/[PAMELA software]/PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp
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Diff of /PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp

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revision 1.1 by pam-fi, Fri Jun 16 16:43:55 2006 UTC revision 1.17 by mocchiut, Tue Jan 16 15:26:55 2007 UTC
# Line 7  Line 7 
7   * Default constructor   * Default constructor
8   */   */
9  PamTrack::PamTrack(){  PamTrack::PamTrack(){
10      trk_track  = this->TrkTrack::GetTrkTrack();      trk_track  = 0;
11      calo_track = this->CaloTrkVar::GetCaloTrkVar();      calo_track = 0;
12      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      tof_track  = 0;
13        candeleteobj = 0;
14  };  };
15  //--------------------------------------  //--------------------------------------
16  //  //
# Line 19  PamTrack::PamTrack(){ Line 20  PamTrack::PamTrack(){
20   * Constructor   * Constructor
21   */   */
22  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkVar* c, ToFTrkVar* o){  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkVar* c, ToFTrkVar* o){
23      trk_track  = this->TrkTrack::GetTrkTrack();  
24      calo_track = this->CaloTrkVar::GetCaloTrkVar();      trk_track  = 0;
25      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      calo_track = 0;
26      if(t) *trk_track  = *t;      tof_track  = 0;
27      if(c) *calo_track = *c;  //     if(t)trk_track  = new TrkTrack(*t);
28      if(o) *tof_track  = *o;  //     if(c)calo_track = new CaloTrkVar(*c);
29    //     if(o)tof_track  = new ToFTrkVar(*o);
30        if(t)trk_track  = t;
31        if(c)calo_track = c;
32        if(o)tof_track  = o;
33        candeleteobj = 0;
34    
35  };  };
36    PamTrack::PamTrack(const PamTrack& track){
37    
38        TrkTrack   *t = track.trk_track;
39        CaloTrkVar *c = track.calo_track;
40        ToFTrkVar  *o = track.tof_track;
41    
42        trk_track  = 0;
43        calo_track = 0;
44        tof_track  = 0;
45        if(t)trk_track  = new TrkTrack(*t);
46        if(c)calo_track = new CaloTrkVar(*c);
47        if(o)tof_track  = new ToFTrkVar(*o);
48        candeleteobj = 1;
49        
50    }
51    void PamTrack::Clear(){
52    
53    //    cout << "PamTrack::Clear() "<<candeleteobj<<endl;
54        if(candeleteobj){
55            if(trk_track)  trk_track->TrkTrack::Clear();
56            if(calo_track) calo_track->CaloTrkVar::Clear();//???
57            if(tof_track)  tof_track->ToFTrkVar::Clear();//???
58        }else{
59            trk_track  = 0;
60            calo_track = 0;
61            tof_track  = 0;
62        }
63    }
64    void PamTrack::Delete(){
65    //    cout << "PamTrack::Delete() "<<candeleteobj<<endl;
66        if(candeleteobj){
67            if(trk_track)  {
68                trk_track->TrkTrack::Clear();
69                delete trk_track;
70            }
71            if(calo_track){
72                calo_track->CaloTrkVar::Clear();//???
73                delete calo_track;
74            }
75            if(tof_track){
76                tof_track->ToFTrkVar::Clear();//???
77                delete tof_track;
78            }
79        }else{
80            Clear();
81        }
82    }
83  //--------------------------------------  //--------------------------------------
84  //  //
85  //  //
# Line 35  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV Line 88  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV
88   * Constructor   * Constructor
89   */   */
90  PamLevel2::PamLevel2(){  PamLevel2::PamLevel2(){
91      trk_obj  = this->TrkLevel2::GetTrkLevel2();          
92      calo_obj = this->CaloLevel2::GetCaloLevel2();  //     trk2_obj  = TrkLevel2::GetTrkLevel2();
93      tof_obj  = this->ToFLevel2::GetToFLevel2();  //     trk1_obj  = TrkLevel1::GetTrkLevel1();
94      trig_obj = this->TrigLevel2::GetTrigLevel2();  //     trkh_obj  = TrkHough::GetTrkHough();
95      s4_obj   = this->S4Level2::GetS4Level2();  //     calo1_obj = CaloLevel1::GetCaloLevel1();
96      nd_obj   = this->NDLevel2::GetNDLevel2();  //     calo2_obj = CaloLevel2::GetCaloLevel2();
97      ac_obj   = this->AcLevel2::GetAcLevel2();  //     tof_obj   = ToFLevel2::GetToFLevel2();
98    //     trig_obj  = TrigLevel2::GetTrigLevel2();
99    //     s4_obj    = S4Level2::GetS4Level2();
100    //     nd_obj    = NDLevel2::GetNDLevel2();
101    //     ac_obj    = AcLevel2::GetAcLevel2();
102    //     orb_obj   = OrbitalInfo::GetOrbitalInfo();
103        trk2_obj  = 0;
104        trk1_obj  = 0;
105        trkh_obj  = 0;
106        calo1_obj = 0;
107        calo2_obj = 0;
108        tof_obj   = 0;
109        trig_obj  = 0;
110        s4_obj    = 0;
111        nd_obj    = 0;
112        ac_obj    = 0;
113        orb_obj   = 0;
114    
115        run_obj   = 0;//new GL_RUN();
116        soft_obj   = 0;// Emiliano
117        irun = -1;
118        runfirstentry = 0ULL;
119        runlastentry = 0ULL;
120    
121        for(Int_t i=0; i<8; i++ )tree_clone[i]=NULL;
122    
123    //    sorted_tracks = 0;//new TRefArray();
124        
125        CAL1 = true;
126        CAL2 = true;
127        TRK2 = true;
128        TRK1 = false;
129        TRKh = false;
130        TRG = true;
131        TOF = true;
132        S4  = true;
133        ND  = true;
134        AC  = true;
135        ORB = true;
136        
137        RUN = true;
138    
139        tsorted=0;
140        timage=0;
141    
142    };
143    /**
144     * Delete the event (act as Dtor)
145     */
146    void PamLevel2::Delete(){
147            
148        if(run_obj)delete run_obj;
149        if(soft_obj)delete soft_obj; //Emiliano
150    
151    //    cout << "void PamLevel2::Clear()"<<endl;
152        if(trk1_obj) delete trk1_obj;      
153        if(trk2_obj) delete trk2_obj;
154        if(trkh_obj) delete trkh_obj;
155        if(calo1_obj)delete calo1_obj;
156        if(calo2_obj)delete calo2_obj;
157        if(tof_obj)  delete tof_obj;
158        if(trig_obj) delete trig_obj;
159        if(s4_obj)   delete s4_obj;
160        if(nd_obj)   delete nd_obj;
161        if(ac_obj)   delete ac_obj;
162        if(orb_obj)  delete orb_obj;
163        
164        if(tsorted){
165            tsorted->Delete();
166            delete tsorted;
167        }
168        if(timage){
169            timage->Delete();
170            delete timage;
171        }
172    };
173    
174    /**
175     * Clear the event (NB! does not deallocate objects)
176     */
177    void PamLevel2::Clear(){
178            
179    //    cout << "void PamLevel2::Clear()"<<endl;
180    
181    //
182    // This method is called once for every entry but RunInfo and SoftInfo do not change until the next run so we cannot clear them here unless we don't
183    // want to load them for each event even if they are the same...
184    //
185    //    if(run_obj)delete run_obj;
186    //    if(run_obj) run_obj->Clear();  // Emiliano: Do not deallocate run_obj here, it will give segmentation fault! call clear instead
187    //    if(soft_obj) soft_obj->Clear();
188    
189        if(trk1_obj) trk1_obj->Clear();    
190        if(trk2_obj) trk2_obj->Clear();
191        if(trkh_obj) trkh_obj->Clear();
192        if(calo1_obj)calo1_obj->Clear();
193        if(calo2_obj)calo2_obj->Clear();
194        if(tof_obj)  tof_obj->Clear();
195        if(trig_obj) trig_obj->Clear();
196        if(s4_obj)   s4_obj->Clear();
197        if(nd_obj)   nd_obj->Clear();
198        if(ac_obj)   ac_obj->Clear();
199        if(orb_obj)  orb_obj->Clear();
200        
201    //    if(sorted_tracks)sorted_tracks->Clear();
202    //    sorted_tracks.Clear();
203    
204        if(tsorted){
205            tsorted->Delete();
206        }
207        if(timage){
208            timage->Delete();
209        }
210        
211    };
212    
213    
214    //--------------------------------------
215    //
216    //
217    //--------------------------------------
218    void *PamLevel2::GetPointerTo(const char* c ){
219    
220        TString objname = c;
221    
222        if(!objname.CompareTo("TrkLevel1"))  {
223            if(!trk1_obj){
224                trk1_obj  = new TrkLevel1();
225                trk1_obj->Set();
226            }
227            return &trk1_obj;
228        };
229        if(!objname.CompareTo("TrkLevel2"))  {
230            if(!trk2_obj){  
231                trk2_obj  = new TrkLevel2();
232                trk2_obj->Set();
233            }
234            return &trk2_obj;
235        };
236        if(!objname.CompareTo("TrkHough"))   {
237            if(!trkh_obj)  trkh_obj  = new TrkHough();
238            return &trkh_obj;
239        };
240        if(!objname.CompareTo("CaloLevel1")) {
241            if(!calo1_obj) calo1_obj = new CaloLevel1();
242            return &calo1_obj;
243        };
244        if(!objname.CompareTo("CaloLevel2")) {
245            if(!calo2_obj){
246                calo2_obj = new CaloLevel2();
247                calo2_obj->Set();
248            };
249            return &calo2_obj;
250        };
251        if(!objname.CompareTo("ToFLevel2"))  {
252            if(!tof_obj){
253                tof_obj   = new ToFLevel2();
254                tof_obj->Set();
255            }
256            return &tof_obj;
257        };
258        if(!objname.CompareTo("TrigLevel2")) {
259            if(!trig_obj)  trig_obj  = new TrigLevel2();
260            return &trig_obj;
261        };
262        if(!objname.CompareTo("S4Level2"))   {
263            if(!s4_obj)    s4_obj    = new S4Level2();
264            return &s4_obj;
265        };
266        if(!objname.CompareTo("NDLevel2"))   {
267            if(!nd_obj)    nd_obj    = new NDLevel2();
268            return &nd_obj;
269        };
270        if(!objname.CompareTo("AcLevel2"))   {
271            if(!ac_obj)    ac_obj    = new AcLevel2();
272            return &ac_obj;
273        };
274        if(!objname.CompareTo("OrbitalInfo")){
275            if(!orb_obj)   orb_obj   = new OrbitalInfo();
276            return &orb_obj;
277        };
278        
279        if(!objname.CompareTo("RunInfo"))return &run_obj;
280    
281        if(!objname.CompareTo("SoftInfo"))return &soft_obj; // Emiliano
282    
283        return NULL;
284  };  };
285  //--------------------------------------  //--------------------------------------
286  //  //
287  //  //
288  //--------------------------------------  //--------------------------------------
289  /**  /**
290     * Retrieves the calorimeter track matching the seqno-th tracker stored track.
