_track)  {
68                trk_track->TrkTrack::Clear();
69                delete trk_track;
70            }
71            if(calo_track){
72                calo_track->CaloTrkVar::Clear();//???
73                delete calo_track;
74            }
75            if(tof_track){
76                tof_track->ToFTrkVar::Clear();//???
77                delete tof_track;
78            }
79        }else{
80            Clear();
81        }
82    }
83  //--------------------------------------  //--------------------------------------
84  //  //
85  //  //
# Line 35  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV Line 88  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV
88   * Constructor   * Constructor
89   */   */
90  PamLevel2::PamLevel2(){  PamLevel2::PamLevel2(){
91      trk_obj  = this->TrkLevel2::GetTrkLevel2();          
92      calo_obj = this->CaloLevel2::GetCaloLevel2();  //     trk2_obj  = TrkLevel2::GetTrkLevel2();
93      tof_obj  = this->ToFLevel2::GetToFLevel2();  //     trk1_obj  = TrkLevel1::GetTrkLevel1();
94      trig_obj = this->TrigLevel2::GetTrigLevel2();  //     trkh_obj  = TrkHough::GetTrkHough();
95      s4_obj   = this->S4Level2::GetS4Level2();  //     calo1_obj = CaloLevel1::GetCaloLevel1();
96      nd_obj   = this->NDLevel2::GetNDLevel2();  //     calo2_obj = CaloLevel2::GetCaloLevel2();
97      ac_obj   = this->AcLevel2::GetAcLevel2();  //     tof_obj   = ToFLevel2::GetToFLevel2();
98    //     trig_obj  = TrigLevel2::GetTrigLevel2();
99    //     s4_obj    = S4Level2::GetS4Level2();
100    //     nd_obj    = NDLevel2::GetNDLevel2();
101    //     ac_obj    = AcLevel2::GetAcLevel2();
102    //     orb_obj   = OrbitalInfo::GetOrbitalInfo();
103        trk2_obj  = 0;
104        trk1_obj  = 0;
105        trkh_obj  = 0;
106        calo1_obj = 0;
107        calo2_obj = 0;
108        tof_obj   = 0;
109        trig_obj  = 0;
110        s4_obj    = 0;
111        nd_obj    = 0;
112        ac_obj    = 0;
113        orb_obj   = 0;
114    
115        run_obj   = 0;//new GL_RUN();
116        soft_obj   = 0;// Emiliano
117        irun = -1;
118        runfirstentry = 0ULL;
119        runlastentry = 0ULL;
120    
121        for(Int_t i=0; i<8; i++ )tree_clone[i]=NULL;
122    
123    //    sorted_tracks = 0;//new TRefArray();
124        
125        CAL1 = true;
126        CAL2 = true;
127        TRK2 = true;
128        TRK1 = false;
129        TRKh = false;
130        TRG = true;
131        TOF = true;
132        S4  = true;
133        ND  = true;
134        AC  = true;
135        ORB = true;
136        
137        RUN = true;
138    
139        tsorted=0;
140        timage=0;
141    
142    };
143    /**
144     * Delete the event (act as Dtor)
145     */
146    void PamLevel2::Delete(){
147            
148        if(run_obj)delete run_obj;
149        if(soft_obj)delete soft_obj; //Emiliano
150    
151    //    cout << "void PamLevel2::Clear()"<<endl;
152        if(trk1_obj) delete trk1_obj;      
153        if(trk2_obj) delete trk2_obj;
154        if(trkh_obj) delete trkh_obj;
155        if(calo1_obj)delete calo1_obj;
156        if(calo2_obj)delete calo2_obj;
157        if(tof_obj)  delete tof_obj;
158        if(trig_obj) delete trig_obj;
159        if(s4_obj)   delete s4_obj;
160        if(nd_obj)   delete nd_obj;
161        if(ac_obj)   delete ac_obj;
162        if(orb_obj)  delete orb_obj;
163        
164        if(tsorted){
165            tsorted->Delete();
166            delete tsorted;
167        }
168        if(timage){
169            timage->Delete();
170            delete timage;
171        }
172    };
173    
174    /**
175     * Clear the event (NB! does not deallocate objects)
176     */
177    void PamLevel2::Clear(){
178            
179    //    cout << "void PamLevel2::Clear()"<<endl;
180    
181    //
182    // This method is called once for every entry but RunInfo and SoftInfo do not change until the next run so we cannot clear them here unless we don't
183    // want to load them for each event even if they are the same...
184    //
185    //    if(run_obj)delete run_obj;
186    //    if(run_obj) run_obj->Clear();  // Emiliano: Do not deallocate run_obj here, it will give segmentation fault! call clear instead
187    //    if(soft_obj) soft_obj->Clear();
188    
189        if(trk1_obj) trk1_obj->Clear();    
190        if(trk2_obj) trk2_obj->Clear();
191        if(trkh_obj) trkh_obj->Clear();
192        if(calo1_obj)calo1_obj->Clear();
193        if(calo2_obj)calo2_obj->Clear();
194        if(tof_obj)  tof_obj->Clear();
195        if(trig_obj) trig_obj->Clear();
196        if(s4_obj)   s4_obj->Clear();
197        if(nd_obj)   nd_obj->Clear();
198        if(ac_obj)   ac_obj->Clear();
199        if(orb_obj)  orb_obj->Clear();
200        
201    //    if(sorted_tracks)sorted_tracks->Clear();
202    //    sorted_tracks.Clear();
203    
204        if(tsorted){
205            tsorted->Delete();
206        }
207        if(timage){
208            timage->Delete();
209        }
210        
211    };
212    
213    
214    //--------------------------------------
215    //
216    //
217    //--------------------------------------
218    void *PamLevel2::GetPointerTo(const char* c ){
219    
220        TString objname = c;
221    
222        if(!objname.CompareTo("TrkLevel1"))  {
223            if(!trk1_obj){
224                trk1_obj  = new TrkLevel1();
225                trk1_obj->Set();
226            }
227            return &trk1_obj;
228        };
229        if(!objname.CompareTo("TrkLevel2"))  {
230            if(!trk2_obj){  
231                trk2_obj  = new TrkLevel2();
232                trk2_obj->Set();
233            }
234            return &trk2_obj;
235        };
236        if(!objname.CompareTo("TrkHough"))   {
237            if(!trkh_obj)  trkh_obj  = new TrkHough();
238            return &trkh_obj;
239        };
240        if(!objname.CompareTo("CaloLevel1")) {
241            if(!calo1_obj) calo1_obj = new CaloLevel1();
242            return &calo1_obj;
243        };
244        if(!objname.CompareTo("CaloLevel2")) {
245            if(!calo2_obj){
246                calo2_obj = new CaloLevel2();
247                calo2_obj->Set();
248            };
249            return &calo2_obj;
250        };
251        if(!objname.CompareTo("ToFLevel2"))  {
252            if(!tof_obj){
253                tof_obj   = new ToFLevel2();
254                tof_obj->Set();
255            }
256            return &tof_obj;
257        };
258        if(!objname.CompareTo("TrigLevel2")) {
259            if(!trig_obj)  trig_obj  = new TrigLevel2();
260            return &trig_obj;
261        };
262        if(!objname.CompareTo("S4Level2"))   {
263            if(!s4_obj)    s4_obj    = new S4Level2();
264            return &s4_obj;
265        };
266        if(!objname.CompareTo("NDLevel2"))   {
267            if(!nd_obj)    nd_obj    = new NDLevel2();
268            return &nd_obj;
269        };
270        if(!objname.CompareTo("AcLevel2"))   {
271            if(!ac_obj)    ac_obj    = new AcLevel2();
272            return &ac_obj;
273        };
274        if(!objname.CompareTo("OrbitalInfo")){
275            if(!orb_obj)   orb_obj   = new OrbitalInfo();
276            return &orb_obj;
277        };
278        
279        if(!objname.CompareTo("RunInfo"))return &run_obj;
280    
281        if(!objname.CompareTo("SoftInfo"))return &soft_obj; // Emiliano
282    
283        return NULL;
284  };  };
285  //--------------------------------------  //--------------------------------------
286  //  //
287  //  //
288  //--------------------------------------  //--------------------------------------
289  /**  /**
290     * Retrieves the calorimeter track matching the seqno-th tracker stored track.
291     * (If seqno = -1 retrieves the self-trigger calorimeter track)
292     */
293     CaloTrkVar *PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int seqno){
294        
295         if( !calo2_obj )return 0;
296    
297         if( calo2_obj->CaloLevel2::ntrk()==0 ){
298             cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no Calorimeter tracks are stored"<<endl;
299             return NULL;
300         };
301        
302         CaloTrkVar *c = 0;
303         Int_t it_calo=0;
304        
305         do{
306             c = calo2_obj->CaloLevel2::GetCaloTrkVar(it_calo);
307             it_calo++;
308         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_calo < calo2_obj->CaloLevel2::ntrk());    
309        
310         if(!c || seqno != c->trkseqno){
311             c = 0;
312             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match Calorimeter stored tracks"<<endl;
313         };
314         return c;
315        
316     };
317    //--------------------------------------
318     //
319     //
320    //--------------------------------------
321    /**
322      * Retrieves the ToF track matching the seqno-th tracker stored track.
