/[PAMELA software]/PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp
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Diff of /PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp

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revision 1.1 by pam-fi, Fri Jun 16 16:43:55 2006 UTC revision 1.11 by pam-fi, Mon Dec 11 17:49:03 2006 UTC
# Line 24  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV Line 24  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV
24      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();
25      if(t) *trk_track  = *t;      if(t) *trk_track  = *t;
26      if(c) *calo_track = *c;      if(c) *calo_track = *c;
27      if(o) *tof_track  = *o;      if(o) *tof_track  = *o;    
28  };  };
29    
30  //--------------------------------------  //--------------------------------------
# Line 35  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV Line 35  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV
35   * Constructor   * Constructor
36   */   */
37  PamLevel2::PamLevel2(){  PamLevel2::PamLevel2(){
38      trk_obj  = this->TrkLevel2::GetTrkLevel2();          
39      calo_obj = this->CaloLevel2::GetCaloLevel2();      trk2_obj  = TrkLevel2::GetTrkLevel2();
40      tof_obj  = this->ToFLevel2::GetToFLevel2();      trk1_obj  = TrkLevel1::GetTrkLevel1();
41      trig_obj = this->TrigLevel2::GetTrigLevel2();      trkh_obj  = TrkHough::GetTrkHough();
42      s4_obj   = this->S4Level2::GetS4Level2();      calo1_obj = CaloLevel1::GetCaloLevel1();
43      nd_obj   = this->NDLevel2::GetNDLevel2();      calo2_obj = CaloLevel2::GetCaloLevel2();
44      ac_obj   = this->AcLevel2::GetAcLevel2();      tof_obj   = ToFLevel2::GetToFLevel2();
45        trig_obj  = TrigLevel2::GetTrigLevel2();
46        s4_obj    = S4Level2::GetS4Level2();
47        nd_obj    = NDLevel2::GetNDLevel2();
48        ac_obj    = AcLevel2::GetAcLevel2();
49        orb_obj   = OrbitalInfo::GetOrbitalInfo();
50    
51        run_obj   = new GL_RUN();
52        
53    //     trk1_clone  = 0;
54    //     trk2_clone  = 0;
55    //     trkh_clone  = 0;
56    //     calo1_clone = 0;
57    //     calo2_clone = 0;
58    //     tof_clone   = 0;
59    //     trig_clone  = 0;
60    //     s4_clone    = 0;
61    //     nd_clone    = 0;
62    //     ac_clone    = 0;
63    //     orb_clone   = 0;
64    
65    //     T_clone  = 0;
66    //     C_clone  = 0;
67    //     O_clone  = 0;
68    //     R_clone  = 0;
69    //     S_clone  = 0;
70    //     N_clone  = 0;
71    //     A_clone  = 0;
72    //     B_clone  = 0;
73    
74        for(Int_t i=0; i<8; i++ )tree_clone[i]=NULL;
75    
76        sorted_tracks = new TRefArray();
77        
78        CAL1 = true;
79        CAL2 = true;
80        TRK2 = true;
81        TRK1 = false;
82        TRKh = false;
83        TRG = true;
84        TOF = true;
85        S4  = true;
86        ND  = true;
87        AC  = true;
88        ORB = true;
89        
90    
91    };
92    /**
93     * Destructor
94     */
95    PamLevel2::~PamLevel2(){                
96        delete run_obj;
97        Clear();
98    };
99    /**
100     * Clear the event
101     */
102    void PamLevel2::Clear(){
103            
104        TrkLevel1::Clear();
105            
106        TrkLevel2::Clear();
107        CaloLevel2::Clear();
108        ToFLevel2::Clear();
109        TrigLevel2::Clear();
110        S4Level2::Clear();
111        NDLevel2::Clear();
112        AcLevel2::Clear();
113        OrbitalInfo::Clear();
114    
115    //     if(trk1_clone)trk1_clone->Clear();
116    //     if(trk2_clone)trk2_clone->Clear();
117    //     if(trkh_clone)trkh_clone->Clear();
118    //     if(calo1_clone)calo1_clone->Clear();
119    //     if(calo2_clone)calo2_clone->Clear();
120    //     if(tof_clone)tof_clone->Clear();
121    //     if(trig_clone)trig_clone->Clear();
122    //     if(s4_clone)s4_clone->Clear();
123    //     if(nd_clone)nd_clone->Clear();
124    //     if(ac_clone)ac_clone->Clear();
125    //     if(orb_clone)orb_clone->Clear();
126        
127        sorted_tracks->Delete(); // clean the reference array
128        
129    };
130    
131    
132    //--------------------------------------
133    //
134    //
135    //--------------------------------------
136    void *PamLevel2::GetPointerTo(const char* c ){
137    
138        TString objname = c;
139        if(!objname.CompareTo("TrkLevel1"))return &trk1_obj;
140        if(!objname.CompareTo("TrkLevel2"))return &trk2_obj;
141        if(!objname.CompareTo("TrkHough"))return &trkh_obj;
142        if(!objname.CompareTo("CaloLevel1"))return &calo1_obj;
143        if(!objname.CompareTo("CaloLevel2"))return &calo2_obj;
144        if(!objname.CompareTo("ToFLevel2"))return &tof_obj;
145        if(!objname.CompareTo("TrigLevel2"))return &trig_obj;
146        if(!objname.CompareTo("S4Level2"))return &s4_obj;
147        if(!objname.CompareTo("NDLevel2"))return &nd_obj;
148        if(!objname.CompareTo("AcLevel2"))return &ac_obj;
149        if(!objname.CompareTo("OrbitalInfo"))return &orb_obj;
150        if(!objname.CompareTo("RunInfo"))return &run_obj;
151        return NULL;
152  };  };
153  //--------------------------------------  //--------------------------------------
154  //  //
155  //  //
156  //--------------------------------------  //--------------------------------------
157  /**  /**
158     * Retrieves the calorimeter track matching the seqno-th tracker stored track.
159     * (If seqno = -1 retrieves the self-trigger calorimeter track)
160     */
161     CaloTrkVar *PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int seqno){
162            
163         if( CaloLevel2::ntrk()==0 ){
164             cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no Calorimeter tracks are stored"<<endl;
165             return NULL;
166         };
167        
168         CaloTrkVar *c = 0;
169         Int_t it_calo=0;
170        
171         do{
172             c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(it_calo);
173             it_calo++;
174         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_calo < CaloLevel2::ntrk());      
175        
176         if(!c || seqno != c->trkseqno){
177             c = 0;
178             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match Calorimeter stored tracks"<<endl;
179         };
180         return c;
181        
182     };
183    //--------------------------------------
184     //
185     //
186    //--------------------------------------
187    /**
188      * Retrieves the ToF track matching the seqno-th tracker stored track.
189      * (If seqno = -1 retrieves the tracker-independent tof track)
190     */
191     ToFTrkVar *PamLevel2::GetToFStoredTrack(int seqno){
192            
193         if( ToFLevel2::ntrk()==0 ){
194             cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no ToF tracks are stored"<<endl;
195             return NULL;
196         };
197        
198         ToFTrkVar *c = 0;
199         Int_t it_tof=0;
200        
201         do{
202             c = ToFLevel2::GetToFTrkVar(it_tof);
203             it_tof++;
204         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_tof < ToFLevel2::ntrk());
205        
206         if(!c || seqno != c->trkseqno){
207             c = 0;
208             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match ToF stored tracks"<<endl;
209         };
210         return c;
211        
212     };
213    
214    //--------------------------------------
215     //
216     //
217    //--------------------------------------
218    /**
219     * Give the pamela track associated to a tracker track, retrieving related calorimeter and tof track information.
220     */
221     PamTrack* PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t){
222            
223         CaloTrkVar *c = 0;
224         ToFTrkVar  *o = 0;
225        
226         if(CAL2) c = GetCaloStoredTrack(t->GetSeqNo());
227         if(TOF) o = GetToFStoredTrack(t->GetSeqNo());
228        
229    //    if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);
230         PamTrack *track = new PamTrack(t,c,o);
231        
232         return track;
233    
234     };
235    //--------------------------------------
236    //
237    //
238    //--------------------------------------
239    /**
240   * Retrieves the it-th stored track.   * Retrieves the it-th stored track.
