/[PAMELA software]/DarthVader/OrbitalInfo/src/OrbitalInfoCore.cpp
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Diff of /DarthVader/OrbitalInfo/src/OrbitalInfoCore.cpp

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revision 1.10 by mocchiut, Wed Jan 24 13:16:26 2007 UTC revision 1.47 by mocchiut, Mon Feb 1 05:34:39 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
 //  
1  // C/C++ headers  // C/C++ headers
2  //  //
3  #include <fstream>  #include <fstream>
# Line 9  Line 8 
8  //  //
9  // ROOT headers  // ROOT headers
10  //  //
11    //#include <TCanvas.h>
12    //#include <TH2F.h> //for test only. Vitaly.
13    //#include <TF1.h>
14    
15  #include <TTree.h>  #include <TTree.h>
16  #include <TClassEdit.h>  #include <TClassEdit.h>
17  #include <TObject.h>  #include <TObject.h>
# Line 34  Line 37 
37  #include <PscuHeader.h>  #include <PscuHeader.h>
38  #include <PscuEvent.h>  #include <PscuEvent.h>
39  #include <EventHeader.h>  #include <EventHeader.h>
40    #include <mcmd/McmdEvent.h>
41    #include <mcmd/McmdRecord.h>
42  //  //
43  // This program headers  // This program headers
44  //  //
45  #include <OrbitalInfo.h>  #include <OrbitalInfo.h>
46  #include <OrbitalInfoVerl2.h>  #include <OrbitalInfoVerl2.h>
47  #include <OrbitalInfoCore.h>  #include <OrbitalInfoCore.h>
48    #include <InclinationInfo.h>
49    
50    
51  using namespace std;  using namespace std;
52    
# Line 47  using namespace std; Line 54  using namespace std;
54  // CORE ROUTINE  // CORE ROUTINE
55  //  //
56  //  //
57  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *file, TSQLServer *dbc, Int_t OrbitalInfoargc, char *OrbitalInfoargv[]){  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *file, GL_TABLES *glt, Int_t OrbitalInfoargc, char *OrbitalInfoargv[]){
58      //
 //   // Temporary check to use igrf routines.  We need dat files in the  
 //   // current directory.  
 //   fstream igrfdat1("igrf05.dat");  
 //   fstream igrfdat2("igrf05s.dat");  
 //   if( (!igrfdat1) && (!igrfdat2)) {  
 //     cerr<<"\n**************************************\n"  
 //      <<"igrf05.dat or igrf05s.dat not in the current directory.  Exiting.\n"  
 //      <<"**************************************\n";  
 //     exit(EXIT_FAILURE);  
 //   }  
 //   igrfdat1.close();  
 //   igrfdat2.close();  
 //   // end of temporary code  
 //   //  
   
59    Int_t i = 0;    Int_t i = 0;
60      TString host = glt->CGetHost();
61      TString user = glt->CGetUser();
62      TString psw = glt->CGetPsw();
63      TSQLServer *dbc = TSQLServer::Connect(host.Data(),user.Data(),psw.Data());
64      //
65      stringstream myquery;
66      myquery.str("");
67      myquery << "SET time_zone='+0:00'";
68      dbc->Query(myquery.str().c_str());
69    //    //
70    TString processFolder = "OrbitalInfoFolder";    TString processFolder = Form("OrbitalInfoFolder_%u",run);
71    //    //
72    // Set these to true to have a very verbose output.    // Set these to true to have a very verbose output.
73    //    //
74    Bool_t debug = false;    Bool_t debug = false;
75    //    //
76    Bool_t verbose = false;    Bool_t verbose = false;
77      //
78      Bool_t standalone = false;
79      //
80    if ( OrbitalInfoargc > 0 ){    if ( OrbitalInfoargc > 0 ){
81      i = 0;      i = 0;
82      while ( i < OrbitalInfoargc ){      while ( i < OrbitalInfoargc ){
# Line 86  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 89  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
89        };        };
90        if ( (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"--debug")) || (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"-g")) ) {        if ( (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"--debug")) || (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"-g")) ) {
91          verbose = true;          verbose = true;
92            debug = true;
93        };        };
94        if ( (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"--verbose")) || (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"-v")) ) {        if ( (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"--verbose")) || (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"-v")) ) {
95          verbose = true;          verbose = true;
96        };        };
97          if ( (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"--standalone")) ) {
98            standalone = true;
99          };
100          if ( (!strcmp(OrbitalInfoargv[i],"--calculate-pitch")) ) {
101            standalone = false;
102          };
103        i++;        i++;
104      };      };
105    };    };
# Line 98  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 108  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
108    //    //
109    TTree *OrbitalInfotr = 0;    TTree *OrbitalInfotr = 0;
110    UInt_t nevents = 0;    UInt_t nevents = 0;
111      UInt_t neventsm = 0;
112    //    //
113    // variables needed to reprocess data    // variables needed to reprocess data
114    //    //
# Line 116  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 127  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
127    stringstream ftmpname;    stringstream ftmpname;
128    TString fname;    TString fname;
129    UInt_t totfileentries = 0;    UInt_t totfileentries = 0;
130    UInt_t idRun = 0;    UInt_t idRun = 0;
131      //
132      // My variables. Vitaly.