291     * (If seqno = -1 retrieves the self-trigger calorimeter track)
292     */
293     CaloTrkVar *PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int seqno){
294        
295         if( !calo2_obj )return 0;
296    
297         if( calo2_obj->CaloLevel2::ntrk()==0 ){
298             cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no Calorimeter tracks are stored"<<endl;
299             return NULL;
300         };
301        
302         CaloTrkVar *c = 0;
303         Int_t it_calo=0;
304        
305         do{
306             c = calo2_obj->CaloLevel2::GetCaloTrkVar(it_calo);
307             it_calo++;
308         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_calo < calo2_obj->CaloLevel2::ntrk());    
309        
310         if(!c || seqno != c->trkseqno){
311             c = 0;
312             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match Calorimeter stored tracks"<<endl;
313         };
314         return c;
315        
316     };
317    //--------------------------------------
318     //
319     //
320    //--------------------------------------
321    /**
322      * Retrieves the ToF track matching the seqno-th tracker stored track.
323      * (If seqno = -1 retrieves the tracker-independent tof track)
324     */
325     ToFTrkVar *PamLevel2::GetToFStoredTrack(int seqno){
326            
327         if( !tof_obj )return 0;
328    
329         if( tof_obj->ToFLevel2::ntrk()==0 ){
330             cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no ToF tracks are stored"<<endl;
331             return NULL;
332         };
333        
334         ToFTrkVar *c = 0;
335         Int_t it_tof=0;
336        
337         do{
338             c = tof_obj->ToFLevel2::GetToFTrkVar(it_tof);
339             it_tof++;
340         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_tof < tof_obj->ToFLevel2::ntrk());        
341        
342         if(!c || seqno != c->trkseqno){
343             c = 0;
344             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match ToF stored tracks"<<endl;
345         };
346         return c;
347        
348     };
349    
350    //--------------------------------------
351     //
352     //
353    //--------------------------------------
354    /**
355     * Give the pamela track associated to a tracker track, retrieving related calorimeter and tof track information.
356     */
357     PamTrack* PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t){
358        
359         cout <<"PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t) **obsolete** "<<endl;
360         cout <<"(if you use it, remember to delete the PamTrack object)"<<endl;
361    
362         CaloTrkVar *c = 0;
363         ToFTrkVar  *o = 0;
364        
365         if(CAL2) c = GetCaloStoredTrack(t->GetSeqNo());
366         if(TOF) o = GetToFStoredTrack(t->GetSeqNo());
367        
368    //    if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);
369         PamTrack *track = new PamTrack(t,c,o);
370        
371         return track;
372    
373     };
374    //--------------------------------------
375    //
376    //
377    //--------------------------------------
378    /**
379   * Retrieves the it-th stored track.   * Retrieves the it-th stored track.
380   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
381   * @param itrk Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param itrk Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
# Line 55  PamLevel2::PamLevel2(){ Line 383  PamLevel2::PamLevel2(){
383    
384  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){
385            
386      // retrieve itrk-th tracker stored track      cout <<"PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk) **to-be-updated** "<<endl;
387      TrkTrack   *t = 0;      cout <<"for the moment, better use separately the methods: TrkLevel2::GetStoredTrack(seqno) CaloLevel2::GetCaloTrkVar(Int_t notrack) ToFLevel2::GetToFTrkVar(Int_t notrack)"<<endl;
388      CaloTrkVar *c = 0;      cout <<"(if you use it, remember to delete the PamTrack object)"<<endl;
389      ToFTrkVar  *o = 0;      PamTrack *track = 0;
390        
391      if( itrk >=0 && itrk < TrkLevel2::ntrk() ){      if( itrk >=0 && itrk < trk2_obj->TrkLevel2::ntrk() ){
392          t = TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);              
393          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());          TrkTrack *t = trk2_obj->TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);
394          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());          track = GetPamTrackAlong(t);
395            
396            
397    
398        }else{
399            cout << "PamLevel2::GetStoredTrack(int) : tracker track SeqNo "<< itrk <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
400      };      };
     //  retrieve related ToF-track  
401            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
402      return track;      return track;
403            
404  }  }
# Line 78  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_ Line 407  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_
407  //  //
408  //--------------------------------------  //--------------------------------------
409  /**  /**
410   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in a TObjectArray (of TrkTrack objects).   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in the TRefArray (of TrkTrack objects) which pointer is  PamLevel2::sorted_tracks.
411   * The total number of physical tracks is given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the method GetTrack(int it).   * @param how String to set the sorting cryterium (es: "CAL" or "TRK+CAL+TOF" ecc...).
412   * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.   * Sorting cryteria:
413   * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.   * TRK: lower chi**2
414     * CAL: lower Y spatial residual on the first calorimeter plane
415     * TOF: bigger numebr of hit PMTs along the track, on S12 S21 S32 (where paddles are along the Y axis).
416     * The default sorting cryterium is "TOF+CAL".
417     *
418     * The total number of physical tracks is always given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the methods GetTrack(int it) and GetTrack(int it, TString how).
