/[PAMELA software]/PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp
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revision 1.1 by pam-fi, Fri Jun 16 16:43:55 2006 UTC revision 1.16 by pam-fi, Tue Jan 16 13:19:58 2007 UTC
# Line 7  Line 7 
7   * Default constructor   * Default constructor
8   */   */
9  PamTrack::PamTrack(){  PamTrack::PamTrack(){
10      trk_track  = this->TrkTrack::GetTrkTrack();      trk_track  = 0;
11      calo_track = this->CaloTrkVar::GetCaloTrkVar();      calo_track = 0;
12      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      tof_track  = 0;
13        candeleteobj = 0;
14  };  };
15  //--------------------------------------  //--------------------------------------
16  //  //
# Line 19  PamTrack::PamTrack(){ Line 20  PamTrack::PamTrack(){
20   * Constructor   * Constructor
21   */   */
22  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkVar* c, ToFTrkVar* o){  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkVar* c, ToFTrkVar* o){
23      trk_track  = this->TrkTrack::GetTrkTrack();  
24      calo_track = this->CaloTrkVar::GetCaloTrkVar();      trk_track  = 0;
25      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      calo_track = 0;
26      if(t) *trk_track  = *t;      tof_track  = 0;
27      if(c) *calo_track = *c;  //     if(t)trk_track  = new TrkTrack(*t);
28      if(o) *tof_track  = *o;  //     if(c)calo_track = new CaloTrkVar(*c);
29    //     if(o)tof_track  = new ToFTrkVar(*o);
30        if(t)trk_track  = t;
31        if(c)calo_track = c;
32        if(o)tof_track  = o;
33        candeleteobj = 0;
34    
35  };  };
36    PamTrack::PamTrack(const PamTrack& track){
37    
38        TrkTrack   *t = track.trk_track;
39        CaloTrkVar *c = track.calo_track;
40        ToFTrkVar  *o = track.tof_track;
41    
42        trk_track  = 0;
43        calo_track = 0;
44        tof_track  = 0;
45        if(t)trk_track  = new TrkTrack(*t);
46        if(c)calo_track = new CaloTrkVar(*c);
47        if(o)tof_track  = new ToFTrkVar(*o);
48        candeleteobj = 1;
49        
50    }
51    void PamTrack::Clear(){
52    
53    //    cout << "PamTrack::Clear() "<<candeleteobj<<endl;
54        if(candeleteobj){
55            if(trk_track)  trk_track->TrkTrack::Clear();
56            if(calo_track) calo_track->CaloTrkVar::Clear();//???
57            if(tof_track)  tof_track->ToFTrkVar::Clear();//???
58        }else{
59            trk_track  = 0;
60            calo_track = 0;
61            tof_track  = 0;
62        }
63    }
64    void PamTrack::Delete(){
65    //    cout << "PamTrack::Delete() "<<candeleteobj<<endl;
66        if(candeleteobj){
67            if(trk_track)  {
68                trk_track->TrkTrack::Clear();
69                delete trk_track;
70            }
71            if(calo_track){
72                calo_track->CaloTrkVar::Clear();//???
73                delete calo_track;
74            }
75            if(tof_track){
76                tof_track->ToFTrkVar::Clear();//???
77                delete tof_track;
78            }
79        }else{
80            Clear();
81        }
82    }
83  //--------------------------------------  //--------------------------------------
84  //  //
85  //  //
# Line 35  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV Line 88  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV
88   * Constructor   * Constructor
89   */   */
90  PamLevel2::PamLevel2(){  PamLevel2::PamLevel2(){
91      trk_obj  = this->TrkLevel2::GetTrkLevel2();          
92      calo_obj = this->CaloLevel2::GetCaloLevel2();  //     trk2_obj  = TrkLevel2::GetTrkLevel2();
93      tof_obj  = this->ToFLevel2::GetToFLevel2();  //     trk1_obj  = TrkLevel1::GetTrkLevel1();
94      trig_obj = this->TrigLevel2::GetTrigLevel2();  //     trkh_obj  = TrkHough::GetTrkHough();
95      s4_obj   = this->S4Level2::GetS4Level2();  //     calo1_obj = CaloLevel1::GetCaloLevel1();
96      nd_obj   = this->NDLevel2::GetNDLevel2();  //     calo2_obj = CaloLevel2::GetCaloLevel2();
97      ac_obj   = this->AcLevel2::GetAcLevel2();  //     tof_obj   = ToFLevel2::GetToFLevel2();
98    //     trig_obj  = TrigLevel2::GetTrigLevel2();
99    //     s4_obj    = S4Level2::GetS4Level2();
100    //     nd_obj    = NDLevel2::GetNDLevel2();
101    //     ac_obj    = AcLevel2::GetAcLevel2();
102    //     orb_obj   = OrbitalInfo::GetOrbitalInfo();
103        trk2_obj  = 0;
104        trk1_obj  = 0;
105        trkh_obj  = 0;
106        calo1_obj = 0;
107        calo2_obj = 0;
108        tof_obj   = 0;
109        trig_obj  = 0;
110        s4_obj    = 0;
111        nd_obj    = 0;
112        ac_obj    = 0;
113        orb_obj   = 0;
114    
115        run_obj   = 0;//new GL_RUN();
116        soft_obj   = 0;// Emiliano
117        
118    
119        for(Int_t i=0; i<8; i++ )tree_clone[i]=NULL;
120    
121    //    sorted_tracks = 0;//new TRefArray();
122        
123        CAL1 = true;
124        CAL2 = true;
125        TRK2 = true;
126        TRK1 = false;
127        TRKh = false;
128        TRG = true;
129        TOF = true;
130        S4  = true;
131        ND  = true;
132        AC  = true;
133        ORB = true;
134        
135        RUN = true;
136    
137        tsorted=0;
138        timage=0;
139    
140    };
141    /**
142     * Delete the event (act as Dtor)
143     */
144    void PamLevel2::Delete(){
145            
146        if(run_obj)delete run_obj;
147        if(soft_obj)delete soft_obj; //Emiliano
148    
149    //    cout << "void PamLevel2::Clear()"<<endl;
150        if(trk1_obj) delete trk1_obj;      
151        if(trk2_obj) delete trk2_obj;
152        if(trkh_obj) delete trkh_obj;
153        if(calo1_obj)delete calo1_obj;
154        if(calo2_obj)delete calo2_obj;
155        if(tof_obj)  delete tof_obj;
156        if(trig_obj) delete trig_obj;
157        if(s4_obj)   delete s4_obj;
158        if(nd_obj)   delete nd_obj;
159        if(ac_obj)   delete ac_obj;
160        if(orb_obj)  delete orb_obj;
161        
162        if(tsorted){
163            tsorted->Delete();
164            delete tsorted;
165        }
166        if(timage){
167            timage->Delete();
168            delete timage;
169        }
170    };
171    
172    /**
173     * Clear the event (NB! does not deallocate objects)
174     */
175    void PamLevel2::Clear(){
176            
177    //    cout << "void PamLevel2::Clear()"<<endl;
178    
179    //
180    //    if(run_obj)delete run_obj;
181        if(run_obj) run_obj->Clear();  // Emiliano: Do not deallocate run_obj here, it will give segmentation fault! call clear instead
182        if(soft_obj) soft_obj->Clear();
183    
184        if(trk1_obj) trk1_obj->Clear();    
185        if(trk2_obj) trk2_obj->Clear();
186        if(trkh_obj) trkh_obj->Clear();
187        if(calo1_obj)calo1_obj->Clear();
188        if(calo2_obj)calo2_obj->Clear();
189        if(tof_obj)  tof_obj->Clear();
190        if(trig_obj) trig_obj->Clear();
191        if(s4_obj)   s4_obj->Clear();
192        if(nd_obj)   nd_obj->Clear();
193        if(ac_obj)   ac_obj->Clear();
194        if(orb_obj)  orb_obj->Clear();
195        
196    //    if(sorted_tracks)sorted_tracks->Clear();
197    //    sorted_tracks.Clear();
198    
199        if(tsorted){
200            tsorted->Delete();
201        }
202        if(timage){
203            timage->Delete();
204        }
205        
206    };
207    
208    
209    //--------------------------------------
210    //
211    //
212    //--------------------------------------
213    void *PamLevel2::GetPointerTo(const char* c ){
214    
215        TString objname = c;
216    
217        if(!objname.CompareTo("TrkLevel1"))  {
218            if(!trk1_obj){
219                trk1_obj  = new TrkLevel1();
220                trk1_obj->Set();
221            }
222            return &trk1_obj;
223        };
224        if(!objname.CompareTo("TrkLevel2"))  {
225            if(!trk2_obj){  
226                trk2_obj  = new TrkLevel2();
227                trk2_obj->Set();
228            }
229            return &trk2_obj;
230        };
231        if(!objname.CompareTo("TrkHough"))   {
232            if(!trkh_obj)  trkh_obj  = new TrkHough();
233            return &trkh_obj;
234        };
235        if(!objname.CompareTo("CaloLevel1")) {
236            if(!calo1_obj) calo1_obj = new CaloLevel1();
237            return &calo1_obj;
238        };
239        if(!objname.CompareTo("CaloLevel2")) {
240            if(!calo2_obj){
241                calo2_obj = new CaloLevel2();
242                calo2_obj->Set();
243            };
244            return &calo2_obj;
245        };
246        if(!objname.CompareTo("ToFLevel2"))  {
247            if(!tof_obj){
248                tof_obj   = new ToFLevel2();
249                tof_obj->Set();
250            }
251            return &tof_obj;
252        };
253        if(!objname.CompareTo("TrigLevel2")) {
254            if(!trig_obj)  trig_obj  = new TrigLevel2();
255            return &trig_obj;
256        };
257        if(!objname.CompareTo("S4Level2"))   {
258            if(!s4_obj)    s4_obj    = new S4Level2();
259            return &s4_obj;
260        };
261        if(!objname.CompareTo("NDLevel2"))   {
262            if(!nd_obj)    nd_obj    = new NDLevel2();
263            return &nd_obj;
264        };
265        if(!objname.CompareTo("AcLevel2"))   {
266            if(!ac_obj)    ac_obj    = new AcLevel2();
267            return &ac_obj;
268        };
269        if(!objname.CompareTo("OrbitalInfo")){
270            if(!orb_obj)   orb_obj   = new OrbitalInfo();
271            return &orb_obj;
272        };
273        
274        if(!objname.CompareTo("RunInfo"))return &run_obj;
275    
276        if(!objname.CompareTo("SoftInfo"))return &soft_obj; // Emiliano
277    
278        return NULL;
279  };  };
280  //--------------------------------------  //--------------------------------------
281  //  //
282  //  //
283  //--------------------------------------  //--------------------------------------
284  /**  /**
285     * Retrieves the calorimeter track matching the seqno-th tracker stored track.