133      //
134    //  UInt_t oi = 0;
135      Int_t tmpSize = 0;
136    //    //
137    // variables needed to handle error signals    // variables needed to handle error signals
138    //    //
# Line 127  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 143  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
143    //    //
144    OrbitalInfo *orbitalinfo = new OrbitalInfo();    OrbitalInfo *orbitalinfo = new OrbitalInfo();
145    OrbitalInfo *orbitalinfoclone = new OrbitalInfo();    OrbitalInfo *orbitalinfoclone = new OrbitalInfo();
146    
147    //    //
148    // define variables for opening and reading level0 file    // define variables for opening and reading level0 file
149    //    //
150    TFile *l0File = 0;    TFile *l0File = 0;
151    TTree *l0tr = 0;    TTree *l0tr = 0;
152      //  TTree *l0trm = 0;
153      TChain *ch = 0;
154    // EM: open also header branch    // EM: open also header branch
155    TBranch *l0head = 0;    TBranch *l0head = 0;
156    pamela::EventHeader *eh = 0;    pamela::EventHeader *eh = 0;
157    pamela::PscuHeader *ph = 0;    pamela::PscuHeader *ph = 0;
158      pamela::McmdEvent *mcmdev = 0;
159      pamela::McmdRecord *mcmdrc = 0;
160    // end EM    // end EM
161      
162      //  pamela::RunHeaderEvent *reh = new pamela::RunHeaderEvent;
163      //  pamela::EventHeader    *eH  = new pamela::EventHeader;
164      
165    //    //
166    // Define other basic variables    // Define other basic variables
167    //    //
# Line 147  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 172  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
172    Int_t totevent = 0;    Int_t totevent = 0;
173    UInt_t atime = 0;    UInt_t atime = 0;
174    UInt_t re = 0;    UInt_t re = 0;
175      UInt_t ik = 0;
176    
177    // Position    // Position
178    Float_t lon, lat, alt;    Float_t lon, lat, alt;
# Line 154  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 180  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
180    //    //
181    // IGRF stuff    // IGRF stuff
182    //    //
183    float dimo = 0.0; // dipole moment (computed from dat files)    Float_t dimo = 0.0; // dipole moment (computed from dat files)
184    float bnorth, beast, bdown, babs;    Float_t bnorth, beast, bdown, babs;
185    float xl; // L value    Float_t xl; // L value
186    float icode; // code value for L accuracy (see fortran code)    Float_t icode; // code value for L accuracy (see fortran code)
187    float bab1; // What's  the difference with babs?    Float_t bab1; // What's  the difference with babs?
188    float stps = 0.005; // step size for field line tracing    Float_t stps = 0.005; // step size for field line tracing
189    float bdel = 0.01; // required accuracy    Float_t bdel = 0.01; // required accuracy
190    float bequ;  // equatorial b value (also called b_0)    Float_t bequ;  // equatorial b value (also called b_0)
191    bool value = 0; // false if bequ is not the minimum b value    Bool_t value = 0; // false if bequ is not the minimum b value
192    float rr0; // equatorial radius normalized to earth radius    Float_t rr0; // equatorial radius normalized to earth radius
193    
194    //    //
195    // Working filename    // Working filename
# Line 179  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 205  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
205    TTree *tempOrbitalInfo = 0;    TTree *tempOrbitalInfo = 0;
206    stringstream tempname;    stringstream tempname;
207    stringstream OrbitalInfofolder;    stringstream OrbitalInfofolder;
208      Bool_t myfold = false;
209    tempname.str("");    tempname.str("");
210    tempname << outDir;    tempname << outDir;
211    tempname << "/" << processFolder.Data();    tempname << "/" << processFolder.Data();
212    OrbitalInfofolder.str("");    OrbitalInfofolder.str("");
213    OrbitalInfofolder << tempname.str().c_str();    OrbitalInfofolder << tempname.str().c_str();
   gSystem->MakeDirectory(OrbitalInfofolder.str().c_str());  
214    tempname << "/OrbitalInfotree_run";    tempname << "/OrbitalInfotree_run";
215    tempname << run << ".root";      tempname << run << ".root";  
216      UInt_t totnorun = 0;
217    //    //
218    // DB classes    // DB classes
219    //    //
220    GL_ROOT *glroot = new GL_ROOT();    GL_ROOT *glroot = new GL_ROOT();
221    GL_TIMESYNC *dbtime = 0;    GL_TIMESYNC *dbtime = 0;
222    GL_TLE *gltle = new GL_TLE();    GL_TLE *gltle = new GL_TLE();
223      //
224      //Quaternions classes
225      //
226      Quaternions *L_QQ_Q_l_lower = new Quaternions();
227      InclinationInfo *RYPang_lower = new InclinationInfo();
228      Quaternions *L_QQ_Q_l_upper = new Quaternions();
229      InclinationInfo *RYPang_upper = new InclinationInfo();
230      
231      cEci eCi;
232      
233    // Initialize fortran routines!!!    // Initialize fortran routines!!!