241   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
242   * @param itrk Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param itrk Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
# Line 55  PamLevel2::PamLevel2(){ Line 244  PamLevel2::PamLevel2(){
244    
245  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){
246            
247      // retrieve itrk-th tracker stored track      PamTrack *track = 0;
248      TrkTrack   *t = 0;      
249      CaloTrkVar *c = 0;      if( itrk >=0 && itrk < TrkLevel2::ntrk() ){
250      ToFTrkVar  *o = 0;          
251            TrkTrack *t = TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);
252      if( itrk >=0 && itrk < TrkLevel2::ntrk() ){          track = GetPamTrackAlong(t);
253          t = TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);              
254          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());      }else{
255          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());          cout << "PamLevel2::GetStoredTrack(int) : tracker track SeqNo "<< itrk <<" does not exist (GetNTracks() = "<<TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
256      };      };
     //  retrieve related ToF-track  
257            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
258      return track;      return track;
259            
260  }  }
# Line 78  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_ Line 263  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_
263  //  //
264  //--------------------------------------  //--------------------------------------
265  /**  /**
266   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in a TObjectArray (of TrkTrack objects).   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in the TRefArray (of TrkTrack objects) which pointer is  PamLevel2::sorted_tracks.
267   * The total number of physical tracks is given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the method GetTrack(int it).   * @param how String to set the sorting cryterium (es: "CAL" or "TRK+CAL+TOF" ecc...).
268   * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.   * Sorting cryteria:
269   * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.   * TRK: lower chi**2
270     * CAL: lower Y spatial residual on the first calorimeter plane
271     * TOF: bigger numebr of hit PMTs along the track, on S12 S21 S32 (where paddles are along the Y axis).
272     * The default sorting cryterium is "TOF+CAL".
273     *
274     * The total number of physical tracks is always given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the methods GetTrack(int it) and GetTrack(int it, TString how).
275   */   */
276  TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){  void PamLevel2::SortTracks(TString how){
277    
278      // define new array for sorted tracker tracks  //    cout << "call SortTracs() "<<endl;
279      TClonesArray *aa = new TClonesArray("TrkTrack");    //Save current Object count
280      TClonesArray &sorted = *aa;      Int_t ObjectNumber = TProcessID::GetObjectCount();
281    
282    //    cout << "ObjectNumber  "<<ObjectNumber <<endl;
283        
284        sorted_tracks->Delete(); //temporaneo???
285            
286      // loop over the tracks sorted by the tracker      // loop over the tracks sorted by the tracker
287      for(Int_t i=0; i < TrkLevel2::GetNTracks(); i++){      Bool_t use_TRK = how.Contains("TRK", TString::kIgnoreCase);
288        Bool_t use_CAL = how.Contains("CAL", TString::kIgnoreCase);
289          TrkTrack *ts=0;      Bool_t use_TOF = how.Contains("TOF", TString::kIgnoreCase);
290        
291        if( !CAL2 &&  use_CAL) use_CAL = false;
292        if( !TOF &&  use_TOF) use_TOF = false;
293        
294        if( !TRK2 ){
295    //      cout << "SortTracks() : without tracker does not work!!! (not yet)" << endl;
296            return;
297        };
298    
299        //   cout << "use_CAL "<<use_CAL<<" use_TOF "<<use_TOF<<" use_TRK "<<use_TRK <<endl;
300        
301        for(Int_t i=0; i < TrkLevel2::GetNTracks(); i++){
302            
303            TrkTrack *ts = 0;
304            
305          // get tracker tracks          // get tracker tracks
306          TrkTrack   *tp = TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker          TrkTrack   *tp = TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker
307          CaloTrkVar *cp = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(tp->GetSeqNo()); //calorimeter          CaloTrkVar *cp = 0;
308          ToFTrkVar  *op = ToFLevel2::GetToFTrkVar(tp->GetSeqNo());   //tof          ToFTrkVar  *op = 0;
309    
310    //      cout << "trk track n. "<<i << " "<<hex<< tp <<dec<< endl;
311          // if track has an image, check image selection          // if track has an image, check image selection
312          if(tp->HasImage()){          if(tp->HasImage()){
313                
314              TrkTrack   *ti = TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)              TrkTrack   *ti = TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)
315              CaloTrkVar *ci = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(ti->GetSeqNo());//calorimeter (image)              CaloTrkVar *ci = 0;
316              ToFTrkVar  *oi = ToFLevel2::GetToFTrkVar(ti->GetSeqNo());  //tof (image)              ToFTrkVar  *oi = 0;
317                
318    //          cout << "its image "<<i << " "<<hex<< ti <<dec<< endl;
319    
320              //assign starting scores              //assign starting scores
321              Int_t tp_score = 1;              Int_t tp_score = 0;  //main track sorted by the tracker
322              Int_t ti_score = 0;              Int_t ti_score = 0;  //image track
323                
324              // ------------------------              // ------------------------
325              // calorimeter check              // calorimeter check
326              // ------------------------              // ------------------------
327                // check the Y spatial residual on the first calorimeter plane
328                // (cut on calorimeter variables from Emiliano)
329              if(              if(
330                        npcfit[1] > 3   &&  //no. of fit planes on Y view                  use_CAL            &&
331  //              varcfit[1] < 50.&&  //fit variance on Y view                  npcfit[1] > 15     &&   //no. of fit planes on Y view
332                        true){                  varcfit[1] < 1000. &&  //fit variance on Y view
333                    true){
334                  Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;  
335                  Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;                  cp = GetCaloStoredTrack(tp->GetSeqNo());
336                    ci = GetCaloStoredTrack(ti->GetSeqNo());
337                    
338                    Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - cbar[0][1]; if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;
339                    Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - cbar[0][1]; if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;
340                    
341                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;
342                  else                 ti_score++;                  else                 ti_score++;
343                        };  
344    //              cout << "CALO "<<tp_score<<ti_score<<endl;
345    
346                };
347              // ------------------------              // ------------------------
348              // TOF check              // TOF check
349              // ------------------------                  // ------------------------    
350                // check the number of hit pmts along the track
351                // on S12 S21 and S32, where paddles are parallel to Y axis
352                if( use_TOF ){
353                    
354                    Int_t nphit_p =0;
355                    Int_t nphit_i =0;
356                    
357                    op = GetToFStoredTrack(tp->GetSeqNo());
358                    oi = GetToFStoredTrack(ti->GetSeqNo());
359                    
360    /*                              cout << "track: npmtadc "<< op->npmtadc << endl;
361                                    cout << "track: npmttdc "<< op->npmttdc << endl;
362                                    cout << "image: npmtadc "<< oi->npmtadc << endl;
363                                    cout << "image: npmttdc "<< oi->npmttdc << endl;*/
364                    
365                    for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
366                        Int_t pl = GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
367                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_p++;
368                    };
369                    
370                    for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
371                        Int_t pl = GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
372                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_i++;
373                    };
374                    
375                    if(
376                        use_TOF            &&
377                        (nphit_p+nphit_i) !=0 &&    
378                        true){
379                        
380                        if( nphit_p >= nphit_i) tp_score++;
381                        else ti_score++;
382                    };
383    //              cout << "TOF "<<tp_score<<ti_score<<endl;
384                };
385                if(tp_score == ti_score) use_TRK = true;
386                // ------------------------
387                // tracker check
388                // ------------------------
389                // chi**2 difference is not always large enough to distinguish among
390                // the real track and its image.
391                // Tracker check will be applied always when calorimeter and tof information is ambiguous.
392                if(use_TRK){
393                    if(      tp->chi2 > 0 && tp->chi2 < ti->chi2 ) tp_score++ ;
394                    else if( ti->chi2 > 0 && ti->chi2 < tp->chi2 ) ti_score++ ;
395    //              cout << "TRK "<<tp_score<<ti_score<<endl;
396                };
397                
398              // ------------------------              // ------------------------
399              // the winner is....              // the winner is....
400              // ------------------------                  // ------------------------    
401                        if(tp_score > ti_score) ts = tp;//the track sorted by the tracker!!              if      (tp_score > ti_score) ts = tp;//the track sorted by the tracker!!
402                        else                    ts = ti;//its image!!              else if (tp_score < ti_score) ts = ti;//its image!!