286     * (If seqno = -1 retrieves the self-trigger calorimeter track)
287     */
288     CaloTrkVar *PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int seqno){
289        
290         if( !calo2_obj )return 0;
291    
292         if( calo2_obj->CaloLevel2::ntrk()==0 ){
293             cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no Calorimeter tracks are stored"<<endl;
294             return NULL;
295         };
296        
297         CaloTrkVar *c = 0;
298         Int_t it_calo=0;
299        
300         do{
301             c = calo2_obj->CaloLevel2::GetCaloTrkVar(it_calo);
302             it_calo++;
303         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_calo < calo2_obj->CaloLevel2::ntrk());    
304        
305         if(!c || seqno != c->trkseqno){
306             c = 0;
307             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match Calorimeter stored tracks"<<endl;
308         };
309         return c;
310        
311     };
312    //--------------------------------------
313     //
314     //
315    //--------------------------------------
316    /**
317      * Retrieves the ToF track matching the seqno-th tracker stored track.
318      * (If seqno = -1 retrieves the tracker-independent tof track)
319     */
320     ToFTrkVar *PamLevel2::GetToFStoredTrack(int seqno){
321            
322         if( !tof_obj )return 0;
323    
324         if( tof_obj->ToFLevel2::ntrk()==0 ){
325             cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no ToF tracks are stored"<<endl;
326             return NULL;
327         };
328        
329         ToFTrkVar *c = 0;
330         Int_t it_tof=0;
331        
332         do{
333             c = tof_obj->ToFLevel2::GetToFTrkVar(it_tof);
334             it_tof++;
335         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_tof < tof_obj->ToFLevel2::ntrk());        
336        
337         if(!c || seqno != c->trkseqno){
338             c = 0;
339             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match ToF stored tracks"<<endl;
340         };
341         return c;
342        
343     };
344    
345    //--------------------------------------
346     //
347     //
348    //--------------------------------------
349    /**
350     * Give the pamela track associated to a tracker track, retrieving related calorimeter and tof track information.
351     */
352     PamTrack* PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t){
353        
354         cout <<"PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t) **obsolete** "<<endl;
355         cout <<"(if you use it, remember to delete the PamTrack object)"<<endl;
356    
357         CaloTrkVar *c = 0;
358         ToFTrkVar  *o = 0;
359        
360         if(CAL2) c = GetCaloStoredTrack(t->GetSeqNo());
361         if(TOF) o = GetToFStoredTrack(t->GetSeqNo());
362        
363    //    if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);
364         PamTrack *track = new PamTrack(t,c,o);
365        
366         return track;
367    
368     };
369    //--------------------------------------
370    //
371    //
372    //--------------------------------------
373    /**
374   * Retrieves the it-th stored track.   * Retrieves the it-th stored track.
375   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
376   * @param itrk Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param itrk Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
# Line 55  PamLevel2::PamLevel2(){ Line 378  PamLevel2::PamLevel2(){
378    
379  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){
380            
381      // retrieve itrk-th tracker stored track      cout <<"PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk) **to-be-updated** "<<endl;
382      TrkTrack   *t = 0;      cout <<"for the moment, better use separately the methods: TrkLevel2::GetStoredTrack(seqno) CaloLevel2::GetCaloTrkVar(Int_t notrack) ToFLevel2::GetToFTrkVar(Int_t notrack)"<<endl;
383      CaloTrkVar *c = 0;      cout <<"(if you use it, remember to delete the PamTrack object)"<<endl;
384      ToFTrkVar  *o = 0;      PamTrack *track = 0;
385        
386      if( itrk >=0 && itrk < TrkLevel2::ntrk() ){      if( itrk >=0 && itrk < trk2_obj->TrkLevel2::ntrk() ){
387          t = TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);              
388          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());          TrkTrack *t = trk2_obj->TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);
389          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());          track = GetPamTrackAlong(t);
390            
391            
392    
393        }else{
394            cout << "PamLevel2::GetStoredTrack(int) : tracker track SeqNo "<< itrk <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
395      };      };
     //  retrieve related ToF-track  
396            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
397      return track;      return track;
398            
399  }  }
# Line 78  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_ Line 402  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_
402  //  //
403  //--------------------------------------  //--------------------------------------
404  /**  /**
405   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in a TObjectArray (of TrkTrack objects).   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in the TRefArray (of TrkTrack objects) which pointer is  PamLevel2::sorted_tracks.
406   * The total number of physical tracks is given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the method GetTrack(int it).   * @param how String to set the sorting cryterium (es: "CAL" or "TRK+CAL+TOF" ecc...).
407   * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.   * Sorting cryteria:
408   * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.   * TRK: lower chi**2
409     * CAL: lower Y spatial residual on the first calorimeter plane
410     * TOF: bigger numebr of hit PMTs along the track, on S12 S21 S32 (where paddles are along the Y axis).
411     * The default sorting cryterium is "TOF+CAL".
412     *
413     * The total number of physical tracks is always given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the methods GetTrack(int it) and GetTrack(int it, TString how).