234    Int_t ltp2 = 0;    Int_t ltp2 = 0;
235    Int_t ltp3 = 0;    Int_t ltp3 = 0;
236    Int_t uno = 1;    Int_t uno = 1;
237    char *niente = " ";    const char *niente = " ";
238    GL_PARAM *glparam = new GL_PARAM();    GL_PARAM *glparam = new GL_PARAM();
239    GL_PARAM *glparam2 = new GL_PARAM();    GL_PARAM *glparam2 = new GL_PARAM();
240    Int_t parerror=glparam->Query_GL_PARAM(1,301,dbc); // parameters stored in DB in GL_PRAM table  
241      //
242      // Orientation variables. Vitaly
243      //
244      UInt_t evfrom = 0;
245      UInt_t jumped = 0;
246      Int_t itr = -1;    
247      Double_t A1;
248      Double_t A2;
249      Double_t A3;
250      Double_t Px = 0;
251      Double_t Py = 0;      
252      Double_t Pz = 0;  
253      TTree *ttof = 0;
254      ToFLevel2 *tof = new ToFLevel2();
255      OrientationInfo *PO = new OrientationInfo();
256      Int_t nz = 6;
257      Float_t zin[6];
258      Int_t nevtofl2 = 0;
259      if ( verbose ) cout<<"Reading quaternions external file"<<endl;
260      cout.setf(ios::fixed,ios::floatfield);  
261      /******Reading recovered quaternions...*********/
262      vector<Double_t> recqtime;
263      vector<Float_t> recq0;
264      vector<Float_t> recq1;
265      vector<Float_t> recq2;
266      vector<Float_t> recq3;
267      Float_t Norm = 1;
268      Int_t parerror=glparam->Query_GL_PARAM(1,303,dbc); // parameters stored in DB in GL_PRAM table  
269      ifstream in((glparam->PATH+glparam->NAME).Data(),ios::in);
270      if ( parerror<0 ) {
271        code = parerror;
272        goto closeandexit;
273      };
274      while(!in.eof()){
275        recqtime.resize(recqtime.size()+1);
276        Int_t sizee = recqtime.size();
277        recq0.resize(sizee);
278        recq1.resize(sizee);
279        recq2.resize(sizee);
280        recq3.resize(sizee);
281        in>>recqtime[sizee-1];
282        in>>recq0[sizee-1];
283        in>>recq1[sizee-1];
284        in>>recq2[sizee-1];
285        in>>recq3[sizee-1];
286        in>>Norm;
287      }
288      if ( verbose ) cout<<"We have read recovered data"<<endl;
289    
290    
291      parerror=glparam->Query_GL_PARAM(1,301,dbc); // parameters stored in DB in GL_PRAM table  
292    if ( parerror<0 ) {    if ( parerror<0 ) {
293      code = parerror;      code = parerror;
294      goto closeandexit;      goto closeandexit;
# Line 217  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 305  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
305    if ( verbose ) printf(" Reading Earth's Magnetic Field parameter file: %s \n",(glparam2->PATH+glparam2->NAME).Data());    if ( verbose ) printf(" Reading Earth's Magnetic Field parameter file: %s \n",(glparam2->PATH+glparam2->NAME).Data());
306    //    //
307    initize_((char *)niente,&uno,(char *)(glparam->PATH+glparam->NAME).Data(),&ltp2,(char *)(glparam2->PATH+glparam2->NAME).Data(),&ltp3);    initize_((char *)niente,&uno,(char *)(glparam->PATH+glparam->NAME).Data(),&ltp2,(char *)(glparam2->PATH+glparam2->NAME).Data(),&ltp3);
   
308    //    //
309    // End IGRF stuff//    // End IGRF stuff//
310    //    //
311      for (Int_t ip=0;ip<nz;ip++){
312        zin[ip] = tof->GetZTOF(tof->GetToFPlaneID(ip));
313      };
314      //
315      if ( !standalone ){
316        //
317        // Does it contain the Tracker tree?
318        //
319        ttof = (TTree*)file->Get("ToF");
320        if ( !ttof ) {
321          if ( verbose ) printf(" OrbitalInfo - ERROR: no tof tree\n");
322          code = -900;
323          goto closeandexit;
324        };
325        ttof->SetBranchAddress("ToFLevel2",&tof);  
326        nevtofl2 = ttof->GetEntries();
327      };
328    //    //
329    // Let's start!    // Let's start!
330    //    //
# Line 276  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 379  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
379    // number of run to be processed    // number of run to be processed
380    //    //
381    numbofrun = runinfo->GetNoRun();    numbofrun = runinfo->GetNoRun();
382      totnorun = runinfo->GetRunEntries();
383    //    //
384    // Try to access the OrbitalInfo tree in the file, if it exists we are reprocessing data if not we are processing a new run    // Try to access the OrbitalInfo tree in the file, if it exists we are reprocessing data if not we are processing a new run
385    //    //
# Line 302  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 406  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
406      //      //
407      if (verbose) printf("\n Preparing the pre-processing...\n");      if (verbose) printf("\n Preparing the pre-processing...\n");
408      //      //
409      if ( run == 0 ){      if ( run == 0 || totnorun == 1 ){
410        //        //
411        // we are reprocessing all the file        // we are reprocessing all the file
412        // if we are reprocessing everything we don't need to copy any old event and we can just work with the new tree and delete the old one immediately        // if we are reprocessing everything we don't need to copy any old event and we can just work with the new tree and delete the old one immediately
# Line 321  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 425  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
425        //        //
426        // copying old tree to a new file        // copying old tree to a new file
427        //        //
428          gSystem->MakeDirectory(OrbitalInfofolder.str().c_str());
429          myfold = true;
430        tempfile = new TFile(tempname.str().c_str(),"RECREATE");        tempfile = new TFile(tempname.str().c_str(),"RECREATE");
431        tempOrbitalInfo = OrbitalInfotrclone->CloneTree(-1,"fast");        tempOrbitalInfo = OrbitalInfotrclone->CloneTree(-1,"fast");
432        tempOrbitalInfo->SetName("OrbitalInfo-old");        tempOrbitalInfo->SetName("OrbitalInfo-old");
# Line 341  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 447  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
447    file->cd();    file->cd();
448    OrbitalInfotr = new TTree("OrbitalInfo-new","PAMELA OrbitalInfo data");    OrbitalInfotr = new TTree("OrbitalInfo-new","PAMELA OrbitalInfo data");
449    OrbitalInfotr->SetAutoSave(900000000000000LL);    OrbitalInfotr->SetAutoSave(900000000000000LL);
450      orbitalinfo->Set();//ELENA **TEMPORANEO?**
451    OrbitalInfotr->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo",&orbitalinfo);    OrbitalInfotr->Branch("OrbitalInfo","OrbitalInfo",&orbitalinfo);
452    //    //
453    if ( reproc && !reprocall ){    if ( reproc && !reprocall ){
# Line 360  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 467  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
467        }        }
468        for (UInt_t j = 0; j < nobefrun; j++){        for (UInt_t j = 0; j < nobefrun; j++){
469          //          //
470          OrbitalInfotrclone->GetEntry(j);                    if ( OrbitalInfotrclone->GetEntry(j) <= 0 ) throw -36;    
471          //          //
472          // copy orbitalinfoclone to mydec          // copy orbitalinfoclone to mydec
473          //          //
# Line 377  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 484  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
484      };                };          
485    };    };
486    //    //
487      //
488    // Get the list of run to be processed, if only one run has to be processed the list will contain one entry only.    // Get the list of run to be processed, if only one run has to be processed the list will contain one entry only.