323      * (If seqno = -1 retrieves the tracker-independent tof track)
324     */
325     ToFTrkVar *PamLevel2::GetToFStoredTrack(int seqno){
326            
327         if( !tof_obj )return 0;
328    
329         if( tof_obj->ToFLevel2::ntrk()==0 ){
330             cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no ToF tracks are stored"<<endl;
331             return NULL;
332         };
333        
334         ToFTrkVar *c = 0;
335         Int_t it_tof=0;
336        
337         do{
338             c = tof_obj->ToFLevel2::GetToFTrkVar(it_tof);
339             it_tof++;
340         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_tof < tof_obj->ToFLevel2::ntrk());        
341        
342         if(!c || seqno != c->trkseqno){
343             c = 0;
344             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match ToF stored tracks"<<endl;
345         };
346         return c;
347        
348     };
349    
350    //--------------------------------------
351     //
352     //
353    //--------------------------------------
354    /**
355     * Give the pamela track associated to a tracker track, retrieving related calorimeter and tof track information.
356     */
357     PamTrack* PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t){
358        
359         cout <<"PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t) **obsolete** "<<endl;
360         cout <<"(if you use it, remember to delete the PamTrack object)"<<endl;
361    
362         CaloTrkVar *c = 0;
363         ToFTrkVar  *o = 0;
364        
365         if(CAL2) c = GetCaloStoredTrack(t->GetSeqNo());
366         if(TOF) o = GetToFStoredTrack(t->GetSeqNo());
367        
368    //    if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);
369         PamTrack *track = new PamTrack(t,c,o);
370        
371         return track;
372    
373     };
374    //--------------------------------------
375    //
376    //
377    //--------------------------------------
378    /**
379   * Retrieves the it-th stored track.   * Retrieves the it-th stored track.
380   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
381   * @param itrk Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param itrk Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
# Line 55  PamLevel2::PamLevel2(){ Line 383  PamLevel2::PamLevel2(){
383    
384  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){
385            
386      // retrieve itrk-th tracker stored track      cout <<"PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk) **to-be-updated** "<<endl;
387      TrkTrack   *t = 0;      cout <<"for the moment, better use separately the methods: TrkLevel2::GetStoredTrack(seqno) CaloLevel2::GetCaloTrkVar(Int_t notrack) ToFLevel2::GetToFTrkVar(Int_t notrack)"<<endl;
388      CaloTrkVar *c = 0;      cout <<"(if you use it, remember to delete the PamTrack object)"<<endl;
389      ToFTrkVar  *o = 0;      PamTrack *track = 0;
390        
391      if( itrk >=0 && itrk < TrkLevel2::ntrk() ){      if( itrk >=0 && itrk < trk2_obj->TrkLevel2::ntrk() ){
392          t = TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);              
393          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());          TrkTrack *t = trk2_obj->TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);
394          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());          track = GetPamTrackAlong(t);
395            
396            
397    
398        }else{
399            cout << "PamLevel2::GetStoredTrack(int) : tracker track SeqNo "<< itrk <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
400      };      };
     //  retrieve related ToF-track  
401            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
402      return track;      return track;
403            
404  }  }
# Line 78  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_ Line 407  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_
407  //  //
408  //--------------------------------------  //--------------------------------------
409  /**  /**
410   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in a TObjectArray (of TrkTrack objects).   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in the TRefArray (of TrkTrack objects) which pointer is  PamLevel2::sorted_tracks.
411   * The total number of physical tracks is given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the method GetTrack(int it).   * @param how String to set the sorting cryterium (es: "CAL" or "TRK+CAL+TOF" ecc...).
412   * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.   * Sorting cryteria:
413   * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.   * TRK: lower chi**2
414     * CAL: lower Y spatial residual on the first calorimeter plane
415     * TOF: bigger numebr of hit PMTs along the track, on S12 S21 S32 (where paddles are along the Y axis).
416     * The default sorting cryterium is "TOF+CAL".
417     *
418     * The total number of physical tracks is always given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the methods GetTrack(int it) and GetTrack(int it, TString how).
419   */   */
420  TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){  void PamLevel2::SortTracks(TString how){
421    
422      // define new array for sorted tracker tracks  //    cout <<" PamLevel2::SortTracks(TString how) "<<endl;
423      TClonesArray *aa = new TClonesArray("TrkTrack");      if( !trk2_obj ){
424      TClonesArray &sorted = *aa;          cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how):  TrkLevel2 not loaded !!!";
425            return;
426        };
427    //    cout << "call SortTracs() "<<endl;
428      //Save current Object count
429        Int_t ObjectNumber = TProcessID::GetObjectCount();
430    
431    //    cout << "ObjectNumber  "<<ObjectNumber <<endl;
432    
433    //     if(!sorted_tracks)sorted_tracks = new TRefArray();
434    //     sorted_tracks->Clear();
435    //    sorted_tracks.Clear();
436    
437        if(!tsorted)tsorted = new TClonesArray("PamTrack",trk2_obj->GetNTracks());
438        tsorted->Delete();
439        TClonesArray &ttsorted = *tsorted;
440        if(!timage)timage = new TClonesArray("PamTrack",trk2_obj->GetNTracks());
441        timage->Delete();
442        TClonesArray &ttimage = *timage;
443    
     // loop over the tracks sorted by the tracker  
     for(Int_t i=0; i < TrkLevel2::GetNTracks(); i++){  
444    
445          TrkTrack *ts=0;      // loop over the tracks sorted by the tracker
446        Bool_t use_TRK = how.Contains("TRK", TString::kIgnoreCase);
447        Bool_t use_CAL = how.Contains("CAL", TString::kIgnoreCase);
448        Bool_t use_TOF = how.Contains("TOF", TString::kIgnoreCase);
449        
450        if( !CAL2 &&  use_CAL) use_CAL = false;
451        if( !TOF &&  use_TOF) use_TOF = false;
452        
453        if( !TRK2 ){
454    //      cout << "SortTracks() : without tracker does not work!!! (not yet)" << endl;
455            return;
456        };
457    
458        //   cout << "use_CAL "<<use_CAL<<" use_TOF "<<use_TOF<<" use_TRK "<<use_TRK <<endl;
459        
460        for(Int_t i=0; i < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks(); i++){
461            
462            TrkTrack   *ts = 0;
463            CaloTrkVar *cs = 0;
464            ToFTrkVar  *os = 0;
465            
466          // get tracker tracks          // get tracker tracks
467          TrkTrack   *tp = TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker          TrkTrack   *tp = trk2_obj->TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker
468          CaloTrkVar *cp = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(tp->GetSeqNo()); //calorimeter          CaloTrkVar *cp = GetCaloStoredTrack(tp->GetSeqNo());
469          ToFTrkVar  *op = ToFLevel2::GetToFTrkVar(tp->GetSeqNo());   //tof          ToFTrkVar  *op = GetToFStoredTrack(tp->GetSeqNo());
470    
471            TrkTrack   *ti = 0;              //tracker (image)
472            CaloTrkVar *ci = 0;
473            ToFTrkVar  *oi = 0;
474    //      cout << "trk track n. "<<i << " "<<hex<< tp <<dec<< endl;
475          // if track has an image, check image selection          // if track has an image, check image selection
476          if(tp->HasImage()){          if(tp->HasImage()){
477              TrkTrack   *ti = TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)              
478              CaloTrkVar *ci = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(ti->GetSeqNo());//calorimeter (image)              ti = trk2_obj->TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)
479              ToFTrkVar  *oi = ToFLevel2::GetToFTrkVar(ti->GetSeqNo());  //tof (image)              ci = GetCaloStoredTrack(ti->GetSeqNo());
480                oi = GetToFStoredTrack(ti->GetSeqNo());
481                
482    //          cout << "its image "<<i << " "<<hex<< ti <<dec<< endl;
483    
484              //assign starting scores              //assign starting scores
485              Int_t tp_score = 1;              Int_t tp_score = 0;  //main track sorted by the tracker
486              Int_t ti_score = 0;              Int_t ti_score = 0;  //image track
487                
488              // ------------------------              // ------------------------
489              // calorimeter check              // calorimeter check
490              // ------------------------              // ------------------------
491                // check the Y spatial residual on the first calorimeter plane
492                // (cut on calorimeter variables from Emiliano)
493                if( use_CAL && !calo2_obj ){
494                    cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): how= "<<how<<" but CaloLevel2 not loaded !!!";
495                    return;
496                };
497              if(              if(
498                        npcfit[1] > 3   &&  //no. of fit planes on Y view                  use_CAL            &&
499  //              varcfit[1] < 50.&&  //fit variance on Y view                  calo2_obj->npcfit[1] > 15     &&   //no. of fit planes on Y view
500                        true){                  calo2_obj->varcfit[1] < 1000. &&  //fit variance on Y view
501                    true){
502                  Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;  
503                  Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;                  
504                    Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - calo2_obj->cbar[0][1]; if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;
505                    Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - calo2_obj->cbar[0][1]; if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;
506                    
507                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;
508                  else                 ti_score++;                  else                 ti_score++;
509                        };  
510    //              cout << "CALO "<<tp_score<<ti_score<<endl;
511    
512                };
513              // ------------------------              // ------------------------
514              // TOF check              // TOF check
515              // ------------------------                  // ------------------------    
516                // check the number of hit pmts along the track
517                // on S12 S21 and S32, where paddles are parallel to Y axis
518                if( use_TOF && !tof_obj ){
519                    cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): how= "<<how<<" but ToFLevel2 not loaded !!!";
520                    return;
521                };
522                if( use_TOF ){
523                    
524                    Int_t nphit_p =0;
525                    Int_t nphit_i =0;
526                    
527                    
528    /*                              cout << "track: npmtadc "<< op->npmtadc << endl;
529                                    cout << "track: npmttdc "<< op->npmttdc << endl;
530                                    cout << "image: npmtadc "<< oi->npmtadc << endl;
531                                    cout << "image: npmttdc "<< oi->npmttdc << endl;*/
532                    
533                    for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
534                        Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
535                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_p++;
536                    };
537                    
538                    for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
539                        Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
540                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_i++;
541                    };
542                    
543                    if(
544                        use_TOF            &&
545                        (nphit_p+nphit_i) !=0 &&    
546                        true){
547                        
548                        if( nphit_p >= nphit_i) tp_score++;
549                        else ti_score++;
550                    };
551    //              cout << "TOF "<<tp_score<<ti_score<<endl;
552                };
553                if(tp_score == ti_score) use_TRK = true;
554                // ------------------------
555                // tracker check
556                // ------------------------
557                // chi**2 difference is not always large enough to distinguish among
558                // the real track and its image.
