/[PAMELA software]/PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp
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Diff of /PamelaLevel2/src/PamLevel2.cpp

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revision 1.1 by pam-fi, Fri Jun 16 16:43:55 2006 UTC revision 1.10 by pam-fi, Wed Dec 6 11:07:35 2006 UTC
# Line 24  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV Line 24  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV
24      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();      tof_track  = this->ToFTrkVar::GetToFTrkVar();
25      if(t) *trk_track  = *t;      if(t) *trk_track  = *t;
26      if(c) *calo_track = *c;      if(c) *calo_track = *c;
27      if(o) *tof_track  = *o;      if(o) *tof_track  = *o;    
28  };  };
29    
30  //--------------------------------------  //--------------------------------------
# Line 35  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV Line 35  PamTrack::PamTrack(TrkTrack* t, CaloTrkV
35   * Constructor   * Constructor
36   */   */
37  PamLevel2::PamLevel2(){  PamLevel2::PamLevel2(){
38      trk_obj  = this->TrkLevel2::GetTrkLevel2();          
39      calo_obj = this->CaloLevel2::GetCaloLevel2();      trk2_obj  = TrkLevel2::GetTrkLevel2();
40      tof_obj  = this->ToFLevel2::GetToFLevel2();      trk1_obj  = TrkLevel1::GetTrkLevel1();
41      trig_obj = this->TrigLevel2::GetTrigLevel2();      trkh_obj  = TrkHough::GetTrkHough();
42      s4_obj   = this->S4Level2::GetS4Level2();      calo1_obj = CaloLevel1::GetCaloLevel1();
43      nd_obj   = this->NDLevel2::GetNDLevel2();      calo2_obj = CaloLevel2::GetCaloLevel2();
44      ac_obj   = this->AcLevel2::GetAcLevel2();      tof_obj   = ToFLevel2::GetToFLevel2();
45        trig_obj  = TrigLevel2::GetTrigLevel2();
46        s4_obj    = S4Level2::GetS4Level2();
47        nd_obj    = NDLevel2::GetNDLevel2();
48        ac_obj    = AcLevel2::GetAcLevel2();
49        orb_obj   = OrbitalInfo::GetOrbitalInfo();
50    
51        run_obj   = new GL_RUN();
52        
53    //     trk1_clone  = 0;
54    //     trk2_clone  = 0;
55    //     trkh_clone  = 0;
56    //     calo1_clone = 0;
57    //     calo2_clone = 0;
58    //     tof_clone   = 0;
59    //     trig_clone  = 0;
60    //     s4_clone    = 0;
61    //     nd_clone    = 0;
62    //     ac_clone    = 0;
63    //     orb_clone   = 0;
64    
65    //     T_clone  = 0;
66    //     C_clone  = 0;
67    //     O_clone  = 0;
68    //     R_clone  = 0;
69    //     S_clone  = 0;
70    //     N_clone  = 0;
71    //     A_clone  = 0;
72    //     B_clone  = 0;
73    
74        for(Int_t i=0; i<8; i++ )tree_clone[i]=NULL;
75    
76        sorted_tracks = new TRefArray();
77        
78        CAL1 = true;
79        CAL2 = true;
80        TRK2 = true;
81        TRK1 = false;
82        TRKh = false;
83        TRG = true;
84        TOF = true;
85        S4  = true;
86        ND  = true;
87        AC  = true;
88        ORB = true;
89        
90    
91    };
92    /**
93     * Destructor
94     */
95    PamLevel2::~PamLevel2(){                
96        delete run_obj;
97        Clear();
98  };  };
99    /**
100     * Clear the event
101     */
102    void PamLevel2::Clear(){
103            
104        TrkLevel1::Clear();
105            
106        TrkLevel2::Clear();
107        CaloLevel2::Clear();
108        ToFLevel2::Clear();
109        TrigLevel2::Clear();
110        S4Level2::Clear();
111        NDLevel2::Clear();
112        AcLevel2::Clear();
113        OrbitalInfo::Clear();
114    
115    //     if(trk1_clone)trk1_clone->Clear();
116    //     if(trk2_clone)trk2_clone->Clear();
117    //     if(trkh_clone)trkh_clone->Clear();
118    //     if(calo1_clone)calo1_clone->Clear();
119    //     if(calo2_clone)calo2_clone->Clear();
120    //     if(tof_clone)tof_clone->Clear();
121    //     if(trig_clone)trig_clone->Clear();
122    //     if(s4_clone)s4_clone->Clear();
123    //     if(nd_clone)nd_clone->Clear();
124    //     if(ac_clone)ac_clone->Clear();
125    //     if(orb_clone)orb_clone->Clear();
126        
127        sorted_tracks->Delete(); // clean the reference array
128        
129    };
130    
131    
132    //--------------------------------------
133    //
134    //
135    //--------------------------------------
136    void *PamLevel2::GetPointerTo(const char* c ){
137    
138        TString objname = c;
139        if(!objname.CompareTo("TrkLevel1"))return &trk1_obj;
140        if(!objname.CompareTo("TrkLevel2"))return &trk2_obj;
141        if(!objname.CompareTo("TrkHough"))return &trkh_obj;
142        if(!objname.CompareTo("CaloLevel1"))return &calo1_obj;
143        if(!objname.CompareTo("CaloLevel2"))return &calo2_obj;
144        if(!objname.CompareTo("ToFLevel2"))return &tof_obj;
145        if(!objname.CompareTo("TrigLevel2"))return &trig_obj;
146        if(!objname.CompareTo("S4Level2"))return &s4_obj;
147        if(!objname.CompareTo("NDLevel2"))return &nd_obj;
148        if(!objname.CompareTo("AcLevel2"))return &ac_obj;
149        if(!objname.CompareTo("OrbitalInfo"))return &orb_obj;
150        if(!objname.CompareTo("RunInfo"))return &run_obj;
151        return NULL;
152    };
153    //--------------------------------------
154    //
155    //
156    //--------------------------------------
157    /**
158     * Retrieves the calorimeter track matching the seqno-th tracker stored track.
159     * (If seqno = -1 retrieves the self-trigger calorimeter track)
160     */
161     CaloTrkVar *PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int seqno){
162            
163         if( CaloLevel2::ntrk()==0 ){
164             cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no Calorimeter tracks are stored"<<endl;
165             return NULL;
166         };
167        
168         CaloTrkVar *c = 0;
169         Int_t it_calo=0;
170        
171         do{
172             c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(it_calo);
173             it_calo++;
174         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_calo < CaloLevel2::ntrk());      
175        
176         if(!c || seqno != c->trkseqno){
177             c = 0;
178             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetCaloStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match Calorimeter stored tracks"<<endl;
179         };
180         return c;
181        
182     };
183    //--------------------------------------
184     //
185     //
186    //--------------------------------------
187    /**
188      * Retrieves the ToF track matching the seqno-th tracker stored track.
189      * (If seqno = -1 retrieves the tracker-independent tof track)
190     */
191     ToFTrkVar *PamLevel2::GetToFStoredTrack(int seqno){
192            
193         if( ToFLevel2::ntrk()==0 ){
194             cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" but no ToF tracks are stored"<<endl;
195             return NULL;
196         };
197        
198         ToFTrkVar *c = 0;
199         Int_t it_tof=0;
200        
201         do{
202             c = ToFLevel2::GetToFTrkVar(it_tof);
203             it_tof++;
204         } while( c && seqno != c->trkseqno && it_tof < ToFLevel2::ntrk());
205        
206         if(!c || seqno != c->trkseqno){
207             c = 0;
208             if(seqno!=-1)cout << "PamLevel2::GetToFStoredTrack(int) : requested tracker SeqNo "<< seqno <<" does not match ToF stored tracks"<<endl;
209         };
210         return c;
211        
212     };
213    
214    //--------------------------------------
215     //
216     //
217    //--------------------------------------
218    /**
219     * Give the pamela track associated to a tracker track, retrieving related calorimeter and tof track information.
220     */
221     PamTrack* PamLevel2::GetPamTrackAlong(TrkTrack* t){
222            
223         CaloTrkVar *c = 0;
224         ToFTrkVar  *o = 0;
225        
226         if(CAL2) c = GetCaloStoredTrack(t->GetSeqNo());
227         if(TOF) o = GetToFStoredTrack(t->GetSeqNo());
228        
229    //    if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);
230         PamTrack *track = new PamTrack(t,c,o);
231        
232         return track;
233    
234     };
235  //--------------------------------------  //--------------------------------------
236  //  //
237  //  //
# Line 55  PamLevel2::PamLevel2(){ Line 244  PamLevel2::PamLevel2(){
244    
245  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_t itrk){
246            
247      // retrieve itrk-th tracker stored track      PamTrack *track = 0;
248      TrkTrack   *t = 0;      
249      CaloTrkVar *c = 0;      if( itrk >=0 && itrk < TrkLevel2::ntrk() ){
250      ToFTrkVar  *o = 0;          
251            TrkTrack *t = TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);
252      if( itrk >=0 && itrk < TrkLevel2::ntrk() ){          track = GetPamTrackAlong(t);
253          t = TrkLevel2::GetStoredTrack(itrk);              
254          c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());      }else{
255          o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());          cout << "PamLevel2::GetStoredTrack(int) : tracker track SeqNo "<< itrk <<" does not exist (GetNTracks() = "<<TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
256      };      };
     //  retrieve related ToF-track  
257            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *track = 0;  
     if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);  
258      return track;      return track;
259            
260  }  }
# Line 78  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_ Line 263  PamTrack* PamLevel2::GetStoredTrack(Int_
263  //  //
264  //--------------------------------------  //--------------------------------------
265  /**  /**
266   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in a TObjectArray (of TrkTrack objects).   * Sort physical (tracker) tracks and stores them in the TRefArray (of TrkTrack objects) which pointer is  PamLevel2::sorted_tracks.