489    //    //
490    runlist = runinfo->GetRunList();    runlist = runinfo->GetRunList();
# Line 387  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 495  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
495      //      //
496      // retrieve the first run ID to be processed using the RunInfo list      // retrieve the first run ID to be processed using the RunInfo list
497      //      //
498        
499      idRun = runlist->At(irun);      idRun = runlist->At(irun);
500      if (verbose){      if (verbose){
501        printf("\n\n\n ####################################################################### \n");        printf("\n\n\n ####################################################################### \n");
# Line 419  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 528  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
528      // prepare the timesync for the db      // prepare the timesync for the db
529      //      //
530      dbtime = new GL_TIMESYNC(runinfo->ID_ROOT_L0,"ID",dbc);      dbtime = new GL_TIMESYNC(runinfo->ID_ROOT_L0,"ID",dbc);
531      
532      //      //
533      // Search in the DB the path and name of the LEVEL0 file to be processed.      // Search in the DB the path and name of the LEVEL0 file to be processed.
534      //      //
# Line 428  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 538  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
538      ftmpname << glroot->PATH.Data() << "/";      ftmpname << glroot->PATH.Data() << "/";
539      ftmpname << glroot->NAME.Data();      ftmpname << glroot->NAME.Data();
540      fname = ftmpname.str().c_str();      fname = ftmpname.str().c_str();
541        ftmpname.str("");
542      //      //
543      // print out informations      // print nout informations
544      //      //
545      totevent = runinfo->NEVENTS;      totevent = runinfo->NEVENTS;
546        evfrom = runinfo->EV_FROM;
547        //cout<<"totevents = "<<totevent<<"\n";
548      if (verbose){      if (verbose){
549        printf("\n LEVEL0 data file: %s \n",fname.Data());        printf("\n LEVEL0 data file: %s \n",fname.Data());
550        printf(" RUN HEADER absolute time is:  %u \n",runinfo->RUNHEADER_TIME);        printf(" RUN HEADER absolute time is:  %u \n",runinfo->RUNHEADER_TIME);
551        printf(" RUN TRAILER absolute time is: %u \n",runinfo->RUNTRAILER_TIME);        printf(" RUN TRAILER absolute time is: %u \n",runinfo->RUNTRAILER_TIME);
552        printf(" %i events to be processed for run %u: from %i to %i \n\n",totevent,idRun,runinfo->EV_FROM,runinfo->EV_FROM+totevent);        printf(" %i events to be processed for run %u: from %i to %i \n\n",totevent,idRun,runinfo->EV_FROM+1,runinfo->EV_FROM+totevent);
553      }//      }//
554        //
555        //    if ( !totevent ) goto closeandexit;
556      // Open Level0 file      // Open Level0 file
557      l0File = new TFile(fname.Data());      l0File = new TFile(fname.Data());
558      if ( !l0File ) {      if ( !l0File ) {
# Line 464  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 579  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
579      // end EM      // end EM
580      nevents = l0head->GetEntries();      nevents = l0head->GetEntries();
581      //      //
582      if ( nevents < 1 ) {      if ( nevents < 1 && totevent ) {
583        if ( debug ) printf(" OrbitalInfo - ERROR: Level0 file is empty\n\n");        if ( debug ) printf(" OrbitalInfo - ERROR: Level0 file is empty\n\n");
584        l0File->Close();        l0File->Close();
585        code = -11;        code = -11;
586        goto closeandexit;        goto closeandexit;
587      };      };
588      //      //
589      if ( runinfo->EV_TO > nevents-1 ) {      if ( runinfo->EV_TO > nevents-1 && totevent ) {
590        if ( debug ) printf(" OrbitalInfo - ERROR: too few entries in the registry tree\n");        if ( debug ) printf(" OrbitalInfo - ERROR: too few entries in the registry tree\n");
591        l0File->Close();        l0File->Close();
592        code = -12;        code = -12;
593        goto closeandexit;        goto closeandexit;
594      };      };
595      //      //
596        //     TTree *tp = (TTree*)l0File->Get("RunHeader");
597        //     tp->SetBranchAddress("Header", &eH);
598        //     tp->SetBranchAddress("RunHeader", &reh);
599        //     tp->GetEntry(0);
600        //     ph = eH->GetPscuHeader();
601        //     ULong_t TimeSync = reh->LAST_TIME_SYNC_INFO;
602        //     ULong_t ObtSync = reh->OBT_TIME_SYNC;    
603        //     if ( debug ) printf(" 1 TimeSync %lu ObtSync %lu DeltaOBT %lu\n",TimeSync,ObtSync,TimeSync-ObtSync);
604        //
605        ULong_t TimeSync = (ULong_t)dbtime->GetTimesync();
606        ULong_t ObtSync = (ULong_t)(dbtime->GetObt0()/1000);
607        ULong_t DeltaOBT = TimeSync - ObtSync;
608    
609        if ( debug ) printf(" 2 TimeSync %lu ObtSync %lu DeltaOBT %lu\n",(ULong_t)(dbtime->GetTimesync()/1000),(ULong_t)dbtime->GetObt0(),TimeSync-ObtSync);
610        //
611        // Read MCMDs from up to 11 files, 5 before and 5 after the present one in order to have some kind of inclination information
612        //
613        ch = new TChain("Mcmd","Mcmd");
614        //