559                // Tracker check will be applied always when calorimeter and tof information is ambiguous.
560                if(use_TRK){
561                    if(      tp->chi2 > 0 && tp->chi2 < ti->chi2 ) tp_score++ ;
562                    else if( ti->chi2 > 0 && ti->chi2 < tp->chi2 ) ti_score++ ;
563    //              cout << "TRK "<<tp_score<<ti_score<<endl;
564                };
565                
566              // ------------------------              // ------------------------
567              // the winner is....              // the winner is....
568              // ------------------------                  // ------------------------    
569                        if(tp_score > ti_score) ts = tp;//the track sorted by the tracker!!              if      (tp_score > ti_score) {
570                        else                    ts = ti;//its image!!  //              ts = tp;//the track sorted by the tracker!!
571    //              cs = cp;
572    //              os = op;
573                }else if (tp_score < ti_score) {
574                    ts = ti;//its image!!
575                    cs = ci;
576                    os = oi;
577    
578                    ti = tp;//its image!!
579                    ci = cp;
580                    oi = op;
581    
582                    tp = ts;//its image!!
583                    cp = cs;
584                    op = os;
585    
586                    
587                }else {
588    //              ts = tp;
589    //              cs = cp;
590    //              os = op;
591    //                              cout << "Warning - track image ambiguity not solved" << endl;
592    //                              cout << ts->GetNtot() << " "<< ts->chi2 << " " << npcfit[1] << " "<< nphit_p << endl;
593                };
594                
595          }else{          }else{
596              ts = tp;  //          ts = tp;
597    //          cs = cp;
598    //          os = op;
599          };          };
600                    
601          new(sorted[i]) TrkTrack(*ts); //save the track in the sorted array  //      cout <<" SortTracks() "<<i<<" -- "<<ts<<endl;
602    //      sorted_tracks->Add(ts);//save the track in the sorted array
603    //      sorted_tracks.Add(ts);//save the track in the sorted array
604    //      sorted_tracks.Add(tp);//save the track in the sorted array
605    //      cout << "SortTracks:: sorted_tracks->Add(it) "<<i<<" "<<ts<<endl;
606    //      cout<<"o "<<tp<<endl;
607    //      cout<<"o "<<cp<<endl;
608    //      cout<<"o "<<op<<endl;
609            new(ttsorted[i]) PamTrack(tp,cp,op);
610            new(ttimage[i])  PamTrack(ti,ci,oi);
611      };      };
612    
613      return aa;      if( tsorted->GetEntries() != trk2_obj->GetNTracks() ){
614            cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): tsorted->GetEntries() "<<tsorted->GetEntries()<<" != trk2_obj->GetNTracks() = "<<trk2_obj->GetNTracks() <<endl;
615            tsorted->Delete(); tsorted=0;
616            timage->Delete(); timage=0;    
617        }
618    
619        //Restore Object count
620        //To save space in the table keeping track of all referenced objects
621        //We reset the object count to what it was at the beginning of the event.
622        TProcessID::SetObjectCount(ObjectNumber);
623        
624  };  };
625  //--------------------------------------  //--------------------------------------
626  //  //
627  //  //
628  //--------------------------------------  //--------------------------------------
629  /**  /**
630     * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.
631     * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.
632     */
633    // TRefArray *PamLevel2::GetTracks(){
634    
635    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
636    //     SortTracks("+CAL+TOF");
637    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
638    
639    // //   return  sorted_tracks;
640    //     return &sorted_tracks;
641        
642    //  };
643    TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){
644    
645    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
646        SortTracks("+CAL+TOF");
647    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
648    
649        return tsorted;
650        
651     };
652    //--------------------------------------
653     //
654     //
655    //--------------------------------------
656    /**
657   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.
658   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
659   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
660   */   */
661  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){
662    
663      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //    if(!trk2_obj) return 0;
664      TClonesArray &sorted = *aa;          
665    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
666    //     SortTracks("+CAL+TOF");
667    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
668    // //    if(!sorted_tracks)return 0;
669    //     if(sorted_tracks.IsEmpty())return 0;
670    
671    //     PamTrack *track = 0;
672        
673    //     if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() && it<sorted_tracks.GetEntriesFast() ){    
674    //      TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
675    //      track = GetPamTrackAlong(t);
676    //     }else{
677    //      cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
678    //     };
679        
680    //     return track;
681    
682      TrkTrack   *t = 0;  //    cout << "PamLevel2::GetTrack(int it) "<<endl;
683      CaloTrkVar *c = 0;  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
684      ToFTrkVar  *o = 0;      SortTracks("+CAL+TOF");
685    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
686        if(!tsorted)return 0;
687        if(!tsorted->GetEntries())return 0;
688    
689      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){      PamTrack *track = 0;
690          t = (TrkTrack*)sorted[it];      
691          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());      if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()){
692          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());  //      TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
693    //      track = GetPamTrackAlong(t);
694            TClonesArray &t = *(tsorted);
695            track = (PamTrack*)t[it];
696            
697        }else{
698            cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
699      };      };
700            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
701      return track;      return track;
702        
703  };  };
704    
705  //--------------------------------------  //--------------------------------------
706  //  //
707  //  //
708  //--------------------------------------  //--------------------------------------
709  /**  /**
710   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::GetTracks().   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::SortTracks().
711   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
712   */   */
713  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){
714    
715      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //     if(!trk2_obj) return 0;
     TClonesArray &sorted = *aa;  
716    
717      TrkTrack   *t = 0;  // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
718      CaloTrkVar *c = 0;  //     SortTracks("+CAL+TOF");
719      ToFTrkVar  *o = 0;  // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
720    // //    if(!sorted_tracks)return 0;
721    //     if(sorted_tracks.IsEmpty())return 0;
722        
723    //     PamTrack *image = 0;
724        
725    //     if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() ){
726    //      TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
727    //      if( temp->HasImage() ){
728    //          TrkTrack   *t = trk2_obj->TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());
729    //          image = GetPamTrackAlong(t);
730    //      }else{
731    //          cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
732    //      };
733    //     }else{
734    //      cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
735    //     };
736        
737    //     return image;
738    
739      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){  
740          TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted[it];  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
741          if( temp->HasImage() ){      SortTracks("+CAL+TOF");
742              t = TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
743              c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(temp->GetImageSeqNo());      if(!timage)return 0;
744              o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(temp->GetImageSeqNo());      if(!timage->GetEntries())return 0;
745        
746        PamTrack *image = 0;
747        
748        if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() ){
749            TClonesArray &t = *(tsorted);
750            PamTrack *temp = (PamTrack*)t[it];
751            if( temp->GetTrkTrack()->HasImage() ){
752                TClonesArray &t = *(timage);
753                image = (PamTrack*)t[it];
754            }else{
755    //          cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
756          };          };
757        }else{
758            cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
759      };      };
760            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *image = 0;  
     if(t && c && o)image = new PamTrack(t,c,o);  
761      return image;      return image;
       
762  }  }
763    
764  //--------------------------------------  //--------------------------------------
# Line 209  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i Line 766  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i
766  //  //
767  //--------------------------------------  //--------------------------------------
768  /**  /**
769   * Get the Pamela detector trees and make them friends.   * Get the Pamela detector trees in a single file and make them friends.