419   */   */
420  TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){  void PamLevel2::SortTracks(TString how){
421    
422      // define new array for sorted tracker tracks  //    cout <<" PamLevel2::SortTracks(TString how) "<<endl;
423      TClonesArray *aa = new TClonesArray("TrkTrack");      if( !trk2_obj ){
424      TClonesArray &sorted = *aa;          cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how):  TrkLevel2 not loaded !!!";
425            return;
426        };
427    //    cout << "call SortTracs() "<<endl;
428      //Save current Object count
429        Int_t ObjectNumber = TProcessID::GetObjectCount();
430    
431    //    cout << "ObjectNumber  "<<ObjectNumber <<endl;
432    
433    //     if(!sorted_tracks)sorted_tracks = new TRefArray();
434    //     sorted_tracks->Clear();
435    //    sorted_tracks.Clear();
436    
437        if(!tsorted)tsorted = new TClonesArray("PamTrack",trk2_obj->GetNTracks());
438        tsorted->Delete();
439        TClonesArray &ttsorted = *tsorted;
440        if(!timage)timage = new TClonesArray("PamTrack",trk2_obj->GetNTracks());
441        timage->Delete();
442        TClonesArray &ttimage = *timage;
443    
     // loop over the tracks sorted by the tracker  
     for(Int_t i=0; i < TrkLevel2::GetNTracks(); i++){  
444    
445          TrkTrack *ts=0;      // loop over the tracks sorted by the tracker
446        Bool_t use_TRK = how.Contains("TRK", TString::kIgnoreCase);
447        Bool_t use_CAL = how.Contains("CAL", TString::kIgnoreCase);
448        Bool_t use_TOF = how.Contains("TOF", TString::kIgnoreCase);
449        
450        if( !CAL2 &&  use_CAL) use_CAL = false;
451        if( !TOF &&  use_TOF) use_TOF = false;
452        
453        if( !TRK2 ){
454    //      cout << "SortTracks() : without tracker does not work!!! (not yet)" << endl;
455            return;
456        };
457    
458        //   cout << "use_CAL "<<use_CAL<<" use_TOF "<<use_TOF<<" use_TRK "<<use_TRK <<endl;
459        
460        for(Int_t i=0; i < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks(); i++){
461            
462            TrkTrack   *ts = 0;
463            CaloTrkVar *cs = 0;
464            ToFTrkVar  *os = 0;
465            
466          // get tracker tracks          // get tracker tracks
467          TrkTrack   *tp = TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker          TrkTrack   *tp = trk2_obj->TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker
468          CaloTrkVar *cp = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(tp->GetSeqNo()); //calorimeter          CaloTrkVar *cp = GetCaloStoredTrack(tp->GetSeqNo());
469          ToFTrkVar  *op = ToFLevel2::GetToFTrkVar(tp->GetSeqNo());   //tof          ToFTrkVar  *op = GetToFStoredTrack(tp->GetSeqNo());
470    
471            TrkTrack   *ti = 0;              //tracker (image)
472            CaloTrkVar *ci = 0;
473            ToFTrkVar  *oi = 0;
474    //      cout << "trk track n. "<<i << " "<<hex<< tp <<dec<< endl;
475          // if track has an image, check image selection          // if track has an image, check image selection
476          if(tp->HasImage()){          if(tp->HasImage()){
477              TrkTrack   *ti = TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)              
478              CaloTrkVar *ci = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(ti->GetSeqNo());//calorimeter (image)              ti = trk2_obj->TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)
479              ToFTrkVar  *oi = ToFLevel2::GetToFTrkVar(ti->GetSeqNo());  //tof (image)              ci = GetCaloStoredTrack(ti->GetSeqNo());
480                oi = GetToFStoredTrack(ti->GetSeqNo());
481                
482    //          cout << "its image "<<i << " "<<hex<< ti <<dec<< endl;
483    
484              //assign starting scores              //assign starting scores
485              Int_t tp_score = 1;              Int_t tp_score = 0;  //main track sorted by the tracker
486              Int_t ti_score = 0;              Int_t ti_score = 0;  //image track
487                
488              // ------------------------              // ------------------------
489              // calorimeter check              // calorimeter check
490              // ------------------------              // ------------------------
491                // check the Y spatial residual on the first calorimeter plane
492                // (cut on calorimeter variables from Emiliano)
493                if( use_CAL && !calo2_obj ){
494                    cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): how= "<<how<<" but CaloLevel2 not loaded !!!";
495                    return;
496                };
497              if(              if(
498                        npcfit[1] > 3   &&  //no. of fit planes on Y view                  use_CAL            &&
499  //              varcfit[1] < 50.&&  //fit variance on Y view                  calo2_obj->npcfit[1] > 15     &&   //no. of fit planes on Y view
500                        true){                  calo2_obj->varcfit[1] < 1000. &&  //fit variance on Y view
501                    true){
502                  Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;  
503                  Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;                  
504                    Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - calo2_obj->cbar[0][1]; if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;
505                    Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - calo2_obj->cbar[0][1]; if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;
506                    
507                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;
508                  else                 ti_score++;                  else                 ti_score++;
509                        };  
510    //              cout << "CALO "<<tp_score<<ti_score<<endl;
511    
512                };
513              // ------------------------              // ------------------------
514              // TOF check              // TOF check
515              // ------------------------                  // ------------------------    
516                // check the number of hit pmts along the track
517                // on S12 S21 and S32, where paddles are parallel to Y axis
518                if( use_TOF && !tof_obj ){
519                    cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): how= "<<how<<" but ToFLevel2 not loaded !!!";
520                    return;
521                };
522                if( use_TOF ){
523                    
524                    Int_t nphit_p =0;
525                    Int_t nphit_i =0;
526                    
527                    
528    /*                              cout << "track: npmtadc "<< op->npmtadc << endl;
529                                    cout << "track: npmttdc "<< op->npmttdc << endl;
530                                    cout << "image: npmtadc "<< oi->npmtadc << endl;
531                                    cout << "image: npmttdc "<< oi->npmttdc << endl;*/
532                    
533                    for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
534                        Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
535                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_p++;
536                    };
537                    
538                    for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
539                        Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
540                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_i++;
541                    };
542                    
543                    if(
544                        use_TOF            &&
545                        (nphit_p+nphit_i) !=0 &&    
546                        true){
547                        
548                        if( nphit_p >= nphit_i) tp_score++;
549                        else ti_score++;
550                    };
551    //              cout << "TOF "<<tp_score<<ti_score<<endl;
552                };
553                if(tp_score == ti_score) use_TRK = true;
554                // ------------------------
555                // tracker check
556                // ------------------------
557                // chi**2 difference is not always large enough to distinguish among
558                // the real track and its image.
559                // Tracker check will be applied always when calorimeter and tof information is ambiguous.
560                if(use_TRK){
561                    if(      tp->chi2 > 0 && tp->chi2 < ti->chi2 ) tp_score++ ;
562                    else if( ti->chi2 > 0 && ti->chi2 < tp->chi2 ) ti_score++ ;
563    //              cout << "TRK "<<tp_score<<ti_score<<endl;
564                };
565                
566              // ------------------------              // ------------------------
567              // the winner is....              // the winner is....
568              // ------------------------                  // ------------------------    
569                        if(tp_score > ti_score) ts = tp;//the track sorted by the tracker!!              if      (tp_score > ti_score) {
570                        else                    ts = ti;//its image!!  //              ts = tp;//the track sorted by the tracker!!
571    //              cs = cp;
572    //              os = op;
573                }else if (tp_score < ti_score) {
574                    ts = ti;//its image!!
575                    cs = ci;
576                    os = oi;
577    
578                    ti = tp;//its image!!
579                    ci = cp;
580                    oi = op;
581    
582                    tp = ts;//its image!!
583                    cp = cs;
584                    op = os;
585    
586                    
587                }else {
588    //              ts = tp;
589    //              cs = cp;
590    //              os = op;
591    //                              cout << "Warning - track image ambiguity not solved" << endl;
592    //                              cout << ts->GetNtot() << " "<< ts->chi2 << " " << npcfit[1] << " "<< nphit_p << endl;
593                };
594                
595          }else{          }else{
596              ts = tp;  //          ts = tp;
597    //          cs = cp;
598    //          os = op;
599          };          };
600                    
601          new(sorted[i]) TrkTrack(*ts); //save the track in the sorted array  //      cout <<" SortTracks() "<<i<<" -- "<<ts<<endl;
602    //      sorted_tracks->Add(ts);//save the track in the sorted array
603    //      sorted_tracks.Add(ts);//save the track in the sorted array
604    //      sorted_tracks.Add(tp);//save the track in the sorted array
605    //      cout << "SortTracks:: sorted_tracks->Add(it) "<<i<<" "<<ts<<endl;
606    //      cout<<"o "<<tp<<endl;
607    //      cout<<"o "<<cp<<endl;
608    //      cout<<"o "<<op<<endl;
609            new(ttsorted[i]) PamTrack(tp,cp,op);
610            new(ttimage[i])  PamTrack(ti,ci,oi);
611      };      };
612    
613      return aa;      if( tsorted->GetEntries() != trk2_obj->GetNTracks() ){
614            cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): tsorted->GetEntries() "<<tsorted->GetEntries()<<" != trk2_obj->GetNTracks() = "<<trk2_obj->GetNTracks() <<endl;
615            tsorted->Delete(); tsorted=0;
616            timage->Delete(); timage=0;    
617        }
618    
619        //Restore Object count
620        //To save space in the table keeping track of all referenced objects
621        //We reset the object count to what it was at the beginning of the event.
622        TProcessID::SetObjectCount(ObjectNumber);
623        
624  };  };
625  //--------------------------------------  //--------------------------------------
626  //  //
627  //  //
628  //--------------------------------------  //--------------------------------------
629  /**  /**
630     * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.
631     * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.
632     */
633    // TRefArray *PamLevel2::GetTracks(){
634    
635    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
636    //     SortTracks("+CAL+TOF");
637    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
638    
639    // //   return  sorted_tracks;
640    //     return &sorted_tracks;
641        
642    //  };
643    TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){
644    
645    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
646        SortTracks("+CAL+TOF");
647    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
648    
649        return tsorted;
650        
651     };
652    //--------------------------------------
653     //
654     //
655    //--------------------------------------
656    /**
657   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.
658   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
659   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
660   */   */
661  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){
662    
663      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //    if(!trk2_obj) return 0;
664      TClonesArray &sorted = *aa;          
665    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
666    //     SortTracks("+CAL+TOF");
667    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
668    // //    if(!sorted_tracks)return 0;
669    //     if(sorted_tracks.IsEmpty())return 0;
670    
671    //     PamTrack *track = 0;
672        
673    //     if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() && it<sorted_tracks.GetEntriesFast() ){    
674    //      TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
675    //      track = GetPamTrackAlong(t);
676    //     }else{
677    //      cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
678    //     };
679        
680    //     return track;
681    
682      TrkTrack   *t = 0;  //    cout << "PamLevel2::GetTrack(int it) "<<endl;
683      CaloTrkVar *c = 0;  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
684      ToFTrkVar  *o = 0;      SortTracks("+CAL+TOF");
685    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
686        if(!tsorted)return 0;
687        if(!tsorted->GetEntries())return 0;
688    
689      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){      PamTrack *track = 0;
690          t = (TrkTrack*)sorted[it];      
691          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());      if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()){
692          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());  //      TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
693    //      track = GetPamTrackAlong(t);
694            TClonesArray &t = *(tsorted);
695            track = (PamTrack*)t[it];
696            
697        }else{
698            cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
699      };      };
700            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
701      return track;      return track;
702        
703  };  };
704    
705  //--------------------------------------  //--------------------------------------
706  //  //
707  //  //
708  //--------------------------------------  //--------------------------------------
709  /**  /**
710   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::GetTracks().   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::SortTracks().