615        // look in the DB to find the closest files to this run
616        //
617        TSQLResult *pResult = 0;
618        TSQLRow *Row = 0;
619        stringstream myquery;
620        UInt_t l0fid[10];
621        Int_t i = 0;
622        memset(l0fid,0,10*sizeof(Int_t));
623        //
624        myquery.str("");
625        myquery << "select ID_ROOT_L0 from GL_RUN where RUNHEADER_TIME<=" << runinfo->RUNHEADER_TIME << " group by ID_ROOT_L0 order by RUNHEADER_TIME desc limit 5;";
626        //
627        pResult = dbc->Query(myquery.str().c_str());
628        //
629        i = 9;
630        if( pResult ){
631          //
632          Row = pResult->Next();
633          //
634          while ( Row ){
635            //
636            // store infos and exit
637            //
638            l0fid[i] = (UInt_t)atoll(Row->GetField(0));
639            i--;
640            Row = pResult->Next();  
641            //
642          };
643          pResult->Delete();
644        };
645        //
646        myquery.str("");
647        myquery << "select ID_ROOT_L0 from GL_RUN where RUNHEADER_TIME>" << runinfo->RUNHEADER_TIME << " group by ID_ROOT_L0 order by RUNHEADER_TIME asc limit 5;";
648        //
649        pResult = dbc->Query(myquery.str().c_str());
650        //
651        i = 0;
652        if( pResult ){
653          //
654          Row = pResult->Next();
655          //
656          while ( Row ){
657            //
658            // store infos and exit
659            //
660            l0fid[i] = (UInt_t)atoll(Row->GetField(0));
661            i++;
662            Row = pResult->Next();  
663            //
664          };
665          pResult->Delete();
666        };
667        //
668        i = 0;
669        UInt_t previd = 0;
670        while ( i < 10 ){
671          if ( l0fid[i] && previd != l0fid[i] ){
672            previd = l0fid[i];
673            myquery.str("");
674            myquery << "select PATH,NAME from GL_ROOT where ID=" << l0fid[i] << " ;";
675            //
676            pResult = dbc->Query(myquery.str().c_str());
677            //
678            if( pResult ){
679              //
680              Row = pResult->Next();
681              //
682              if ( debug ) printf(" Using inclination informations from file: %s \n",(((TString)gSystem->ExpandPathName(Row->GetField(0)))+"/"+(TString)Row->GetField(1)).Data());
683              ch->Add(((TString)gSystem->ExpandPathName(Row->GetField(0)))+"/"+(TString)Row->GetField(1));
684              //
685              pResult->Delete();
686            };
687          };
688          i++;
689        };
690        //
691        //    l0trm = (TTree*)l0File->Get("Mcmd");
692        //    ch->ls();
693        ch->SetBranchAddress("Mcmd",&mcmdev);
694        //    printf(" entries %llu \n", ch->GetEntries());
695        //    l0trm = ch->GetTree();
696        //    neventsm = l0trm->GetEntries();
697        neventsm = ch->GetEntries();
698        if ( debug ) printf(" entries %u \n", neventsm);
699        //    neventsm = 0;
700        //
701        if (neventsm == 0){
702          if ( debug ) printf("InclinationInfo - WARNING: No quaternions in this File");
703          //      l0File->Close();
704          code = 900;
705          //      goto closeandexit;
706        }
707        //
708        
709        //    l0trm->SetBranchAddress("Mcmd", &mcmdev);
710        //    l0trm->SetBranchAddress("Header", &eh);
711        //
712        //
713        //
714    
715    //    UInt_t mctren = 0;    
716    //    UInt_t mcreen = 0;        
717        UInt_t numrec = 0;
718        //
719        Double_t upperqtime = 0;
720        Double_t lowerqtime = 0;
721        
722    //    Double_t incli = 0;
723    //    oi = 0;
724    //    UInt_t ooi = 0;
725        //
726        // init quaternions information from mcmd-packets
727        //
728        Bool_t isf = true;
729    //    Int_t fgh = 0;
730    
731        vector<Float_t> q0;
732        vector<Float_t> q1;
733        vector<Float_t> q2;
734        vector<Float_t> q3;
735        vector<Double_t> qtime;
736        vector<Float_t> qPitch;
737        vector<Float_t> qRoll;
738        vector<Float_t> qYaw;
739        vector<Int_t> qmode;
740    
741        Int_t nt = 0;
742        
743        //init sine-function interpolation
744        
745        //cout<<"Sine coeficient initialisation..."<<endl;
746        vector<Sine> q0sine;
747        vector<Sine> q1sine;
748        vector<Sine> q2sine;
749        vector<Sine> q3sine;
750        vector<Sine> Yawsine;
751    
752        /*TH2F* q0testing = new TH2F();
753          TH2F* q1testing = new TH2F();
754          TH2F* q2testing = new TH2F();
755          TH2F* q3testing = new TH2F();
756          TH2F* Pitchtesting = new TH2F();
757        */
758        UInt_t must = 0;
759    
760        //
761      // run over all the events of the run      // run over all the events of the run
762      //      //
763      if (verbose) printf("\n Ready to start! \n\n Processed events: \n\n");      if (verbose) printf("\n Ready to start! \n\n Processed events: \n\n");
764      //      //
765        //
766      for ( re = runinfo->EV_FROM; re < (runinfo->EV_FROM+runinfo->NEVENTS); re++){      for ( re = runinfo->EV_FROM; re < (runinfo->EV_FROM+runinfo->NEVENTS); re++){