403                else {
404                    ts = tp;
405    //                              cout << "Warning - track image ambiguity not solved" << endl;
406    //                              cout << ts->GetNtot() << " "<< ts->chi2 << " " << npcfit[1] << " "<< nphit_p << endl;
407                };
408                
409          }else{          }else{
410              ts = tp;              ts = tp;
411          };          };
412                    
413          new(sorted[i]) TrkTrack(*ts); //save the track in the sorted array  //      cout <<" SortTracks() "<<i<<" -- "<<ts<<endl;
414            sorted_tracks->Add(ts);//save the track in the sorted array
415    //      cout << "SortTracks:: sorted_tracks->Add(it) "<<i<<" "<<ts<<endl;
416            
417      };      };
418        //Restore Object count
419      return aa;      //To save space in the table keeping track of all referenced objects
420        //we assume that our events do not address each other. We reset the
421        //object count to what it was at the beginning of the event.
422        TProcessID::SetObjectCount(ObjectNumber);
423        
424  };  };
425  //--------------------------------------  //--------------------------------------
426  //  //
427  //  //
428  //--------------------------------------  //--------------------------------------
429  /**  /**
430     * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.
431     * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.
432     */
433    TRefArray *PamLevel2::GetTracks(){
434    
435    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
436        SortTracks("+CAL+TOF");
437    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
438    
439        return sorted_tracks;
440     };
441    //--------------------------------------
442     //
443     //
444    //--------------------------------------
445    /**
446   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.
447   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
448   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
449   */   */
450  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){
451            
452      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
453      TClonesArray &sorted = *aa;      SortTracks("+CAL+TOF");
454    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
     TrkTrack   *t = 0;  
     CaloTrkVar *c = 0;  
     ToFTrkVar  *o = 0;  
   
     if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){  
         t = (TrkTrack*)sorted[it];  
         c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());  
         o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());  
     };  
455            
     // hence create a "PamTrack" object  
456      PamTrack *track = 0;      PamTrack *track = 0;
457      if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);      
458        if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() && it<sorted_tracks->GetEntriesFast() ){
459            TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks->At(it);
460            track = GetPamTrackAlong(t);
461        }else{
462            cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
463        };
464        
465      return track;      return track;
466        
467  };  };
468    
469  //--------------------------------------  //--------------------------------------
470  //  //
471  //  //
472  //--------------------------------------  //--------------------------------------
473  /**  /**
474   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::GetTracks().   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::SortTracks().
475   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
476   */   */
477  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){
478    
479      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
480      TClonesArray &sorted = *aa;      SortTracks("+CAL+TOF");
481    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
482      TrkTrack   *t = 0;      
483      CaloTrkVar *c = 0;      PamTrack *image = 0;
484      ToFTrkVar  *o = 0;      
   
485      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){
486          TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted[it];          TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted_tracks->At(it);
487          if( temp->HasImage() ){          if( temp->HasImage() ){
488              t = TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());              TrkTrack   *t = TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());
489              c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(temp->GetImageSeqNo());              image = GetPamTrackAlong(t);
490              o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(temp->GetImageSeqNo());          }else{
491                cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
492          };          };
493        }else{
494            cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
495      };      };
496            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *image = 0;  
     if(t && c && o)image = new PamTrack(t,c,o);  
497      return image;      return image;
       
498  }  }
499    
500  //--------------------------------------  //--------------------------------------
# Line 209  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i Line 502  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i
502  //  //
503  //--------------------------------------  //--------------------------------------
504  /**  /**
505   * Get the Pamela detector trees and make them friends.   * Get the Pamela detector trees in a single file and make them friends.
506     * @param f TFile pointer
507     * @param detlist String to select trees to be included
508     * @return Pointer to a TTree
509   */   */
510  TTree *PamLevel2::LoadPamTrees(TFile *f){  TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile *f, TString detlist ){
511        
512      TTree *Tout =0;      if( !detlist.IsNull() ) SetWhichTrees(detlist);
513            else                    GetWhichTrees(f);
514      // Tracker  
515        TTree *Trout =0;
516    
517        TString fname = f->GetName();
518        if(!CheckLevel2File(fname))return NULL;
519    
520        UInt_t *found=0;    
521    
522    // Tracker
523      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
524      if(T) {      if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
525          T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerToTrk());          if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
526          cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;          else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
527          if(!Tout)Tout=T;          if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
528            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
529            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
530            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
531            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
532            else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
533            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
534            if(!Trout)Trout=T;
535            else Trout->AddFriend(T);
536      }else{      }else{
537          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
538      };      };
539      // Calorimeter      // Calorimeter
540      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
541      if(C) {      if(C && (CAL2||CAL1)) {
542          C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerToCalo());          if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
543          cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;          else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
544          if(!Tout)Tout=C;          if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
545          else Tout->AddFriend(C);          if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
546            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
547            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
548            if(!Trout)Trout=C;
549            else Trout->AddFriend(C);
550      }else{      }else{
551          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
552      };      };
553      // ToF          // ToF    
554      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");
555      if(O) {      if(O && TOF) {
556          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerToToF());          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
557          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
558          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
559          else Tout->AddFriend(O);          else Trout->AddFriend(O);
560      }else{      }else{
561          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
562      };      };
563      // Trigger      // Trigger
564      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");
565      if(R) {      if(R && TRG) {
566          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerToTrig());          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
567          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
568          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
569          else Tout->AddFriend(R);          else Trout->AddFriend(R);
570      }else{      }else{
571          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
572      };      };
573      // S4      // S4
574      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");
575      if(S) {      if(S && S4) {
576          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerToS4());          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
577          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
578          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
579          else Tout->AddFriend(S);          else Trout->AddFriend(S);
580      }else{      }else{
581          cout << "S4           : missing tree"<<endl;          cout << "S4           : missing tree"<<endl;
582      };      };
583      // Neutron Detector      // Neutron Detector
584      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");
585      if(N) {      if(N && ND) {
586          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerToND());          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
587          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
588          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
589          else Tout->AddFriend(N);          else Trout->AddFriend(N);
590      }else{      }else{
591          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
592      };      };
593      // Anticounters      // Anticounters
594      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");
595      if(A) {      if(A && AC) {
596          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerToAc());          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
597            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
598            if(!Trout)Trout=O;
599            else Trout->AddFriend(A);
600        }else{
601            cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
602        };
603        // Orbital Info
604        TTree *B = (TTree*)f->Get("OrbitalInfo");
605        if(B && ORB) {
606            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
607            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
608            if(!Trout)Trout=O;
609            else Trout->AddFriend(B);
610        }else{
611            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
612        };
613        
614        cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
615        
616        return Trout;
617        
618    }
619    //--------------------------------------
620    //
621    //
622    //--------------------------------------
623    /**
624     * Get list of Level2 files.
625     * @param ddir Level2 data directory.
626     * @param flisttxt Name of txt file containing file list.
627     * @return Pointer to a TList of TSystemFiles
628     * If no input file list is given , all the Level2 files inside the directory are processed.