267   * The total number of physical tracks is given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the method GetTrack(int it).   * @param how String to set the sorting cryterium (es: "CAL" or "TRK+CAL+TOF" ecc...).
268   * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.   * Sorting cryteria:
269   * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.   * TRK: lower chi**2
270     * CAL: lower Y spatial residual on the first calorimeter plane
271     * TOF: bigger numebr of hit PMTs along the track, on S12 S21 S32 (where paddles are along the Y axis).
272     * The default sorting cryterium is "TOF+CAL".
273     *
274     * The total number of physical tracks is always given by GetNTracks() and the it-th physical track can be retrieved by means of the methods GetTrack(int it) and GetTrack(int it, TString how).
275   */   */
276  TClonesArray *PamLevel2::GetTracks(){  void PamLevel2::SortTracks(TString how){
277    
278      // define new array for sorted tracker tracks  //    cout << "call SortTracs() "<<endl;
279      TClonesArray *aa = new TClonesArray("TrkTrack");    //Save current Object count
280      TClonesArray &sorted = *aa;      Int_t ObjectNumber = TProcessID::GetObjectCount();
281    
282    //    cout << "ObjectNumber  "<<ObjectNumber <<endl;
283        
284        sorted_tracks->Delete(); //temporaneo???
285            
286      // loop over the tracks sorted by the tracker      // loop over the tracks sorted by the tracker
287      for(Int_t i=0; i < TrkLevel2::GetNTracks(); i++){      Bool_t use_TRK = how.Contains("TRK", TString::kIgnoreCase);
288        Bool_t use_CAL = how.Contains("CAL", TString::kIgnoreCase);
289          TrkTrack *ts=0;      Bool_t use_TOF = how.Contains("TOF", TString::kIgnoreCase);
290        
291        if( !CAL2 &&  use_CAL) use_CAL = false;
292        if( !TOF &&  use_TOF) use_TOF = false;
293        
294        if( !TRK2 ){
295    //      cout << "SortTracks() : without tracker does not work!!! (not yet)" << endl;
296            return;
297        };
298    
299        //   cout << "use_CAL "<<use_CAL<<" use_TOF "<<use_TOF<<" use_TRK "<<use_TRK <<endl;
300        
301        for(Int_t i=0; i < TrkLevel2::GetNTracks(); i++){
302            
303            TrkTrack *ts = 0;
304            
305          // get tracker tracks          // get tracker tracks
306          TrkTrack   *tp = TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker          TrkTrack   *tp = TrkLevel2::GetTrack(i);                    //tracker
307          CaloTrkVar *cp = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(tp->GetSeqNo()); //calorimeter          CaloTrkVar *cp = 0;
308          ToFTrkVar  *op = ToFLevel2::GetToFTrkVar(tp->GetSeqNo());   //tof          ToFTrkVar  *op = 0;
309    
310    //      cout << "trk track n. "<<i << " "<<hex<< tp <<dec<< endl;
311          // if track has an image, check image selection          // if track has an image, check image selection
312          if(tp->HasImage()){          if(tp->HasImage()){
313                
314              TrkTrack   *ti = TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)              TrkTrack   *ti = TrkLevel2::GetTrackImage(i);              //tracker (image)
315              CaloTrkVar *ci = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(ti->GetSeqNo());//calorimeter (image)              CaloTrkVar *ci = 0;
316              ToFTrkVar  *oi = ToFLevel2::GetToFTrkVar(ti->GetSeqNo());  //tof (image)              ToFTrkVar  *oi = 0;
317                
318    //          cout << "its image "<<i << " "<<hex<< ti <<dec<< endl;
319    
320              //assign starting scores              //assign starting scores
321              Int_t tp_score = 1;              Int_t tp_score = 0;  //main track sorted by the tracker
322              Int_t ti_score = 0;              Int_t ti_score = 0;  //image track
323                
324              // ------------------------              // ------------------------
325              // calorimeter check              // calorimeter check
326              // ------------------------              // ------------------------
327                // check the Y spatial residual on the first calorimeter plane
328                // (cut on calorimeter variables from Emiliano)
329              if(              if(
330                        npcfit[1] > 3   &&  //no. of fit planes on Y view                  use_CAL            &&
331  //              varcfit[1] < 50.&&  //fit variance on Y view                  npcfit[1] > 15     &&   //no. of fit planes on Y view
332                        true){                  varcfit[1] < 1000. &&  //fit variance on Y view
333                    true){
334                  Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;  
335                  Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - cbar[0][1];if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;                  cp = GetCaloStoredTrack(tp->GetSeqNo());
336                    ci = GetCaloStoredTrack(ti->GetSeqNo());
337                    
338                    Float_t resy_p = cp->tbar[0][1] - cbar[0][1]; if(resy_p < 0)resy_p= - resy_p;
339                    Float_t resy_i = ci->tbar[0][1] - cbar[0][1]; if(resy_i < 0)resy_i= - resy_i;
340                    
341                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;                  if(resy_p <= resy_i) tp_score++;
342                  else                 ti_score++;                  else                 ti_score++;
343                        };  
344    //              cout << "CALO "<<tp_score<<ti_score<<endl;
345    
346                };
347              // ------------------------              // ------------------------
348              // TOF check              // TOF check
349              // ------------------------                  // ------------------------    
350                // check the number of hit pmts along the track
351                // on S12 S21 and S32, where paddles are parallel to Y axis
352                if( use_TOF ){
353                    
354                    Int_t nphit_p =0;
355                    Int_t nphit_i =0;
356                    
357                    op = GetToFStoredTrack(tp->GetSeqNo());
358                    oi = GetToFStoredTrack(ti->GetSeqNo());
359                    
360    /*                              cout << "track: npmtadc "<< op->npmtadc << endl;
361                                    cout << "track: npmttdc "<< op->npmttdc << endl;
362                                    cout << "image: npmtadc "<< oi->npmtadc << endl;
363                                    cout << "image: npmttdc "<< oi->npmttdc << endl;*/
364                    
365                    for (Int_t ih=0; ih < op->npmtadc; ih++){
366                        Int_t pl = GetPlaneIndex( (op->pmtadc).At(ih) );
367                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_p++;
368                    };
369                    
370                    for (Int_t ih=0; ih < oi->npmtadc; ih++){
371                        Int_t pl = GetPlaneIndex( (oi->pmtadc).At(ih) );
372                        if(pl == 1 || pl == 2 || pl == 5)nphit_i++;
373                    };
374                    
375                    if(
376                        use_TOF            &&
377                        (nphit_p+nphit_i) !=0 &&    
378                        true){
379                        
380                        if( nphit_p >= nphit_i) tp_score++;
381                        else ti_score++;
382                    };
383    //              cout << "TOF "<<tp_score<<ti_score<<endl;
384                };
385                if(tp_score == ti_score) use_TRK = true;
386                // ------------------------
387                // tracker check
388                // ------------------------
389                // chi**2 difference is not always large enough to distinguish among
390                // the real track and its image.
391                // Tracker check will be applied always when calorimeter and tof information is ambiguous.
392                if(use_TRK){
393                    if(      tp->chi2 > 0 && tp->chi2 < ti->chi2 ) tp_score++ ;
394                    else if( ti->chi2 > 0 && ti->chi2 < tp->chi2 ) ti_score++ ;
395    //              cout << "TRK "<<tp_score<<ti_score<<endl;
396                };
397                
398              // ------------------------              // ------------------------
399              // the winner is....              // the winner is....
400              // ------------------------                  // ------------------------    
401                        if(tp_score > ti_score) ts = tp;//the track sorted by the tracker!!              if      (tp_score > ti_score) ts = tp;//the track sorted by the tracker!!
402                        else                    ts = ti;//its image!!              else if (tp_score < ti_score) ts = ti;//its image!!