767        //        //
768        if ( procev%1000 == 0 && procev > 0 && verbose ) printf(" %iK \n",procev/1000);          if ( procev%1000 == 0 && procev > 0 && verbose ) printf(" %iK \n",procev/1000);  
769          if ( debug ) printf(" %i \n",procev);      
770        //        //
771        l0head->GetEntry(re);        if ( l0head->GetEntry(re) <= 0 ) throw -36;
772        //        //
773        // absolute time of this event        // absolute time of this event
774        //        //
775        ph = eh->GetPscuHeader();        ph = eh->GetPscuHeader();
776        atime = dbtime->DBabsTime(ph->GetOrbitalTime());          atime = dbtime->DBabsTime(ph->GetOrbitalTime());
777          if ( debug ) printf(" %i absolute time \n",procev);      
778        //        //
779        // paranoid check        // paranoid check
780        //        //
781        if ( (atime > runinfo->RUNTRAILER_TIME) || (atime < runinfo->RUNHEADER_TIME)  ) {        if ( (atime > (runinfo->RUNTRAILER_TIME+1)) || (atime < (runinfo->RUNHEADER_TIME-1))  ) {
782          if (verbose) printf(" OrbitalInfo - WARNING: event at time outside the run time window, skipping it\n");          if (verbose) printf(" OrbitalInfo - WARNING: event at time outside the run time window, skipping it\n");
783          debug = true;          jumped++;
784            //      debug = true;
785          continue;          continue;
786        }        }
787    
788          //
789          // retrieve tof informations
790          //
791          if ( !reprocall ){
792            itr = nobefrun + (re - evfrom - jumped);
793            //itr = re-(46438+200241);
794          } else {
795            itr = runinfo->GetFirstEntry() + (re - evfrom - jumped);
796          };
797          //
798          if ( !standalone ){
799            if ( itr > nevtofl2 ){  
800              if ( verbose ) printf(" OrbitalInfo - ERROR: no tof events with entry = %i in Level2 file\n",itr);
801              if ( debug ) printf(" nobefrun %u re %u evfrom %u jumped %u reprocall %i \n",nobefrun,re,evfrom,jumped,reprocall);
802              l0File->Close();
803              code = -901;
804              goto closeandexit;
805            };
806            //
807            tof->Clear();
808            //
809            if ( ttof->GetEntry(itr) <= 0 ) throw -36;
810            //
811          };
812        //        //
813        procev++;        procev++;
814        //        //
815        // start processing        // start processing
816        //        //
817          if ( debug ) printf(" %i start processing \n",procev);      
818        orbitalinfo->Clear();        orbitalinfo->Clear();
819        //        //
820        // CHANGE HERE!!!!        OrbitalInfoTrkVar *t_orb = new OrbitalInfoTrkVar();
821          if( !(orbitalinfo->OrbitalInfoTrk) ) orbitalinfo->OrbitalInfoTrk = new TClonesArray("OrbitalInfoTrkVar",2);
822          TClonesArray &tor = *orbitalinfo->OrbitalInfoTrk;
823        //        //
824        orbitalinfo->absTime = atime;        // Fill OBT, pkt_num and absTime
825        // EM: add OBT and plt_num infos from the header        //      
       ph = eh->GetPscuHeader();  
826        orbitalinfo->pkt_num = ph->GetCounter();        orbitalinfo->pkt_num = ph->GetCounter();
827        orbitalinfo->OBT = ph->GetOrbitalTime();        orbitalinfo->OBT = ph->GetOrbitalTime();
828          orbitalinfo->absTime = atime;
829        // If the absolute time of the event overpass the time of the        if ( debug ) printf(" %i pktnum obt abstime \n",procev);      
830        // tle, get a new tle.  GL_TLE::GetToTime() default to zero.        //
831          // Propagate the orbit from the tle time to atime, using SGP(D)4.
832          //
833          if ( debug ) printf(" %i sgp4 \n",procev);      
834          cCoordGeo coo;
835          Float_t jyear=0.;    
836        //        //
       // I also use this condition to compute the dipole moment dimo.  
       // It's really redundant to compute it so often because  
       // probably it will not change at all.  But the overhead is  
       // minimum.  
       float jyear=0;  
   
837        if(atime >= gltle->GetToTime()) {        if(atime >= gltle->GetToTime()) {
838          if ( !gltle->Query(atime, dbc) ){          if ( !gltle->Query(atime, dbc) ){
839                        //      
840            // Compute the magnetic dipole moment.            // Compute the magnetic dipole moment.
841              //
842              if ( debug ) printf(" %i compute magnetic dipole moment \n",procev);      
843            UInt_t year, month, day, hour, min, sec;            UInt_t year, month, day, hour, min, sec;
844                        //
845            TTimeStamp t = TTimeStamp(atime, kTRUE);            TTimeStamp t = TTimeStamp(atime, kTRUE);
846            t.GetDate(kTRUE, 0, &year, &month, &day);            t.GetDate(kTRUE, 0, &year, &month, &day);
847            t.GetTime(kTRUE, 0, &hour, &min, &sec);            t.GetTime(kTRUE, 0, &hour, &min, &sec);
848            jyear = (float) year            jyear = (float) year
849              + (month*31.+ (float) day)/365.              + (month*31.+ (float) day)/365.