629     */
630    TList*  PamLevel2::GetListOfLevel2Files(TString ddir, TString flisttxt = ""){
631            
632        TString wdir = gSystem->WorkingDirectory();
633        
634        if(ddir=="")ddir = wdir;
635    //      TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
636        cout << "Level2 data directory : "<<  ddir << endl;
637        
638        TList *contents  = new TList; // create output list
639        contents->SetOwner();
640        
641        char *fullpath;
642        
643        // if no input file list is given:  
644        if ( flisttxt != "" ){
645            
646            if( !gSystem->IsFileInIncludePath(flisttxt,&fullpath) ){
647                cout <<"File "<<flisttxt<<" not found"<<endl;
648                return 0;
649            }      
650    //              flisttxt = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(flisttxt),gSystem->BaseName(flisttxt));
651            flisttxt = fullpath;
652            
653            if( !gSystem->ChangeDirectory(ddir) ){
654                cout << "Cannot change directory : "<<ddir<<endl;
655                return 0;
656            }
657            
658            cout <<"Input file list : " << flisttxt <<endl;
659            ifstream in;
660            in.open(flisttxt, ios::in); //open input file list
661            int line=0;
662            while (1) {
663                TString file;
664                in >> file;
665                if (!in.good()) break;
666                line++;
667    //          cout <<"(1) " << file << endl;
668                if(file.IsNull()){
669                    cout << "-- list interrupted at line "<<line <<endl;
670                    break;
671                }
672                if(file.Contains("#"))file = file(0,file.First("#"));
673    //          cout <<"(2) " << file << endl;
674                if( gSystem->IsFileInIncludePath(file,&fullpath) ){
675    
676                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));// add file to the list
677    
678                }else{
679    //              if(file.Data()!="")cout << "File: "<<file<<" ---> missing "<< endl;
680                };
681            };
682            in.close();
683            
684        }else{
685            
686            cout << "No input file list given."<<endl;
687            cout << "Check for existing root files."<<endl;
688    //              cout << "Warking directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
689            
690            TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
691            TList *temp = datadir->GetListOfFiles();
692    //              temp->Print();
693    //              cout << "*************************************" << endl;
694            
695            TIter next(temp);
696            TSystemFile *questo = 0;
697            
698            
699            while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
700                TString name =  questo-> GetName();
701                if( name.EndsWith(".root") ){
702                    char *fullpath;
703                    gSystem->IsFileInIncludePath(name,&fullpath);
704                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));
705                };
706            }
707            delete temp;
708            delete datadir;
709            
710        };
711        gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
712    //      cout << endl << "Selected files:" << endl;
713    //      contents->Print();
714        cout << contents->GetEntries()<<" files selected\n";
715    //      cout << endl;
716    //      cout << "Working directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
717        return contents;
718    };
719    //--------------------------------------
720    //
721    //
722    //--------------------------------------
723    /**
724     * Get the Pamela detector chains from a list of files and make them friends.
725     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
726     * @param detlist String to select trees to be included
727     * @return Pointer to a TChain
728     */
729    TChain *PamLevel2::GetPamTree(TList *fl, TString detlist ){
730        
731        TChain *Trout =0;
732    
733        if( !detlist.IsNull() )SetWhichTrees(detlist);
734        
735        
736        TChain *T = 0;      
737        TChain *C = 0;
738        TChain *O = 0;
739        TChain *R = 0;
740        TChain *S = 0;
741        TChain *N = 0;
742        TChain *A = 0;
743        TChain *B = 0;
744        
745        if(TRK2||TRK1||TRKh) T = new TChain("Tracker");    
746        if(CAL2||CAL1)       C = new TChain("Calorimeter");
747        if(TOF)              O = new TChain("ToF");
748        if(TRG)              R = new TChain("Trigger");
749        if(S4)               S = new TChain("S4");
750        if(ND)               N = new TChain("NeutronD");
751        if(AC)               A = new TChain("Anticounter");
752        if(ORB)              B = new TChain("OrbitalInfo");
753        
754        // loop over files and create chains        
755        TIter next(fl);
756        TSystemFile *questo = 0;
757        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
758            TString name =  questo->GetName();
759    //      cout << "File: "<< name << endl;
760            if( CheckLevel2File(name) ){
761                if(TRK2||TRK1||TRKh) T->Add(name);
762                if(CAL1||CAL2)       C->Add(name);
763                if(TOF)              O->Add(name);
764                if(TRG)              R->Add(name);
765                if(S4)               S->Add(name);
766                if(ND)               N->Add(name);
767                if(AC)               A->Add(name);
768                if(ORB)              B->Add(name);
769            };
770        }
771        
772        cout << "done chain \n";
773    
774        UInt_t *found=0;
775    // Tracker
776        if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
777            if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
778            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel2",0,found);
779            if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
780            if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
781            else    T->SetBranchStatus("TrkLevel1",0,found);
782            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
783            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
784            else    T->SetBranchStatus("TrkHough",0,found);
785            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
786            if(!Trout)Trout=T;
787            else Trout->AddFriend("Tracker");
788        }else{
789            cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
790        };
791        // Calorimeter
792        if(C && (CAL2||CAL1)) {
793            if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
794            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel2",0,found);
795            if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
796            if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
797            else    C->SetBranchStatus("CaloLevel1",0,found);
798            if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
799            if(!Trout)Trout=C;
800            else Trout->AddFriend("Calorimeter");
801        }else{
802            cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
803        };
804        // ToF    
805        if(O && TOF) {
806            O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
807            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
808            if(!Trout)Trout=O;
809            else Trout->AddFriend("ToF");
810        }else{
811            cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
812        };
813        // Trigger
814        if(R && TRG) {
815            R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
816            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
817            if(!Trout)Trout=O;
818            else Trout->AddFriend("Trigger");
819        }else{
820            cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
821        };
822        // S4
823        if(S && S4) {
824            S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
825            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
826            if(!Trout)Trout=O;
827            else Trout->AddFriend("S4");
828        }else{
829            cout << "S4           : missing tree"<<endl;
830        };
831        // Neutron Detector
832        if(N && ND) {
833            N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
834            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
835            if(!Trout)Trout=O;
836            else Trout->AddFriend("NeutronD");
837        }else{
838            cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
839        };
840        // Anticounters
841        if(A && AC) {
842            A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
843          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
844          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
845          else Tout->AddFriend(A);          else Trout->AddFriend("Anticounter");
846      }else{      }else{
847          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
848      };      };
849        // Orbital Info
850        if(B && ORB) {
851            B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
852            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
853            if(!Trout)Trout=O;
854            else Trout->AddFriend("OrbitalInfo");
855        }else{
856            cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
857        };
858        
859    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
860    
861        
862    //     // Tracker
863    //     if(TRK2||TRK1||TRKh){
864    //      if(!Tout)Tout=T;
865    //      else Tout->AddFriend("Tracker");
866    //     }
867    //     // Calorimeter
868    //     if(CAL2||CAL1) {        
869    //      if(!Tout)Tout=C;
870    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter");
871    //     };
872    //     // ToF    
873    //     if(TOF) {
874    //      if(!Tout)Tout=O;
875    //      else Tout->AddFriend("ToF");
876    //     };
877    //     // Trigger
878    //     if(TRG) {
879    //      if(!Tout)Tout=R;
880    //      else Tout->AddFriend("Trigger");
881    //     };
882    //     // S4
883    //     if(S4) {
884    //      if(!Tout)Tout=S;
885    //      else Tout->AddFriend("S4");
886    //     };
887    //     // Neutron Detector
888    //     if(ND) {
889    //      if(!Tout)Tout=N;
890    //      else Tout->AddFriend("NeutronD");
891    //     };
892    //     // Anticounters
893    //     if(AC) {
894    //      if(!Tout)Tout=A;
895    //      else Tout->AddFriend("Anticounter");
896    //     };
897    //     // OrbitalInfo
898    //     if(ORB) {
899    //      if(!Tout)Tout=B;
900    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo");
901    //     };
902        
903    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Tout->GetEntries()<<endl<<endl;
904        
905    //    if( Tout->GetEntries() )PamLevel2::SetBranchAddress( Tout );
906        
907        return Trout;
908    }
909    
910    
911    
912    //--------------------------------------
913    //
914    //
915    //--------------------------------------
916    /**
917     * Set branch addresses for Pamela friend trees
918     */
919    void PamLevel2::SetBranchAddress(TTree *t){
920    
921        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
922        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
923        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
924        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
925        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
926        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
927        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
928        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
929        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
930        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
931        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
932    
933    
934        // Tracker
935        if(TRK1) {
936            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel2"));
937            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
938        };
939        if(TRK2) {
940            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel1"));
941            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
942        };
943        if(TRKh) {
944            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
945            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
946        };
947            
948      return Tout;      // Calorimeter
949        if(CAL1) {
950            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
951            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
952        };
953        if(CAL2) {
954            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
955            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
956        };
957        
958        // ToF    
959        if(TOF) {
960            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
961            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
962        };
963        // Trigger
964        if(TRG) {
965            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
966            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
967        };
968        // S4
969        if(S4) {
970            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
971            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
972        };
973        // Neutron Detector
974        if(ND) {
975            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
976            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
977        };
978        // Anticounters
979        if(AC) {
980            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
981            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
982        };
983        // OrbitalInfo
984        if(ORB) {
985            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
986            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
987        };
988        
989    }
990    /**
991     * Set branch addresses for Pamela friend trees
992     */
993    void PamLevel2::SetBranchAddress(TChain *t){
994    
995        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
996        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
997        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
998        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
999        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
1000        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
1001        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
1002        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
1003        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
1004        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
1005        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
1006    
1007        // Tracker
1008         if(TRK2) {
1009            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
1010            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
1011        };
1012        if(TRK1) {
1013            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1014            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
1015        };
1016         if(TRKh) {
1017            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1018            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
1019         };
1020        
1021        // Calorimeter
1022        if(CAL2) {
1023            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1024            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
1025        };  
1026        if(CAL1) {
1027            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1028            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
1029        };
1030        
1031        // ToF    
1032        if(TOF) {
1033            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1034            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
1035        };
1036        // Trigger
1037        if(TRG) {
1038            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1039            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
1040        };
1041        // S4
1042        if(S4) {
1043            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1044            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
1045        };
1046        // Neutron Detector
1047        if(ND) {
1048            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1049            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
1050        };
1051        // Anticounters
1052        if(AC) {
1053            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1054            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
1055        };
1056        // OrbitalInfo
1057        if(ORB) {
1058            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1059            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
1060        };
1061        
1062    }
1063    
1064    
1065    //--------------------------------------
1066    //
1067    //
1068    //--------------------------------------
1069    /**
1070     * Get the Run tree chain from a list of files.