403                else {
404                    ts = tp;
405    //                              cout << "Warning - track image ambiguity not solved" << endl;
406    //                              cout << ts->GetNtot() << " "<< ts->chi2 << " " << npcfit[1] << " "<< nphit_p << endl;
407                };
408                
409          }else{          }else{
410              ts = tp;              ts = tp;
411          };          };
412                    
413          new(sorted[i]) TrkTrack(*ts); //save the track in the sorted array  //      cout <<" SortTracks() "<<i<<" -- "<<ts<<endl;
414            sorted_tracks->Add(ts);//save the track in the sorted array
415    //      cout << "SortTracks:: sorted_tracks->Add(it) "<<i<<" "<<ts<<endl;
416            
417      };      };
418        //Restore Object count
419      return aa;      //To save space in the table keeping track of all referenced objects
420        //we assume that our events do not address each other. We reset the
421        //object count to what it was at the beginning of the event.
422        TProcessID::SetObjectCount(ObjectNumber);
423        
424  };  };
425  //--------------------------------------  //--------------------------------------
426  //  //
427  //  //
428  //--------------------------------------  //--------------------------------------
429  /**  /**
430     * This method overrides TrkLevel2::GetTracks(), where sorting is done by decreasing number of fit points and increasing chi^2.
431     * PamLevel2::GetTracks() keeps the same track order given by TrkLevel2::GetTracks(), but checks image selection by using calorimeter and ToF tracking information.
432     */
433    TRefArray *PamLevel2::GetTracks(){
434    
435    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
436        SortTracks("+CAL+TOF");
437    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
438    
439        return sorted_tracks;
440     };
441    //--------------------------------------
442     //
443     //
444    //--------------------------------------
445    /**
446   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.   * Retrieves the it-th Pamela "physical" track.
447   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).   * It override TrkLevel2::GetTrack(int it).
448   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
449   */   */
450  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrack(int it){
451            
452      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
453      TClonesArray &sorted = *aa;      SortTracks("+CAL+TOF");
454    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
     TrkTrack   *t = 0;  
     CaloTrkVar *c = 0;  
     ToFTrkVar  *o = 0;  
   
     if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){  
         t = (TrkTrack*)sorted[it];  
         c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(t->GetSeqNo());  
         o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(t->GetSeqNo());  
     };  
455            
     // hence create a "PamTrack" object  
456      PamTrack *track = 0;      PamTrack *track = 0;
457      if(t && c && o)track = new PamTrack(t,c,o);      
458        if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() && it<sorted_tracks->GetEntriesFast() ){
459            TrkTrack   *t = (TrkTrack*)sorted_tracks->At(it);
460            track = GetPamTrackAlong(t);
461        }else{
462            cout << "PamLevel2::GetTrack(int) : tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
463        };
464        
465      return track;      return track;
466        
467  };  };
468    
469  //--------------------------------------  //--------------------------------------
470  //  //
471  //  //
472  //--------------------------------------  //--------------------------------------
473  /**  /**
474   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::GetTracks().   * Retrieves (if present) the image of the it-th Pamela "physical" track, sorted by the method PamLevel2::SortTracks().
475   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().   * @param it Track number, ranging from 0 to GetNTracks().
476   */   */
477  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int it){
478    
479      TClonesArray *aa = this->GetTracks();  //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
480      TClonesArray &sorted = *aa;      SortTracks("+CAL+TOF");
481    //  *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
482      TrkTrack   *t = 0;      
483      CaloTrkVar *c = 0;      PamTrack *image = 0;
484      ToFTrkVar  *o = 0;      
   
485      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){      if( it >=0 && it < TrkLevel2::GetNTracks() ){
486          TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted[it];          TrkTrack *temp = (TrkTrack*)sorted_tracks->At(it);
487          if( temp->HasImage() ){          if( temp->HasImage() ){
488              t = TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());              TrkTrack   *t = TrkLevel2::GetStoredTrack(temp->GetImageSeqNo());
489              c = CaloLevel2::GetCaloTrkVar(temp->GetImageSeqNo());              image = GetPamTrackAlong(t);
490              o = ToFLevel2::GetToFTrkVar(temp->GetImageSeqNo());          }else{
491                cout <<"PamLevel2::GetTrackImage(int) : Track SeqNo "<<it<<" does not have image"<<endl;
492          };          };
493        }else{
494            cout << "PamLevel2::GetTrackImage(int) : Tracker track SeqNo "<< it <<" does not exist (GetNTracks() = "<<TrkLevel2::GetNTracks()<<")"<<endl;
495      };      };
496            
     // hence create a "PamTrack" object  
     PamTrack *image = 0;  
     if(t && c && o)image = new PamTrack(t,c,o);  
497      return image;      return image;
       
498  }  }
499    
500  //--------------------------------------  //--------------------------------------
# Line 209  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i Line 502  PamTrack *PamLevel2::GetTrackImage(int i
502  //  //
503  //--------------------------------------  //--------------------------------------
504  /**  /**
505   * Get the Pamela detector trees and make them friends.   * Get the Pamela detector trees in a single file and make them friends.
506     * @param f TFile pointer
507     * @param detlist String to select trees to be included
508     * @return Pointer to a TTree
509   */   */
510  TTree *PamLevel2::LoadPamTrees(TFile *f){  TTree *PamLevel2::GetPamTree(TFile *f, TString detlist="+ALL"){
511        
512      TTree *Tout =0;  //      cout << "WARNING!!! -- obsolete method -- \n";
513    //      cout << "better use TChain *PamLevel2::GetPamTree(TList*, TString) \n";
514    
515        SetWhichTrees(detlist);
516        TTree *Trout =0;
517    
518    
519        TString fname = f->GetName();
520        if(!CheckLevel2File(fname))return NULL;
521    
522            
523      // Tracker  // Tracker
524      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");      TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
525      if(T) {      if(T && (TRK2||TRK1||TRKh)) {
526          T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerToTrk());          if(TRK2)T->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel2"));
527          cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;          if(TRK2)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
528          if(!Tout)Tout=T;          if(TRK1)T->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
529            if(TRK1)cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
530            if(TRKh)T->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
531            if(TRKh)cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
532            if(!Trout)Trout=T;
533            else Trout->AddFriend(T);
534      }else{      }else{
535          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;          cout << "Tracker      : missing tree"<<endl;
536      };      };
537      // Calorimeter      // Calorimeter
538      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");      TTree *C = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
539      if(C) {      if(C && (CAL2||CAL1)) {
540          C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerToCalo());          if(CAL2)C->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
541          cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;          if(CAL2)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
542          if(!Tout)Tout=C;          if(CAL1)C->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
543          else Tout->AddFriend(C);          if(CAL1)cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
544            if(!Trout)Trout=C;
545            else Trout->AddFriend(C);
546      }else{      }else{
547          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;          cout << "Calorimeter  : missing tree"<<endl;
548      };      };
549      // ToF          // ToF    
550      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");      TTree *O = (TTree*)f->Get("ToF");
551      if(O) {      if(O && TOF) {
552          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerToToF());          O->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
553          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;          cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
554          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
555          else Tout->AddFriend(O);          else Trout->AddFriend(O);
556      }else{      }else{
557          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;          cout << "ToF         : missing tree"<<endl;
558      };      };
559      // Trigger      // Trigger
560      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");      TTree *R = (TTree*)f->Get("Trigger");
561      if(R) {      if(R && TRG) {
562          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerToTrig());          R->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
563          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;          cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
564          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
565          else Tout->AddFriend(R);          else Trout->AddFriend(R);
566      }else{      }else{
567          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;          cout << "Trigger      : missing tree"<<endl;
568      };      };
569      // S4      // S4
570      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");      TTree *S = (TTree*)f->Get("S4");
571      if(S) {      if(S && S4) {
572          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerToS4());          S->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
573          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;          cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
574          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
575          else Tout->AddFriend(S);          else Trout->AddFriend(S);
576      }else{      }else{
577          cout << "S4           : missing tree"<<endl;          cout << "S4           : missing tree"<<endl;
578      };      };
579      // Neutron Detector      // Neutron Detector
580      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");      TTree *N = (TTree*)f->Get("NeutronD");
581      if(N) {      if(N && ND) {
582          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerToND());          N->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
583          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;          cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
584          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
585          else Tout->AddFriend(N);          else Trout->AddFriend(N);
586      }else{      }else{
587          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;          cout << "NeutronD     : missing tree"<<endl;
588      };      };
589      // Anticounters      // Anticounters
590      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");      TTree *A = (TTree*)f->Get("Anticounter");
591      if(A) {      if(A && AC) {
592          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerToAc());          A->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
593          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;          cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
594          if(!Tout)Tout=O;          if(!Trout)Trout=O;
595          else Tout->AddFriend(A);          else Trout->AddFriend(A);
596      }else{      }else{
597          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;          cout << "Anticounter  : missing tree"<<endl;
598      };      };
599        // Orbital Info
600            TTree *B = (TTree*)f->Get("OrbitalInfo");
601            if(B && ORB) {
602                    B->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
603                    cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
604                    if(!Trout)Trout=O;
605                    else Trout->AddFriend(B);
606            }else{
607                    cout << "OrbitalInfo  : missing tree"<<endl;
608            };
609        
610            cout<<endl<<" Number of entries: "<<Trout->GetEntries()<<endl<<endl;
611                    
612            return Trout;
613        
614    }
615    //--------------------------------------
616    //
617    //
618    //--------------------------------------
619    /**
620     * Get list of Level2 files.