770     * @param f TFile pointer
771     * @param detlist String to select trees to be included
772     * @return Pointer to a TTree
773   */   */
774  TTree *PamLevel2::LoadPamTrees(TFile *f){  TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile *f, TString detlist ){
775        
776      TTree *Tout =0;  //     if( !detlist.IsNull() ) SetWhichTrees(detlist);
777        //     else                    GetWhichTrees(f);
778      // Tracker      SetWhichTrees(detlist);
779    
780        TTree *Trout =0;
781    
782        TString fname = f->GetName();
783        if(!CheckLevel2File(fname))return NULL;
784    
785        UInt_t *found=0;    
786    
787        cout<< "GetPamTree(TFile*,TString): detector list --> ";
788        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
789        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
790        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
791        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
792        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
793        if(TOF)cout<<"TOF ";
794        if(TRG)cout<<"TRG ";
795        if(AC)cout<<"AC ";
796        if(ND)cout<<"ND ";
797        if(S4)cout<<"S4 ";
798        if(ORB)cout<<"ORB ";
799        cout << endl;
800    
801        f->cd();
802    
803    // Tracker
804      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
805      if(T) {      if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
806          T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerToTrk());          if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
807          cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;          else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
808          if(!Tout)Tout=T;          if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
809            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
810            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
811            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
812            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
813            else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
814            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
815            if(!Trout)Trout=T;
816            else Trout->AddFriend(T);
817      }else{      }else{
818          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
819      };      };
820      // Calorimeter      // Calorimeter
821      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
822      if(C) {      if(C && (CAL2||CAL1)) {
823          C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerToCalo());          if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
824          cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;          else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
825          if(!Tout)Tout=C;          if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
826          else Tout->AddFriend(C);          if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
827            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
828            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
829            if(!Trout)Trout=C;
830            else Trout->AddFriend(C);
831      }else{      }else{
832          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
833      };      };
834    
835      // ToF          // ToF    
836      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");
837      if(O) {      if(O && TOF) {
838          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerToToF());          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
839          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
840          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
841          else Tout->AddFriend(O);          else Trout->AddFriend(O);
842      }else{      }else{
843          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
844      };      };
845      // Trigger      // Trigger
846      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");
847      if(R) {      if(R && TRG) {
848          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerToTrig());          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
849          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
850          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
851          else Tout->AddFriend(R);          else Trout->AddFriend(R);
852      }else{      }else{
853          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
854      };      };
855      // S4      // S4
856      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");
857      if(S) {      if(S && S4) {
858          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerToS4());          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
859          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
860          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
861          else Tout->AddFriend(S);          else Trout->AddFriend(S);
862      }else{      }else{
863          cout << "S4           : missing tree"<<endl;          cout << "S4           : missing tree"<<endl;
864      };      };
865      // Neutron Detector      // Neutron Detector
866      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");
867      if(N) {      if(N && ND) {
868          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerToND());          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
869          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
870          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
871          else Tout->AddFriend(N);          else Trout->AddFriend(N);
872      }else{      }else{
873          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
874      };      };
875      // Anticounters      // Anticounters
876      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");
877      if(A) {      if(A && AC) {
878          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerToAc());          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
879          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
880          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
881          else Tout->AddFriend(A);          else Trout->AddFriend(A);
882      }else{      }else{
883          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
884      };      };
885        // Orbital Info
886        TTree *B = (TTree*)f->Get("OrbitalInfo");
887        if(B && ORB) {
888            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
889            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
890            if(!Trout)Trout=O;
891            else Trout->AddFriend(B);
892        }else{
893            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
894        };
895        
896        cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
897        
898        return Trout;
899        
900    }
901    //--------------------------------------
902    //
903    //
904    //--------------------------------------
905    /**
906     * Get list of Level2 files.
907     * @param ddir Level2 data directory.
908     * @param flisttxt Name of txt file containing file list.
909     * @return Pointer to a TList of TSystemFiles
910     * If no input file list is given , all the Level2 files inside the directory are processed.
911     */
912    TList*  PamLevel2::GetListOfLevel2Files(TString ddir, TString flisttxt = ""){
913            
914        TString wdir = gSystem->WorkingDirectory();
915        
916        if(ddir=="")ddir = wdir;
917    //      TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
918        cout << "Level2 data directory : "<<  ddir << endl;
919        
920        TList *contents  = new TList; // create output list
921        contents->SetOwner();
922        
923    //    char *fullpath;
924    //    const char *fullpath;
925        
926        // if no input file list is given:  
927        if ( flisttxt != "" ){
928            
929    //      if( !gSystem->IsFileInIncludePath(flisttxt,&fullpath) ){        
930    //      if( !(fullpath = gSystem->FindFile("./",flisttxt)) ){
931    //          cout <<"File "<<flisttxt<<" not found"<<endl;
932    //          return 0;
933    //      }      
934    //      flisttxt = fullpath;
935    
936            flisttxt = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(flisttxt),gSystem->BaseName(flisttxt));
937    
938            if( !gSystem->ChangeDirectory(ddir) ){
939                cout << "Cannot change directory : "<<ddir<<endl;
940                return 0;
941            }
942            
943            cout <<"Input file list : " << flisttxt <<endl;
944            ifstream in;
945            in.open(flisttxt, ios::in); //open input file list
946            if(!in.good()){
947                cout <<" ERROR opening the file "<<endl;
948                gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
949                return 0;
950            }      
951            int line=0;
952            while (1) {
953                TString file;
954                in >> file;
955                if (!in.good()) break;
956                line++;
957    //          cout <<"(1) " << file << endl;
958                if(file.IsNull()){
959                    cout << "-- list interrupted at line "<<line <<endl;
960                    break;
961                }
962                if(file.Contains("#"))file = file(0,file.First("#"));
963    //          cout <<"(2) " << file << endl;
964    //          if( gSystem->IsFileInIncludePath(file,&fullpath) ){
965    //          if( (fullpath = gSystem->FindFile(ddir,file)) ){
966                char *fullpath = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(ddir),gSystem->BaseName(file));
967                contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));// add file to the list
968                delete fullpath;
969    //          }else{
970    //              if(file.Data()!="")cout << "File: "<<file<<" ---> missing "<< endl;
971    //          };
972            };
973            in.close();
974            
975        }else{
976            
977            cout << "No input file list given."<<endl;
978            cout << "Check for existing root files."<<endl;
979    //              cout << "Warking directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
980            
981            TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
982            TList *temp = datadir->GetListOfFiles();
983    //              temp->Print();
984    //              cout << "*************************************" << endl;
985            
986            TIter next(temp);
987            TSystemFile *questo = 0;
988            
989            
990            while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
991                TString name =  questo-> GetName();
992                if( name.EndsWith(".root") ){
993    //              const char *fullpath = gSystem->FindFile(ddir,name);
994    //              char *fullpath;
995    //              gSystem->IsFileInIncludePath(name,&fullpath);
996                    char *fullpath = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(ddir),gSystem->BaseName(name));
997                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));
998                    delete fullpath;
999                };
1000            }
1001            delete temp;
1002            delete datadir;
1003            
1004        };
1005        gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
1006    //      cout << endl << "Selected files:" << endl;
1007    //      contents->Print();
1008        cout << contents->GetEntries()<<" files \n";
1009    //      cout << endl;
1010    //      cout << "Working directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
1011        return contents;
1012    };
1013    //--------------------------------------
1014    //
1015    //
1016    //--------------------------------------
1017    /**
1018     * Get the Pamela detector chains from a list of files and make them friends.