1071     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1072     * @return Pointer to a TChain
1073     */
1074    TChain *PamLevel2::GetRunTree(TList *fl){
1075            
1076        TChain *R = new TChain("Run");
1077        
1078        // loop over files and create chains        
1079        TIter next(fl);
1080        TSystemFile *questo = 0;
1081        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1082            TString name =  questo->GetName();
1083    //              cout << "File: "<< name << endl;
1084            if( CheckLevel2File(name) ){
1085                R->Add(name);
1086            };
1087        }
1088        
1089        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1090        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1091        
1092        return R;
1093        
1094    }
1095    //--------------------------------------
1096    //
1097    //
1098    //--------------------------------------
1099    /**
1100     * Get the Run tree  from a file.
1101     * @param f Pointer to a TFile
1102     * @return Pointer to a TTree
1103     */
1104    TTree *PamLevel2::GetRunTree(TFile *f){
1105    
1106    
1107        TTree *R = (TTree*)f->Get("Run");
1108        
1109        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1110        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1111        
1112        return R;
1113        
1114    }
1115    //--------------------------------------
1116    //
1117    //
1118    //--------------------------------------
1119    /**
1120     * Set which trees shoul be analysed
1121     * @param detlist TString containing the sequence of trees required
1122    */
1123    void PamLevel2::SetWhichTrees(TString detlist){
1124            
1125        if(detlist.Contains("+ALL", TString::kIgnoreCase)){
1126            CAL1 = true;
1127            CAL2 = true;
1128            TRK2 = true;
1129            TRK1 = false;
1130            TRKh = false;
1131            TRG = true;
1132            TOF = true;
1133            S4  = true;
1134            ND  = true;
1135            AC  = true;
1136            ORB = true;
1137        }else if( detlist.Contains("-ALL", TString::kIgnoreCase) ){
1138            CAL1 = false;
1139            CAL2 = false;
1140            TRK2 = false;
1141            TRK1 = false;
1142            TRKh = false;
1143            TRG = false;
1144            TOF = false;
1145            S4  = false;
1146            ND  = false;
1147            AC  = false;
1148            ORB = false;
1149        };
1150        
1151    //  -------------------------------------------------------------------------
1152        if( detlist.Contains("CAL1", TString::kIgnoreCase) ){
1153            if ( detlist.Contains("-CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=false;
1154            if ( detlist.Contains("+CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=true;
1155        };
1156            
1157        if( detlist.Contains("CAL2", TString::kIgnoreCase)){
1158            if ( detlist.Contains("-CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=false;
1159            if ( detlist.Contains("+CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=true;
1160        };
1161            
1162        if( detlist.Contains("+CAL", TString::kIgnoreCase) && !CAL1 && !CAL2 )CAL2=true;
1163        if( detlist.Contains("-CAL", TString::kIgnoreCase) && CAL1 && CAL2 ){
1164            CAL2=false;
1165            CAL1=false;
1166        }
1167    //  -------------------------------------------------------------------------
1168        if( detlist.Contains("TRK1", TString::kIgnoreCase) ){
1169            if ( detlist.Contains("-TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=false;
1170            if ( detlist.Contains("+TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=true;
1171        };
1172            
1173        if( detlist.Contains("TRK2", TString::kIgnoreCase)){
1174            if ( detlist.Contains("-TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=false;
1175            if ( detlist.Contains("+TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=true;
1176        };
1177    
1178        if( detlist.Contains("TRKh", TString::kIgnoreCase)){
1179            if ( detlist.Contains("-TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=false;
1180            if ( detlist.Contains("+TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=true;
1181        };
1182            
1183        if( detlist.Contains("+TRK", TString::kIgnoreCase) && !TRK1 && !TRK2 && !TRKh )TRK2=true;
1184        if( detlist.Contains("-TRK", TString::kIgnoreCase) && TRK1 && TRK2 && TRKh){
1185            TRK2=false;
1186            TRK1=false;
1187            TRKh=false;
1188        }
1189    //  -------------------------------------------------------------------------
1190        
1191        if( detlist.Contains("-TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = false;
1192        else if( detlist.Contains("+TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = true;
1193        
1194        if( detlist.Contains("-TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = false;
1195        else if( detlist.Contains("+TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = true;
1196        
1197        if( detlist.Contains("-S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = false;
1198        else if( detlist.Contains("+S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = true;
1199        
1200        if( detlist.Contains("-ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = false;
1201        else if( detlist.Contains("+ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = true;
1202        
1203        if( detlist.Contains("-AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = false;
1204        else if( detlist.Contains("+AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = true;
1205        
1206        if( detlist.Contains("-ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = false;
1207        else if( detlist.Contains("+ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = true;
1208    
1209        cout<< "Set detector list --> ";
1210        if(TRK1)cout<<"TRK1 ";
1211        if(TRK2)cout<<"TRK2 ";
1212        if(TRKh)cout<<"TRKH ";
1213        if(CAL1)cout<<"CAL1 ";
1214        if(CAL2)cout<<"CAL2 ";
1215        if(TOF)cout<<"TOF ";
1216        if(TRG)cout<<"TRG ";
1217        if(AC)cout<<"AC ";
1218        if(ND)cout<<"ND ";
1219        if(S4)cout<<"S4 ";
1220        if(ORB)cout<<"ORB ";
1221        cout << endl;
1222        
1223    };
1224    
1225    
1226    /**
1227     * Set tree/branch detector flags from the content of a tree
1228     */
1229    void  PamLevel2::GetWhichTrees(TFile* f){
1230            
1231    
1232        // -----------
1233        // reset flags
1234        // -----------
1235        Bool_t CAL1   = false;    
1236        Bool_t CAL2   = false;    
1237        Bool_t TRK2   = false;    
1238        Bool_t TRK1   = false;    
1239        Bool_t TRKh   = false;    
1240        Bool_t TRG    = false;    
1241        Bool_t TOF    = false;    
1242        Bool_t S4     = false;    
1243        Bool_t ND     = false;    
1244        Bool_t AC     = false;    
1245        Bool_t ORB    = false;    
1246        
1247        Bool_t RUN    = false;
1248            
1249        cout << "Checking file: "<<f->GetName()<<endl;
1250        if( !f || f->IsZombie() ){
1251            cout << "File: "<< f->GetName() <<" Non valid root file"<< endl;
1252            return;
1253        }
1254    
1255        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1256        TIter next(lk);
1257        TKey *key =0;
1258    
1259        Int_t nev = 0;
1260    
1261        while( (key = (TKey*)next()) ){
1262            
1263            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN = true;
1264    
1265            //=========================================================    
1266            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1267                TRG = true;
1268                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1269                if( nev && nevt!=nev){
1270                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1271                    TRG = false;
1272                }else nev=nevt;
1273            }
1274            //=========================================================    
1275            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1276                TOF = true;
1277                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1278                if( nev && nevt!=nev){
1279                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"     ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1280                    TOF = false;
1281                }else nev=nevt;
1282            }
1283            //=========================================================  
1284            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1285                S4 = true;
1286                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1287                if( nev && nevt!=nev){
1288                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"      S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1289                    S4 = false;
1290                }else nev=nevt;
1291            }
1292            //=========================================================  
1293    
1294            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1295                ND = true;
1296                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1297                if( nev && nevt!=nev){
1298                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1299                    ND =false;
1300                }else nev=nevt;
1301            }      
1302            //=========================================================  
1303            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1304                AC = true;
1305                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1306                if( nev && nevt!=nev){
1307                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1308                    AC =false;
1309                }else nev=nevt;
1310            }
1311            //=========================================================  
1312            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1313                ORB = true;
1314                Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1315                if( nev && nevt!=nev){
1316                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1317                    ORB = false;
1318                }else nev=nevt;
1319            }
1320            //=========================================================  
1321            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1322                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1323                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1324                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1325                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1=true;
1326                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2=true;
1327                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh=true;
1328                };      
1329                Int_t nevt = T->GetEntries();
1330                if( nev && nevt!=nev){
1331                    cout << "File: "<< f->GetName() <<" Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1332                    TRK1 = false;
1333                    TRK2 = false;
1334                    TRKh = false;
1335                }else nev=nevt;
1336                T->Delete();
1337            };
1338            //=========================================================  
1339            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1340                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1341                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1342                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1343                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1=true;
1344                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2=true;
1345                };    
1346                Int_t nevt = T->GetEntries();
1347                if( nev && nevt!=nev){
1348                    cout << "File: "<< f->GetName() <<"  Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1349                    CAL1 = false;
1350                    CAL2 = false;
1351                }else nev=nevt;
1352                T->Delete();
1353            };      
1354    
1355        };
1356        
1357        lk->Delete();
1358          
1359        return ;
1360            
1361    };
1362    
1363    
1364    //--------------------------------------
1365    //
1366    //
1367    //--------------------------------------
1368    /**
1369     * Check if a file contains selected Pamela Level2 trees.