621     * @param ddir Level2 data directory.
622     * @param flisttxt Name of txt file containing file list.
623     * @return Pointer to a TList of TSystemFiles
624     * If no input file list is given , all the Level2 files inside the directory are processed.
625     */
626    TList*  PamLevel2::GetListOfLevel2Files(TString ddir, TString flisttxt = ""){
627            
628        TString wdir = gSystem->WorkingDirectory();
629        
630        if(ddir=="")ddir = wdir;
631    //      TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
632        cout << "Level2 data directory : "<<  ddir << endl;
633        
634        TList *contents  = new TList; // create output list
635        contents->SetOwner();
636        
637        char *fullpath;
638        
639        // if no input file list is given:  
640        if ( flisttxt != "" ){
641            
642            if( !gSystem->IsFileInIncludePath(flisttxt,&fullpath) )return 0;
643            
644    //              flisttxt = gSystem->ConcatFileName(gSystem->DirName(flisttxt),gSystem->BaseName(flisttxt));
645            flisttxt = fullpath;
646            
647            if( !gSystem->ChangeDirectory(ddir) )return 0;
648            
649            cout <<"Input file list : " << flisttxt <<endl;
650            ifstream in;
651            in.open(flisttxt, ios::in); //open input file list
652            int line=0;
653            while (1) {
654                TString file;
655                in >> file;
656                if (!in.good()) break;
657                line++;
658    //          cout <<"(1) " << file << endl;
659                if(file.IsNull()){
660                    cout << "-- list interrupted at line "<<line <<endl;
661                    break;
662                }
663                if(file.Contains("#"))file = file(0,file.First("#"));
664    //          cout <<"(2) " << file << endl;
665                if( gSystem->IsFileInIncludePath(file,&fullpath) ){
666    
667                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));// add file to the list
668    
669                }else{
670    //              if(file.Data()!="")cout << "File: "<<file<<" ---> missing "<< endl;
671                };
672            };
673            in.close();
674            
675        }else{
676            
677            cout << "No input file list given."<<endl;
678            cout << "Check for existing root files."<<endl;
679    //              cout << "Warking directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
680            
681            TSystemDirectory *datadir = new TSystemDirectory(gSystem->BaseName(ddir),ddir);
682            TList *temp = datadir->GetListOfFiles();
683    //              temp->Print();
684    //              cout << "*************************************" << endl;
685            
686            TIter next(temp);
687            TSystemFile *questo = 0;
688            
689            
690            while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
691                TString name =  questo-> GetName();
692                if( name.EndsWith(".root") ){
693                    char *fullpath;
694                    gSystem->IsFileInIncludePath(name,&fullpath);
695                    contents->Add(new TSystemFile(fullpath,gSystem->DirName(fullpath)));
696                };
697            }
698            delete temp;
699            delete datadir;
700            
701        };
702        gSystem->ChangeDirectory(wdir); // back to the working directory
703    //      cout << endl << "Selected files:" << endl;
704    //      contents->Print();
705        cout << contents->GetEntries()<<" files selected\n";
706    //      cout << endl;
707    //      cout << "Working directory: "<< gSystem->WorkingDirectory()<< endl;
708        return contents;
709    };
710    //--------------------------------------
711    //
712    //
713    //--------------------------------------
714    /**
715     * Get the Pamela detector chains from a list of files and make them friends.
716     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
717     * @param detlist String to select trees to be included
718     * @return Pointer to a TChain
719     */
720    TChain *PamLevel2::GetPamTree(TList *fl, TString detlist="+ALL"){
721    
722    //      TChain *Tout=0;
723    //    if(Tout)Tout->Delete();
724    //    Tout = NULL;
725        
726        TChain *Tout =0;
727    
728        SetWhichTrees(detlist);
729        
730        TChain *T = 0;      
731        TChain *C = 0;
732        TChain *O = 0;
733        TChain *R = 0;
734        TChain *S = 0;
735        TChain *N = 0;
736        TChain *A = 0;
737        TChain *B = 0;
738        
739        if(TRK2||TRK1||TRKh) T = new TChain("Tracker");    
740        if(CAL2||CAL1) C = new TChain("Calorimeter");
741        if(TOF) O = new TChain("ToF");
742        if(TRG) R = new TChain("Trigger");
743        if(S4)  S = new TChain("S4");
744        if(ND)  N = new TChain("NeutronD");
745        if(AC)  A = new TChain("Anticounter");
746        if(ORB) B = new TChain("OrbitalInfo");
747        
748        // loop over files and create chains        
749        TIter next(fl);
750        TSystemFile *questo = 0;
751        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
752            TString name =  questo->GetName();
753    //              cout << "File: "<< name << endl;
754            if( CheckLevel2File(name) ){
755                if(TRK2||TRK1||TRKh) T->Add(name);
756                if(CAL1||CAL2) C->Add(name);
757                if(TOF) O->Add(name);
758                if(TRG) R->Add(name);
759                if(S4)  S->Add(name);
760                if(ND)  N->Add(name);
761                if(AC)  A->Add(name);
762                if(ORB) B->Add(name);
763            };
764        }
765        
766        cout << "done chain \n";
767        
768        // Calorimeter
769        if(CAL2||CAL1) {            
770            if(!Tout)Tout=C;
771            else Tout->AddFriend("Calorimeter");
772        };
773        // ToF    
774        if(TOF) {
775            if(!Tout)Tout=O;
776            else Tout->AddFriend("ToF");
777        };
778        // Tracker
779        if(TRK2||TRK1||TRKh){
780            if(!Tout)Tout=T;
781            else Tout->AddFriend("Tracker");
782        }
783        // Trigger
784        if(TRG) {
785            if(!Tout)Tout=R;
786            else Tout->AddFriend("Trigger");
787        };
788        // S4
789        if(S4) {
790            if(!Tout)Tout=S;
791            else Tout->AddFriend("S4");
792        };
793        // Neutron Detector
794        if(ND) {
795            if(!Tout)Tout=N;
796            else Tout->AddFriend("NeutronD");
797        };
798        // Anticounters
799        if(AC) {
800            if(!Tout)Tout=A;
801            else Tout->AddFriend("Anticounter");
802        };
803        // OrbitalInfo
804        if(ORB) {
805            if(!Tout)Tout=B;
806            else Tout->AddFriend("OrbitalInfo");
807        };
808        
809    //    cout<<endl<<" Number of entries: "<<Tout->GetEntries()<<endl<<endl;
810        
811    //    if( Tout->GetEntries() )PamLevel2::SetBranchAddress();
812        if( Tout->GetEntries() )PamLevel2::SetBranchAddress( Tout );
813            
814      return Tout;      return Tout;
815    }
816    
817    
818    
819    //--------------------------------------
820    //
821    //
822    //--------------------------------------
823    /**
824     * Set branch addresses for Pamela friend trees
825     */
826    void PamLevel2::SetBranchAddress(TTree *t){
827    
828        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
829        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
830        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
831        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
832        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
833        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
834        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
835        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
836        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
837        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
838        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
839    
840    
841        // Tracker
842        if(TRK1) {
843            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel2"));
844            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
845        };
846        if(TRK2) {
847            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", GetPointerTo("TrkLevel1"));
848            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
849        };
850        if(TRKh) {
851            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
852            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
853        };
854        
855        // Calorimeter
856        if(CAL1) {
857            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
858            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
859        };
860        if(CAL2) {
861            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
862            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
863        };
864        
865        // ToF    
866        if(TOF) {
867            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
868            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
869        };
870        // Trigger
871        if(TRG) {
872            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
873            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
874        };
875        // S4
876        if(S4) {
877            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
878            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
879        };
880        // Neutron Detector
881        if(ND) {
882            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
883            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
884        };
885        // Anticounters
886        if(AC) {
887            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
888            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
889        };
890        // OrbitalInfo
891        if(ORB) {
892            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
893            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
894        };
895        
896    }
897    /**
898     * Set branch addresses for Pamela friend trees
899     */
900    void PamLevel2::SetBranchAddress(TChain *t){
901    
902        TRK2    = TRK2 & t->GetBranchStatus("TrkLevel2");
903        TRK1    = TRK1 & t->GetBranchStatus("TrkLevel1");
904        TRKh    = TRKh & t->GetBranchStatus("TrkHough");
905        CAL1    = CAL1 & t->GetBranchStatus("CaloLevel1");