414   */   */
415  TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){  void PamLevel2::SortTracks(TString how){
416    
417      // define new array for sorted tracker tracks  //    cout <<" PamLevel2::SortTracks(TString how) "<<endl;
418      TClonesArray *aa = new TClonesArray("TrkTrack");      if( !trk2_obj ){
419      TClonesArray &sorted = *aa;          cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how):  TrkLevel2 not loaded !!!";
420            return;
421        };
422    //    cout << "call SortTracs() "<<endl;
423      //Save current Object count
424        Int_t ObjectNumber = TProcessID::GetObjectCount();
425    
426    //    cout << "ObjectNumber  "<<ObjectNumber <<endl;
427    
428    //     if(!sorted_tracks)sorted_tracks = new TRefArray();
429    //     sorted_tracks->Clear();
430    //    sorted_tracks.Clear();
431    
432        if(!tsorted)tsorted = new TClonesArray("PamTrack",trk2_obj->GetNTracks());
433        tsorted->Delete();
434        TClonesArray &ttsorted = *tsorted;
435        if(!timage)timage = new TClonesArray("PamTrack",trk2_obj->GetNTracks());
436        timage->Delete();
437        TClonesArray &ttimage = *timage;
438    
     // loop over the tracks sorted by the tracker  
     for(Int_t i=0; i < TrkLevel2::GetNTracks(); i++){  
439    
440          TrkTrack *ts=0;      // loop over the tracks sorted by the tracker
441        Bool_t use_TRK = how.Contains("TRK", TString::kIgnoreCase);
442        Bool_t use_CAL = how.Contains("CAL", TString::kIgnoreCase);
443        Bool_t use_TOF = how.Contains("TOF", TString::kIgnoreCase);
444        
445        if( !CAL2 &&  use_CAL) use_CAL = false;
446        if( !TOF &&  use_TOF) use_TOF = false;
447        
448        if( !TRK2 ){
449    //      cout << "SortTracks() : without tracker does not work!!! (not yet)" << endl;
450            return;
451        };
452    
453        //   cout << "use_CAL "<<use_CAL<<" use_TOF "<<use_TOF<<" use_TRK "<<use_TRK <<endl;
454        
455        for(Int_t i=0; i < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks(); i++){
456            
457            TrkTrack   *ts = 0;
458            CaloTrkVar *cs = 0;
459            ToFTrkVar  *os = 0;
460            
461          // get tracker tracks          // get tracker tracks
462          TrkTrack   *tp = TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker          TrkTrack   *tp = trk2_obj->TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker
463          CaloTrkVar *cp = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(tp->GetSeqNo()); //calorimeter          CaloTrkVar *cp = GetCaloStoredTrack(tp->GetSeqNo());
464          ToFTrkVar  *op = ToFLevel2::GetToFTrkVar(tp->GetSeqNo());   //tof          ToFTrkVar  *op = GetToFStoredTrack(tp->GetSeqNo());
465    
466            TrkTrack   *ti = 0;              //tracker (image)
467            CaloTrkVar *ci = 0;
468            ToFTrkVar  *oi = 0;
469    //      cout << "trk track n. "<<i << " "<<hex<< tp <<dec<< endl;
470          // if track has an image, check image selection          // if track has an image, check image selection
471          if(tp->HasImage()){          if(tp->HasImage()){
472              TrkTrack   *ti = TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)              
473              CaloTrkVar *ci = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(ti->GetSeqNo());//calorimeter (image)              ti = trk2_obj->TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)
474              ToFTrkVar  *oi = ToFLevel2::GetToFTrkVar(ti->GetSeqNo());  //tof (image)              ci = GetCaloStoredTrack(ti->GetSeqNo());
475                oi = GetToFStoredTrack(ti->GetSeqNo());
476                
477    //          cout << "its image "<<i << " "<<hex<< ti <<dec<< endl;
478    
479              //assign starting scores              //assign starting scores
480              Int_t tp_score = 1;              Int_t tp_score = 0;  //main track sorted by the tracker
481              Int_t ti_score = 0;              Int_t ti_score = 0;  //image track
482                
483              // ------------------------              // ------------------------
484              // calorimeter check              // calorimeter check
485              // ------------------------              // ------------------------
486                // check the Y spatial residual on the first calorimeter plane
487                // (cut on calorimeter variables from Emiliano)
488                if( use_CAL && !calo2_obj ){
489                    cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): how= "<<how<<" but CaloLevel2 not loaded !!!";
490                    return;
491                };
492              if(              if(
493                        npcfit[1] > 3   &&  //no. of fit planes on Y view                  use_CAL            &&
494  //              varcfit[1] < 50.&&  //fit variance on Y view                  calo2_obj->npcfit[1] > 15     &&   //no. of fit planes on Y view
495                        true){                  calo2_obj->varcfit[1] < 1000. &&  //fit variance on Y view
496                    true){
497                  Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;  
498                  Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;                  
499                    Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - calo2_obj->cbar[0][1]; if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;
500                    Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - calo2_obj->cbar[0][1]; if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;
501                    
502                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;
503                  else                 ti_score++;                  else                 ti_score++;
504                        };  
505    //              cout << "CALO "<<tp_score<<ti_score<<endl;
506    
507                };
508              // ------------------------              // ------------------------
509              // TOF check              // TOF check
510              // ------------------------                  // ------------------------    
511                // check the number of hit pmts along the track
512                // on S12 S21 and S32, where paddles are parallel to Y axis
513                if( use_TOF && !tof_obj ){
514                    cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): how= "<<how<<" but ToFLevel2 not loaded !!!";
515                    return;
516                };
517                if( use_TOF ){
518                    
519                    Int_t nphit_p =0;
520                    Int_t nphit_i =0;
521                    
522                    
523    /*                              cout << "track: npmtadc "<< op->npmtadc << endl;
524                                    cout << "track: npmttdc "<< op->npmttdc << endl;
525                                    cout << "image: npmtadc "<< oi->npmtadc << endl;
526                                    cout << "image: npmttdc "<< oi->npmttdc << endl;*/
527                    
528                    for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
529                        Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
530                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_p++;
531                    };
532                    
533                    for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
534                        Int_t pl = tof_obj->GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
535                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_i++;
536                    };
537                    
538                    if(
539                        use_TOF            &&
540                        (nphit_p+nphit_i) !=0 &&    
541                        true){
542                        
543                        if( nphit_p >= nphit_i) tp_score++;
544                        else ti_score++;
545                    };
546    //              cout << "TOF "<<tp_score<<ti_score<<endl;
547                };
548                if(tp_score == ti_score) use_TRK = true;
549                // ------------------------
550                // tracker check
551                // ------------------------
552                // chi**2 difference is not always large enough to distinguish among
553                // the real track and its image.
554                // Tracker check will be applied always when calorimeter and tof information is ambiguous.
555                if(use_TRK){
556                    if(      tp->chi2 > 0 && tp->chi2 < ti->chi2 ) tp_score++ ;
557                    else if( ti->chi2 > 0 && ti->chi2 < tp->chi2 ) ti_score++ ;
558    //              cout << "TRK "<<tp_score<<ti_score<<endl;
559                };
560                
561              // ------------------------              // ------------------------
562              // the winner is....              // the winner is....
563              // ------------------------                  // ------------------------    
564                        if(tp_score > ti_score) ts = tp;//the track sorted by the tracker!!              if      (tp_score > ti_score) {
565                        else                    ts = ti;//its image!!  //              ts = tp;//the track sorted by the tracker!!
566    //              cs = cp;
567    //              os = op;
568                }else if (tp_score < ti_score) {
569                    ts = ti;//its image!!
570                    cs = ci;
571                    os = oi;
572    
573                    ti = tp;//its image!!
574                    ci = cp;
575                    oi = op;
576    
577                    tp = ts;//its image!!
578                    cp = cs;
579                    op = os;
580    
581                    
582                }else {
583    //              ts = tp;
584    //              cs = cp;
585    //              os = op;
586    //                              cout << "Warning - track image ambiguity not solved" << endl;
587    //                              cout << ts->GetNtot() << " "<< ts->chi2 << " " << npcfit[1] << " "<< nphit_p << endl;
588                };
589                
590          }else{          }else{
591              ts = tp;  //          ts = tp;
592    //          cs = cp;
593    //          os = op;
594          };          };
595                    
596          new(sorted[i]) TrkTrack(*ts); //save the track in the sorted array  //      cout <<" SortTracks() "<<i<<" -- "<<ts<<endl;
597    //      sorted_tracks->Add(ts);//save the track in the sorted array
598    //      sorted_tracks.Add(ts);//save the track in the sorted array
599    //      sorted_tracks.Add(tp);//save the track in the sorted array
600    //      cout << "SortTracks:: sorted_tracks->Add(it) "<<i<<" "<<ts<<endl;
601    //      cout<<"o "<<tp<<endl;
602    //      cout<<"o "<<cp<<endl;
603    //      cout<<"o "<<op<<endl;
604            new(ttsorted[i]) PamTrack(tp,cp,op);
605            new(ttimage[i])  PamTrack(ti,ci,oi);
606      };      };
607    
608      return aa;      if( tsorted->GetEntries() != trk2_obj->GetNTracks() ){
609            cout << "void PamLevel2::SortTracks(TString how): tsorted->GetEntries() "<<tsorted->GetEntries()<<" != trk2_obj->GetNTracks() = "<<trk2_obj->GetNTracks() <<endl;
610            tsorted->Delete(); tsorted=0;
611            timage->Delete(); timage=0;    
612        }
613    
614        //Restore Object count
615        //To save space in the table keeping track of all referenced objects
616        //We reset the object count to what it was at the beginning of the event.
617        TProcessID::SetObjectCount(ObjectNumber);
618        
619  };  };
620  //--------------------------------------  //--------------------------------------
621  //  //
622  //  //
623  //--------------------------------------  //--------------------------------------
624  /**  /**
625     * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.
626     * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.
627     */
628    // TRefArray *PamLevel2::GetTracks(){
629    
630    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
631    //     SortTracks("+CAL+TOF");
632    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
633    
634    // //   return  sorted_tracks;
635    //     return &sorted_tracks;
636        
637    //  };
638    TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){
639    
640    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
641        SortTracks("+CAL+TOF");
642    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
643    
644        return tsorted;
645        
646     };
647    //--------------------------------------
648     //
649     //
650    //--------------------------------------
651    /**
652   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.
653   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
654   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
655   */   */
656  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){
657    
658      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //    if(!trk2_obj) return 0;
659      TClonesArray &sorted = *aa;          
660    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
661    //     SortTracks("+CAL+TOF");
662    // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
663    // //    if(!sorted_tracks)return 0;
664    //     if(sorted_tracks.IsEmpty())return 0;
665    
666    //     PamTrack *track = 0;
667        
668    //     if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() && it<sorted_tracks.GetEntriesFast() ){    
669    //      TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
670    //      track = GetPamTrackAlong(t);
671    //     }else{
672    //      cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
673    //     };
674        
675    //     return track;
676    
677      TrkTrack   *t = 0;  //    cout << "PamLevel2::GetTrack(int it) "<<endl;
678      CaloTrkVar *c = 0;  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
679      ToFTrkVar  *o = 0;      SortTracks("+CAL+TOF");
680    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
681        if(!tsorted)return 0;
682        if(!tsorted->GetEntries())return 0;
683    
684      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){      PamTrack *track = 0;
685          t = (TrkTrack*)sorted[it];      
686          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());      if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()){
687          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());  //      TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
688    //      track = GetPamTrackAlong(t);
689            TClonesArray &t = *(tsorted);
690            track = (PamTrack*)t[it];
691            
692        }else{
693            cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
694      };      };
695            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
696      return track;      return track;
697        
698  };  };
699    
700  //--------------------------------------  //--------------------------------------
701  //  //
702  //  //
703  //--------------------------------------  //--------------------------------------
704  /**  /**
705   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::GetTracks().   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::SortTracks().