1370     * @param name File name
1371     * @return true if the file is ok.
1372     */
1373    Bool_t  PamLevel2::CheckLevel2File(TString name){
1374            
1375        Bool_t CAL1__ok   = false;    
1376        Bool_t CAL2__ok   = false;    
1377        Bool_t TRK2__ok   = false;    
1378        Bool_t TRK1__ok   = false;    
1379        Bool_t TRKh__ok   = false;    
1380        Bool_t TRG__ok    = false;    
1381        Bool_t TOF__ok    = false;    
1382        Bool_t S4__ok     = false;    
1383        Bool_t ND__ok     = false;    
1384        Bool_t AC__ok     = false;    
1385        Bool_t ORB__ok    = false;    
1386        
1387        Bool_t RUN__ok    = false;
1388        
1389        
1390    
1391        cout << "Checking file: "<<name<<endl;
1392        TFile *f = new TFile(name.Data());
1393        if( !f || f->IsZombie() ){
1394            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Non valid root file"<< endl; return false;
1395        }
1396    //    cout << "Get list of keys: "<<f<<endl;
1397        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1398    //    lk->Print();
1399        TIter next(lk);
1400        TKey *key =0;
1401    
1402        Int_t nev = 0;
1403    
1404        while( (key = (TKey*)next()) ){
1405            
1406    //      cout << key->GetName() << endl;
1407    //      cout << " Get tree: " << f->Get(key->GetName())<<endl;
1408    //      nev_previous = nev;
1409    //      cout << " n.entries  "<< nev <<endl;
1410    //      if( key->GetClassName()=="TTree" && nev_previous && nev != nev_previous ){
1411    //          nev = ((TTree*)f->Get(key->GetName()))->GetEntries();
1412    //          cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- "<< key->GetName() << " tree: n.entries does not match "<<nev<<" "<<nev_previous<< endl;
1413    //          return false;
1414    //      };
1415    
1416            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN__ok = true;      
1417    
1418            //=========================================================    
1419            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1420                TRG__ok = true;
1421                if(TRG){
1422                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1423                    if( nev && nevt!=nev){
1424                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1425                        return false;
1426                    }
1427                    nev=nevt;
1428                }
1429            }
1430            //=========================================================    
1431            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1432                TOF__ok = true;
1433                if(TOF){
1434                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1435                    if( nev && nevt!=nev){
1436                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1437                        return false;
1438                    }
1439                    nev=nevt;
1440                }
1441            }
1442            //=========================================================  
1443            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1444                S4__ok = true;
1445                if(S4){
1446                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1447                    if( nev && nevt!=nev){
1448                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1449                        return false;
1450                    }
1451                    nev=nevt;
1452                }
1453            }
1454            //=========================================================  
1455    
1456            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1457                ND__ok = true;
1458                if(ND){
1459                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1460                    if( nev && nevt!=nev){
1461                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1462                        return false;
1463                    }
1464                    nev=nevt;
1465                }
1466            }      
1467            //=========================================================  
1468            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1469                AC__ok = true;
1470                if(AC){
1471                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1472                    if( nev && nevt!=nev){
1473                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1474                        return false;
1475                    }
1476                    nev=nevt;
1477                }
1478            }
1479            //=========================================================  
1480            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1481                ORB__ok = true;
1482                if(ORB){
1483                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1484                    if( nev && nevt!=nev){
1485                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1486                        return false;
1487                    }
1488                    nev=nevt;
1489                }
1490            }
1491            //=========================================================  
1492            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1493                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1494                if(TRK1||TRK2||TRKh){
1495                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1496                    if( nev && nevt!=nev){
1497                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1498                        return false;
1499                    }
1500                    nev=nevt;
1501                }
1502                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1503                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1504                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1__ok=true;
1505                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2__ok=true;
1506                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh__ok=true;
1507                };      
1508                T->Delete();
1509            };
1510            //=========================================================  
1511            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1512                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1513                if(CAL1||CAL2){
1514                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1515                    if( nev && nevt!=nev){
1516                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1517                        return false;
1518                    }
1519                    nev=nevt;
1520                }
1521                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1522                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1523                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1__ok=true;
1524                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2__ok=true;
1525                };    
1526                T->Delete();
1527            };      
1528    
1529        };
1530        
1531    
1532    
1533        if(!RUN__ok) {
1534            cout << "File: "<< f->GetName() <<" *WARNING* ---- Missing RunInfo tree"<< endl;
1535    //      return false;
1536        };
1537    
1538        if(CAL1 && !CAL1__ok){
1539            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel1 branch"<< endl;
1540            return false;
1541        };
1542        if(CAL2 && !CAL2__ok){
1543            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel2 branch"<< endl;
1544            return false;
1545        };
1546        if(TRK2 && !TRK2__ok){
1547            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel2 branch"<< endl;
1548            return false;
1549        };
1550        if(TRK1 && !TRK1__ok){
1551            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel1 branch"<< endl;
1552            return false;
1553        };
1554        if(TRKh && !TRKh__ok){
1555            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkHough branch"<< endl;
1556            return false;
1557        };
1558        if(ORB && !ORB__ok){
1559            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ORB tree"<< endl;
1560            return false;
1561        };
1562        if(AC && !AC__ok){
1563            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing AC tree"<< endl;
1564            return false;
1565        };
1566        if(S4 && !S4__ok){
1567            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing S4 tree"<< endl;
1568            return false;
1569        };
1570        if(TOF && !TOF__ok){
1571            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ToF tree"<< endl;
1572            return false;
1573        };
1574    
1575            if(ND && !ND__ok){
1576                cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ND tree"<< endl;
1577                return false;
1578            };
1579            if(TRG && !TRG__ok){
1580                cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing Trigger tree"<< endl;
1581                return false;
1582            };
1583    
1584    
1585    
1586    
1587    
1588        lk->Delete();
1589        f->Close();
1590          
1591        return true;