906        CAL2    = CAL2 & t->GetBranchStatus("CaloLevel2");
907        TOF    = TOF & t->GetBranchStatus("ToFLevel2");
908        TRG    = TRG & t->GetBranchStatus("TrigLevel2");
909        S4     = S4  & t->GetBranchStatus("S4Level2");
910        ND     = ND  & t->GetBranchStatus("NDLevel2");
911        AC     = AC  & t->GetBranchStatus("AcLevel2");
912        ORB    = ORB & t->GetBranchStatus("OrbitalInfo");
913    
914        // Tracker
915         if(TRK2) {
916            t->SetBranchAddress("TrkLevel2", this->GetPointerTo("TrkLevel2"));
917            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel2"<<endl;
918        };
919        if(TRK1) {
920            t->SetBranchAddress("TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
921            cout << "Tracker      : set branch address TrkLevel1"<<endl;
922        };
923         if(TRKh) {
924            t->SetBranchAddress("TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
925            cout << "Tracker      : set branch address TrkHough"<<endl;
926         };
927        
928        // Calorimeter
929        if(CAL2) {
930            t->SetBranchAddress("CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
931            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel2"<<endl;
932        };  
933        if(CAL1) {
934            t->SetBranchAddress("CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
935            cout << "Calorimeter  : set branch address CaloLevel1"<<endl;
936        };
937        
938        // ToF    
939        if(TOF) {
940            t->SetBranchAddress("ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
941            cout << "ToF          : set branch address ToFLevel2"<<endl;
942        };
943        // Trigger
944        if(TRG) {
945            t->SetBranchAddress("TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
946            cout << "Trigger      : set branch address TrigLevel2"<<endl;
947        };
948        // S4
949        if(S4) {
950            t->SetBranchAddress("S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
951            cout << "S4           : set branch address S4Level2"<<endl;
952        };
953        // Neutron Detector
954        if(ND) {
955            t->SetBranchAddress("NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
956            cout << "NeutronD     : set branch address NDLevel2"<<endl;
957        };
958        // Anticounters
959        if(AC) {
960            t->SetBranchAddress("AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
961            cout << "Anticounter  : set branch address AcLevel2"<<endl;
962        };
963        // OrbitalInfo
964        if(ORB) {
965            t->SetBranchAddress("OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
966            cout << "OrbitalInfo  : set branch address OrbitalInfo"<<endl;
967        };
968            
969  }  }
970    
971    // void* PamLevel2::GetPointerToTrk()  {return &trk2_obj;};
972    // void* PamLevel2::GetPointerToTrk(int s){
973    //     switch (s) {
974    //     case 1:  return &trk1_obj;
975    //     case 2:  return &trk2_obj;
976    //     case 3:  return &trkh_obj;
977    //     default: return 0;
978    //     };
979    // };
980    // void* PamLevel2::GetPointerToCalo() {return &calo2_obj; };
981    // void*       GetPointerToCalo(int s){
982    //     switch (s) {
983    //     case 1:  return &calo1_obj;
984    //     case 2:  return &calo2_obj;
985    //     default: return 0;
986    //     };
987    // };
988    // void*       GetPointerToToF()  {return &tof_obj;  };
989    // void*       GetPointerTo("TrigLevel2") {return &trig_obj; };
990    // void*       GetPointerTo("S4Level2")   {return &s4_obj;   };
991    // void*       GetPointerTo("NDLevel2")   {return &nd_obj;   };
992    // void*       GetPointerTo("AcLevel2")   {return &ac_obj;   };
993    // void*       GetPointerTo("OrbitalInfo")  {return &orb_obj;  };
994    // void*       GetPointerTo("RunInfo")  {return &run_obj;  };
995    
996    //--------------------------------------
997    //
998    //
999    //--------------------------------------
1000    /**
1001     * Get the Run tree chain from a list of files.
1002     * @param fl Pointer to a TList of TSystemFiles
1003     * @return Pointer to a TChain
1004     */
1005    TChain *PamLevel2::GetRunTree(TList *fl){
1006            
1007        TChain *R = new TChain("Run");
1008        
1009        // loop over files and create chains        
1010        TIter next(fl);
1011        TSystemFile *questo = 0;
1012        while ( (questo = (TSystemFile*) next()) ) {
1013            TString name =  questo->GetName();
1014    //              cout << "File: "<< name << endl;
1015            if( CheckLevel2File(name) ){
1016                R->Add(name);
1017            };
1018        }
1019        
1020        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1021        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1022        
1023        return R;
1024        
1025    }
1026    //--------------------------------------
1027    //
1028    //
1029    //--------------------------------------
1030    /**
1031     * Get the Run tree  from a file.
1032     * @param f Pointer to a TFile
1033     * @return Pointer to a TTree
1034     */
1035    TTree *PamLevel2::GetRunTree(TFile *f){
1036    
1037    
1038        TTree *R = (TTree*)f->Get("Run");
1039        
1040        R->SetBranchAddress("RunInfo", GetPointerTo("RunInfo"));
1041        cout << "Run         : set branch address RunInfo"<<endl;
1042        
1043        return R;
1044        
1045    }
1046    //--------------------------------------
1047    //
1048    //
1049    //--------------------------------------
1050    /**
1051     * Set which trees shoul be analysed
1052     * @param detlist TString containing the sequence of trees required
1053    */
1054    void PamLevel2::SetWhichTrees(TString detlist){
1055            
1056        if(detlist.Contains("+ALL", TString::kIgnoreCase)){
1057            CAL1 = true;
1058            CAL2 = true;
1059            TRK2 = true;
1060            TRK1 = false;
1061            TRKh = false;
1062            TRG = true;
1063            TOF = true;
1064            S4  = true;
1065            ND  = true;
1066            AC  = true;
1067            ORB = true;
1068        }else if( detlist.Contains("-ALL", TString::kIgnoreCase) ){
1069            CAL1 = false;
1070            CAL2 = false;
1071            TRK2 = false;
1072            TRK1 = false;
1073            TRKh = false;
1074            TRG = false;
1075            TOF = false;
1076            S4  = false;
1077            ND  = false;
1078            AC  = false;
1079            ORB = false;
1080        };
1081        
1082    //  -------------------------------------------------------------------------
1083        if( detlist.Contains("CAL1", TString::kIgnoreCase) ){
1084            if ( detlist.Contains("-CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=false;
1085            if ( detlist.Contains("+CAL1", TString::kIgnoreCase) )CAL1=true;
1086        };
1087            
1088        if( detlist.Contains("CAL2", TString::kIgnoreCase)){
1089            if ( detlist.Contains("-CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=false;
1090            if ( detlist.Contains("+CAL2", TString::kIgnoreCase) )CAL2=true;
1091        };
1092            
1093        if( detlist.Contains("+CAL", TString::kIgnoreCase) && !CAL1 && !CAL2 )CAL2=true;
1094        if( detlist.Contains("-CAL", TString::kIgnoreCase) && CAL1 && CAL2 ){
1095            CAL2=false;
1096            CAL1=false;
1097        }
1098    //  -------------------------------------------------------------------------
1099        if( detlist.Contains("TRK1", TString::kIgnoreCase) ){
1100            if ( detlist.Contains("-TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=false;
1101            if ( detlist.Contains("+TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1=true;
1102        };
1103            
1104        if( detlist.Contains("TRK2", TString::kIgnoreCase)){
1105            if ( detlist.Contains("-TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=false;
1106            if ( detlist.Contains("+TRK2", TString::kIgnoreCase) )TRK2=true;
1107        };
1108    
1109        if( detlist.Contains("TRKh", TString::kIgnoreCase)){
1110            if ( detlist.Contains("-TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=false;
1111            if ( detlist.Contains("+TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh=true;
1112        };
1113            
1114        if( detlist.Contains("+TRK", TString::kIgnoreCase) && !TRK1 && !TRK2 && !TRKh )TRK2=true;
1115        if( detlist.Contains("-TRK", TString::kIgnoreCase) && TRK1 && TRK2 && TRKh){
1116            TRK2=false;
1117            TRK1=false;
1118            TRKh=false;
1119        }
1120    //  -------------------------------------------------------------------------
1121    
1122    
1123        
1124    //     if( detlist.Contains("-TRK", TString::kIgnoreCase) )TRK2 = false;
1125    //     else if( detlist.Contains("+TRK", TString::kIgnoreCase) )TRK2 = true;
1126        
1127    //     if( detlist.Contains("-TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1 = false;
1128    //     else if( detlist.Contains("+TRK1", TString::kIgnoreCase) )TRK1 = true;
1129    
1130    //     if( detlist.Contains("-TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh = false;
1131    //     else if( detlist.Contains("+TRKh", TString::kIgnoreCase) )TRKh = true;
1132        
1133        if( detlist.Contains("-TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = false;
1134        else if( detlist.Contains("+TRG", TString::kIgnoreCase) )TRG = true;
1135        
1136        if( detlist.Contains("-TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = false;
1137        else if( detlist.Contains("+TOF", TString::kIgnoreCase) )TOF = true;
1138        
1139        if( detlist.Contains("-S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = false;
1140        else if( detlist.Contains("+S4",  TString::kIgnoreCase) )S4  = true;
1141        
1142        if( detlist.Contains("-ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = false;
1143        else if( detlist.Contains("+ND",  TString::kIgnoreCase) )ND  = true;
1144        
1145        if( detlist.Contains("-AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = false;
1146        else if( detlist.Contains("+AC",  TString::kIgnoreCase) )AC  = true;
1147        
1148        if( detlist.Contains("-ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = false;
1149        else if( detlist.Contains("+ORB", TString::kIgnoreCase) )ORB = true;
1150        
1151    };
1152    //--------------------------------------
1153    //
1154    //
1155    //--------------------------------------
1156    /**
1157     * Check if a file contains selected Pamela Level2 trees.