706   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
707   */   */
708  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){
709    
710      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //     if(!trk2_obj) return 0;
     TClonesArray &sorted = *aa;  
711    
712      TrkTrack   *t = 0;  // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
713      CaloTrkVar *c = 0;  //     SortTracks("+CAL+TOF");
714      ToFTrkVar  *o = 0;  // //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
715    // //    if(!sorted_tracks)return 0;
716    //     if(sorted_tracks.IsEmpty())return 0;
717        
718    //     PamTrack *image = 0;
719        
720    //     if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() ){
721    //      TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted_tracks.At(it);
722    //      if( temp->HasImage() ){
723    //          TrkTrack   *t = trk2_obj->TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());
724    //          image = GetPamTrackAlong(t);
725    //      }else{
726    //          cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
727    //      };
728    //     }else{
729    //      cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
730    //     };
731        
732    //     return image;
733    
734      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){  
735          TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted[it];  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
736          if( temp->HasImage() ){      SortTracks("+CAL+TOF");
737              t = TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
738              c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(temp->GetImageSeqNo());      if(!timage)return 0;
739              o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(temp->GetImageSeqNo());      if(!timage->GetEntries())return 0;
740        
741        PamTrack *image = 0;
742        
743        if( it >=0 && it < trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks() ){
744            TClonesArray &t = *(tsorted);
745            PamTrack *temp = (PamTrack*)t[it];
746            if( temp->GetTrkTrack()->HasImage() ){
747                TClonesArray &t = *(timage);
748                image = (PamTrack*)t[it];
749            }else{
750    //          cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
751          };          };
752        }else{
753            cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<trk2_obj->TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
754      };      };
755            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *image = 0;  
     if(t && c && o)image = new PamTrack(t,c,o);  
756      return image;      return image;
       
757  }  }
758    
759  //--------------------------------------  //--------------------------------------
# Line 209  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i Line 761  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i
761  //  //
762  //--------------------------------------  //--------------------------------------
763  /**  /**
764   * Get the Pamela detector trees and make them friends.   * Get the Pamela detector trees in a single file and make them friends.
765     * @param f TFile pointer
766     * @param detlist String to select trees to be included
767     * @return Pointer to a TTree
768   */   */
769  TTree *PamLevel2::LoadPamTrees(TFile *f){  TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile *f, TString detlist ){
770        
771      TTree *Tout =0;  //     if( !detlist.IsNull() ) SetWhichTrees(detlist);
772        //     else                    GetWhichTrees(f);
773      // Tracker      SetWhichTrees(detlist);
774    
775        TTree *Trout =0;
776    
777        TString fname = f->GetName();
778        if(!CheckLevel2File(fname))return NULL;
779    
780        UInt_t *found=0;    
781    
782        cout<< "GetPamTree(TFile*,TString): detector list --> ";
783        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
784        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
785        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
786        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
787        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
788        if(TOF)cout<<"TOF ";
789        if(TRG)cout<<"TRG ";
790        if(AC)cout<<"AC ";
791        if(ND)cout<<"ND ";
792        if(S4)cout<<"S4 ";
793        if(ORB)cout<<"ORB ";
794        cout << endl;
795    
796        f->cd();
797    
798    // Tracker
799      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
800      if(T) {      if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
801          T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerToTrk());          if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
802          cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;          else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
803          if(!Tout)Tout=T;          if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
804            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
805            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
806            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
807            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
808            else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
809            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
810            if(!Trout)Trout=T;
811            else Trout->AddFriend(T);
812      }else{      }else{
813          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
814      };      };
815      // Calorimeter      // Calorimeter
816      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
817      if(C) {      if(C && (CAL2||CAL1)) {
818          C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerToCalo());          if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
819          cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;          else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
820          if(!Tout)Tout=C;          if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
821          else Tout->AddFriend(C);          if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
822            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
823            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
824            if(!Trout)Trout=C;
825            else Trout->AddFriend(C);
826      }else{      }else{
827          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
828      };      };
829    
830      // ToF          // ToF    
831      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");
832      if(O) {      if(O && TOF) {
833          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerToToF());          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
834          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
835          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
836          else Tout->AddFriend(O);          else Trout->AddFriend(O);
837      }else{      }else{
838          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
839      };      };
840      // Trigger      // Trigger
841      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");
842      if(R) {      if(R && TRG) {
843          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerToTrig());          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
844          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
845          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
846          else Tout->AddFriend(R);          else Trout->AddFriend(R);
847      }else{      }else{
848          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
849      };      };
850      // S4      // S4
851      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");
852      if(S) {      if(S && S4) {
853          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerToS4());          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
854          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
855          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
856          else Tout->AddFriend(S);          else Trout->AddFriend(S);
857      }else{      }else{
858          cout << "S4           : missing tree"<<endl;          cout << "S4           : missing tree"<<endl;
859      };      };
860      // Neutron Detector      // Neutron Detector
861      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");
862      if(N) {      if(N && ND) {
863          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerToND());          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
864          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
865          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
866          else Tout->AddFriend(N);          else Trout->AddFriend(N);
867      }else{      }else{
868          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
869      };      };
870      // Anticounters      // Anticounters
871      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");
872      if(A) {      if(A && AC) {
873          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerToAc());          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
874          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
875          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
876          else Tout->AddFriend(A);          else Trout->AddFriend(A);
877      }else{      }else{
878          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
879      };      };
880        // Orbital Info
881        TTree *B = (TTree*)f->Get("OrbitalInfo");
882        if(B && ORB) {
883            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
884            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
885            if(!Trout)Trout=O;
886            else Trout->AddFriend(B);
887        }else{
888            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
889        };
890        
891        cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
892        
893        return Trout;
894        
895    }
896    //--------------------------------------
897    //
898    //
899    //--------------------------------------
900    /**
901     * Get list of Level2 files.
902     * @param ddir Level2 data directory.
903     * @param flisttxt Name of txt file containing file list.
904     * @return Pointer to a TList of TSystemFiles
905     * If no input file list is given , all the Level2 files inside the directory are processed.
906     */
907    TList*  PamLevel2::GetListOfLevel2Files(TString ddir, TString flisttxt = ""){
908            
909        TString wdir = gSystem->WorkingDirectory();
910        
911        if(ddir=="")ddir = wdir;
912    //      TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
913        cout << "Level2 data directory : "<<  ddir << endl;
914        
915        TList *contents  = new TList; // create output list
916        contents->SetOwner();
917        
918    //    char *fullpath;
919        const char *fullpath;
920        
921        // if no input file list is given:  
922        if ( flisttxt != "" ){
923            
924    //      if( !gSystem->IsFileInIncludePath(flisttxt,&fullpath) ){        
925            if( !(fullpath = gSystem->FindFile("./",flisttxt)) ){
926                cout <<"File "<<flisttxt<<" not found"<<endl;
927                return 0;
928            }      
929    //              flisttxt = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(flisttxt),gSystem->BaseName(flisttxt));
930            flisttxt = fullpath;
931    
932            if( !gSystem->ChangeDirectory(ddir) ){
933                cout << "Cannot change directory : "<<ddir<<endl;
934                return 0;
935            }
936            
937            cout <<"Input file list : " << flisttxt <<endl;
938            ifstream in;
939            in.open(flisttxt, ios::in); //open input file list
940            int line=0;
941            while (1) {
942                TString file;
943                in >> file;
944                if (!in.good()) break;
945                line++;
946    //          cout <<"(1) " << file << endl;
947                if(file.IsNull()){
948                    cout << "-- list interrupted at line "<<line <<endl;
949                    break;
950                }
951                if(file.Contains("#"))file = file(0,file.First("#"));
952    //          cout <<"(2) " << file << endl;
953    //          if( gSystem->IsFileInIncludePath(file,&fullpath) ){
954                if( (fullpath = gSystem->FindFile(ddir,file)) ){
955    
956                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));// add file to the list
957    
958                }else{
959    //              if(file.Data()!="")cout << "File: "<<file<<" ---> missing "<< endl;
960                };
961            };
962            in.close();
963            
964        }else{
965            
966            cout << "No input file list given."<<endl;
967            cout << "Check for existing root files."<<endl;
968    //              cout << "Warking directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
969            
970            TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
971            TList *temp = datadir->GetListOfFiles();
972    //              temp->Print();
973    //              cout << "*************************************" << endl;
974            
975            TIter next(temp);
976            TSystemFile *questo = 0;
977            
978            
979            while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
980                TString name =  questo-> GetName();
981                if( name.EndsWith(".root") ){
982                    const char *fullpath = gSystem->FindFile(ddir,name);
983    //              char *fullpath;
984    //              gSystem->IsFileInIncludePath(name,&fullpath);
985                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));
986                };
987            }
988            delete temp;
989            delete datadir;
990            
991        };
992        gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
993    //      cout << endl << "Selected files:" << endl;
994    //      contents->Print();
995        cout << contents->GetEntries()<<" files selected\n";
996    //      cout << endl;
997    //      cout << "Working directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
998        return contents;
999    };
1000    //--------------------------------------
1001    //
1002    //
1003    //--------------------------------------
1004    /**
1005     * Get the Pamela detector chains from a list of files and make them friends.