1019     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1020     * @param detlist String to select trees to be included
1021     * @return Pointer to a TChain
1022     */
1023    TChain *PamLevel2::GetPamTree(TList *fl, TString detlist ){
1024        
1025        TChain *Trout =0;
1026    
1027    //    if( !detlist.IsNull() )SetWhichTrees(detlist);
1028        SetWhichTrees(detlist);
1029        
1030        cout<< "GetPamTree(TList*,TString): input detector list --> ";
1031        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1032        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1033        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1034        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1035        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1036        if(TOF)cout<<"TOF ";
1037        if(TRG)cout<<"TRG ";
1038        if(AC)cout<<"AC ";
1039        if(ND)cout<<"ND ";
1040        if(S4)cout<<"S4 ";
1041        if(ORB)cout<<"ORB ";
1042        cout << endl;
1043    
1044        TChain *T = 0;      
1045        TChain *C = 0;
1046        TChain *O = 0;
1047        TChain *R = 0;
1048        TChain *S = 0;
1049        TChain *N = 0;
1050        TChain *A = 0;
1051        TChain *B = 0;
1052        
1053        if(TRK2||TRK1||TRKh) T = new TChain("Tracker");    
1054        if(CAL2||CAL1)       C = new TChain("Calorimeter");
1055        if(TOF)              O = new TChain("ToF");
1056        if(TRG)              R = new TChain("Trigger");
1057        if(S4)               S = new TChain("S4");
1058        if(ND)               N = new TChain("NeutronD");
1059        if(AC)               A = new TChain("Anticounter");
1060        if(ORB)              B = new TChain("OrbitalInfo");
1061        
1062        // loop over files and create chains        
1063        TIter next(fl);
1064        TSystemFile *questo = 0;
1065        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1066            TString name =  questo->GetName();
1067            cout << "File: "<< name << endl;
1068            if( CheckLevel2File(name) ){
1069                if(TRK2||TRK1||TRKh) T->Add(name);
1070                if(CAL1||CAL2)       C->Add(name);
1071                if(TOF)              O->Add(name);
1072                if(TRG)              R->Add(name);
1073                if(S4)               S->Add(name);
1074                if(ND)               N->Add(name);
1075                if(AC)               A->Add(name);
1076                if(ORB)              B->Add(name);
1077            };
1078        }
1079        
1080        cout << "done chain \n";
1081    
1082        UInt_t *found=0;
1083    // Tracker
1084        if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
1085            if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1086            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
1087            if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1088            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1089            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
1090            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1091            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1092            else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
1093            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1094            if(!Trout)Trout=T;
1095            else Trout->AddFriend("Tracker");
1096        }else{
1097            cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
1098        };
1099        // Calorimeter
1100        if(C && (CAL2||CAL1)) {
1101            if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1102            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
1103            if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1104            if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1105            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
1106            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1107            if(!Trout)Trout=C;
1108            else Trout->AddFriend("Calorimeter");
1109        }else{
1110            cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
1111        };
1112        // ToF    
1113        if(O && TOF) {
1114            O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1115            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1116            if(!Trout)Trout=O;
1117            else Trout->AddFriend("ToF");
1118        }else{
1119            cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
1120        };
1121        // Trigger
1122        if(R && TRG) {
1123            R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1124            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1125            if(!Trout)Trout=O;
1126            else Trout->AddFriend("Trigger");
1127        }else{
1128            cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
1129        };
1130        // S4
1131        if(S && S4) {
1132            S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1133            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1134            if(!Trout)Trout=O;
1135            else Trout->AddFriend("S4");
1136        }else{
1137            cout << "S4           : missing tree"<<endl;
1138        };
1139        // Neutron Detector
1140        if(N && ND) {
1141            N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1142            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1143            if(!Trout)Trout=O;
1144            else Trout->AddFriend("NeutronD");
1145        }else{
1146            cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
1147        };
1148        // Anticounters
1149        if(A && AC) {
1150            A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1151            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1152            if(!Trout)Trout=O;
1153            else Trout->AddFriend("Anticounter");
1154        }else{
1155            cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
1156        };
1157        // Orbital Info
1158        if(B && ORB) {
1159            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1160            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1161            if(!Trout)Trout=O;
1162            else Trout->AddFriend("OrbitalInfo");
1163        }else{
1164            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
1165        };
1166        
1167    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
1168    
1169        
1170    //     // Tracker
1171    //     if(TRK2||TRK1||TRKh){
1172    //      if(!Tout)Tout=T;
1173    //      else Tout->AddFriend("Tracker");
1174    //     }
1175    //     // Calorimeter
1176    //     if(CAL2||CAL1) {        
1177    //      if(!Tout)Tout=C;
1178    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter");
1179    //     };
1180    //     // ToF    
1181    //     if(TOF) {
1182    //      if(!Tout)Tout=O;
1183    //      else Tout->AddFriend("ToF");
1184    //     };
1185    //     // Trigger
1186    //     if(TRG) {
1187    //      if(!Tout)Tout=R;
1188    //      else Tout->AddFriend("Trigger");
1189    //     };
1190    //     // S4
1191    //     if(S4) {
1192    //      if(!Tout)Tout=S;
1193    //      else Tout->AddFriend("S4");
1194    //     };
1195    //     // Neutron Detector
1196    //     if(ND) {
1197    //      if(!Tout)Tout=N;
1198    //      else Tout->AddFriend("NeutronD");
1199    //     };
1200    //     // Anticounters
1201    //     if(AC) {
1202    //      if(!Tout)Tout=A;
1203    //      else Tout->AddFriend("Anticounter");
1204    //     };
1205    //     // OrbitalInfo
1206    //     if(ORB) {
1207    //      if(!Tout)Tout=B;
1208    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo");
1209    //     };
1210        
1211    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Tout->GetEntries()<<endl<<endl;
1212        
1213    //    if( Tout->GetEntries() )PamLevel2::SetBranchAddress( Tout );
1214        
1215        return Trout;
1216    }
1217    
1218    
1219    
1220    //--------------------------------------
1221    //
1222    //
1223    //--------------------------------------
1224    /**
1225     * Set branch addresses for Pamela friend trees
1226     */
1227    void PamLevel2::SetBranchAddress(TTree *t){
1228    
1229        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
1230        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
1231        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
1232        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
1233        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
1234        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
1235        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
1236        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
1237        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
1238        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
1239        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
1240    
1241    
1242        // Tracker
1243        if(TRK1) {
1244            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1245            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1246        };
1247        if(TRK2) {
1248            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1249            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1250        };
1251        if(TRKh) {
1252            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1253            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1254        };
1255        
1256        // Calorimeter
1257        if(CAL1) {
1258            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1259            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1260        };
1261        if(CAL2) {
1262            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1263            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1264        };
1265        
1266        // ToF    
1267        if(TOF) {
1268            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1269            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1270        };
1271        // Trigger
1272        if(TRG) {
1273            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1274            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1275        };
1276        // S4
1277        if(S4) {
1278            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1279            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1280        };
1281        // Neutron Detector
1282        if(ND) {
1283            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1284            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1285        };
1286        // Anticounters
1287        if(AC) {
1288            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1289            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1290        };
1291        // OrbitalInfo
1292        if(ORB) {
1293            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1294            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1295        };
1296        
1297    }
1298    /**
1299     * Set branch addresses for Pamela friend trees
1300     */
1301    void PamLevel2::SetBranchAddress(TChain *t){
1302    
1303        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
1304        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
1305        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
1306        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
1307        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
1308        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
1309        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
1310        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
1311        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
1312        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
1313        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
1314    
1315        // Tracker
1316         if(TRK2) {
1317            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1318            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1319        };
1320        if(TRK1) {
1321            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1322            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1323        };
1324         if(TRKh) {
1325            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1326            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1327         };
1328        
1329        // Calorimeter
1330        if(CAL2) {
1331            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1332            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1333        };  
1334        if(CAL1) {
1335            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1336            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1337        };
1338        
1339        // ToF    
1340        if(TOF) {
1341            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1342            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1343        };
1344        // Trigger
1345        if(TRG) {
1346            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1347            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1348        };
1349        // S4
1350        if(S4) {
1351            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1352            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1353        };
1354        // Neutron Detector
1355        if(ND) {
1356            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1357            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1358        };
1359        // Anticounters
1360        if(AC) {
1361            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1362            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1363        };
1364        // OrbitalInfo
1365        if(ORB) {
1366            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1367            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1368        };
1369        
1370    }
1371    
1372    
1373    //--------------------------------------
1374    //
1375    //
1376    //--------------------------------------
1377    /**
1378     * Get the Run tree chain from a list of files.
1379     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1380     * @return Pointer to a TChain
1381     */
1382    TChain *PamLevel2::GetRunTree(TList *fl){
1383            
1384        TChain *R = new TChain("Run");
1385        
1386        // loop over files and create chains        
1387        TIter next(fl);
1388        TSystemFile *questo = 0;
1389        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1390            TString name =  questo->GetName();
1391    //              cout << "File: "<< name << endl;
1392            if( CheckLevel2File(name) ){
1393                R->Add(name);
1394            };
1395        }
1396        
1397        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1398        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1399        R->SetBranchAddress("SoftInfo", GetPointerTo("SoftInfo")); // Emiliano
1400        cout << "Software    : set branch address SoftInfo"<<endl; // Emiliano
1401        
1402        return R;
1403        
1404    }
1405    //--------------------------------------
1406    //
1407    //
1408    //--------------------------------------
1409    /**
1410     * Get the Run tree  from a file.