1592            
1593    };
1594    
1595    
1596    /**
1597     * Create clone-trees
1598     */
1599    void PamLevel2::CreateCloneTrees0( TChain *fChain, TFile *ofile ){
1600    
1601        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1602        cout << "Create clones of PAMELA trees "<<endl;
1603            
1604        Int_t i=0;
1605        tree_clone[i] = fChain->GetTree()->CloneTree(0);
1606        TString name =  tree_clone[i]->GetName();
1607        name.Append("_clone");
1608    //    tree_clone[i]->SetName(name.Data());
1609        cout << tree_clone[i]->GetName() <<endl;
1610        i++;
1611    
1612        TList *li = fChain->GetListOfFriends();
1613        TIter next(li);
1614        TFriendElement* T_friend=0;
1615        ofile->cd();
1616        while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
1617    //      cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
1618    //      cout<<T_friend->GetTree()->GetName()<< endl;
1619            tree_clone[i] = T_friend->GetTree()->CloneTree(0);
1620            tree_clone[i]->SetAutoSave(1000000);
1621            name =  tree_clone[i]->GetName();
1622            name.Append("_clone");
1623    //      tree_clone[i]->SetName(name.Data());
1624            cout << tree_clone[i]->GetName() << endl;
1625            i++;
1626        }
1627    
1628        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1629    
1630  }  }
1631    
1632    /**
1633     * Create clone-trees
1634     */
1635    void PamLevel2::CreateCloneTrees(TFile *ofile){
1636    
1637        ofile->cd();
1638    
1639        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1640        cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
1641            
1642        Int_t i=0;
1643    
1644        if(TRK1||TRK2||TRKh){
1645            tree_clone[i] = new TTree("Tracker","PAMELA tracker level2 data ");    
1646            if(TRK1) {
1647                tree_clone[i]->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1648                tree_clone[i]->BranchRef();
1649                cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
1650            };
1651            if(TRK2) {
1652                tree_clone[i]->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",GetPointerTo("TrkLevel2"));
1653                cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
1654            };
1655            if(TRKh) {
1656                tree_clone[i]->Branch("TrkHough","TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1657                cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
1658            };
1659            i++;
1660        }
1661    
1662        // Calorimeter
1663        if(CAL1||CAL2){
1664            tree_clone[i] = new TTree("Calorimeter","PAMELA calorimeter level2 data ");    
1665            if(CAL1) {
1666                tree_clone[i]->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1667                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
1668            };
1669            if(CAL2) {
1670                tree_clone[i]->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1671                cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
1672            };
1673            i++;
1674        }    
1675    
1676        // ToF    
1677        if(TOF) {
1678            tree_clone[i] = new TTree("ToF","PAMELA ToF level2 data ");    
1679            tree_clone[i]->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1680            cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
1681            i++;
1682        };
1683        // Trigger
1684        if(TRG) {
1685            tree_clone[i] = new TTree("Trigger","PAMELA trigger level2 data ");    
1686            tree_clone[i]->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1687            cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
1688            i++;
1689        };
1690        // S4
1691        if(S4) {
1692            tree_clone[i] = new TTree("S4","PAMELA S4 level2 data ");      
1693            tree_clone[i]->Branch("S4Level2","S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1694            cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
1695            i++;
1696        };
1697        // Neutron Detector
1698        if(ND) {
1699            tree_clone[i] = new TTree("NeutronD","PAMELA neutron detector level2 data ");  
1700            tree_clone[i]->Branch("NDLevel2","NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1701            cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
1702            i++;
1703        };
1704        // Anticounters
1705        if(AC) {
1706            tree_clone[i] = new TTree("Anticounter","PAMELA anticounter detector level2 data ");    
1707            tree_clone[i]->Branch("AcLevel2","AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1708            cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
1709            i++;
1710        };
1711        // OrbitalInfo
1712        if(ORB) {
1713            tree_clone[i] = new TTree("OrbitalInfo","PAMELA oribital info  ");      
1714            tree_clone[i]->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1715            cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
1716            i++;
1717        };
1718        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1719    
1720    }
1721    
1722    // /**
1723    //  * Create clone-trees
1724    //  */
1725    // void PamLevel2::CreateCloneTrees(){
1726    
1727    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1728    //     cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
1729            
1730    //     if(TRK1||TRK2||TRKh){
1731    //      T_clone = new TTree("Tracker_clone","PAMELA tracker level2 data ");    
1732    //      if(TRK1) {
1733    //          trk1_clone = new TrkLevel1();
1734    //          T_clone->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", &trk1_clone);
1735    //          T_clone->BranchRef();
1736    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
1737    //      };
1738    //      if(TRK2) {
1739    //          trk2_clone = new TrkLevel2();
1740    //          T_clone->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",&trk2_clone);
1741    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
1742    //      };
1743    //      if(TRKh) {
1744    //          trkh_clone = new TrkHough();
1745    //          T_clone->Branch("TrkHough","TrkHough", &trkh_clone);
1746    //          cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
1747    //      };
1748    //      cout << hex << T_clone << dec << endl;
1749    //     }
1750    
1751    //     // Calorimeter
1752    //     if(CAL1||CAL2){
1753    //      C_clone = new TTree("Calorimeter_clone","PAMELA calorimeter level2 data ");    
1754    //      if(CAL1) {
1755    //          calo1_clone = new CaloLevel1();
1756    //          C_clone->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", &calo1_clone);
1757    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
1758    //      };
1759    //      if(CAL2) {
1760    //          calo2_clone = new CaloLevel2();
1761    //          C_clone->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", &calo2_clone);
1762    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
1763    //      };
1764    //     }    
1765    
1766    //     // ToF    
1767    //     if(TOF) {
1768    //      O_clone = new TTree("ToF_clone","PAMELA ToF level2 data ");    
1769    //      tof_clone = new ToFLevel2();
1770    //      O_clone->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", &tof_clone);
1771    //      cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
1772    //     };
1773    //     // Trigger
1774    //     if(TRG) {
1775    //      R_clone = new TTree("Trigger_clone","PAMELA trigger level2 data ");    
1776    //      trig_clone = new TrigLevel2();
1777    //      R_clone->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", &trig_clone);
1778    //      cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
1779    //     };
1780    //     // S4
1781    //     if(S4) {
1782    //      S_clone = new TTree("S4_clone","PAMELA S4 level2 data ");      
1783    //      s4_clone = new S4Level2();
1784    //      S_clone->Branch("S4Level2","S4Level2", &s4_clone);
1785    //      cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
1786    //     };
1787    //     // Neutron Detector
1788    //     if(ND) {
1789    //      N_clone = new TTree("NeutronD_clone","PAMELA neutron detector level2 data ");  
1790    //      nd_clone = new NDLevel2();
1791    //      N_clone->Branch("NDLevel2","NDLevel2", &nd_clone);
1792    //      cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
1793    //     };
1794    //     // Anticounters
1795    //     if(AC) {
1796    //      A_clone = new TTree("Anticounter_clone","PAMELA anticounter detector level2 data ");    
1797    //      ac_clone = new AcLevel2();
1798    //      A_clone->Branch("AcLevel2","AcLevel2", &ac_clone);
1799    //      cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
1800    //     };
1801    //     // OrbitalInfo
1802    //     if(ORB) {
1803    //      B_clone = new TTree("OrbitalInfo_clone","PAMELA oribital info  ");      
1804    //      orb_clone = new OrbitalInfo();
1805    //      B_clone->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", &orb_clone);
1806    //      cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
1807    //     };
1808    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1809    