1006     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1007     * @param detlist String to select trees to be included
1008     * @return Pointer to a TChain
1009     */
1010    TChain *PamLevel2::GetPamTree(TList *fl, TString detlist ){
1011        
1012        TChain *Trout =0;
1013    
1014    //    if( !detlist.IsNull() )SetWhichTrees(detlist);
1015        SetWhichTrees(detlist);
1016        
1017        cout<< "GetPamTree(TList*,TString): input detector list --> ";
1018        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1019        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1020        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1021        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1022        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1023        if(TOF)cout<<"TOF ";
1024        if(TRG)cout<<"TRG ";
1025        if(AC)cout<<"AC ";
1026        if(ND)cout<<"ND ";
1027        if(S4)cout<<"S4 ";
1028        if(ORB)cout<<"ORB ";
1029        cout << endl;
1030    
1031        TChain *T = 0;      
1032        TChain *C = 0;
1033        TChain *O = 0;
1034        TChain *R = 0;
1035        TChain *S = 0;
1036        TChain *N = 0;
1037        TChain *A = 0;
1038        TChain *B = 0;
1039        
1040        if(TRK2||TRK1||TRKh) T = new TChain("Tracker");    
1041        if(CAL2||CAL1)       C = new TChain("Calorimeter");
1042        if(TOF)              O = new TChain("ToF");
1043        if(TRG)              R = new TChain("Trigger");
1044        if(S4)               S = new TChain("S4");
1045        if(ND)               N = new TChain("NeutronD");
1046        if(AC)               A = new TChain("Anticounter");
1047        if(ORB)              B = new TChain("OrbitalInfo");
1048        
1049        // loop over files and create chains        
1050        TIter next(fl);
1051        TSystemFile *questo = 0;
1052        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1053            TString name =  questo->GetName();
1054            cout << "File: "<< name << endl;
1055            if( CheckLevel2File(name) ){
1056                if(TRK2||TRK1||TRKh) T->Add(name);
1057                if(CAL1||CAL2)       C->Add(name);
1058                if(TOF)              O->Add(name);
1059                if(TRG)              R->Add(name);
1060                if(S4)               S->Add(name);
1061                if(ND)               N->Add(name);
1062                if(AC)               A->Add(name);
1063                if(ORB)              B->Add(name);
1064            };
1065        }
1066        
1067        cout << "done chain \n";
1068    
1069        UInt_t *found=0;
1070    // Tracker
1071        if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
1072            if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1073            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
1074            if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1075            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1076            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
1077            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1078            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1079            else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
1080            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1081            if(!Trout)Trout=T;
1082            else Trout->AddFriend("Tracker");
1083        }else{
1084            cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
1085        };
1086        // Calorimeter
1087        if(C && (CAL2||CAL1)) {
1088            if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1089            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
1090            if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1091            if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1092            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
1093            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1094            if(!Trout)Trout=C;
1095            else Trout->AddFriend("Calorimeter");
1096        }else{
1097            cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
1098        };
1099        // ToF    
1100        if(O && TOF) {
1101            O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1102            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1103            if(!Trout)Trout=O;
1104            else Trout->AddFriend("ToF");
1105        }else{
1106            cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
1107        };
1108        // Trigger
1109        if(R && TRG) {
1110            R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1111            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1112            if(!Trout)Trout=O;
1113            else Trout->AddFriend("Trigger");
1114        }else{
1115            cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
1116        };
1117        // S4
1118        if(S && S4) {
1119            S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1120            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1121            if(!Trout)Trout=O;
1122            else Trout->AddFriend("S4");
1123        }else{
1124            cout << "S4           : missing tree"<<endl;
1125        };
1126        // Neutron Detector
1127        if(N && ND) {
1128            N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1129            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1130            if(!Trout)Trout=O;
1131            else Trout->AddFriend("NeutronD");
1132        }else{
1133            cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
1134        };
1135        // Anticounters
1136        if(A && AC) {
1137            A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1138            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1139            if(!Trout)Trout=O;
1140            else Trout->AddFriend("Anticounter");
1141        }else{
1142            cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
1143        };
1144        // Orbital Info
1145        if(B && ORB) {
1146            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1147            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1148            if(!Trout)Trout=O;
1149            else Trout->AddFriend("OrbitalInfo");
1150        }else{
1151            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
1152        };
1153        
1154    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
1155    
1156        
1157    //     // Tracker
1158    //     if(TRK2||TRK1||TRKh){
1159    //      if(!Tout)Tout=T;
1160    //      else Tout->AddFriend("Tracker");
1161    //     }
1162    //     // Calorimeter
1163    //     if(CAL2||CAL1) {        
1164    //      if(!Tout)Tout=C;
1165    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter");
1166    //     };
1167    //     // ToF    
1168    //     if(TOF) {
1169    //      if(!Tout)Tout=O;
1170    //      else Tout->AddFriend("ToF");
1171    //     };
1172    //     // Trigger
1173    //     if(TRG) {
1174    //      if(!Tout)Tout=R;
1175    //      else Tout->AddFriend("Trigger");
1176    //     };
1177    //     // S4
1178    //     if(S4) {
1179    //      if(!Tout)Tout=S;
1180    //      else Tout->AddFriend("S4");
1181    //     };
1182    //     // Neutron Detector
1183    //     if(ND) {
1184    //      if(!Tout)Tout=N;
1185    //      else Tout->AddFriend("NeutronD");
1186    //     };
1187    //     // Anticounters
1188    //     if(AC) {
1189    //      if(!Tout)Tout=A;
1190    //      else Tout->AddFriend("Anticounter");
1191    //     };
1192    //     // OrbitalInfo
1193    //     if(ORB) {
1194    //      if(!Tout)Tout=B;
1195    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo");
1196    //     };
1197        
1198    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Tout->GetEntries()<<endl<<endl;
1199        
1200    //    if( Tout->GetEntries() )PamLevel2::SetBranchAddress( Tout );
1201        
1202        return Trout;
1203    }
1204    
1205    
1206    
1207    //--------------------------------------
1208    //
1209    //
1210    //--------------------------------------
1211    /**
1212     * Set branch addresses for Pamela friend trees
1213     */
1214    void PamLevel2::SetBranchAddress(TTree *t){
1215    
1216        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
1217        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
1218        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
1219        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
1220        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
1221        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
1222        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
1223        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
1224        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
1225        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
1226        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
1227    
1228    
1229        // Tracker
1230        if(TRK1) {
1231            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1232            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1233        };
1234        if(TRK2) {
1235            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1236            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1237        };
1238        if(TRKh) {
1239            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1240            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1241        };
1242        
1243        // Calorimeter
1244        if(CAL1) {
1245            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1246            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1247        };
1248        if(CAL2) {
1249            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1250            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1251        };
1252        
1253        // ToF    
1254        if(TOF) {
1255            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1256            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1257        };
1258        // Trigger
1259        if(TRG) {
1260            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1261            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1262        };
1263        // S4
1264        if(S4) {
1265            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1266            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1267        };
1268        // Neutron Detector
1269        if(ND) {
1270            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1271            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1272        };
1273        // Anticounters
1274        if(AC) {
1275            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1276            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1277        };
1278        // OrbitalInfo
1279        if(ORB) {
1280            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1281            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1282        };
1283        
1284    }
1285    /**
1286     * Set branch addresses for Pamela friend trees
1287     */
1288    void PamLevel2::SetBranchAddress(TChain *t){
1289    
1290        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
1291        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
1292        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
1293        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
1294        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
1295        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
1296        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
1297        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
1298        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
1299        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
1300        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
1301    
1302        // Tracker
1303         if(TRK2) {
1304            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1305            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1306        };
1307        if(TRK1) {
1308            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1309            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1310        };
1311         if(TRKh) {
1312            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1313            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1314         };
1315        
1316        // Calorimeter
1317        if(CAL2) {
1318            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1319            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1320        };  
1321        if(CAL1) {
1322            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1323            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1324        };
1325        
1326        // ToF    
1327        if(TOF) {
1328            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1329            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1330        };
1331        // Trigger
1332        if(TRG) {
1333            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1334            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1335        };
1336        // S4
1337        if(S4) {
1338            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1339            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1340        };
1341        // Neutron Detector
1342        if(ND) {
1343            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1344            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1345        };
1346        // Anticounters
1347        if(AC) {
1348            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1349            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1350        };
1351        // OrbitalInfo
1352        if(ORB) {
1353            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1354            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1355        };
1356        
1357    }
1358    
1359    
1360    //--------------------------------------
1361    //
1362    //
1363    //--------------------------------------
1364    /**
1365     * Get the Run tree chain from a list of files.