1158     * @param name File name
1159     * @return true if the file is ok.
1160     */
1161    Bool_t  PamLevel2::CheckLevel2File(TString name){
1162            
1163        Bool_t CAL1__ok   = false;    
1164        Bool_t CAL2__ok   = false;    
1165        Bool_t TRK2__ok   = false;    
1166        Bool_t TRK1__ok   = false;    
1167        Bool_t TRKh__ok   = false;    
1168        Bool_t TRG__ok    = false;    
1169        Bool_t TOF__ok    = false;    
1170        Bool_t S4__ok     = false;    
1171        Bool_t ND__ok     = false;    
1172        Bool_t AC__ok     = false;    
1173        Bool_t ORB__ok    = false;    
1174        
1175        Bool_t RUN__ok    = false;
1176        
1177        
1178    
1179        cout << "Checking file: "<<name<<endl;
1180        TFile *f = new TFile(name.Data());
1181        if( !f || f->IsZombie() ){
1182            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Non valid root file"<< endl; return false;
1183        }
1184    //    cout << "Get list of keys: "<<f<<endl;
1185        TList *lk = f->GetListOfKeys();
1186    //    lk->Print();
1187        TIter next(lk);
1188        TKey *key =0;
1189    
1190        Int_t nev = 0;
1191    
1192        while( (key = (TKey*)next()) ){
1193            
1194    //      cout << key->GetName() << endl;
1195    //      cout << " Get tree: " << f->Get(key->GetName())<<endl;
1196    //      nev_previous = nev;
1197    //      cout << " n.entries  "<< nev <<endl;
1198    //      if( key->GetClassName()=="TTree" && nev_previous && nev != nev_previous ){
1199    //          nev = ((TTree*)f->Get(key->GetName()))->GetEntries();
1200    //          cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- "<< key->GetName() << " tree: n.entries does not match "<<nev<<" "<<nev_previous<< endl;
1201    //          return false;
1202    //      };
1203    
1204            if( !strcmp(key->GetName(),"Run"        ) )RUN__ok = true;      
1205    
1206            //=========================================================    
1207            if( !strcmp(key->GetName(),"Trigger"    ) ){
1208                TRG__ok = true;
1209                if(TRG){
1210                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Trigger"))->GetEntries();
1211                    if( nev && nevt!=nev){
1212                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Trigger tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1213                        return false;
1214                    }
1215                    nev=nevt;
1216                }
1217            }
1218            //=========================================================    
1219            if( !strcmp(key->GetName(),"ToF"        ) ){
1220                TOF__ok = true;
1221                if(TOF){
1222                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("ToF"))->GetEntries();
1223                    if( nev && nevt!=nev){
1224                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- ToF tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1225                        return false;
1226                    }
1227                    nev=nevt;
1228                }
1229            }
1230            //=========================================================  
1231            if( !strcmp(key->GetName(),"S4"         ) ){
1232                S4__ok = true;
1233                if(S4){
1234                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("S4"))->GetEntries();
1235                    if( nev && nevt!=nev){
1236                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- S4 tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1237                        return false;
1238                    }
1239                    nev=nevt;
1240                }
1241            }
1242            //=========================================================  
1243    
1244            if( !strcmp(key->GetName(),"NeutronD"   ) ){
1245                ND__ok = true;
1246                if(ND){
1247                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("NeutronD"))->GetEntries();
1248                    if( nev && nevt!=nev){
1249                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- NeutronD tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1250                        return false;
1251                    }
1252                    nev=nevt;
1253                }
1254            }      
1255            //=========================================================  
1256            if( !strcmp(key->GetName(),"Anticounter") ){
1257                AC__ok = true;
1258                if(AC){
1259                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("Anticounter"))->GetEntries();
1260                    if( nev && nevt!=nev){
1261                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Anticounter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1262                        return false;
1263                    }
1264                    nev=nevt;
1265                }
1266            }
1267            //=========================================================  
1268            if( !strcmp(key->GetName(),"OrbitalInfo") ){
1269                ORB__ok = true;
1270                if(ORB){
1271                    Int_t nevt = ((TTree*)f->Get("OrbitalInfo"))->GetEntries();
1272                    if( nev && nevt!=nev){
1273                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- OrbitalInfo tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1274                        return false;
1275                    }
1276                    nev=nevt;
1277                }
1278            }
1279            //=========================================================  
1280            if( !strcmp(key->GetName(),"Tracker"    ) ){
1281                TTree *T = (TTree*)f->Get("Tracker");
1282                if(TRK1||TRK2||TRKh){
1283                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1284                    if( nev && nevt!=nev){
1285                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Tracker tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1286                        return false;
1287                    }
1288                    nev=nevt;
1289                }
1290                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1291                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1292                    if( !name.CompareTo("TrkLevel1") )TRK1__ok=true;
1293                    if( !name.CompareTo("TrkLevel2") )TRK2__ok=true;
1294                    if( !name.CompareTo("TrkHough") )TRKh__ok=true;
1295                };      
1296                T->Delete();
1297            };
1298            //=========================================================  
1299            if( !strcmp(key->GetName(),"Calorimeter"    ) ){
1300                TTree *T = (TTree*)f->Get("Calorimeter");
1301                if(CAL1||CAL2){
1302                    Int_t nevt = T->GetEntries();
1303                    if( nev && nevt!=nev){
1304                        cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Calorimeter tree has "<<nevt<<" events instead of "<<nev<< endl;
1305                        return false;
1306                    }
1307                    nev=nevt;
1308                }
1309                for(Int_t i=0; i<T->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++){
1310                    TString name = T->GetListOfBranches()->At(i)->GetName();
1311                    if( !name.CompareTo("CaloLevel1") )CAL1__ok=true;
1312                    if( !name.CompareTo("CaloLevel2") )CAL2__ok=true;
1313                };    
1314                T->Delete();
1315            };      
1316    
1317        };
1318        
1319    
1320    
1321        if(!RUN__ok) {
1322            cout << "File: "<< f->GetName() <<" *WARNING* ---- Missing RunInfo tree"<< endl;
1323    //      return false;
1324        };
1325    
1326        if(CAL1 && !CAL1__ok){
1327            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel1 branch"<< endl;
1328            return false;
1329        };
1330        if(CAL2 && !CAL2__ok){
1331            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing CaloLevel2 branch"<< endl;
1332            return false;
1333        };
1334        if(TRK2 && !TRK2__ok){
1335            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel2 branch"<< endl;
1336            return false;
1337        };
1338        if(TRK1 && !TRK1__ok){
1339            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkLevel1 branch"<< endl;
1340            return false;
1341        };
1342        if(TRKh && !TRKh__ok){
1343            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing TrkHough branch"<< endl;
1344            return false;
1345        };
1346        if(ORB && !ORB__ok){
1347            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ORB tree"<< endl;
1348            return false;
1349        };
1350        if(AC && !AC__ok){
1351            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing AC tree"<< endl;
1352            return false;
1353        };
1354        if(S4 && !S4__ok){
1355            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing S4 tree"<< endl;
1356            return false;
1357        };
1358        if(TOF && !TOF__ok){
1359            cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ToF tree"<< endl;
1360            return false;
1361        };
1362    
1363            if(ND && !ND__ok){
1364                cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing ND tree"<< endl;
1365                return false;
1366            };
1367            if(TRG && !TRG__ok){