850              + (hour*3600.+min*60.+(float)sec)/(24*3600*365.);              + (hour*3600.+min*60.+(float)sec)/(24.*3600.*365.);
851                        //
852              if ( debug ) printf(" %i compute magnetic dipole moment get dipole moment for year\n",procev);      
853            feldcof_(&jyear, &dimo); // get dipole moment for year            feldcof_(&jyear, &dimo); // get dipole moment for year
854              if ( debug ) printf(" %i compute magnetic dipole moment end\n",procev);      
855          } else {          } else {
856            code = -56;            code = -56;
857            goto closeandexit;            goto closeandexit;
858          };          };
859        }        }
860          coo = getCoo(atime, gltle->GetFromTime(), gltle->GetTle());
861          //
862          cOrbit orbits(*gltle->GetTle());
863          //
864          if ( debug ) printf(" I am Here \n");
865          //
866          // synchronize with quaternions data
867          //
868          if ( isf && neventsm>0 ){
869            //
870            // First event
871            //
872            isf = false;
873            upperqtime = atime;
874            lowerqtime = runinfo->RUNHEADER_TIME;
875            for ( ik = 0; ik < neventsm; ik++){  //number of macrocommad packets
876              if ( ch->GetEntry(ik) <= 0 ) throw -36;
877              tmpSize = mcmdev->Records->GetEntries();
878              numrec = tmpSize;
879              for (Int_t j3 = 0;j3<tmpSize;j3++){  //number of subpackets
880                if ( debug ) printf(" ik %i j3 %i eh eh eh \n",ik,j3);
881                mcmdrc = (pamela::McmdRecord*)mcmdev->Records->At(j3);
882                if ( mcmdrc ){ // missing inclination bug [8RED 090116]
883                  if ( debug ) printf(" pluto \n");
884                  if ((int)mcmdrc->ID1 == 226 && mcmdrc->Mcmd_Block_crc_ok == 1){ //Check that it is Inclination Packet
885                    L_QQ_Q_l_upper->fill(mcmdrc->McmdData);
886                    for (UInt_t ui = 0; ui < 6; ui++){
887                      if (ui>0){
888                        if (L_QQ_Q_l_upper->time[ui]>L_QQ_Q_l_upper->time[0]){
889                            if ( debug ) printf(" here1 %i \n",ui);
890                          Double_t u_time = dbtime->DBabsTime((UInt_t)(L_QQ_Q_l_upper->time[ui]*1000-DeltaOBT*1000));
891                          Int_t recSize = recqtime.size();
892                          for(Int_t mu = nt;mu<recSize;mu++){
893                            if(recqtime[mu]>lowerqtime && recqtime[mu]<u_time){
894                              nt=mu;
895                              Int_t sizeqmcmd = qtime.size();
896                              inclresize(qtime,q0,q1,q2,q3,qmode,qRoll,qPitch,qYaw);
897                              qtime[sizeqmcmd]=recqtime[mu];
898                              q0[sizeqmcmd]=recq0[mu];
899                              q1[sizeqmcmd]=recq1[mu];
900                              q2[sizeqmcmd]=recq2[mu];
901                              q3[sizeqmcmd]=recq3[mu];
902                              qmode[sizeqmcmd]=-10;
903                              orbits.getPosition((double) (qtime[sizeqmcmd] - gltle->GetFromTime())/60., &eCi);
904                              RYPang_upper->TransAngle(eCi.getPos().m_x,eCi.getPos().m_y,eCi.getPos().m_z,eCi.getVel().m_x,eCi.getVel().m_y,eCi.getVel().m_z,recq0[mu],recq1[mu],recq2[mu],recq3[mu]);
905                              qRoll[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Kren;
906                              qYaw[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Ryskanie;
907                              qPitch[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Tangazh;
908                            }
909                            if(recqtime[mu]>=u_time){
910                              Int_t sizeqmcmd = qtime.size();
911                              inclresize(qtime,q0,q1,q2,q3,qmode,qRoll,qPitch,qYaw);
912                              qtime[sizeqmcmd]=u_time;
913                              q0[sizeqmcmd]=L_QQ_Q_l_upper->quat[ui][0];
914                              q1[sizeqmcmd]=L_QQ_Q_l_upper->quat[ui][1];
915                              q2[sizeqmcmd]=L_QQ_Q_l_upper->quat[ui][2];
916                              q3[sizeqmcmd]=L_QQ_Q_l_upper->quat[ui][3];
917                              qmode[sizeqmcmd]=holeq(lowerqtime,qtime[sizeqmcmd],L_QQ_Q_l_lower,L_QQ_Q_l_upper,ui);
918                              lowerqtime = u_time;
919                              orbits.getPosition((double) (u_time - gltle->GetFromTime())/60., &eCi);
920                              RYPang_upper->TransAngle(eCi.getPos().m_x,eCi.getPos().m_y,eCi.getPos().m_z,eCi.getVel().m_x,eCi.getVel().m_y,eCi.getVel().m_z,L_QQ_Q_l_upper->quat[ui][0],L_QQ_Q_l_upper->quat[ui][1],L_QQ_Q_l_upper->quat[ui][2],L_QQ_Q_l_upper->quat[ui][3]);
921                              qRoll[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Kren;
922                              qYaw[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Ryskanie;
923                              qPitch[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Tangazh;
924                              break;
925                            }
926                          }
927                        }
928                      }else{
929                            if ( debug ) printf(" here2 %i \n",ui);
930                        Double_t u_time = dbtime->DBabsTime((UInt_t)(L_QQ_Q_l_upper->time[0]*1000-DeltaOBT*1000));
931                        if(lowerqtime>u_time)nt=0;
932                        Int_t recSize = recqtime.size();
933                        for(Int_t mu = nt;mu<recSize;mu++){
934                          if(recqtime[mu]>lowerqtime && recqtime[mu]<u_time){
935                            nt=mu;
936                            Int_t sizeqmcmd = qtime.size();
937                            inclresize(qtime,q0,q1,q2,q3,qmode,qRoll,qPitch,qYaw);
938                            qtime[sizeqmcmd]=recqtime[mu];
939                            q0[sizeqmcmd]=recq0[mu];
940                            q1[sizeqmcmd]=recq1[mu];
941                            q2[sizeqmcmd]=recq2[mu];
942                            q3[sizeqmcmd]=recq3[mu];