1366     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1367     * @return Pointer to a TChain
1368     */
1369    TChain *PamLevel2::GetRunTree(TList *fl){
1370            
1371        TChain *R = new TChain("Run");
1372        
1373        // loop over files and create chains        
1374        TIter next(fl);
1375        TSystemFile *questo = 0;
1376        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1377            TString name =  questo->GetName();
1378    //              cout << "File: "<< name << endl;
1379            if( CheckLevel2File(name) ){
1380                R->Add(name);
1381            };
1382        }
1383        
1384        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1385        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1386        R->SetBranchAddress("SoftInfo", GetPointerTo("SoftInfo")); // Emiliano
1387        cout << "Software    : set branch address SoftInfo"<<endl; // Emiliano
1388        
1389        return R;
1390        
1391    }
1392    //--------------------------------------
1393    //
1394    //
1395    //--------------------------------------
1396    /**
1397     * Get the Run tree  from a file.
1398     * @param f Pointer to a TFile
1399     * @return Pointer to a TTree
1400     */
1401    TTree *PamLevel2::GetRunTree(TFile *f){
1402    
1403    
1404        TTree *R = (TTree*)f->Get("Run");
1405        
1406        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1407        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1408        R->SetBranchAddress("SoftInfo", GetPointerTo("SoftInfo")); // Emiliano
1409        cout << "Software    : set branch address SoftInfo"<<endl; // Emiliano
1410            
1411      return Tout;      return R;
1412            
1413  }  }
1414    //--------------------------------------
1415    //
1416    //
1417    //--------------------------------------
1418    /**
1419     * Set which trees shoul be analysed
1420     * @param detlist TString containing the sequence of trees required
1421    */
1422    void PamLevel2::SetWhichTrees(TString detlist){
1423            
1424        if(detlist.IsNull() || detlist.Contains("+ALL", TString::kIgnoreCase)){
1425            CAL1 = true;
1426            CAL2 = true;
1427            TRK2 = true;
1428            TRK1 = false;
1429            TRKh = false;
1430            TRG = true;
1431            TOF = true;
1432            S4  = true;
1433            ND  = true;
1434            AC  = true;
1435            ORB = true;
1436        }else if( detlist.Contains("-ALL", TString::kIgnoreCase) ){
1437            CAL1 = false;
1438            CAL2 = false;
1439            TRK2 = false;
1440            TRK1 = false;
1441            TRKh = false;
1442            TRG = false;
1443            TOF = false;
1444            S4  = false;
1445            ND  = false;
1446            AC  = false;
1447            ORB = false;
1448        };
1449        
1450    //  -------------------------------------------------------------------------
1451        if( detlist.Contains("CAL1", TString::kIgnoreCase) ){
1452            if ( detlist.Contains("-CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=false;
1453            if ( detlist.Contains("+CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=true;
1454        };
1455            
1456        if( detlist.Contains("CAL2", TString::kIgnoreCase)){
1457            if ( detlist.Contains("-CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=false;
1458            if ( detlist.Contains("+CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=true;
1459        };
1460            
1461        if( detlist.Contains("+CAL", TString::kIgnoreCase) && !CAL1 && !CAL2 )CAL2=true;
1462        if( detlist.Contains("-CAL", TString::kIgnoreCase) && CAL1 && CAL2 ){
1463            CAL2=false;
1464            CAL1=false;
1465        }
1466    //  -------------------------------------------------------------------------
1467        if( detlist.Contains("TRK1", TString::kIgnoreCase) ){
1468            if ( detlist.Contains("-TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=false;
1469            if ( detlist.Contains("+TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=true;
1470        };
1471            
1472        if( detlist.Contains("TRK2", TString::kIgnoreCase)){
1473            if ( detlist.Contains("-TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=false;
1474            if ( detlist.Contains("+TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=true;
1475        };
1476    
1477        if( detlist.Contains("TRKh", TString::kIgnoreCase)){
1478            if ( detlist.Contains("-TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=false;
1479            if ( detlist.Contains("+TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=true;
1480        };
1481            
1482        if( detlist.Contains("+TRK", TString::kIgnoreCase) && !TRK1 && !TRK2 && !TRKh )TRK2=true;
1483        if( detlist.Contains("-TRK", TString::kIgnoreCase) && TRK1 && TRK2 && TRKh){
1484            TRK2=false;
1485            TRK1=false;
1486            TRKh=false;
1487        }
1488    //  -------------------------------------------------------------------------
1489        
1490        if( detlist.Contains("-TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = false;
1491        else if( detlist.Contains("+TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = true;
1492        
1493        if( detlist.Contains("-TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = false;
1494        else if( detlist.Contains("+TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = true;
1495        
1496        if( detlist.Contains("-S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = false;
1497        else if( detlist.Contains("+S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = true;
1498        
1499        if( detlist.Contains("-ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = false;
1500        else if( detlist.Contains("+ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = true;
1501        
1502        if( detlist.Contains("-AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = false;
1503        else if( detlist.Contains("+AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = true;
1504        
1505        if( detlist.Contains("-ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = false;
1506        else if( detlist.Contains("+ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = true;
1507    
1508    //     cout<< "Set detector list --> ";
1509    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1510    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1511    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1512    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1513    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1514    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1515    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1516    //     if(AC)cout<<"AC ";
1517    //     if(ND)cout<<"ND ";
1518    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1519    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1520    //     cout << endl;
1521        
1522    };
1523    
1524    
1525    /**
1526     * Set tree/branch detector flags from the content of a tree
1527     */
1528    void  PamLevel2::GetWhichTrees(TFile* f){
1529            
1530        // -----------
1531        // reset flags
1532        // -----------
1533        CAL1   = false;    
1534        CAL2   = false;    
1535        TRK2   = false;    
1536        TRK1   = false;    
1537        TRKh   = false;    
1538        TRG    = false;    
1539        TOF    = false;    
1540        S4     = false;    
1541        ND     = false;    
1542        AC     = false;    
1543        ORB    = false;    
1544        
1545        RUN    = false;
1546            
1547        cout << "Checking file: "<<f->GetName()<<endl;
1548        if( !f || f->IsZombie() ){
1549            cout << "File: "<< f->GetName() <<" Non valid root file"<< endl;
1550            return;
1551        }
1552    
1553        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1554        TIter next(lk);
1555        TKey *key =0;
1556    
1557        Int_t nev = 0;
1558    
1559        while( (key = (TKey*)next()) ){
1560            
1561            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN = true;
1562    
1563            //=========================================================    
1564            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1565                TRG = true;
1566                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1567                if( nev && nevt!=nev){
1568                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1569                    TRG = false;
1570                }else nev=nevt;
1571            }
1572            //=========================================================    
1573            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1574                TOF = true;
1575                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1576                if( nev && nevt!=nev){
1577                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"     ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1578                    TOF = false;
1579                }else nev=nevt;
1580            }
1581            //=========================================================  
1582            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1583                S4 = true;
1584                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1585                if( nev && nevt!=nev){
1586                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"      S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1587                    S4 = false;
1588                }else nev=nevt;
1589            }
1590            //=========================================================  
1591    
1592            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1593                ND = true;
1594                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1595                if( nev && nevt!=nev){
1596                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1597                    ND =false;
1598                }else nev=nevt;
1599            }      
1600            //=========================================================  
1601            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1602                AC = true;
1603                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1604                if( nev && nevt!=nev){
1605                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1606                    AC =false;
1607                }else nev=nevt;
1608            }
1609            //=========================================================  
1610            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1611                ORB = true;
1612                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1613                if( nev && nevt!=nev){
1614                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1615                    ORB = false;
1616                }else nev=nevt;
1617            }
1618            //=========================================================  
1619            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1620                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1621                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1622                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1623                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1=true;
1624                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2=true;
1625                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh=true;
1626                };      
1627                Int_t nevt = T->GetEntries();
1628                if( nev && nevt!=nev){
1629                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1630                    TRK1 = false;
1631                    TRK2 = false;
1632                    TRKh = false;
1633                }else nev=nevt;
1634                T->Delete();
1635            };
1636            //=========================================================  
1637            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1638                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1639                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1640                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1641                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1=true;
1642                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2=true;
1643                };    
1644                Int_t nevt = T->GetEntries();
1645                if( nev && nevt!=nev){
1646                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"  Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1647                    CAL1 = false;
1648                    CAL2 = false;
1649                }else nev=nevt;
1650                T->Delete();
1651            };      
1652    
1653        };
1654        
1655        delete lk;
1656    
1657    //     cout<< "Get detector list from input file --> ";
1658    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1659    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1660    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1661    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1662    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1663    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1664    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1665    //     if(AC)cout<<"AC ";
1666    //     if(ND)cout<<"ND ";
1667    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1668    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1669    //     cout << endl;
1670          
1671        return ;
1672            
1673    };
1674    
1675    
1676    //--------------------------------------
1677    //
1678    //
1679    //--------------------------------------
1680    /**
1681     * Check if a file contains selected Pamela Level2 trees.
1682     * @param name File name
1683     * @return true if the file is ok.