711   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
712   */   */
713  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){
714    
715      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //     if(!trk2_obj) return 0;
     TClonesArray &sorted = *aa;  
716    
717      TrkTrack   *t = 0;  // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
718      CaloTrkVar *c = 0;  //     SortTracks("+CAL+TOF");
719      ToFTrkVar  *o = 0;  // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
720    // //    if(!sorted_tracks)return 0;
721    //     if(sorted_tracks.IsEmpty())return 0;
722        
723    //     PamTrack *image = 0;
724        
725    //     if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() ){
726    //      TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
727    //      if( temp->HasImage() ){
728    //          TrkTrack   *t = trk2_obj->TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());
729    //          image = GetPamTrackAlong(t);
730    //      }else{
731    //          cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
732    //      };
733    //     }else{
734    //      cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
735    //     };
736        
737    //     return image;
738    
739      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){  
740          TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted[it];  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
741          if( temp->HasImage() ){      SortTracks("+CAL+TOF");
742              t = TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
743              c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(temp->GetImageSeqNo());      if(!timage)return 0;
744              o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(temp->GetImageSeqNo());      if(!timage->GetEntries())return 0;
745        
746        PamTrack *image = 0;
747        
748        if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() ){
749            TClonesArray &t = *(tsorted);
750            PamTrack *temp = (PamTrack*)t[it];
751            if( temp->GetTrkTrack()->HasImage() ){
752                TClonesArray &t = *(timage);
753                image = (PamTrack*)t[it];
754            }else{
755    //          cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
756          };          };
757        }else{
758            cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
759      };      };
760            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *image = 0;  
     if(t && c && o)image = new PamTrack(t,c,o);  
761      return image;      return image;
       
762  }  }
763    
764  //--------------------------------------  //--------------------------------------
# Line 209  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i Line 766  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i
766  //  //
767  //--------------------------------------  //--------------------------------------
768  /**  /**
769   * Get the Pamela detector trees and make them friends.   * Get the Pamela detector trees in a single file and make them friends.
770     * @param f TFile pointer
771     * @param detlist String to select trees to be included
772     * @return Pointer to a TTree
773   */   */
774  TTree *PamLevel2::LoadPamTrees(TFile *f){  TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile *f, TString detlist ){
775        
776      TTree *Tout =0;  //     if( !detlist.IsNull() ) SetWhichTrees(detlist);
777        //     else                    GetWhichTrees(f);
778      // Tracker      SetWhichTrees(detlist);
779    
780        TTree *Trout =0;
781    
782        TString fname = f->GetName();
783        if(!CheckLevel2File(fname))return NULL;
784    
785        UInt_t *found=0;    
786    
787        cout<< "GetPamTree(TFile*,TString): detector list --> ";
788        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
789        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
790        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
791        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
792        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
793        if(TOF)cout<<"TOF ";
794        if(TRG)cout<<"TRG ";
795        if(AC)cout<<"AC ";
796        if(ND)cout<<"ND ";
797        if(S4)cout<<"S4 ";
798        if(ORB)cout<<"ORB ";
799        cout << endl;
800    
801        f->cd();
802    
803    // Tracker
804      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
805      if(T) {      if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
806          T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerToTrk());          if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
807          cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;          else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
808          if(!Tout)Tout=T;          if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
809            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
810            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
811            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
812            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
813            else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
814            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
815            if(!Trout)Trout=T;
816            else Trout->AddFriend(T);
817      }else{      }else{
818          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
819      };      };
820      // Calorimeter      // Calorimeter
821      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
822      if(C) {      if(C && (CAL2||CAL1)) {
823          C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerToCalo());          if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
824          cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;          else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
825          if(!Tout)Tout=C;          if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
826          else Tout->AddFriend(C);          if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
827            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
828            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
829            if(!Trout)Trout=C;
830            else Trout->AddFriend(C);
831      }else{      }else{
832          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
833      };      };
834    
835      // ToF          // ToF    
836      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");
837      if(O) {      if(O && TOF) {
838          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerToToF());          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
839          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
840          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
841          else Tout->AddFriend(O);          else Trout->AddFriend(O);
842      }else{      }else{
843          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
844      };      };
845      // Trigger      // Trigger
846      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");
847      if(R) {      if(R && TRG) {
848          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerToTrig());          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
849          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
850          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
851          else Tout->AddFriend(R);          else Trout->AddFriend(R);
852      }else{      }else{
853          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
854      };      };
855      // S4      // S4
856      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");
857      if(S) {      if(S && S4) {
858          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerToS4());          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
859          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
860          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
861          else Tout->AddFriend(S);          else Trout->AddFriend(S);
862      }else{      }else{
863          cout << "S4           : missing tree"<<endl;          cout << "S4           : missing tree"<<endl;
864      };      };
865      // Neutron Detector      // Neutron Detector
866      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");
867      if(N) {      if(N && ND) {
868          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerToND());          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
869          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
870          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
871          else Tout->AddFriend(N);          else Trout->AddFriend(N);
872      }else{      }else{
873          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
874      };      };
875      // Anticounters      // Anticounters
876      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");
877      if(A) {      if(A && AC) {
878          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerToAc());          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
879          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
880          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
881          else Tout->AddFriend(A);          else Trout->AddFriend(A);
882      }else{      }else{
883          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
884      };      };
885        // Orbital Info
886        TTree *B = (TTree*)f->Get("OrbitalInfo");
887        if(B && ORB) {
888            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
889            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
890            if(!Trout)Trout=O;
891            else Trout->AddFriend(B);
892        }else{
893            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
894        };
895        
896        cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
897        
898        return Trout;
899        
900    }
901    //--------------------------------------
902    //
903    //
904    //--------------------------------------
905    /**
906     * Get list of Level2 files.
907     * @param ddir Level2 data directory.
908     * @param flisttxt Name of txt file containing file list.
909     * @return Pointer to a TList of TSystemFiles
910     * If no input file list is given , all the Level2 files inside the directory are processed.
911     */
912    TList*  PamLevel2::GetListOfLevel2Files(TString ddir, TString flisttxt = ""){
913            
914        TString wdir = gSystem->WorkingDirectory();
915        
916        if(ddir=="")ddir = wdir;
917    //      TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
918        cout << "Level2 data directory : "<<  ddir << endl;
919        
920        TList *contents  = new TList; // create output list
921        contents->SetOwner();
922        
923    //    char *fullpath;
924        const char *fullpath;
925        
926        // if no input file list is given:  
927        if ( flisttxt != "" ){
928            
929    //      if( !gSystem->IsFileInIncludePath(flisttxt,&fullpath) ){        
930            if( !(fullpath = gSystem->FindFile("./",flisttxt)) ){
931                cout <<"File "<<flisttxt<<" not found"<<endl;
932                return 0;
933            }      
934    //              flisttxt = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(flisttxt),gSystem->BaseName(flisttxt));
935            flisttxt = fullpath;
936    
937            if( !gSystem->ChangeDirectory(ddir) ){
938                cout << "Cannot change directory : "<<ddir<<endl;
939                return 0;
940            }
941            
942            cout <<"Input file list : " << flisttxt <<endl;
943            ifstream in;
944            in.open(flisttxt, ios::in); //open input file list
945            int line=0;
946            while (1) {
947                TString file;
948                in >> file;
949                if (!in.good()) break;
950                line++;
951    //          cout <<"(1) " << file << endl;
952                if(file.IsNull()){
953                    cout << "-- list interrupted at line "<<line <<endl;
954                    break;
955                }
956                if(file.Contains("#"))file = file(0,file.First("#"));
957    //          cout <<"(2) " << file << endl;
958    //          if( gSystem->IsFileInIncludePath(file,&fullpath) ){
959                if( (fullpath = gSystem->FindFile(ddir,file)) ){
960    
961                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));// add file to the list
962    
963                }else{
964    //              if(file.Data()!="")cout << "File: "<<file<<" ---> missing "<< endl;
965                };
966            };
967            in.close();
968            
969        }else{
970            
971            cout << "No input file list given."<<endl;
972            cout << "Check for existing root files."<<endl;
973    //              cout << "Warking directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
974            
975            TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
976            TList *temp = datadir->GetListOfFiles();
977    //              temp->Print();
978    //              cout << "*************************************" << endl;
979            
980            TIter next(temp);
981            TSystemFile *questo = 0;
982            
983            
984            while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
985                TString name =  questo-> GetName();
986                if( name.EndsWith(".root") ){
987                    const char *fullpath = gSystem->FindFile(ddir,name);
988    //              char *fullpath;
989    //              gSystem->IsFileInIncludePath(name,&fullpath);
990                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));
991                };
992            }
993            delete temp;
994            delete datadir;
995            
996        };
997        gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
998    //      cout << endl << "Selected files:" << endl;
999    //      contents->Print();
1000        cout << contents->GetEntries()<<" files selected\n";
1001    //      cout << endl;
1002    //      cout << "Working directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
1003        return contents;
1004    };
1005    //--------------------------------------
1006    //
1007    //
1008    //--------------------------------------
1009    /**
1010     * Get the Pamela detector chains from a list of files and make them friends.