1411     * @param f Pointer to a TFile
1412     * @return Pointer to a TTree
1413     */
1414    TTree *PamLevel2::GetRunTree(TFile *f){
1415    
1416    
1417        TTree *R = (TTree*)f->Get("Run");
1418        
1419        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1420        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1421        R->SetBranchAddress("SoftInfo", GetPointerTo("SoftInfo")); // Emiliano
1422        cout << "Software    : set branch address SoftInfo"<<endl; // Emiliano
1423        
1424        return R;
1425        
1426    }
1427    /**
1428     * Update the runinfo informations (to be used to have Run infos event by event basis)
1429     * @param run Pointer to the chain/tree which contains run infos
1430     * @return true if a new run has been read, false if it is still the same run
1431     */
1432    Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TChain *run, ULong64_t iev){
1433      //
1434      // check if we have already called once GetEntry, if not call it
1435      //
1436      if ( run->GetEntries() <= 0 ) return(false);
1437      //
1438      Int_t oldrun = irun;
1439      if ( irun < 0 ){
1440        irun = 0;
1441        run->GetEntry(0);
1442        runfirstentry = 0ULL;
1443        runlastentry += (ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS) - 1ULL;
1444      };
1445      while ( iev > (runfirstentry+(ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS-1)) && irun < run->GetEntries() ){
1446        //    printf(" iev %llu %u %llu \n",iev,this->GetRunInfo()->NEVENTS,(ULong64_t)(runfirstentry+(ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS)));
1447        irun++;
1448        run->GetEntry(irun);
1449        runfirstentry = runlastentry+1ULL;
1450        runlastentry += (ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS);
1451      };
1452      //
1453      if ( irun == oldrun || irun >= run->GetEntries() ) return(false);
1454      //
1455      //  printf(" iev %llu irun %i nevents %u 1st %llu last %llu \n",iev,irun,this->GetRunInfo()->NEVENTS,(ULong64_t)runfirstentry,(ULong64_t)runlastentry);
1456      //
1457      return(true);    
1458      //
1459    };
1460    /**
1461     * Update the runinfo informations (to be used to have Run infos event by event basis)
1462     * @param run Pointer to the chain/tree which contains run infos
1463     * @return true if a new run has been read, false if it is still the same run
1464     */
1465    Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TTree *run, ULong64_t iev){
1466      return(UpdateRunInfo((TChain*)run,iev));
1467    };
1468    
1469    //--------------------------------------
1470    //
1471    //
1472    //--------------------------------------
1473    /**
1474     * Set which trees shoul be analysed
1475     * @param detlist TString containing the sequence of trees required
1476    */
1477    void PamLevel2::SetWhichTrees(TString detlist){
1478            
1479        if(detlist.IsNull() || detlist.Contains("+ALL", TString::kIgnoreCase)){
1480            CAL1 = true;
1481            CAL2 = true;
1482            TRK2 = true;
1483            TRK1 = false;
1484            TRKh = false;
1485            TRG = true;
1486            TOF = true;
1487            S4  = true;
1488            ND  = true;
1489            AC  = true;
1490            ORB = true;
1491        }else if( detlist.Contains("-ALL", TString::kIgnoreCase) ){
1492            CAL1 = false;
1493            CAL2 = false;
1494            TRK2 = false;
1495            TRK1 = false;
1496            TRKh = false;
1497            TRG = false;
1498            TOF = false;
1499            S4  = false;
1500            ND  = false;
1501            AC  = false;
1502            ORB = false;
1503        };
1504        
1505    //  -------------------------------------------------------------------------
1506        if( detlist.Contains("CAL1", TString::kIgnoreCase) ){
1507            if ( detlist.Contains("-CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=false;
1508            if ( detlist.Contains("+CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=true;
1509        };
1510            
1511        if( detlist.Contains("CAL2", TString::kIgnoreCase)){
1512            if ( detlist.Contains("-CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=false;
1513            if ( detlist.Contains("+CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=true;
1514        };
1515            
1516        if( detlist.Contains("+CAL", TString::kIgnoreCase) && !CAL1 && !CAL2 )CAL2=true;
1517        if( detlist.Contains("-CAL", TString::kIgnoreCase) && CAL1 && CAL2 ){
1518            CAL2=false;
1519            CAL1=false;
1520        }
1521    //  -------------------------------------------------------------------------
1522        if( detlist.Contains("TRK1", TString::kIgnoreCase) ){
1523            if ( detlist.Contains("-TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=false;
1524            if ( detlist.Contains("+TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=true;
1525        };
1526            
1527        if( detlist.Contains("TRK2", TString::kIgnoreCase)){
1528            if ( detlist.Contains("-TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=false;
1529            if ( detlist.Contains("+TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=true;
1530        };
1531    
1532        if( detlist.Contains("TRKh", TString::kIgnoreCase)){
1533            if ( detlist.Contains("-TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=false;
1534            if ( detlist.Contains("+TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=true;
1535        };
1536            
1537        if( detlist.Contains("+TRK", TString::kIgnoreCase) && !TRK1 && !TRK2 && !TRKh )TRK2=true;
1538        if( detlist.Contains("-TRK", TString::kIgnoreCase) && TRK1 && TRK2 && TRKh){
1539            TRK2=false;
1540            TRK1=false;
1541            TRKh=false;
1542        }
1543    //  -------------------------------------------------------------------------
1544        
1545        if( detlist.Contains("-TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = false;
1546        else if( detlist.Contains("+TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = true;
1547        
1548        if( detlist.Contains("-TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = false;
1549        else if( detlist.Contains("+TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = true;
1550        
1551        if( detlist.Contains("-S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = false;
1552        else if( detlist.Contains("+S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = true;
1553        
1554        if( detlist.Contains("-ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = false;
1555        else if( detlist.Contains("+ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = true;
1556        
1557        if( detlist.Contains("-AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = false;
1558        else if( detlist.Contains("+AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = true;
1559        
1560        if( detlist.Contains("-ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = false;
1561        else if( detlist.Contains("+ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = true;
1562    
1563    //     cout<< "Set detector list --> ";
1564    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1565    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1566    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1567    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1568    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1569    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1570    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1571    //     if(AC)cout<<"AC ";
1572    //     if(ND)cout<<"ND ";
1573    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1574    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1575    //     cout << endl;
1576        
1577    };
1578    
1579    
1580    /**
1581     * Set tree/branch detector flags from the content of a tree
1582     */
1583    void  PamLevel2::GetWhichTrees(TFile* f){
1584            
1585        // -----------
1586        // reset flags
1587        // -----------
1588        CAL1   = false;    
1589        CAL2   = false;    
1590        TRK2   = false;    
1591        TRK1   = false;    
1592        TRKh   = false;    
1593        TRG    = false;    
1594        TOF    = false;    
1595        S4     = false;    
1596        ND     = false;    
1597        AC     = false;    
1598        ORB    = false;    
1599        
1600        RUN    = false;
1601            
1602        cout << "Checking file: "<<f->GetName()<<endl;
1603        if( !f || f->IsZombie() ){
1604            cout << "File: "<< f->GetName() <<" Non valid root file"<< endl;
1605            return;
1606        }
1607    
1608        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1609        TIter next(lk);
1610        TKey *key =0;
1611    
1612        Int_t nev = 0;
1613    
1614        while( (key = (TKey*)next()) ){
1615            
1616            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN = true;
1617    
1618            //=========================================================    
1619            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1620                TRG = true;
1621                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1622                if( nev && nevt!=nev){
1623                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1624                    TRG = false;
1625                }else nev=nevt;
1626            }
1627            //=========================================================    
1628            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1629                TOF = true;
1630                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1631                if( nev && nevt!=nev){
1632                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"     ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1633                    TOF = false;
1634                }else nev=nevt;
1635            }
1636            //=========================================================  
1637            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1638                S4 = true;
1639                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1640                if( nev && nevt!=nev){
1641                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"      S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1642                    S4 = false;
1643                }else nev=nevt;
1644            }
1645            //=========================================================  
1646    
1647            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1648                ND = true;
1649                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1650                if( nev && nevt!=nev){
1651                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1652                    ND =false;
1653                }else nev=nevt;
1654            }      
1655            //=========================================================  
1656            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1657                AC = true;
1658                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1659                if( nev && nevt!=nev){
1660                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1661                    AC =false;
1662                }else nev=nevt;
1663            }
1664            //=========================================================  
1665            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1666                ORB = true;
1667                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1668                if( nev && nevt!=nev){
1669                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1670                    ORB = false;
1671                }else nev=nevt;
1672            }
1673            //=========================================================  
1674            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1675                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1676                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1677                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1678                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1=true;
1679                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2=true;
1680                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh=true;
1681                };      
1682                Int_t nevt = T->GetEntries();
1683                if( nev && nevt!=nev){
1684                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1685                    TRK1 = false;
1686                    TRK2 = false;
1687                    TRKh = false;
1688                }else nev=nevt;
1689                T->Delete();
1690            };
1691            //=========================================================  
1692            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1693                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1694                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1695                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1696                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1=true;
1697                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2=true;
1698                };    
1699                Int_t nevt = T->GetEntries();
1700                if( nev && nevt!=nev){
1701                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"  Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1702                    CAL1 = false;
1703                    CAL2 = false;
1704                }else nev=nevt;
1705                T->Delete();
1706            };      
1707    
1708        };
1709        
1710        delete lk;
1711    
1712    //     cout<< "Get detector list from input file --> ";
1713    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1714    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1715    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1716    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1717    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1718    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1719    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1720    //     if(AC)cout<<"AC ";
1721    //     if(ND)cout<<"ND ";
1722    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1723    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1724    //     cout << endl;
1725          
1726        return ;
1727            
1728    };
1729    
1730    
1731    //--------------------------------------
1732    //
1733    //
1734    //--------------------------------------
1735    /**
1736     * Check if a file contains selected Pamela Level2 trees.
1737     * @param name File name
1738     * @return true if the file is ok.