1684     */
1685    Bool_t  PamLevel2::CheckLevel2File(TString name){
1686            
1687        Bool_t CAL1__ok   = false;    
1688        Bool_t CAL2__ok   = false;    
1689        Bool_t TRK2__ok   = false;    
1690        Bool_t TRK1__ok   = false;    
1691        Bool_t TRKh__ok   = false;    
1692        Bool_t TRG__ok    = false;    
1693        Bool_t TOF__ok    = false;    
1694        Bool_t S4__ok     = false;    
1695        Bool_t ND__ok     = false;    
1696        Bool_t AC__ok     = false;    
1697        Bool_t ORB__ok    = false;    
1698        
1699        Bool_t RUN__ok    = false;
1700        
1701        
1702    
1703        cout << "Checking file: "<<name<<endl;
1704        TFile *f = new TFile(name.Data());
1705        if( !f || f->IsZombie() ){
1706            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Non valid root file"<< endl; return false;
1707        }
1708    //    cout << "Get list of keys: "<<f<<endl;
1709        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1710    //    lk->Print();
1711        TIter next(lk);
1712        TKey *key =0;
1713    
1714        Int_t nev = 0;
1715    
1716        while( (key = (TKey*)next()) ){
1717            
1718    //      cout << key->GetName() << ""<<key->GetClassName()<<endl;
1719    //              cout << " Get tree: " << f->Get(key->GetName())<<endl;
1720    //      nev_previous = nev;
1721    //      cout << " n.entries  "<< nev <<endl;
1722    //      if( key->GetClassName()=="TTree" && nev_previous && nev != nev_previous ){
1723    //          nev = ((TTree*)f->Get(key->GetName()))->GetEntries();
1724    //          cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- "<< key->GetName() << " tree: n.entries does not match "<<nev<<" "<<nev_previous<< endl;
1725    //          return false;
1726    //      };
1727    
1728            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN__ok = true;      
1729    
1730            //=========================================================    
1731            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1732                TRG__ok = true;
1733                if(TRG){
1734                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1735                    if( nev && nevt!=nev){
1736                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1737                        return false;
1738                    }
1739                    nev=nevt;
1740                }
1741            }
1742            //=========================================================    
1743            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1744                TOF__ok = true;
1745                if(TOF){
1746                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1747                    if( nev && nevt!=nev){
1748                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1749                        return false;
1750                    }
1751                    nev=nevt;
1752                }
1753            }
1754            //=========================================================  
1755            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1756                S4__ok = true;
1757                if(S4){
1758                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1759                    if( nev && nevt!=nev){
1760                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1761                        return false;
1762                    }
1763                    nev=nevt;
1764                }
1765            }
1766            //=========================================================  
1767    
1768            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1769                ND__ok = true;
1770                if(ND){
1771                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1772                    if( nev && nevt!=nev){
1773                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1774                        return false;
1775                    }
1776                    nev=nevt;
1777                }
1778            }      
1779            //=========================================================  
1780            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1781                AC__ok = true;
1782                if(AC){
1783                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1784                    if( nev && nevt!=nev){
1785                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1786                        return false;
1787                    }
1788                    nev=nevt;
1789                }
1790            }
1791            //=========================================================  
1792            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1793                ORB__ok = true;
1794                if(ORB){
1795                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1796                    if( nev && nevt!=nev){
1797                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1798                        return false;
1799                    }
1800                    nev=nevt;
1801                }
1802            }
1803            //=========================================================  
1804            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1805                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1806                if(TRK1||TRK2||TRKh){
1807                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1808                    if( nev && nevt!=nev){
1809                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1810                        return false;
1811                    }
1812                    nev=nevt;
1813                }
1814                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1815                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1816                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1__ok=true;
1817                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2__ok=true;
1818                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh__ok=true;
1819                };      
1820                T->Delete();
1821            };
1822            //=========================================================  
1823            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1824                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1825                if(CAL1||CAL2){
1826                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1827                    if( nev && nevt!=nev){
1828                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1829                        return false;
1830                    }
1831                    nev=nevt;
1832                }
1833                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1834                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1835                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1__ok=true;
1836                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2__ok=true;
1837                };    
1838                T->Delete();
1839            };      
1840    
1841        };
1842        
1843    //     cout<< "CheckLevel2File(TString): detector list --> ";
1844    //     if(TRK1__ok)cout<<"TRK1 ";
1845    //     if(TRK2__ok)cout<<"TRK2 ";
1846    //     if(TRKh__ok)cout<<"TRKH ";
1847    //     if(CAL1__ok)cout<<"CAL1 ";
1848    //     if(CAL2__ok)cout<<"CAL2 ";
1849    //     if(TOF__ok)cout<<"TOF ";
1850    //     if(TRG__ok)cout<<"TRG ";
1851    //     if(AC__ok)cout<<"AC ";
1852    //     if(ND__ok)cout<<"ND ";
1853    //     if(S4__ok)cout<<"S4 ";
1854    //     if(ORB__ok)cout<<"ORB ";
1855    //     cout << endl;
1856    
1857    
1858        if(TRK2 && TRK1__ok)TRK1=1;
1859    // ----------------------------------------------------------------------------
1860    // NOTA
1861    // se c'e` il level1, lo devo necessarimente leggere.
1862    // infatti (non ho capito perche`) i cluster vengono letti e allocati in memoria
1863    // comunque, ma non vengono disallocati da PamLevel2::Clear()
1864    // ----------------------------------------------------------------------------
1865    
1866    
1867        if(!RUN__ok) {
1868            cout << "File: "<< f->GetName() <<" *WARNING* ---- Missing RunInfo tree"<< endl;
1869    //      return false;
1870        };
1871    
1872        if(CAL1 && !CAL1__ok){
1873            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel1 branch"<< endl;
1874            return false;
1875        };
1876        if(CAL2 && !CAL2__ok){
1877            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel2 branch"<< endl;
1878            return false;
1879        };
1880        if(TRK2 && !TRK2__ok){
1881            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel2 branch"<< endl;
1882            return false;
1883        };
1884        if(TRK1 && !TRK1__ok){
1885            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel1 branch"<< endl;
1886            return false;
1887        };
1888        if(TRKh && !TRKh__ok){
1889            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkHough branch"<< endl;
1890            return false;
1891        };
1892        if(ORB && !ORB__ok){
1893            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ORB tree"<< endl;
1894            return false;
1895        };
1896        if(AC && !AC__ok){
1897            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing AC tree"<< endl;
1898            return false;
1899        };
1900        if(S4 && !S4__ok){
1901            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing S4 tree"<< endl;
1902            return false;
1903        };
1904        if(TOF && !TOF__ok){
1905            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ToF tree"<< endl;
1906            return false;
1907        };
1908    
1909        if(ND && !ND__ok){
1910            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ND tree"<< endl;
1911            return false;
1912        };
1913        if(TRG && !TRG__ok){
1914            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing Trigger tree"<< endl;
1915            return false;
1916        };
1917        
1918    
1919    //    lk->Delete();
1920    //    delete lk;
1921        f->Close();
1922    
1923    //     cout<< "CheckLevel2File(TString): detector list --> ";
1924    //     if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1925    //     if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1926    //     if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1927    //     if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1928    //     if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1929    //     if(TOF)cout<<"TOF ";
1930    //     if(TRG)cout<<"TRG ";
1931    //     if(AC)cout<<"AC ";
1932    //     if(ND)cout<<"ND ";
1933    //     if(S4)cout<<"S4 ";
1934    //     if(ORB)cout<<"ORB ";
1935    //     cout << endl;
1936          
1937        return true;
1938            
1939    };
1940    
1941    
1942    /**
1943     * Create clone-trees
1944     */
1945    void PamLevel2::CreateCloneTrees0( TChain *fChain, TFile *ofile ){
1946    
1947        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1948        cout << "Create clones of PAMELA trees "<<endl;
1949        
1950        Int_t i=0;
1951        tree_clone[i] = fChain->GetTree()->CloneTree(0);
1952        TString name =  tree_clone[i]->GetName();
1953        name.Append("_clone");
1954    //    tree_clone[i]->SetName(name.Data());
1955        cout << tree_clone[i]->GetName() <<endl;
1956        i++;
1957    
1958        TList *li = fChain->GetListOfFriends();
1959        TIter next(li);
1960        TFriendElement* T_friend=0;
1961        ofile->cd();
1962        while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
1963    //      cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
1964    //      cout<<T_friend->GetTree()->GetName()<< endl;
1965            tree_clone[i] = T_friend->GetTree()->CloneTree(0);
1966            tree_clone[i]->SetAutoSave(1000000);
1967            name =  tree_clone[i]->GetName();