1011     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1012     * @param detlist String to select trees to be included
1013     * @return Pointer to a TChain
1014     */
1015    TChain *PamLevel2::GetPamTree(TList *fl, TString detlist ){
1016        
1017        TChain *Trout =0;
1018    
1019    //    if( !detlist.IsNull() )SetWhichTrees(detlist);
1020        SetWhichTrees(detlist);
1021        
1022        cout<< "GetPamTree(TList*,TString): input detector list --> ";
1023        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1024        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1025        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1026        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1027        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1028        if(TOF)cout<<"TOF ";
1029        if(TRG)cout<<"TRG ";
1030        if(AC)cout<<"AC ";
1031        if(ND)cout<<"ND ";
1032        if(S4)cout<<"S4 ";
1033        if(ORB)cout<<"ORB ";
1034        cout << endl;
1035    
1036        TChain *T = 0;      
1037        TChain *C = 0;
1038        TChain *O = 0;
1039        TChain *R = 0;
1040        TChain *S = 0;
1041        TChain *N = 0;
1042        TChain *A = 0;
1043        TChain *B = 0;
1044        
1045        if(TRK2||TRK1||TRKh) T = new TChain("Tracker");    
1046        if(CAL2||CAL1)       C = new TChain("Calorimeter");
1047        if(TOF)              O = new TChain("ToF");
1048        if(TRG)              R = new TChain("Trigger");
1049        if(S4)               S = new TChain("S4");
1050        if(ND)               N = new TChain("NeutronD");
1051        if(AC)               A = new TChain("Anticounter");
1052        if(ORB)              B = new TChain("OrbitalInfo");
1053        
1054        // loop over files and create chains        
1055        TIter next(fl);
1056        TSystemFile *questo = 0;
1057        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1058            TString name =  questo->GetName();
1059            cout << "File: "<< name << endl;
1060            if( CheckLevel2File(name) ){
1061                if(TRK2||TRK1||TRKh) T->Add(name);
1062                if(CAL1||CAL2)       C->Add(name);
1063                if(TOF)              O->Add(name);
1064                if(TRG)              R->Add(name);
1065                if(S4)               S->Add(name);
1066                if(ND)               N->Add(name);
1067                if(AC)               A->Add(name);
1068                if(ORB)              B->Add(name);
1069            };
1070        }
1071        
1072        cout << "done chain \n";
1073    
1074        UInt_t *found=0;
1075    // Tracker
1076        if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
1077            if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1078            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
1079            if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1080            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1081            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
1082            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1083            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1084            else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
1085            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1086            if(!Trout)Trout=T;
1087            else Trout->AddFriend("Tracker");
1088        }else{
1089            cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
1090        };
1091        // Calorimeter
1092        if(C && (CAL2||CAL1)) {
1093            if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1094            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
1095            if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1096            if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1097            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
1098            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1099            if(!Trout)Trout=C;
1100            else Trout->AddFriend("Calorimeter");
1101        }else{
1102            cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
1103        };
1104        // ToF    
1105        if(O && TOF) {
1106            O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1107            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1108            if(!Trout)Trout=O;
1109            else Trout->AddFriend("ToF");
1110        }else{
1111            cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
1112        };
1113        // Trigger
1114        if(R && TRG) {
1115            R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1116            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1117            if(!Trout)Trout=O;
1118            else Trout->AddFriend("Trigger");
1119        }else{
1120            cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
1121        };
1122        // S4
1123        if(S && S4) {
1124            S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1125            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1126            if(!Trout)Trout=O;
1127            else Trout->AddFriend("S4");
1128        }else{
1129            cout << "S4           : missing tree"<<endl;
1130        };
1131        // Neutron Detector
1132        if(N && ND) {
1133            N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1134            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1135            if(!Trout)Trout=O;
1136            else Trout->AddFriend("NeutronD");
1137        }else{
1138            cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
1139        };
1140        // Anticounters
1141        if(A && AC) {
1142            A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1143            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1144            if(!Trout)Trout=O;
1145            else Trout->AddFriend("Anticounter");
1146        }else{
1147            cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
1148        };
1149        // Orbital Info
1150        if(B && ORB) {
1151            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1152            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1153            if(!Trout)Trout=O;
1154            else Trout->AddFriend("OrbitalInfo");
1155        }else{
1156            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
1157        };
1158        
1159    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
1160    
1161        
1162    //     // Tracker
1163    //     if(TRK2||TRK1||TRKh){
1164    //      if(!Tout)Tout=T;
1165    //      else Tout->AddFriend("Tracker");
1166    //     }
1167    //     // Calorimeter
1168    //     if(CAL2||CAL1) {        
1169    //      if(!Tout)Tout=C;
1170    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter");
1171    //     };
1172    //     // ToF    
1173    //     if(TOF) {
1174    //      if(!Tout)Tout=O;
1175    //      else Tout->AddFriend("ToF");
1176    //     };
1177    //     // Trigger
1178    //     if(TRG) {
1179    //      if(!Tout)Tout=R;
1180    //      else Tout->AddFriend("Trigger");
1181    //     };
1182    //     // S4
1183    //     if(S4) {
1184    //      if(!Tout)Tout=S;
1185    //      else Tout->AddFriend("S4");
1186    //     };
1187    //     // Neutron Detector
1188    //     if(ND) {
1189    //      if(!Tout)Tout=N;
1190    //      else Tout->AddFriend("NeutronD");
1191    //     };
1192    //     // Anticounters
1193    //     if(AC) {
1194    //      if(!Tout)Tout=A;
1195    //      else Tout->AddFriend("Anticounter");
1196    //     };
1197    //     // OrbitalInfo
1198    //     if(ORB) {
1199    //      if(!Tout)Tout=B;
1200    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo");
1201    //     };
1202        
1203    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Tout->GetEntries()<<endl<<endl;
1204        
1205    //    if( Tout->GetEntries() )PamLevel2::SetBranchAddress( Tout );
1206        
1207        return Trout;
1208    }
1209    
1210    
1211    
1212    //--------------------------------------
1213    //
1214    //
1215    //--------------------------------------
1216    /**
1217     * Set branch addresses for Pamela friend trees
1218     */
1219    void PamLevel2::SetBranchAddress(TTree *t){
1220    
1221        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
1222        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
1223        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
1224        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
1225        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
1226        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
1227        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
1228        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
1229        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
1230        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
1231        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
1232    
1233    
1234        // Tracker
1235        if(TRK1) {
1236            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1237            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1238        };
1239        if(TRK2) {
1240            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1241            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1242        };
1243        if(TRKh) {
1244            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1245            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1246        };
1247        
1248        // Calorimeter
1249        if(CAL1) {
1250            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1251            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1252        };
1253        if(CAL2) {
1254            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1255            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1256        };
1257        
1258        // ToF    
1259        if(TOF) {
1260            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1261            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1262        };
1263        // Trigger
1264        if(TRG) {
1265            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1266            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1267        };
1268        // S4
1269        if(S4) {
1270            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1271            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1272        };
1273        // Neutron Detector
1274        if(ND) {
1275            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1276            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1277        };
1278        // Anticounters
1279        if(AC) {
1280            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1281            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1282        };
1283        // OrbitalInfo
1284        if(ORB) {
1285            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1286            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1287        };
1288        
1289    }
1290    /**
1291     * Set branch addresses for Pamela friend trees
1292     */
1293    void PamLevel2::SetBranchAddress(TChain *t){
1294    
1295        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
1296        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
1297        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
1298        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
1299        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
1300        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
1301        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
1302        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
1303        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
1304        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
1305        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
1306    
1307        // Tracker
1308         if(TRK2) {
1309            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1310            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1311        };
1312        if(TRK1) {
1313            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1314            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1315        };
1316         if(TRKh) {
1317            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1318            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1319         };
1320        
1321        // Calorimeter
1322        if(CAL2) {
1323            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1324            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1325        };  
1326        if(CAL1) {
1327            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1328            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1329        };
1330        
1331        // ToF    
1332        if(TOF) {
1333            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1334            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1335        };
1336        // Trigger
1337        if(TRG) {
1338            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1339            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1340        };
1341        // S4
1342        if(S4) {
1343            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1344            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1345        };
1346        // Neutron Detector
1347        if(ND) {
1348            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1349            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1350        };
1351        // Anticounters
1352        if(AC) {
1353            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1354            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1355        };
1356        // OrbitalInfo
1357        if(ORB) {
1358            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1359            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1360        };
1361        
1362    }
1363    
1364    
1365    //--------------------------------------
1366    //
1367    //
1368    //--------------------------------------
1369    /**
1370     * Get the Run tree chain from a list of files.
1371     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1372     * @return Pointer to a TChain
1373     */
1374    TChain *PamLevel2::GetRunTree(TList *fl){
1375            
1376        TChain *R = new TChain("Run");
1377        
1378        // loop over files and create chains        
1379        TIter next(fl);
1380        TSystemFile *questo = 0;
1381        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1382            TString name =  questo->GetName();
1383    //              cout << "File: "<< name << endl;
1384            if( CheckLevel2File(name) ){
1385                R->Add(name);
1386            };
1387        }
1388        
1389        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1390        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1391        R->SetBranchAddress("SoftInfo", GetPointerTo("SoftInfo")); // Emiliano
1392        cout << "Software    : set branch address SoftInfo"<<endl; // Emiliano
1393        
1394        return R;
1395        
1396    }
1397    //--------------------------------------
1398    //
1399    //
1400    //--------------------------------------
1401    /**
1402     * Get the Run tree  from a file.