1739     */
1740    Bool_t  PamLevel2::CheckLevel2File(TString name){
1741            
1742        Bool_t CAL1__ok   = false;    
1743        Bool_t CAL2__ok   = false;    
1744        Bool_t TRK2__ok   = false;    
1745        Bool_t TRK1__ok   = false;    
1746        Bool_t TRKh__ok   = false;    
1747        Bool_t TRG__ok    = false;    
1748        Bool_t TOF__ok    = false;    
1749        Bool_t S4__ok     = false;    
1750        Bool_t ND__ok     = false;    
1751        Bool_t AC__ok     = false;    
1752        Bool_t ORB__ok    = false;    
1753        
1754        Bool_t RUN__ok    = false;
1755        
1756        
1757    
1758        cout << "Checking file: "<<name<<endl;
1759        TFile *f = new TFile(name.Data());
1760        if( !f || f->IsZombie() ){
1761            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Non valid root file"<< endl; return false;
1762        }
1763    //    cout << "Get list of keys: "<<f<<endl;
1764        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1765    //    lk->Print();
1766        TIter next(lk);
1767        TKey *key =0;
1768    
1769        Int_t nev = 0;
1770    
1771        while( (key = (TKey*)next()) ){
1772            
1773    //      cout << key->GetName() << ""<<key->GetClassName()<<endl;
1774    //              cout << " Get tree: " << f->Get(key->GetName())<<endl;
1775    //      nev_previous = nev;
1776    //      cout << " n.entries  "<< nev <<endl;
1777    //      if( key->GetClassName()=="TTree" && nev_previous && nev != nev_previous ){
1778    //          nev = ((TTree*)f->Get(key->GetName()))->GetEntries();
1779    //          cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- "<< key->GetName() << " tree: n.entries does not match "<<nev<<" "<<nev_previous<< endl;
1780    //          return false;
1781    //      };
1782    
1783            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN__ok = true;      
1784    
1785            //=========================================================    
1786            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1787                TRG__ok = true;
1788                if(TRG){
1789                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1790                    if( nev && nevt!=nev){
1791                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1792                        return false;
1793                    }
1794                    nev=nevt;
1795                }
1796            }
1797            //=========================================================    
1798            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1799                TOF__ok = true;
1800                if(TOF){
1801                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1802                    if( nev && nevt!=nev){
1803                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1804                        return false;
1805                    }
1806                    nev=nevt;
1807                }
1808            }
1809            //=========================================================  
1810            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1811                S4__ok = true;
1812                if(S4){
1813                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1814                    if( nev && nevt!=nev){
1815                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1816                        return false;
1817                    }
1818                    nev=nevt;
1819                }
1820            }
1821            //=========================================================  
1822    
1823            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1824                ND__ok = true;
1825                if(ND){
1826                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1827                    if( nev && nevt!=nev){
1828                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1829                        return false;
1830                    }
1831                    nev=nevt;
1832                }
1833            }      
1834            //=========================================================  
1835            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1836                AC__ok = true;
1837                if(AC){
1838                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1839                    if( nev && nevt!=nev){
1840                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1841                        return false;
1842                    }
1843                    nev=nevt;
1844                }
1845            }
1846            //=========================================================  
1847            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1848                ORB__ok = true;
1849                if(ORB){
1850                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1851                    if( nev && nevt!=nev){
1852                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1853                        return false;
1854                    }
1855                    nev=nevt;
1856                }
1857            }
1858            //=========================================================  
1859            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1860                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1861                if(TRK1||TRK2||TRKh){
1862                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1863                    if( nev && nevt!=nev){
1864                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1865                        return false;
1866                    }
1867                    nev=nevt;
1868                }
1869                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1870                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1871                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1__ok=true;
1872                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2__ok=true;
1873                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh__ok=true;
1874                };      
1875                T->Delete();
1876            };
1877            //=========================================================  
1878            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1879                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1880                if(CAL1||CAL2){
1881                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1882                    if( nev && nevt!=nev){
1883                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1884                        return false;
1885                    }
1886                    nev=nevt;
1887                }
1888                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1889                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1890                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1__ok=true;
1891                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2__ok=true;
1892                };    
1893                T->Delete();
1894            };      
1895    
1896        };
1897            
1898      return Tout;  //     cout<< "CheckLevel2File(TString): detector list --> ";
1899    //     if(TRK1__ok)cout<<"TRK1 ";
1900    //     if(TRK2__ok)cout<<"TRK2 ";
1901    //     if(TRKh__ok)cout<<"TRKH ";
1902    //     if(CAL1__ok)cout<<"CAL1 ";
1903    //     if(CAL2__ok)cout<<"CAL2 ";
1904    //     if(TOF__ok)cout<<"TOF ";
1905    //     if(TRG__ok)cout<<"TRG ";
1906    //     if(AC__ok)cout<<"AC ";
1907    //     if(ND__ok)cout<<"ND ";
1908    //     if(S4__ok)cout<<"S4 ";
1909    //     if(ORB__ok)cout<<"ORB ";
1910    //     cout << endl;
1911    
1912    
1913        if(TRK2 && TRK1__ok)TRK1=1;
1914    // ----------------------------------------------------------------------------
1915    // NOTA
1916    // se c'e` il level1, lo devo necessarimente leggere.
1917    // infatti (non ho capito perche`) i cluster vengono letti e allocati in memoria
1918    // comunque, ma non vengono disallocati da PamLevel2::Clear()
1919    // ----------------------------------------------------------------------------
1920    
1921    
1922        if(!RUN__ok) {
1923            cout << "File: "<< f->GetName() <<" *WARNING* ---- Missing RunInfo tree"<< endl;
1924    //      return false;
1925        };
1926    
1927        if(CAL1 && !CAL1__ok){
1928            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel1 branch"<< endl;
1929            return false;
1930        };
1931        if(CAL2 && !CAL2__ok){
1932            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel2 branch"<< endl;
1933            return false;
1934        };
1935        if(TRK2 && !TRK2__ok){
1936            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel2 branch"<< endl;
1937            return false;
1938        };
1939        if(TRK1 && !TRK1__ok){
1940            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel1 branch"<< endl;
1941            return false;
1942        };
1943        if(TRKh && !TRKh__ok){
1944            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkHough branch"<< endl;
1945            return false;
1946        };
1947        if(ORB && !ORB__ok){
1948            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ORB tree"<< endl;
1949            return false;
1950        };
1951        if(AC && !AC__ok){
1952            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing AC tree"<< endl;
1953            return false;
1954        };
1955        if(S4 && !S4__ok){
1956            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing S4 tree"<< endl;
1957            return false;
1958        };
1959        if(TOF && !TOF__ok){
1960            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ToF tree"<< endl;
1961            return false;
1962        };
1963    
1964        if(ND && !ND__ok){
1965            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ND tree"<< endl;
1966            return false;
1967        };
1968        if(TRG && !TRG__ok){
1969            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing Trigger tree"<< endl;
1970            return false;
1971        };
1972            
1973    
1974    //    lk->Delete();
1975    //    delete lk;
1976        f->Close();
1977    
1978    //     cout<< "CheckLevel2File(TString): detector list --> ";
1979    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1980    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1981    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1982    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1983    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1984    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1985    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1986    //     if(AC)cout<<"AC ";
1987    //     if(ND)cout<<"ND ";
1988    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1989    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1990    //     cout << endl;
1991          
1992        return true;
1993            
1994    };
1995    
1996    
1997    /**
1998     * Create clone-trees
1999     */
2000    void PamLevel2::CreateCloneTrees0( TChain *fChain, TFile *ofile ){
2001    
2002        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2003        cout << "Create clones of PAMELA trees "<<endl;
2004        
2005        Int_t i=0;
2006        tree_clone[i] = fChain->GetTree()->CloneTree(0);
2007        TString name =  tree_clone[i]->GetName();
2008        name.Append("_clone");
2009    //    tree_clone[i]->SetName(name.Data());
2010        cout << tree_clone[i]->GetName() <<endl;
2011        i++;
2012    
2013        TList *li = fChain->GetListOfFriends();
2014        TIter next(li);
2015        TFriendElement* T_friend=0;
2016        ofile->cd();
2017        while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
2018    //      cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
2019    //      cout<<T_friend->GetTree()->GetName()<< endl;
2020            tree_clone[i] = T_friend->GetTree()->CloneTree(0);
2021            tree_clone[i]->SetAutoSave(1000000);