1368                cout << "File: "<< f->GetName() <<" discarded ---- Missing Trigger tree"<< endl;
1369                return false;
1370            };
1371    
1372    
1373    
1374    
1375    
1376        lk->Delete();
1377        f->Close();
1378          
1379        return true;
1380            
1381    };
1382    
1383    
1384    /**
1385     * Create clone-trees
1386     */
1387    void PamLevel2::CreateCloneTrees( TChain *fChain ){
1388    
1389        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1390        cout << "Create clones of PAMELA trees "<<endl;
1391        
1392        Int_t i=0;
1393        tree_clone[i] = fChain->GetTree()->CloneTree(0);
1394        TString name =  tree_clone[i]->GetName();
1395        name.Append("_clone");
1396    //    tree_clone[i]->SetName(name.Data());
1397        cout << tree_clone[i]->GetName() <<endl;
1398        i++;
1399    
1400        TList *li = fChain->GetListOfFriends();
1401        TIter next(li);
1402        TFriendElement* T_friend=0;
1403        while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
1404    //      cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
1405    //      cout<<T_friend->GetTree()->GetName()<< endl;
1406            tree_clone[i] = T_friend->GetTree()->CloneTree(0);      
1407            name =  tree_clone[i]->GetName();
1408            name.Append("_clone");
1409    //      tree_clone[i]->SetName(name.Data());
1410            cout << tree_clone[i]->GetName() << endl;
1411            i++;
1412        }
1413    
1414        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1415    
1416    }
1417    
1418    // /**
1419    //  * Create clone-trees
1420    //  */
1421    // void PamLevel2::CreateCloneTrees(){
1422    
1423    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1424    //     cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
1425            
1426    //     if(TRK1||TRK2||TRKh){
1427    //      T_clone = new TTree("Tracker_clone","PAMELA tracker level2 data ");    
1428    //      if(TRK1) {
1429    //          trk1_clone = new TrkLevel1();
1430    //          T_clone->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", GetPointerTo("TrkLevel1"));
1431    //          T_clone->BranchRef();
1432    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
1433    //      };
1434    //      if(TRK2) {
1435    //          trk2_clone = new TrkLevel2();
1436    //          T_clone->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",GetPointerTo("TrkLevel2"));
1437    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
1438    //      };
1439    //      if(TRKh) {
1440    //          trkh_clone = new TrkHough();
1441    //          T_clone->Branch("TrkHough","TrkHough", GetPointerTo("TrkHough"));
1442    //          cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
1443    //      };
1444    //      cout << hex << T_clone << dec << endl;
1445    //     }
1446    
1447    //     // Calorimeter
1448    //     if(CAL1||CAL2){
1449    //      C_clone = new TTree("Calorimeter_clone","PAMELA calorimeter level2 data ");    
1450    //      if(CAL1) {
1451    //          calo1_clone = new CaloLevel1();
1452    //          C_clone->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", GetPointerTo("CaloLevel1"));
1453    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
1454    //      };
1455    //      if(CAL2) {
1456    //          calo2_clone = new CaloLevel2();
1457    //          C_clone->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", GetPointerTo("CaloLevel2"));
1458    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
1459    //      };
1460    //     }    
1461    
1462    //     // ToF    
1463    //     if(TOF) {
1464    //      O_clone = new TTree("ToF_clone","PAMELA ToF level2 data ");    
1465    //      tof_clone = new ToFLevel2();
1466    //      O_clone->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", GetPointerTo("ToFLevel2"));
1467    //      cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
1468    //     };
1469    //     // Trigger
1470    //     if(TRG) {
1471    //      R_clone = new TTree("Trigger_clone","PAMELA trigger level2 data ");    
1472    //      trig_clone = new TrigLevel2();
1473    //      R_clone->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", GetPointerTo("TrigLevel2"));
1474    //      cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
1475    //     };
1476    //     // S4
1477    //     if(S4) {
1478    //      S_clone = new TTree("S4_clone","PAMELA S4 level2 data ");      
1479    //      s4_clone = new S4Level2();
1480    //      S_clone->Branch("S4Level2","S4Level2", GetPointerTo("S4Level2"));
1481    //      cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
1482    //     };
1483    //     // Neutron Detector
1484    //     if(ND) {
1485    //      N_clone = new TTree("NeutronD_clone","PAMELA neutron detector level2 data ");  
1486    //      nd_clone = new NDLevel2();
1487    //      N_clone->Branch("NDLevel2","NDLevel2", GetPointerTo("NDLevel2"));
1488    //      cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
1489    //     };
1490    //     // Anticounters
1491    //     if(AC) {
1492    //      A_clone = new TTree("Anticounter_clone","PAMELA anticounter detector level2 data ");    
1493    //      ac_clone = new AcLevel2();
1494    //      A_clone->Branch("AcLevel2","AcLevel2", GetPointerTo("AcLevel2"));
1495    //      cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
1496    //     };
1497    //     // OrbitalInfo
1498    //     if(ORB) {
1499    //      B_clone = new TTree("OrbitalInfo_clone","PAMELA oribital info  ");      
1500    //      orb_clone = new OrbitalInfo();
1501    //      B_clone->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", GetPointerTo("OrbitalInfo"));
1502    //      cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
1503    //     };
1504    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1505    
1506    // }
1507    
1508    // /**
1509    //  * Create clone-trees
1510    //  */
1511    // void PamLevel2::CreateCloneTrees(){
1512    
1513    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1514    //     cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
1515            
1516    //     if(TRK1||TRK2||TRKh){
1517    //      T_clone = new TTree("Tracker_clone","PAMELA tracker level2 data ");    
1518    //      if(TRK1) {
1519    //          trk1_clone = new TrkLevel1();
1520    //          T_clone->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", &trk1_clone);
1521    //          T_clone->BranchRef();
1522    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
1523    //      };
1524    //      if(TRK2) {
1525    //          trk2_clone = new TrkLevel2();
1526    //          T_clone->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",&trk2_clone);
1527    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
1528    //      };
1529    //      if(TRKh) {
1530    //          trkh_clone = new TrkHough();
1531    //          T_clone->Branch("TrkHough","TrkHough", &trkh_clone);
1532    //          cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
1533    //      };
1534    //      cout << hex << T_clone << dec << endl;
1535    //     }
1536    
1537    //     // Calorimeter
1538    //     if(CAL1||CAL2){
1539    //      C_clone = new TTree("Calorimeter_clone","PAMELA calorimeter level2 data ");    
1540    //      if(CAL1) {
1541    //          calo1_clone = new CaloLevel1();
1542    //          C_clone->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", &calo1_clone);
1543    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
1544    //      };
1545    //      if(CAL2) {
1546    //          calo2_clone = new CaloLevel2();
1547    //          C_clone->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", &calo2_clone);
1548    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
1549    //      };
1550    //     }    
1551    
1552    //     // ToF    
1553    //     if(TOF) {
1554    //      O_clone = new TTree("ToF_clone","PAMELA ToF level2 data ");    
1555    //      tof_clone = new ToFLevel2();
1556    //      O_clone->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", &tof_clone);
1557    //      cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
1558    //     };
1559    //     // Trigger
1560    //     if(TRG) {
1561    //      R_clone = new TTree("Trigger_clone","PAMELA trigger level2 data ");    
1562    //      trig_clone = new TrigLevel2();
1563    //      R_clone->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", &trig_clone);
1564    //      cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
1565    //     };
1566    //     // S4
1567    //     if(S4) {
1568    //      S_clone = new TTree("S4_clone","PAMELA S4 level2 data ");      
1569    //      s4_clone = new S4Level2();
1570    //      S_clone->Branch("S4Level2","S4Level2", &s4_clone);
1571    //      cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
1572    //     };
1573    //     // Neutron Detector
1574    //     if(ND) {
1575    //      N_clone = new TTree("NeutronD_clone","PAMELA neutron detector level2 data ");  
1576    //      nd_clone = new NDLevel2();
1577    //      N_clone->Branch("NDLevel2","NDLevel2", &nd_clone);
1578    //      cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
1579    //     };
1580    //     // Anticounters
1581    //     if(AC) {
1582    //      A_clone = new TTree("Anticounter_clone","PAMELA anticounter detector level2 data ");    
1583    //      ac_clone = new AcLevel2();
1584    //      A_clone->Branch("AcLevel2","AcLevel2", &ac_clone);
1585    //      cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
1586    //     };
1587    //     // OrbitalInfo