1810    // }
1811    
1812    /**
1813     * Fill tree (created with CreateCloneTrees)
1814     *
1815     */
1816    //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
1817    void PamLevel2::FillCloneTrees(){
1818            
1819    // //  --------------------------------------
1820    // //  copy the event
1821    // //  --------------------------------------
1822    //     if(trk1_clone)  *trk1_clone = *trk1_obj;
1823    //     if(trk2_clone){
1824    //      trk2_clone->Clear();
1825    //      trk2_obj->Copy(*trk2_clone);
1826    // //   *trk2_clone = *trk2_obj;
1827    //     }
1828    //     if(trkh_clone)  *trkh_clone = *trkh_obj;
1829    //     if(calo1_clone){
1830    // //   *calo1_clone = *calo1_obj;
1831    //      calo1_clone->Clear();
1832    //      calo1_obj->Copy(*calo1_clone);
1833    //     }
1834    //     if(calo2_clone){
1835    // //   *calo2_clone = *calo2_obj;
1836    //      calo2_clone->Clear();
1837    //      calo2_obj->Copy(*calo2_clone);
1838    //     }
1839    //     if(tof_clone)   *tof_clone  = *tof_obj;
1840    //     if(trig_clone)  *trig_clone = *trig_obj;
1841    //     if(s4_clone)    *s4_clone   = *s4_obj;
1842    //     if(nd_clone)    *nd_clone   = *nd_obj;
1843    //     if(ac_clone)    *ac_clone   = *ac_obj;
1844    //     if(orb_clone)   *orb_clone  = *orb_obj;
1845    
1846    //     if(T_clone)T_clone->Fill();
1847    //     if(C_clone)C_clone->Fill();
1848    //     if(O_clone)O_clone->Fill();
1849    //     if(R_clone)R_clone->Fill();
1850    //     if(S_clone)S_clone->Fill();
1851    //     if(N_clone)N_clone->Fill();
1852    //     if(A_clone)A_clone->Fill();
1853    //     if(O_clone)O_clone->Fill();
1854    
1855        for(Int_t i=0; i<8; i++){
1856            if(tree_clone[i])tree_clone[i]->Fill();
1857        }
1858    }
1859    
1860    
1861    TTree* PamLevel2::GetCloneTree(TString name){
1862    
1863        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
1864            if(tree_clone[i]){
1865                TString na = tree_clone[i]->GetName();
1866                if(!name.CompareTo(na))return tree_clone[i];
1867            };
1868        }
1869        return NULL;
1870    
1871    }
1872    void PamLevel2::WriteCloneTrees(){
1873        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1874        cout << "Write clones of PAMELA trees "<<endl;
1875        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
1876            if(tree_clone[i]){
1877                cout << tree_clone[i]->GetName()<<endl;
1878                tree_clone[i]->Write();
1879            };
1880        }
1881        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1882    
1883    }
1884    
1885    /**
1886     * Create a new (empty) Pamela trees
1887     */
1888    // TTree* PamLevel2::GetNewPamTree(){
1889    
1890    //     if(tree_clone)return tree_clone;
1891    
1892    //     TTree *Tout = 0;
1893        
1894    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1895    //     cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
1896        
1897        
1898    //     if(TRK1||TRK2||TRKh){
1899    //      TTree *T = new TTree("Tracker_clone","PAMELA tracker level2 data ");    
1900    //      if(TRK1) {
1901    //          trk1_clone = new TrkLevel1();
1902    //          T->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", &trk1_clone);
1903    //          T->BranchRef();
1904    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
1905    //      };
1906    //      if(TRK2) {
1907    //          trk2_clone = new TrkLevel2();
1908    //          T->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",&trk2_clone);
1909    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
1910    //      };
1911    //      if(TRKh) {
1912    //          trkh_clone = new TrkHough();
1913    //          T->Branch("TrkHough","TrkHough", &trkh_clone);
1914    //          cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
1915    //      };
1916    //      if(!Tout)Tout=T;
1917    //      else Tout->AddFriend("Tracker_clone");
1918    //     }
1919    
1920    //     // Calorimeter
1921    //     if(CAL1||CAL2){
1922    //      TTree *C = new TTree("Calorimeter_clone","PAMELA calorimeter level2 data ");    
1923    //      if(CAL1) {
1924    //          calo1_clone = new CaloLevel1();
1925    //          C->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", &calo1_clone);
1926    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
1927    //      };
1928    //      if(CAL2) {
1929    //          calo2_clone = new CaloLevel2();
1930    //          C->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", &calo2_clone);
1931    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
1932    //      };
1933    //      if(!Tout)Tout=C;
1934    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter_clone");
1935    //     }    
1936    
1937    //     // ToF    
1938    //     if(TOF) {
1939    //      TTree *O = new TTree("ToF_clone","PAMELA ToF level2 data ");    
1940    //      tof_clone = new ToFLevel2();
1941    //      O->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", &tof_clone);
1942    //      cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
1943    //      if(!Tout)Tout=O;
1944    //      else Tout->AddFriend("ToF_clone");
1945    //     };
1946    //     // Trigger
1947    //     if(TRG) {
1948    //      TTree *R = new TTree("Trigger_clone","PAMELA trigger level2 data ");    
1949    //      trig_clone = new TrigLevel2();
1950    //      R->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", &trig_clone);
1951    //      cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
1952    //      if(!Tout)Tout=R;
1953    //      else Tout->AddFriend("Trigger_clone");
1954    //     };
1955    //     // S4
1956    //     if(S4) {
1957    //      TTree *S = new TTree("S4_clone","PAMELA S4 level2 data ");      
1958    //      s4_clone = new S4Level2();
1959    //      S->Branch("S4Level2","S4Level2", &s4_clone);
1960    //      cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
1961    //      if(!Tout)Tout=S;
1962    //      else Tout->AddFriend("S4_clone");
1963    //     };
1964    //     // Neutron Detector
1965    //     if(ND) {
1966    //      TTree *N = new TTree("NeutronD_clone","PAMELA neutron detector level2 data ");  
1967    //      nd_clone = new NDLevel2();
1968    //      N->Branch("NDLevel2","NDLevel2", &nd_clone);
1969    //      cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
1970    //      if(!Tout)Tout=N;
1971    //      else Tout->AddFriend("NeutronD_clone");
1972    //     };
1973    //     // Anticounters
1974    //     if(AC) {
1975    //      TTree *A = new TTree("Anticounter_clone","PAMELA anticounter detector level2 data ");  
1976    //      ac_clone = new AcLevel2();
1977    //      A->Branch("AcLevel2","AcLevel2", &ac_clone);
1978    //      cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
1979    //      if(!Tout)Tout=A;
1980    //      else Tout->AddFriend("Anticounter_clone");
1981    //     };
1982    //     // OrbitalInfo
1983    //     if(ORB) {
1984    //      TTree *B = new TTree("OrbitalInfo_clone","PAMELA oribital info  ");    
1985    //      orb_clone = new OrbitalInfo();
1986    //      B->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", &orb_clone);
1987    //      cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
1988    //      if(!Tout)Tout=B;
1989    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo_clone");
1990    //     };
1991    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1992    
1993    //     tree_clone = Tout;
1994    //     tree_clone->SetDirectory(0);
1995    
1996    //     return Tout;
1997    // }
1998    // /**
1999    //  * Fill a tree (created with GetNewPamTree)
2000    //  *
2001    //  */
2002    // //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
2003    // void PamLevel2::FillNewPamTree(){
2004            
2005    
2006    //     if(trk1_clone)  *trk1_clone = *trk1_obj;
2007    //     if(trk2_clone){
2008    //      trk2_clone->Clear();
2009    //      trk2_obj->Copy(*trk2_clone);
2010    // //   *trk2_clone = *trk2_obj;
2011    //     }
2012    //     if(trkh_clone)  *trkh_clone = *trkh_obj;
2013    //     if(calo1_clone){
2014    // //   *calo1_clone = *calo1_obj;
2015    //      calo1_clone->Clear();
2016    //      calo1_obj->Copy(*calo1_clone);
2017    //     }
2018    //     if(calo2_clone){
2019    // //   *calo2_clone = *calo2_obj;
2020    //      calo2_clone->Clear();
2021    //      calo2_obj->Copy(*calo2_clone);
2022    //     }
2023    //     if(tof_clone)   *tof_clone  = *tof_obj;
2024    //     if(trig_clone)  *trig_clone = *trig_obj;
2025    //     if(s4_clone)    *s4_clone   = *s4_obj;
2026    //     if(nd_clone)    *nd_clone   = *nd_obj;
2027    //     if(ac_clone)    *ac_clone   = *ac_obj;
2028    //     if(orb_clone)   *orb_clone  = *orb_obj;
2029    
2030    //     TTree *T = tree_clone;
2031    
2032    //     T->Fill(); //fill main tree
2033    // //    cout<<T->IsA()->GetName()<<" "<<T->GetName()<<endl;
2034    //     TList *li = T->GetListOfFriends();
2035    //     TIter next(li);
2036    //     TFriendElement* T_friend=0;
2037    //     while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
2038    // //   cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
2039    //      T_friend->GetTree()->Fill();//fill friends
2040    //     }
2041    
2042    // }
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