2022            name =  tree_clone[i]->GetName();
2023            name.Append("_clone");
2024    //      tree_clone[i]->SetName(name.Data());
2025            cout << tree_clone[i]->GetName() << endl;
2026            i++;
2027        }
2028        
2029        delete li;
2030    
2031        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2032    
2033  }  }
2034    
2035    /**
2036     * Create clone-trees
2037     */
2038    void PamLevel2::CreateCloneTrees(TFile *ofile){
2039    
2040        ofile->cd();
2041    
2042        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2043        cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
2044            
2045        Int_t i=0;
2046    
2047        if(TRK1||TRK2||TRKh){
2048            tree_clone[i] = new TTree("Tracker","PAMELA tracker level2 data ");    
2049            if(TRK1) {
2050                tree_clone[i]->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
2051                tree_clone[i]->BranchRef();
2052                cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
2053            };
2054            if(TRK2) {
2055                tree_clone[i]->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",GetPointerTo("TrkLevel2"));
2056                cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
2057            };
2058            if(TRKh) {
2059                tree_clone[i]->Branch("TrkHough","TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
2060                cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
2061            };
2062            i++;
2063        }
2064    
2065        // Calorimeter
2066        if(CAL1||CAL2){
2067            tree_clone[i] = new TTree("Calorimeter","PAMELA calorimeter level2 data ");    
2068            if(CAL1) {
2069                tree_clone[i]->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
2070                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
2071            };
2072            if(CAL2) {
2073                tree_clone[i]->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
2074                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
2075            };
2076            i++;
2077        }    
2078    
2079        // ToF    
2080        if(TOF) {
2081            tree_clone[i] = new TTree("ToF","PAMELA ToF level2 data ");    
2082            tree_clone[i]->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
2083            cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
2084            i++;
2085        };
2086        // Trigger
2087        if(TRG) {
2088            tree_clone[i] = new TTree("Trigger","PAMELA trigger level2 data ");    
2089            tree_clone[i]->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
2090            cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
2091            i++;
2092        };
2093        // S4
2094        if(S4) {
2095            tree_clone[i] = new TTree("S4","PAMELA S4 level2 data ");      
2096            tree_clone[i]->Branch("S4Level2","S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
2097            cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
2098            i++;
2099        };
2100        // Neutron Detector
2101        if(ND) {
2102            tree_clone[i] = new TTree("NeutronD","PAMELA neutron detector level2 data ");  
2103            tree_clone[i]->Branch("NDLevel2","NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
2104            cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
2105            i++;
2106        };
2107        // Anticounters
2108        if(AC) {
2109            tree_clone[i] = new TTree("Anticounter","PAMELA anticounter detector level2 data ");    
2110            tree_clone[i]->Branch("AcLevel2","AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
2111            cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
2112            i++;
2113        };
2114        // OrbitalInfo
2115        if(ORB) {
2116            tree_clone[i] = new TTree("OrbitalInfo","PAMELA oribital info  ");      
2117            tree_clone[i]->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
2118            cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
2119            i++;
2120        };
2121        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2122    
2123    }
2124    
2125    
2126    /**
2127     * Fill tree (created with CreateCloneTrees)
2128     *
2129     */
2130    //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
2131    void PamLevel2::FillCloneTrees(){
2132            
2133        for(Int_t i=0; i<8; i++){
2134            if(tree_clone[i])tree_clone[i]->Fill();
2135        }
2136    }
2137    
2138    
2139    TTree* PamLevel2::GetCloneTree(TString name){
2140    
2141        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
2142            if(tree_clone[i]){
2143                TString na = tree_clone[i]->GetName();
2144                if(!name.CompareTo(na))return tree_clone[i];
2145            };
2146        }
2147        return NULL;
2148    
2149    }
2150    void PamLevel2::WriteCloneTrees(){
2151        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2152        cout << "Write clones of PAMELA trees "<<endl;
2153        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
2154            if(tree_clone[i]){
2155                cout << tree_clone[i]->GetName()<<endl;
2156                tree_clone[i]->Write();
2157            };
2158        }
2159        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2160    
2161    }
2162    
2163    /**
2164     * Create a new (empty) Pamela trees
2165     */
2166    // TTree* PamLevel2::GetNewPamTree(){
2167    
2168    //     if(tree_clone)return tree_clone;
2169    
2170    //     TTree *Tout = 0;
2171        
2172    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2173    //     cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
2174        
2175        
2176    //     if(TRK1||TRK2||TRKh){
2177    //      TTree *T = new TTree("Tracker_clone","PAMELA tracker level2 data ");    
2178    //      if(TRK1) {
2179    //          trk1_clone = new TrkLevel1();
2180    //          T->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", &trk1_clone);
2181    //          T->BranchRef();
2182    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
2183    //      };
2184    //      if(TRK2) {
2185    //          trk2_clone = new TrkLevel2();
2186    //          T->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",&trk2_clone);
2187    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
2188    //      };
2189    //      if(TRKh) {
2190    //          trkh_clone = new TrkHough();
2191    //          T->Branch("TrkHough","TrkHough", &trkh_clone);
2192    //          cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
2193    //      };
2194    //      if(!Tout)Tout=T;
2195    //      else Tout->AddFriend("Tracker_clone");
2196    //     }
2197    
2198    //     // Calorimeter
2199    //     if(CAL1||CAL2){
2200    //      TTree *C = new TTree("Calorimeter_clone","PAMELA calorimeter level2 data ");    
2201    //      if(CAL1) {
2202    //          calo1_clone = new CaloLevel1();
2203    //          C->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", &calo1_clone);
2204    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
2205    //      };
2206    //      if(CAL2) {
2207    //          calo2_clone = new CaloLevel2();
2208    //          C->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", &calo2_clone);
2209    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
2210    //      };
2211    //      if(!Tout)Tout=C;
2212    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter_clone");
2213    //     }    
2214    
2215    //     // ToF    
2216    //     if(TOF) {
2217    //      TTree *O = new TTree("ToF_clone","PAMELA ToF level2 data ");    
2218    //      tof_clone = new ToFLevel2();
2219    //      O->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", &tof_clone);
2220    //      cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
2221    //      if(!Tout)Tout=O;
2222    //      else Tout->AddFriend("ToF_clone");
2223    //     };
2224    //     // Trigger
2225    //     if(TRG) {
2226    //      TTree *R = new TTree("Trigger_clone","PAMELA trigger level2 data ");    
2227    //      trig_clone = new TrigLevel2();
2228    //      R->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", &trig_clone);
2229    //      cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
2230    //      if(!Tout)Tout=R;
2231    //      else Tout->AddFriend("Trigger_clone");
2232    //     };
2233    //     // S4
2234    //     if(S4) {
2235    //      TTree *S = new TTree("S4_clone","PAMELA S4 level2 data ");      
2236    //      s4_clone = new S4Level2();
2237    //      S->Branch("S4Level2","S4Level2", &s4_clone);
2238    //      cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
2239    //      if(!Tout)Tout=S;
2240    //      else Tout->AddFriend("S4_clone");
2241    //     };
2242    //     // Neutron Detector
2243    //     if(ND) {
2244    //      TTree *N = new TTree("NeutronD_clone","PAMELA neutron detector level2 data ");  
2245    //      nd_clone = new NDLevel2();
2246    //      N->Branch("NDLevel2","NDLevel2", &nd_clone);
2247    //      cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
2248    //      if(!Tout)Tout=N;
2249    //      else Tout->AddFriend("NeutronD_clone");
2250    //     };
2251    //     // Anticounters
2252    //     if(AC) {
2253    //      TTree *A = new TTree("Anticounter_clone","PAMELA anticounter detector level2 data ");  
2254    //      ac_clone = new AcLevel2();
2255    //      A->Branch("AcLevel2","AcLevel2", &ac_clone);
2256    //      cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
2257    //      if(!Tout)Tout=A;
2258    //      else Tout->AddFriend("Anticounter_clone");
2259    //     };
2260    //     // OrbitalInfo
2261    //     if(ORB) {
2262    //      TTree *B = new TTree("OrbitalInfo_clone","PAMELA oribital info  ");    
2263    //      orb_clone = new OrbitalInfo();
2264    //      B->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", &orb_clone);
2265    //      cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
2266    //      if(!Tout)Tout=B;
2267    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo_clone");
2268    //     };
2269    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2270    
2271    //     tree_clone = Tout;
2272    //     tree_clone->SetDirectory(0);
2273    
2274    //     return Tout;
2275    // }
2276    // /**
2277    //  * Fill a tree (created with GetNewPamTree)
2278    //  *
2279    //  */
2280    // //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
2281    // void PamLevel2::FillNewPamTree(){
2282            
2283    
2284    //     if(trk1_clone)  *trk1_clone = *trk1_obj;
2285    //     if(trk2_clone){
2286    //      trk2_clone->Clear();
2287    //      trk2_obj->Copy(*trk2_clone);
2288    // //   *trk2_clone = *trk2_obj;
2289    //     }
2290    //     if(trkh_clone)  *trkh_clone = *trkh_obj;
2291    //     if(calo1_clone){
2292    // //   *calo1_clone = *calo1_obj;
2293    //      calo1_clone->Clear();
2294    //      calo1_obj->Copy(*calo1_clone);
2295    //     }
2296    //     if(calo2_clone){
2297    // //   *calo2_clone = *calo2_obj;
2298    //      calo2_clone->Clear();
2299    //      calo2_obj->Copy(*calo2_clone);
2300    //     }
2301    //     if(tof_clone)   *tof_clone  = *tof_obj;
2302    //     if(trig_clone)  *trig_clone = *trig_obj;
2303    //     if(s4_clone)    *s4_clone   = *s4_obj;
2304    //     if(nd_clone)    *nd_clone   = *nd_obj;
2305    //     if(ac_clone)    *ac_clone   = *ac_obj;
2306    //     if(orb_clone)   *orb_clone  = *orb_obj;
2307    
2308    //     TTree *T = tree_clone;
2309    
2310    //     T->Fill(); //fill main tree
2311    // //    cout<<T->IsA()->GetName()<<" "<<T->GetName()<<endl;
2312    //     TList *li = T->GetListOfFriends();
2313    //     TIter next(li);
2314    //     TFriendElement* T_friend=0;
2315    //     while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
2316    // //   cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
2317    //      T_friend->GetTree()->Fill();//fill friends
2318    //     }
2319    
2320    // }

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