1588    //     if(ORB) {
1589    //      B_clone = new TTree("OrbitalInfo_clone","PAMELA oribital info  ");      
1590    //      orb_clone = new OrbitalInfo();
1591    //      B_clone->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", &orb_clone);
1592    //      cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
1593    //     };
1594    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1595    
1596    // }
1597    
1598    /**
1599     * Fill tree (created with CreateCloneTrees)
1600     *
1601     */
1602    //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
1603    void PamLevel2::FillCloneTrees(){
1604            
1605    // //  --------------------------------------
1606    // //  copy the event
1607    // //  --------------------------------------
1608    //     if(trk1_clone)  *trk1_clone = *trk1_obj;
1609    //     if(trk2_clone){
1610    //      trk2_clone->Clear();
1611    //      trk2_obj->Copy(*trk2_clone);
1612    // //   *trk2_clone = *trk2_obj;
1613    //     }
1614    //     if(trkh_clone)  *trkh_clone = *trkh_obj;
1615    //     if(calo1_clone){
1616    // //   *calo1_clone = *calo1_obj;
1617    //      calo1_clone->Clear();
1618    //      calo1_obj->Copy(*calo1_clone);
1619    //     }
1620    //     if(calo2_clone){
1621    // //   *calo2_clone = *calo2_obj;
1622    //      calo2_clone->Clear();
1623    //      calo2_obj->Copy(*calo2_clone);
1624    //     }
1625    //     if(tof_clone)   *tof_clone  = *tof_obj;
1626    //     if(trig_clone)  *trig_clone = *trig_obj;
1627    //     if(s4_clone)    *s4_clone   = *s4_obj;
1628    //     if(nd_clone)    *nd_clone   = *nd_obj;
1629    //     if(ac_clone)    *ac_clone   = *ac_obj;
1630    //     if(orb_clone)   *orb_clone  = *orb_obj;
1631    
1632    //     if(T_clone)T_clone->Fill();
1633    //     if(C_clone)C_clone->Fill();
1634    //     if(O_clone)O_clone->Fill();
1635    //     if(R_clone)R_clone->Fill();
1636    //     if(S_clone)S_clone->Fill();
1637    //     if(N_clone)N_clone->Fill();
1638    //     if(A_clone)A_clone->Fill();
1639    //     if(O_clone)O_clone->Fill();
1640    
1641        for(Int_t i=0; i<8; i++){
1642            if(tree_clone[i])tree_clone[i]->Fill();
1643        }
1644    }
1645    
1646    
1647    TTree* PamLevel2::GetCloneTree(TString name){
1648    
1649        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
1650            if(tree_clone[i]){
1651                TString na = tree_clone[i]->GetName();
1652                if(!name.CompareTo(na))return tree_clone[i];
1653            };
1654        }
1655        return NULL;
1656    
1657    }
1658    void PamLevel2::WriteCloneTrees(){
1659        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1660        cout << "Write clones of PAMELA trees "<<endl;
1661        for(Int_t i=0; i<8; i++){  
1662            if(tree_clone[i]){
1663                cout << tree_clone[i]->GetName()<<endl;
1664                tree_clone[i]->Write();
1665            };
1666        }
1667        cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1668    
1669    }
1670    
1671    /**
1672     * Create a new (empty) Pamela trees
1673     */
1674    // TTree* PamLevel2::GetNewPamTree(){
1675    
1676    //     if(tree_clone)return tree_clone;
1677    
1678    //     TTree *Tout = 0;
1679        
1680    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1681    //     cout << "Create new PAMELA trees "<<endl;
1682        
1683        
1684    //     if(TRK1||TRK2||TRKh){
1685    //      TTree *T = new TTree("Tracker_clone","PAMELA tracker level2 data ");    
1686    //      if(TRK1) {
1687    //          trk1_clone = new TrkLevel1();
1688    //          T->Branch("TrkLevel1","TrkLevel1", &trk1_clone);
1689    //          T->BranchRef();
1690    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel1"<<endl;
1691    //      };
1692    //      if(TRK2) {
1693    //          trk2_clone = new TrkLevel2();
1694    //          T->Branch("TrkLevel2", "TrkLevel2",&trk2_clone);
1695    //          cout << "Tracker      : branch TrkLevel2"<<endl;        
1696    //      };
1697    //      if(TRKh) {
1698    //          trkh_clone = new TrkHough();
1699    //          T->Branch("TrkHough","TrkHough", &trkh_clone);
1700    //          cout << "Tracker      : branch TrkHough"<<endl;
1701    //      };
1702    //      if(!Tout)Tout=T;
1703    //      else Tout->AddFriend("Tracker_clone");
1704    //     }
1705    
1706    //     // Calorimeter
1707    //     if(CAL1||CAL2){
1708    //      TTree *C = new TTree("Calorimeter_clone","PAMELA calorimeter level2 data ");    
1709    //      if(CAL1) {
1710    //          calo1_clone = new CaloLevel1();
1711    //          C->Branch("CaloLevel1", "CaloLevel1", &calo1_clone);
1712    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel1"<<endl;
1713    //      };
1714    //      if(CAL2) {
1715    //          calo2_clone = new CaloLevel2();
1716    //          C->Branch("CaloLevel2","CaloLevel2", &calo2_clone);
1717    //          cout << "Calorimeter  : branch CaloLevel2"<<endl;
1718    //      };
1719    //      if(!Tout)Tout=C;
1720    //      else Tout->AddFriend("Calorimeter_clone");
1721    //     }    
1722    
1723    //     // ToF    
1724    //     if(TOF) {
1725    //      TTree *O = new TTree("ToF_clone","PAMELA ToF level2 data ");    
1726    //      tof_clone = new ToFLevel2();
1727    //      O->Branch("ToFLevel2","ToFLevel2", &tof_clone);
1728    //      cout << "ToF          : branch ToFLevel2"<<endl;
1729    //      if(!Tout)Tout=O;
1730    //      else Tout->AddFriend("ToF_clone");
1731    //     };
1732    //     // Trigger
1733    //     if(TRG) {
1734    //      TTree *R = new TTree("Trigger_clone","PAMELA trigger level2 data ");    
1735    //      trig_clone = new TrigLevel2();
1736    //      R->Branch("TrigLevel2","TrigLevel2", &trig_clone);
1737    //      cout << "Trigger      : branch TrigLevel2"<<endl;
1738    //      if(!Tout)Tout=R;
1739    //      else Tout->AddFriend("Trigger_clone");
1740    //     };
1741    //     // S4
1742    //     if(S4) {
1743    //      TTree *S = new TTree("S4_clone","PAMELA S4 level2 data ");      
1744    //      s4_clone = new S4Level2();
1745    //      S->Branch("S4Level2","S4Level2", &s4_clone);
1746    //      cout << "S4           : branch S4Level2"<<endl;
1747    //      if(!Tout)Tout=S;
1748    //      else Tout->AddFriend("S4_clone");
1749    //     };
1750    //     // Neutron Detector
1751    //     if(ND) {
1752    //      TTree *N = new TTree("NeutronD_clone","PAMELA neutron detector level2 data ");  
1753    //      nd_clone = new NDLevel2();
1754    //      N->Branch("NDLevel2","NDLevel2", &nd_clone);
1755    //      cout << "NeutronD     : branch NDLevel2"<<endl;
1756    //      if(!Tout)Tout=N;
1757    //      else Tout->AddFriend("NeutronD_clone");
1758    //     };
1759    //     // Anticounters
1760    //     if(AC) {
1761    //      TTree *A = new TTree("Anticounter_clone","PAMELA anticounter detector level2 data ");  
1762    //      ac_clone = new AcLevel2();
1763    //      A->Branch("AcLevel2","AcLevel2", &ac_clone);
1764    //      cout << "Anticounter  : branch AcLevel2"<<endl;
1765    //      if(!Tout)Tout=A;
1766    //      else Tout->AddFriend("Anticounter_clone");
1767    //     };
1768    //     // OrbitalInfo
1769    //     if(ORB) {
1770    //      TTree *B = new TTree("OrbitalInfo_clone","PAMELA oribital info  ");    
1771    //      orb_clone = new OrbitalInfo();
1772    //      B->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo", &orb_clone);
1773    //      cout << "OrbitalInfo  : branch OrbitalInfo"<<endl;
1774    //      if(!Tout)Tout=B;
1775    //      else Tout->AddFriend("OrbitalInfo_clone");
1776    //     };
1777    //     cout << "+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+--+" <<endl;
1778    
1779    //     tree_clone = Tout;
1780    //     tree_clone->SetDirectory(0);
1781    
1782    //     return Tout;
1783    // }
1784    // /**
1785    //  * Fill a tree (created with GetNewPamTree)
1786    //  *
1787    //  */
1788    // //void PamLevel2::FillNewPamTree(TTree *T){
1789    // void PamLevel2::FillNewPamTree(){
1790            
1791    
1792    //     if(trk1_clone)  *trk1_clone = *trk1_obj;
1793    //     if(trk2_clone){
1794    //      trk2_clone->Clear();
1795    //      trk2_obj->Copy(*trk2_clone);
1796    // //   *trk2_clone = *trk2_obj;
1797    //     }
1798    //     if(trkh_clone)  *trkh_clone = *trkh_obj;
1799    //     if(calo1_clone){
1800    // //   *calo1_clone = *calo1_obj;
1801    //      calo1_clone->Clear();
1802    //      calo1_obj->Copy(*calo1_clone);
1803    //     }
1804    //     if(calo2_clone){
1805    // //   *calo2_clone = *calo2_obj;
1806    //      calo2_clone->Clear();
1807    //      calo2_obj->Copy(*calo2_clone);
1808    //     }
1809    //     if(tof_clone)   *tof_clone  = *tof_obj;
1810    //     if(trig_clone)  *trig_clone = *trig_obj;
1811    //     if(s4_clone)    *s4_clone   = *s4_obj;
1812    //     if(nd_clone)    *nd_clone   = *nd_obj;
1813    //     if(ac_clone)    *ac_clone   = *ac_obj;
1814    //     if(orb_clone)   *orb_clone  = *orb_obj;
1815    
1816    //     TTree *T = tree_clone;
1817    
1818    //     T->Fill(); //fill main tree
1819    // //    cout<<T->IsA()->GetName()<<" "<<T->GetName()<<endl;
1820    //     TList *li = T->GetListOfFriends();
1821    //     TIter next(li);
1822    //     TFriendElement* T_friend=0;
1823    //     while( (T_friend = (TFriendElement*)next()) ){
1824    // //   cout<<T_friend->IsA()->GetName()<<" "<<T_friend->GetName()<<hex << T_friend->GetTree() << dec<<endl;
1825    //      T_friend->GetTree()->Fill();//fill friends
1826    //     }
1827    
1828    // }
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