1403     * @param f Pointer to a TFile
1404     * @return Pointer to a TTree
1405     */
1406    TTree *PamLevel2::GetRunTree(TFile *f){
1407    
1408    
1409        TTree *R = (TTree*)f->Get("Run");
1410        
1411        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1412        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1413        R->SetBranchAddress("SoftInfo", GetPointerTo("SoftInfo")); // Emiliano
1414        cout << "Software    : set branch address SoftInfo"<<endl; // Emiliano
1415        
1416        return R;
1417        
1418    }
1419    /**
1420     * Update the runinfo informations (to be used to have Run infos event by event basis)
1421     * @param run Pointer to the chain/tree which contains run infos
1422     * @return true if a new run has been read, false if it is still the same run
1423     */
1424    Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TChain *run, ULong64_t iev){
1425      //
1426      // check if we have already called once GetEntry, if not call it
1427      //
1428      if ( run->GetEntries() <= 0 ) return(false);
1429      //
1430      Int_t oldrun = irun;
1431      if ( irun < 0 ){
1432        irun = 0;
1433        run->GetEntry(0);
1434        runfirstentry = 0ULL;
1435        runlastentry += (ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS) - 1ULL;
1436      };
1437      while ( iev > (runfirstentry+(ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS-1)) && irun < run->GetEntries() ){
1438        //    printf(" iev %llu %u %llu \n",iev,this->GetRunInfo()->NEVENTS,(ULong64_t)(runfirstentry+(ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS)));
1439        irun++;
1440        run->GetEntry(irun);
1441        runfirstentry = runlastentry+1ULL;
1442        runlastentry += (ULong64_t)(this->GetRunInfo()->NEVENTS);
1443      };
1444      //
1445      if ( irun == oldrun || irun >= run->GetEntries() ) return(false);
1446      //
1447      //  printf(" iev %llu irun %i nevents %u 1st %llu last %llu \n",iev,irun,this->GetRunInfo()->NEVENTS,(ULong64_t)runfirstentry,(ULong64_t)runlastentry);
1448      //
1449      return(true);    
1450      //
1451    };
1452    /**
1453     * Update the runinfo informations (to be used to have Run infos event by event basis)
1454     * @param run Pointer to the chain/tree which contains run infos
1455     * @return true if a new run has been read, false if it is still the same run
1456     */
1457    Bool_t PamLevel2::UpdateRunInfo(TTree *run, ULong64_t iev){
1458      return(UpdateRunInfo((TChain*)run,iev));
1459    };
1460    
1461    //--------------------------------------
1462    //
1463    //
1464    //--------------------------------------
1465    /**
1466     * Set which trees shoul be analysed
1467     * @param detlist TString containing the sequence of trees required
1468    */
1469    void PamLevel2::SetWhichTrees(TString detlist){
1470            
1471        if(detlist.IsNull() || detlist.Contains("+ALL", TString::kIgnoreCase)){
1472            CAL1 = true;
1473            CAL2 = true;
1474            TRK2 = true;
1475            TRK1 = false;
1476            TRKh = false;
1477            TRG = true;
1478            TOF = true;
1479            S4  = true;
1480            ND  = true;
1481            AC  = true;
1482            ORB = true;
1483        }else if( detlist.Contains("-ALL", TString::kIgnoreCase) ){
1484            CAL1 = false;
1485            CAL2 = false;
1486            TRK2 = false;
1487            TRK1 = false;
1488            TRKh = false;
1489            TRG = false;
1490            TOF = false;
1491            S4  = false;
1492            ND  = false;
1493            AC  = false;
1494            ORB = false;
1495        };
1496        
1497    //  -------------------------------------------------------------------------
1498        if( detlist.Contains("CAL1", TString::kIgnoreCase) ){
1499            if ( detlist.Contains("-CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=false;
1500            if ( detlist.Contains("+CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=true;
1501        };
1502            
1503        if( detlist.Contains("CAL2", TString::kIgnoreCase)){
1504            if ( detlist.Contains("-CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=false;
1505            if ( detlist.Contains("+CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=true;
1506        };
1507            
1508        if( detlist.Contains("+CAL", TString::kIgnoreCase) && !CAL1 && !CAL2 )CAL2=true;
1509        if( detlist.Contains("-CAL", TString::kIgnoreCase) && CAL1 && CAL2 ){
1510            CAL2=false;
1511            CAL1=false;
1512        }
1513    //  -------------------------------------------------------------------------
1514        if( detlist.Contains("TRK1", TString::kIgnoreCase) ){
1515            if ( detlist.Contains("-TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=false;
1516            if ( detlist.Contains("+TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=true;
1517        };
1518            
1519        if( detlist.Contains("TRK2", TString::kIgnoreCase)){
1520            if ( detlist.Contains("-TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=false;
1521            if ( detlist.Contains("+TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=true;
1522        };
1523    
1524        if( detlist.Contains("TRKh", TString::kIgnoreCase)){
1525            if ( detlist.Contains("-TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=false;
1526            if ( detlist.Contains("+TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=true;
1527        };
1528            
1529        if( detlist.Contains("+TRK", TString::kIgnoreCase) && !TRK1 && !TRK2 && !TRKh )TRK2=true;
1530        if( detlist.Contains("-TRK", TString::kIgnoreCase) && TRK1 && TRK2 && TRKh){
1531            TRK2=false;
1532            TRK1=false;
1533            TRKh=false;
1534        }
1535    //  -------------------------------------------------------------------------
1536        
1537        if( detlist.Contains("-TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = false;
1538        else if( detlist.Contains("+TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = true;
1539        
1540        if( detlist.Contains("-TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = false;
1541        else if( detlist.Contains("+TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = true;
1542        
1543        if( detlist.Contains("-S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = false;
1544        else if( detlist.Contains("+S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = true;
1545        
1546        if( detlist.Contains("-ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = false;
1547        else if( detlist.Contains("+ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = true;
1548        
1549        if( detlist.Contains("-AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = false;
1550        else if( detlist.Contains("+AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = true;
1551        
1552        if( detlist.Contains("-ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = false;
1553        else if( detlist.Contains("+ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = true;
1554    
1555    //     cout<< "Set detector list --> ";
1556    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1557    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1558    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1559    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1560    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1561    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1562    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1563    //     if(AC)cout<<"AC ";
1564    //     if(ND)cout<<"ND ";
1565    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1566    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1567    //     cout << endl;
1568        
1569    };
1570    
1571    
1572    /**
1573     * Set tree/branch detector flags from the content of a tree
1574     */
1575    void  PamLevel2::GetWhichTrees(TFile* f){
1576            
1577        // -----------
1578        // reset flags
1579        // -----------
1580        CAL1   = false;    
1581        CAL2   = false;    
1582        TRK2   = false;    
1583        TRK1   = false;    
1584        TRKh   = false;    
1585        TRG    = false;    
1586        TOF    = false;    
1587        S4     = false;    
1588        ND     = false;    
1589        AC     = false;    
1590        ORB    = false;    
1591        
1592        RUN    = false;
1593            
1594        cout << "Checking file: "<<f->GetName()<<endl;
1595        if( !f || f->IsZombie() ){
1596            cout << "File: "<< f->GetName() <<" Non valid root file"<< endl;
1597            return;
1598        }
1599    
1600        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1601        TIter next(lk);
1602        TKey *key =0;
1603    
1604        Int_t nev = 0;
1605    
1606        while( (key = (TKey*)next()) ){
1607            
1608            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN = true;
1609    
1610            //=========================================================    
1611            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1612                TRG = true;
1613                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1614                if( nev && nevt!=nev){
1615                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1616                    TRG = false;
1617                }else nev=nevt;
1618            }
1619            //=========================================================    
1620            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1621                TOF = true;
1622                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1623                if( nev && nevt!=nev){
1624                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"     ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1625                    TOF = false;
1626                }else nev=nevt;
1627            }
1628            //=========================================================  
1629            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1630                S4 = true;
1631                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1632                if( nev && nevt!=nev){
1633                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"      S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1634                    S4 = false;
1635                }else nev=nevt;
1636            }
1637            //=========================================================  
1638    
1639            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1640                ND = true;
1641                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1642                if( nev && nevt!=nev){
1643                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1644                    ND =false;
1645                }else nev=nevt;
1646            }      
1647            //=========================================================  
1648            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1649                AC = true;
1650                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1651                if( nev && nevt!=nev){
1652                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1653                    AC =false;
1654                }else nev=nevt;
1655            }
1656            //=========================================================  
1657            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1658                ORB = true;
1659                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1660                if( nev && nevt!=nev){
1661                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1662                    ORB = false;
1663                }else nev=nevt;
1664            }
1665            //=========================================================  
1666            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1667                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1668                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1669                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1670                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1=true;
1671                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2=true;
1672                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh=true;
1673                };      
1674                Int_t nevt = T->GetEntries();
1675                if( nev && nevt!=nev){
1676                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1677                    TRK1 = false;
1678                    TRK2 = false;
1679                    TRKh = false;
1680                }else nev=nevt;
1681                T->Delete();
1682            };
1683            //=========================================================  
1684            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1685                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1686                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1687                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1688                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1=true;
1689                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2=true;
1690                };    
1691                Int_t nevt = T->GetEntries();
1692                if( nev && nevt!=nev){
1693                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"  Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1694                    CAL1 = false;
1695                    CAL2 = false;
1696                }else nev=nevt;
1697                T->Delete();
1698            };      
1699    
1700        };
1701        
1702        delete lk;
1703    
1704    //     cout<< "Get detector list from input file --> ";
1705    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1706    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1707    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1708    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1709    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1710    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1711    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1712    //     if(AC)cout<<"AC ";
1713    //     if(ND)cout<<"ND ";
1714    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1715    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1716    //     cout << endl;
1717          
1718        return ;
1719            
1720    };
1721    
1722    
1723    //--------------------------------------
1724    //
1725    //
1726    //--------------------------------------
1727    /**
1728     * Check if a file contains selected Pamela Level2 trees.