1968            name.Append("_clone");
1969    //      tree_clone[i]->SetName(name.Data());
1970            cout << tree_clone[i]->GetName() << endl;
1971            i++;
1972        }
1973        
1974        delete li;
1975    
1976        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1977    
1978    }
1979    
1980    /**
1981     * Create clone-trees
1982     */
1983    void PamLevel2::CreateCloneTrees(TFile *ofile){
1984    
1985        ofile->cd();
1986    
1987        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1988        cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
1989            
1990        Int_t i=0;
1991    
1992        if(TRK1||TRK2||TRKh){
1993            tree_clone[i] = new TTree("Tracker","PAMELA tracker level2 data ");    
1994            if(TRK1) {
1995                tree_clone[i]->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1996                tree_clone[i]->BranchRef();
1997                cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
1998            };
1999            if(TRK2) {
2000                tree_clone[i]->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",GetPointerTo("TrkLevel2"));
2001                cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
2002            };
2003            if(TRKh) {
2004                tree_clone[i]->Branch("TrkHough","TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
2005                cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
2006            };
2007            i++;
2008        }
2009    
2010        // Calorimeter
2011        if(CAL1||CAL2){
2012            tree_clone[i] = new TTree("Calorimeter","PAMELA calorimeter level2 data ");    
2013            if(CAL1) {
2014                tree_clone[i]->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
2015                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
2016            };
2017            if(CAL2) {
2018                tree_clone[i]->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
2019                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
2020            };
2021            i++;
2022        }    
2023    
2024        // ToF    
2025        if(TOF) {
2026            tree_clone[i] = new TTree("ToF","PAMELA ToF level2 data ");    
2027            tree_clone[i]->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
2028            cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
2029            i++;
2030        };
2031        // Trigger
2032        if(TRG) {
2033            tree_clone[i] = new TTree("Trigger","PAMELA trigger level2 data ");    
2034            tree_clone[i]->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
2035            cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
2036            i++;
2037        };
2038        // S4
2039        if(S4) {
2040            tree_clone[i] = new TTree("S4","PAMELA S4 level2 data ");      
2041            tree_clone[i]->Branch("S4Level2","S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
2042            cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
2043            i++;
2044        };
2045        // Neutron Detector
2046        if(ND) {
2047            tree_clone[i] = new TTree("NeutronD","PAMELA neutron detector level2 data ");  
2048            tree_clone[i]->Branch("NDLevel2","NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
2049            cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
2050            i++;
2051        };
2052        // Anticounters
2053        if(AC) {
2054            tree_clone[i] = new TTree("Anticounter","PAMELA anticounter detector level2 data ");    
2055            tree_clone[i]->Branch("AcLevel2","AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
2056            cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
2057            i++;
2058        };
2059        // OrbitalInfo
2060        if(ORB) {
2061            tree_clone[i] = new TTree("OrbitalInfo","PAMELA oribital info  ");      
2062            tree_clone[i]->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
2063            cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
2064            i++;
2065        };
2066        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2067    
2068    }
2069    
2070    
2071    /**
2072     * Fill tree (created with CreateCloneTrees)
2073     *
2074     */
2075    //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
2076    void PamLevel2::FillCloneTrees(){
2077            
2078        for(Int_t i=0; i<8; i++){
2079            if(tree_clone[i])tree_clone[i]->Fill();
2080        }
2081    }
2082    
2083    
2084    TTree* PamLevel2::GetCloneTree(TString name){
2085    
2086        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
2087            if(tree_clone[i]){
2088                TString na = tree_clone[i]->GetName();
2089                if(!name.CompareTo(na))return tree_clone[i];
2090            };
2091        }
2092        return NULL;
2093    
2094    }
2095    void PamLevel2::WriteCloneTrees(){
2096        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2097        cout << "Write clones of PAMELA trees "<<endl;
2098        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
2099            if(tree_clone[i]){
2100                cout << tree_clone[i]->GetName()<<endl;
2101                tree_clone[i]->Write();
2102            };
2103        }
2104        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2105    
2106    }
2107    
2108    /**
2109     * Create a new (empty) Pamela trees
2110     */
2111    // TTree* PamLevel2::GetNewPamTree(){
2112    
2113    //     if(tree_clone)return tree_clone;
2114    
2115    //     TTree *Tout = 0;
2116        
2117    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2118    //     cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
2119        
2120        
2121    //     if(TRK1||TRK2||TRKh){
2122    //      TTree *T = new TTree("Tracker_clone","PAMELA tracker level2 data ");    
2123    //      if(TRK1) {
2124    //          trk1_clone = new TrkLevel1();
2125    //          T->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", &trk1_clone);
2126    //          T->BranchRef();
2127    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
2128    //      };
2129    //      if(TRK2) {
2130    //          trk2_clone = new TrkLevel2();
2131    //          T->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",&trk2_clone);
2132    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
2133    //      };
2134    //      if(TRKh) {
2135    //          trkh_clone = new TrkHough();
2136    //          T->Branch("TrkHough","TrkHough", &trkh_clone);
2137    //          cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
2138    //      };
2139    //      if(!Tout)Tout=T;
2140    //      else Tout->AddFriend("Tracker_clone");
2141    //     }
2142    
2143    //     // Calorimeter
2144    //     if(CAL1||CAL2){
2145    //      TTree *C = new TTree("Calorimeter_clone","PAMELA calorimeter level2 data ");    
2146    //      if(CAL1) {
2147    //          calo1_clone = new CaloLevel1();
2148    //          C->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", &calo1_clone);
2149    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
2150    //      };
2151    //      if(CAL2) {
2152    //          calo2_clone = new CaloLevel2();
2153    //          C->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", &calo2_clone);
2154    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
2155    //      };
2156    //      if(!Tout)Tout=C;
2157    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter_clone");
2158    //     }    
2159    
2160    //     // ToF    
2161    //     if(TOF) {
2162    //      TTree *O = new TTree("ToF_clone","PAMELA ToF level2 data ");    
2163    //      tof_clone = new ToFLevel2();
2164    //      O->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", &tof_clone);
2165    //      cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
2166    //      if(!Tout)Tout=O;
2167    //      else Tout->AddFriend("ToF_clone");
2168    //     };
2169    //     // Trigger
2170    //     if(TRG) {
2171    //      TTree *R = new TTree("Trigger_clone","PAMELA trigger level2 data ");    
2172    //      trig_clone = new TrigLevel2();
2173    //      R->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", &trig_clone);
2174    //      cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
2175    //      if(!Tout)Tout=R;
2176    //      else Tout->AddFriend("Trigger_clone");
2177    //     };
2178    //     // S4
2179    //     if(S4) {
2180    //      TTree *S = new TTree("S4_clone","PAMELA S4 level2 data ");      
2181    //      s4_clone = new S4Level2();
2182    //      S->Branch("S4Level2","S4Level2", &s4_clone);
2183    //      cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
2184    //      if(!Tout)Tout=S;
2185    //      else Tout->AddFriend("S4_clone");
2186    //     };
2187    //     // Neutron Detector
2188    //     if(ND) {
2189    //      TTree *N = new TTree("NeutronD_clone","PAMELA neutron detector level2 data ");  
2190    //      nd_clone = new NDLevel2();
2191    //      N->Branch("NDLevel2","NDLevel2", &nd_clone);
2192    //      cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
2193    //      if(!Tout)Tout=N;
2194    //      else Tout->AddFriend("NeutronD_clone");
2195    //     };
2196    //     // Anticounters
2197    //     if(AC) {
2198    //      TTree *A = new TTree("Anticounter_clone","PAMELA anticounter detector level2 data ");  
2199    //      ac_clone = new AcLevel2();
2200    //      A->Branch("AcLevel2","AcLevel2", &ac_clone);
2201    //      cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
2202    //      if(!Tout)Tout=A;
2203    //      else Tout->AddFriend("Anticounter_clone");
2204    //     };
2205    //     // OrbitalInfo
2206    //     if(ORB) {
2207    //      TTree *B = new TTree("OrbitalInfo_clone","PAMELA oribital info  ");    
2208    //      orb_clone = new OrbitalInfo();
2209    //      B->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", &orb_clone);
2210    //      cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
2211    //      if(!Tout)Tout=B;
2212    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo_clone");
2213    //     };
2214    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
2215    
2216    //     tree_clone = Tout;
2217    //     tree_clone->SetDirectory(0);
2218    
2219    //     return Tout;
2220    // }
2221    // /**
2222    //  * Fill a tree (created with GetNewPamTree)
2223    //  *
2224    //  */
2225    // //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
2226    // void PamLevel2::FillNewPamTree(){
2227            
2228    
2229    //     if(trk1_clone)  *trk1_clone = *trk1_obj;
2230    //     if(trk2_clone){
2231    //      trk2_clone->Clear();
2232    //      trk2_obj->Copy(*trk2_clone);
2233    // //   *trk2_clone = *trk2_obj;
2234    //     }
2235    //     if(trkh_clone)  *trkh_clone = *trkh_obj;
2236    //     if(calo1_clone){
2237    // //   *calo1_clone = *calo1_obj;
2238    //      calo1_clone->Clear();
2239    //      calo1_obj->Copy(*calo1_clone);
2240    //     }
2241    //     if(calo2_clone){
2242    // //   *calo2_clone = *calo2_obj;
2243    //      calo2_clone->Clear();
2244    //      calo2_obj->Copy(*calo2_clone);
2245    //     }
2246    //     if(tof_clone)   *tof_clone  = *tof_obj;
2247    //     if(trig_clone)  *trig_clone = *trig_obj;
2248    //     if(s4_clone)    *s4_clone   = *s4_obj;
2249    //     if(nd_clone)    *nd_clone   = *nd_obj;
2250    //     if(ac_clone)    *ac_clone   = *ac_obj;
2251    //     if(orb_clone)   *orb_clone  = *orb_obj;
2252    
2253    //     TTree *T = tree_clone;
2254    
2255    //     T->Fill(); //fill main tree
2256    // //    cout<<T->IsA()->GetName()<<" "<<T->GetName()<<endl;
2257    //     TList *li = T->GetListOfFriends();
2258    //     TIter next(li);
2259    //     TFriendElement* T_friend=0;
2260    //     while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
2261    // //   cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
2262    //      T_friend->GetTree()->Fill();//fill friends
2263    //     }
2264    
2265    // }

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