1729     * @param name File name
1730     * @return true if the file is ok.
1731     */
1732    Bool_t  PamLevel2::CheckLevel2File(TString name){
1733            
1734        Bool_t CAL1__ok   = false;    
1735        Bool_t CAL2__ok   = false;    
1736        Bool_t TRK2__ok   = false;    
1737        Bool_t TRK1__ok   = false;    
1738        Bool_t TRKh__ok   = false;    
1739        Bool_t TRG__ok    = false;    
1740        Bool_t TOF__ok    = false;    
1741        Bool_t S4__ok     = false;    
1742        Bool_t ND__ok     = false;    
1743        Bool_t AC__ok     = false;    
1744        Bool_t ORB__ok    = false;    
1745        
1746        Bool_t RUN__ok    = false;
1747        
1748        
1749    
1750        cout << "Checking file: "<<name<<endl;
1751        TFile *f = new TFile(name.Data());
1752        if( !f || f->IsZombie() ){
1753            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Non valid root file"<< endl; return false;
1754        }
1755    //    cout << "Get list of keys: "<<f<<endl;
1756        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1757    //    lk->Print();
1758        TIter next(lk);
1759        TKey *key =0;
1760    
1761        Int_t nev = 0;
1762    
1763        while( (key = (TKey*)next()) ){
1764            
1765    //      cout << key->GetName() << ""<<key->GetClassName()<<endl;
1766    //              cout << " Get tree: " << f->Get(key->GetName())<<endl;
1767    //      nev_previous = nev;
1768    //      cout << " n.entries  "<< nev <<endl;
1769    //      if( key->GetClassName()=="TTree" && nev_previous && nev != nev_previous ){
1770    //          nev = ((TTree*)f->Get(key->GetName()))->GetEntries();
1771    //          cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- "<< key->GetName() << " tree: n.entries does not match "<<nev<<" "<<nev_previous<< endl;
1772    //          return false;
1773    //      };
1774    
1775            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN__ok = true;      
1776    
1777            //=========================================================    
1778            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1779                TRG__ok = true;
1780                if(TRG){
1781                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1782                    if( nev && nevt!=nev){
1783                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1784                        return false;
1785                    }
1786                    nev=nevt;
1787                }
1788            }
1789            //=========================================================    
1790            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1791                TOF__ok = true;
1792                if(TOF){
1793                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1794                    if( nev && nevt!=nev){
1795                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1796                        return false;
1797                    }
1798                    nev=nevt;
1799                }
1800            }
1801            //=========================================================  
1802            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1803                S4__ok = true;
1804                if(S4){
1805                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1806                    if( nev && nevt!=nev){
1807                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1808                        return false;
1809                    }
1810                    nev=nevt;
1811                }
1812            }
1813            //=========================================================  
1814    
1815            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1816                ND__ok = true;
1817                if(ND){
1818                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1819                    if( nev && nevt!=nev){
1820                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1821                        return false;
1822                    }
1823                    nev=nevt;
1824                }
1825            }      
1826            //=========================================================  
1827            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1828                AC__ok = true;
1829                if(AC){
1830                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1831                    if( nev && nevt!=nev){
1832                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1833                        return false;
1834                    }
1835                    nev=nevt;
1836                }
1837            }
1838            //=========================================================  
1839            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1840                ORB__ok = true;
1841                if(ORB){
1842                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1843                    if( nev && nevt!=nev){
1844                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1845                        return false;
1846                    }
1847                    nev=nevt;
1848                }
1849            }
1850            //=========================================================  
1851            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1852                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1853                if(TRK1||TRK2||TRKh){
1854                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1855                    if( nev && nevt!=nev){
1856                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1857                        return false;
1858                    }
1859                    nev=nevt;
1860                }
1861                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1862                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1863                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1__ok=true;
1864                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2__ok=true;
1865                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh__ok=true;
1866                };      
1867                T->Delete();
1868            };
1869            //=========================================================  
1870            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1871                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1872                if(CAL1||CAL2){
1873                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1874                    if( nev && nevt!=nev){
1875                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1876                        return false;
1877                    }
1878                    nev=nevt;
1879                }
1880                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1881                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1882                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1__ok=true;
1883                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2__ok=true;
1884                };    
1885                T->Delete();
1886            };      
1887    
1888        };
1889            
1890      return Tout;  //     cout<< "CheckLevel2File(TString): detector list --> ";
1891    //     if(TRK1__ok)cout<<"TRK1 ";
1892    //     if(TRK2__ok)cout<<"TRK2 ";
1893    //     if(TRKh__ok)cout<<"TRKH ";
1894    //     if(CAL1__ok)cout<<"CAL1 ";
1895    //     if(CAL2__ok)cout<<"CAL2 ";
1896    //     if(TOF__ok)cout<<"TOF ";
1897    //     if(TRG__ok)cout<<"TRG ";
1898    //     if(AC__ok)cout<<"AC ";
1899    //     if(ND__ok)cout<<"ND ";
1900    //     if(S4__ok)cout<<"S4 ";
1901    //     if(ORB__ok)cout<<"ORB ";
1902    //     cout << endl;
1903    
1904    
1905        if(TRK2 && TRK1__ok)TRK1=1;
1906    // ----------------------------------------------------------------------------
1907    // NOTA
1908    // se c'e` il level1, lo devo necessarimente leggere.
1909    // infatti (non ho capito perche`) i cluster vengono letti e allocati in memoria
1910    // comunque, ma non vengono disallocati da PamLevel2::Clear()
1911    // ----------------------------------------------------------------------------
1912    
1913    
1914        if(!RUN__ok) {
1915            cout << "File: "<< f->GetName() <<" *WARNING* ---- Missing RunInfo tree"<< endl;
1916    //      return false;
1917        };
1918    
1919        if(CAL1 && !CAL1__ok){
1920            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel1 branch"<< endl;
1921            return false;
1922        };
1923        if(CAL2 && !CAL2__ok){
1924            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel2 branch"<< endl;
1925            return false;
1926        };
1927        if(TRK2 && !TRK2__ok){
1928            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel2 branch"<< endl;
1929            return false;
1930        };
1931        if(TRK1 && !TRK1__ok){
1932            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel1 branch"<< endl;
1933            return false;
1934        };
1935        if(TRKh && !TRKh__ok){
1936            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkHough branch"<< endl;
1937            return false;
1938        };
1939        if(ORB && !ORB__ok){
1940            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ORB tree"<< endl;
1941            return false;
1942        };
1943        if(AC && !AC__ok){
1944            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing AC tree"<< endl;
1945            return false;
1946        };
1947        if(S4 && !S4__ok){
1948            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing S4 tree"<< endl;
1949            return false;
1950        };
1951        if(TOF && !TOF__ok){
1952            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ToF tree"<< endl;
1953            return false;
1954        };
1955    
1956        if(ND && !ND__ok){
1957            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ND tree"<< endl;
1958            return false;
1959        };
1960        if(TRG && !TRG__ok){
1961            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing Trigger tree"<< endl;
1962            return false;
1963        };
1964            
1965    
1966    //    lk->Delete();
1967    //    delete lk;
1968        f->Close();
1969    
1970    //     cout<< "CheckLevel2File(TString): detector list --> ";
1971    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1972    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1973    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1974    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1975    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1976    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1977    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1978    //     if(AC)cout<<"AC ";
1979    //     if(ND)cout<<"ND ";
1980    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1981    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1982    //     cout << endl;
1983          
1984        return true;
1985            
1986    };
1987    
1988    
1989    /**
1990     * Create clone-trees
1991     */
1992    void PamLevel2::CreateCloneTrees0( TChain *fChain, TFile *ofile ){
1993    
1994        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1995        cout << "Create clones of PAMELA trees "<<endl;
1996        
1997        Int_t i=0;
1998        tree_clone[i] = fChain->GetTree()->CloneTree(0);
1999        TString name =  tree_clone[i]->GetName();
2000        name.Append("_clone");
2001    //    tree_clone[i]->SetName(name.Data());
2002        cout << tree_clone[i]->GetName() <<endl;
2003        i++;
2004    
2005        TList *li = fChain->GetListOfFriends();
2006        TIter next(li);
2007        TFriendElement* T_friend=0;
2008        ofile->cd();
2009        while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
2010    //      cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
2011    //      cout<<T_friend->GetTree()->GetName()<< endl;
2012            tree_clone[i] = T_friend->GetTree()->CloneTree(0);
2013            tree_clone[i]->SetAutoSave(1000000);
2014            name =  tree_clone[i]->GetName();
2015            name.Append("_clone");
2016    //      tree_clone[i]->SetName(name.Data());
2017            cout << tree_clone[i]->GetName() << endl;
2018            i++;
2019        }
2020        
2021        delete li;
2022    
2023        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2024    
2025  }  }
2026    
2027    /**
2028     * Create clone-trees
2029     */
2030    void PamLevel2::CreateCloneTrees(TFile *ofile){
2031    
2032        ofile->cd();
2033    
2034        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2035        cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
2036            
2037        Int_t i=0;
2038    
2039        if(TRK1||TRK2||TRKh){
2040            tree_clone[i] = new TTree("Tracker","PAMELA tracker level2 data ");    
2041            if(TRK1) {
2042                tree_clone[i]->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
2043                tree_clone[i]->BranchRef();
2044                cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
2045            };
2046            if(TRK2) {
2047                tree_clone[i]->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",GetPointerTo("TrkLevel2"));
2048                cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
2049            };
2050            if(TRKh) {
2051                tree_clone[i]->Branch("TrkHough","TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
2052                cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
2053            };
2054            i++;
2055        }
2056    
2057        // Calorimeter
2058        if(CAL1||CAL2){
2059            tree_clone[i] = new TTree("Calorimeter","PAMELA calorimeter level2 data ");    
2060            if(CAL1) {
2061                tree_clone[i]->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
2062                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
2063            };
2064            if(CAL2) {
2065                tree_clone[i]->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
2066                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
2067            };
2068            i++;
2069        }    
2070    
2071        // ToF    
2072        if(TOF) {
2073            tree_clone[i] = new TTree("ToF","PAMELA ToF level2 data ");    
2074            tree_clone[i]->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
2075            cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
2076            i++;
2077        };
2078        // Trigger
2079        if(TRG) {
2080            tree_clone[i] = new TTree("Trigger","PAMELA trigger level2 data ");    
2081            tree_clone[i]->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
2082            cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
2083            i++;
2084        };
2085        // S4
2086        if(S4) {
2087            tree_clone[i] = new TTree("S4","PAMELA S4 level2 data ");      
2088            tree_clone[i]->Branch("S4Level2","S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
2089            cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
2090            i++;
2091        };
2092        // Neutron Detector
2093        if(ND) {
2094            tree_clone[i] = new TTree("NeutronD","PAMELA neutron detector level2 data ");  
2095            tree_clone[i]->Branch("NDLevel2","NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
2096            cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
2097            i++;
2098        };
2099        // Anticounters
2100        if(AC) {
2101            tree_clone[i] = new TTree("Anticounter","PAMELA anticounter detector level2 data ");    
2102            tree_clone[i]->Branch("AcLevel2","AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
2103            cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
2104            i++;
2105        };
2106        // OrbitalInfo
2107        if(ORB) {
2108            tree_clone[i] = new TTree("OrbitalInfo","PAMELA oribital info  ");      
2109            tree_clone[i]->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
2110            cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
2111            i++;
2112        };
2113        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2114    
2115    }
2116    
2117    
2118    /**
2119     * Fill tree (created with CreateCloneTrees)
2120     *
2121     */
2122    //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
2123    void PamLevel2::FillCloneTrees(){
2124            
2125        for(Int_t i=0; i<8; i++){
2126            if(tree_clone[i])tree_clone[i]->Fill();
2127        }
2128    }
2129    
2130    
2131    TTree* PamLevel2::GetCloneTree(TString name){
2132    
2133        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
2134            if(tree_clone[i]){
2135                TString na = tree_clone[i]->GetName();
2136                if(!name.CompareTo(na))return tree_clone[i];
2137            };
2138        }
2139        return NULL;
2140    
2141    }
2142    void PamLevel2::WriteCloneTrees(){
2143        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2144        cout << "Write clones of PAMELA trees "<<endl;
2145        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
2146            if(tree_clone[i]){
2147                cout << tree_clone[i]->GetName()<<endl;
2148                tree_clone[i]->Write();
2149            };
2150        }
2151        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2152    
2153    }
2154    
2155    /**
2156     * Create a new (empty) Pamela trees
2157     */
2158    // TTree* PamLevel2::GetNewPamTree(){
2159    
2160    //     if(tree_clone)return tree_clone;
2161    
2162    //     TTree *Tout = 0;
2163        
2164    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2165    //     cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
2166        
2167        
2168    //     if(TRK1||TRK2||TRKh){
2169    //      TTree *T = new TTree("Tracker_clone","PAMELA tracker level2 data ");    
2170    //      if(TRK1) {
2171    //          trk1_clone = new TrkLevel1();
2172    //          T->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", &trk1_clone);
2173    //          T->BranchRef();
2174    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
2175    //      };
2176    //      if(TRK2) {
2177    //          trk2_clone = new TrkLevel2();
2178    //          T->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",&trk2_clone);
2179    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
2180    //      };
2181    //      if(TRKh) {
2182    //          trkh_clone = new TrkHough();
2183    //          T->Branch("TrkHough","TrkHough", &trkh_clone);
2184    //          cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
2185    //      };
2186    //      if(!Tout)Tout=T;
2187    //      else Tout->AddFriend("Tracker_clone");
2188    //     }
2189    
2190    //     // Calorimeter
2191    //     if(CAL1||CAL2){
2192    //      TTree *C = new TTree("Calorimeter_clone","PAMELA calorimeter level2 data ");    
2193    //      if(CAL1) {
2194    //          calo1_clone = new CaloLevel1();
2195    //          C->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", &calo1_clone);
2196    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
2197    //      };
2198    //      if(CAL2) {
2199    //          calo2_clone = new CaloLevel2();
2200    //          C->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", &calo2_clone);
2201    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
2202    //      };
2203    //      if(!Tout)Tout=C;
2204    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter_clone");
2205    //     }    
2206    
2207    //     // ToF    
2208    //     if(TOF) {
2209    //      TTree *O = new TTree("ToF_clone","PAMELA ToF level2 data ");    
2210    //      tof_clone = new ToFLevel2();
2211    //      O->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", &tof_clone);
2212    //      cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
2213    //      if(!Tout)Tout=O;
2214    //      else Tout->AddFriend("ToF_clone");
2215    //     };
2216    //     // Trigger
2217    //     if(TRG) {
2218    //      TTree *R = new TTree("Trigger_clone","PAMELA trigger level2 data ");    
2219    //      trig_clone = new TrigLevel2();
2220    //      R->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", &trig_clone);
2221    //      cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
2222    //      if(!Tout)Tout=R;
2223    //      else Tout->AddFriend("Trigger_clone");
2224    //     };
2225    //     // S4
2226    //     if(S4) {
2227    //      TTree *S = new TTree("S4_clone","PAMELA S4 level2 data ");      
2228    //      s4_clone = new S4Level2();
2229    //      S->Branch("S4Level2","S4Level2", &s4_clone);
2230    //      cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
2231    //      if(!Tout)Tout=S;
2232    //      else Tout->AddFriend("S4_clone");
2233    //     };
2234    //     // Neutron Detector
2235    //     if(ND) {
2236    //      TTree *N = new TTree("NeutronD_clone","PAMELA neutron detector level2 data ");  
2237    //      nd_clone = new NDLevel2();
2238    //      N->Branch("NDLevel2","NDLevel2", &nd_clone);
2239    //      cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
2240    //      if(!Tout)Tout=N;
2241    //      else Tout->AddFriend("NeutronD_clone");
2242    //     };
2243    //     // Anticounters
2244    //     if(AC) {
2245    //      TTree *A = new TTree("Anticounter_clone","PAMELA anticounter detector level2 data ");  
2246    //      ac_clone = new AcLevel2();
2247    //      A->Branch("AcLevel2","AcLevel2", &ac_clone);
2248    //      cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
2249    //      if(!Tout)Tout=A;
2250    //      else Tout->AddFriend("Anticounter_clone");
2251    //     };
2252    //     // OrbitalInfo
2253    //     if(ORB) {
2254    //      TTree *B = new TTree("OrbitalInfo_clone","PAMELA oribital info  ");    
2255    //      orb_clone = new OrbitalInfo();
2256    //      B->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", &orb_clone);
2257    //      cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
2258    //      if(!Tout)Tout=B;
2259    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo_clone");
2260    //     };
2261    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2262    
2263    //     tree_clone = Tout;
2264    //     tree_clone->SetDirectory(0);
2265    
2266    //     return Tout;
2267    // }
2268    // /**
2269    //  * Fill a tree (created with GetNewPamTree)
2270    //  *
2271    //  */
2272    // //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
2273    // void PamLevel2::FillNewPamTree(){
2274            
2275    
2276    //     if(trk1_clone)  *trk1_clone = *trk1_obj;
2277    //     if(trk2_clone){
2278    //      trk2_clone->Clear();
2279    //      trk2_obj->Copy(*trk2_clone);
2280    // //   *trk2_clone = *trk2_obj;
2281    //     }
2282    //     if(trkh_clone)  *trkh_clone = *trkh_obj;
2283    //     if(calo1_clone){
2284    // //   *calo1_clone = *calo1_obj;
2285    //      calo1_clone->Clear();
2286    //      calo1_obj->Copy(*calo1_clone);
2287    //     }
2288    //     if(calo2_clone){
2289    // //   *calo2_clone = *calo2_obj;
2290    //      calo2_clone->Clear();
2291    //      calo2_obj->Copy(*calo2_clone);
2292    //     }
2293    //     if(tof_clone)   *tof_clone  = *tof_obj;
2294    //     if(trig_clone)  *trig_clone = *trig_obj;
2295    //     if(s4_clone)    *s4_clone   = *s4_obj;
2296    //     if(nd_clone)    *nd_clone   = *nd_obj;
2297    //     if(ac_clone)    *ac_clone   = *ac_obj;
2298    //     if(orb_clone)   *orb_clone  = *orb_obj;
2299    
2300    //     TTree *T = tree_clone;
2301    
2302    //     T->Fill(); //fill main tree
2303    // //    cout<<T->IsA()->GetName()<<" "<<T->GetName()<<endl;
2304    //     TList *li = T->GetListOfFriends();
2305    //     TIter next(li);
2306    //     TFriendElement* T_friend=0;
2307    //     while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
2308    // //   cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
2309    //      T_friend->GetTree()->Fill();//fill friends
2310    //     }
2311    
2312    // }

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