943                            qmode[sizeqmcmd]=-10;
944                            orbits.getPosition((double) (qtime[sizeqmcmd] - gltle->GetFromTime())/60., &eCi);
945                            RYPang_upper->TransAngle(eCi.getPos().m_x,eCi.getPos().m_y,eCi.getPos().m_z,eCi.getVel().m_x,eCi.getVel().m_y,eCi.getVel().m_z,recq0[mu],recq1[mu],recq2[mu],recq3[mu]);
946                            qRoll[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Kren;
947                            qYaw[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Ryskanie;
948                            qPitch[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Tangazh;
949                          }
950                          if(recqtime[mu]>=u_time){
951                            Int_t sizeqmcmd = qtime.size();
952                            inclresize(qtime,q0,q1,q2,q3,qmode,qRoll,qPitch,qYaw);
953                            qtime[sizeqmcmd]=u_time;
954                            q0[sizeqmcmd]=L_QQ_Q_l_upper->quat[0][0];
955                            q1[sizeqmcmd]=L_QQ_Q_l_upper->quat[0][1];
956                            q2[sizeqmcmd]=L_QQ_Q_l_upper->quat[0][2];
957                            q3[sizeqmcmd]=L_QQ_Q_l_upper->quat[0][3];
958                            qmode[sizeqmcmd]=holeq(lowerqtime,qtime[sizeqmcmd],L_QQ_Q_l_lower,L_QQ_Q_l_upper,ui);
959                            lowerqtime = u_time;
960                            orbits.getPosition((double) (u_time - gltle->GetFromTime())/60., &eCi);
961                            RYPang_upper->TransAngle(eCi.getPos().m_x,eCi.getPos().m_y,eCi.getPos().m_z,eCi.getVel().m_x,eCi.getVel().m_y,eCi.getVel().m_z,L_QQ_Q_l_upper->quat[0][0],L_QQ_Q_l_upper->quat[0][1],L_QQ_Q_l_upper->quat[0][2],L_QQ_Q_l_upper->quat[0][3]);
962                            qRoll[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Kren;
963                            qYaw[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Ryskanie;
964                            qPitch[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Tangazh;
965                            CopyQ(L_QQ_Q_l_lower,L_QQ_Q_l_upper);
966                            break;
967                          }
968                        }
969                      }
970                    }
971                  }
972                }
973                if ( debug ) printf(" ciccio \n");
974              }
975            }
976            
977            if(qtime.size()==0){
978                for(Int_t my=0;my<recqtime.size();my++){
979                    Int_t sizeqmcmd = qtime.size();
980                    inclresize(qtime,q0,q1,q2,q3,qmode,qRoll,qPitch,qYaw);
981                    qtime[sizeqmcmd]=recqtime[my];
982                    q0[sizeqmcmd]=recq0[my];
983                    q1[sizeqmcmd]=recq1[my];
984                    q2[sizeqmcmd]=recq2[my];
985                    q3[sizeqmcmd]=recq3[my];
986                    qmode[sizeqmcmd]=-10;
987                    orbits.getPosition((double) (qtime[sizeqmcmd] - gltle->GetFromTime())/60., &eCi);
988                    RYPang_upper->TransAngle(eCi.getPos().m_x,eCi.getPos().m_y,eCi.getPos().m_z,eCi.getVel().m_x,eCi.getVel().m_y,eCi.getVel().m_z,recq0[my],recq1[my],recq2[my],recq3[my]);
989                    qRoll[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Kren;
990                    qYaw[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Ryskanie;
991                    qPitch[sizeqmcmd]=RYPang_upper->Tangazh;
992                }
993            }
994            
995            if ( debug ) printf(" fuffi \n");
996            sineparam(q0sine,qtime,q0,qRoll,qPitch,0.60);
997            sineparam(q1sine,qtime,q1,qRoll,qPitch,0.82);
998            sineparam(q2sine,qtime,q2,qRoll,qPitch,0.82);
999            sineparam(q3sine,qtime,q3,qRoll,qPitch,0.60);
1000            sineparam(Yawsine,qtime,qYaw,qRoll,qPitch,4);
1001            if ( debug ) printf(" puffi \n");
1002            Double_t tmin = 9999999999.;
1003            Double_t tmax = 0.;
1004            for(UInt_t tre = 0;tre<qtime.size();tre++){
1005              if(qtime[tre]>tmax)tmax = qtime[tre];
1006              if(qtime[tre]<tmin)tmin = qtime[tre];
1007            }
1008            if ( debug ) printf(" gnfuffi \n");
1009    
1010        // Propagate the orbit from the tle time to atime, using SGP(D)4.          //q0testing->SetName("q0testing");
1011        cCoordGeo coo = getCoo(atime, gltle->GetFromTime(), gltle->GetTle());          //q1testing->SetName("q1testing");
1012            //q2testing->SetName("q2testing");
1013            //q3testing->SetName("q3testing");
1014            
1015    //      Int_t ss=10.*(tmax-tmin);
1016            //q0testing->SetBins(ss,tmin,tmax,1000,-1.,1.);
1017            //Pitchtesting->SetBins(ss,tmin,tmax,1000,-40.,40.);
1018    
1019    //      for(Int_t tre = 0;tre<qtime.size();tre++){
1020              //cout<<"q0["<<tre<<" = "<<q0[tre]<<endl;
1021              //q0testing->Fill(qtime[tre],q0[tre]);
1022              //q1testing->Fill(qtime[tre],q1[tre]);
1023              //Pitchtesting->Fill(qtime[tre],qPitch[tre],100);
1024              //if(qmode[tre] == -10)Pitchtesting->Fill(qtime[tre],10,100);
1025              //q2testing->Fill(qtime[tre],q2[tre],100);
1026              //q3testing->Fill(qtime[tre],q3[tre],100);
1027    //      }
1028            
1029            //for(Int_t tre=0;tre<q0sine.size();tre++)cout<<q1sine[tre].A<<"*sin("<<q1sine[tre].b<<"x+"<<q1sine[tre].c<<")\t time start: "<<q1sine[tre].startPoint<<"\ttime end: "<<q1sine[tre].finishPoint<<endl;
1030            //for(Int_t tre=0;tre<q0sine.size();tre++)cout<<q1sine[tre].A<<"*sin("<<q1sine[tre].b<<"x+"<<q1sine[tre].c<<")\t time start: "<<q0sine[tre].startPoint<<"\ttime end: "<<q0sine[tre].finishPoint<<endl;
1031          } // if we processed first event
1032          
1033          //Filling Inclination information
1034          Double_t incli = 0;
1035          if ( qtime.size() > 1 ){
1036          for(UInt_t mu = must;mu<qtime.size()-1;mu++){
1037            if ( debug ) printf(" ??grfuffi %i sixe %i must %i \n",mu,qtime.size()-1,must);
1038            if(qtime[mu+1]>qtime[mu]){
1039              if ( debug ) printf(" grfuffi2 %i \n",mu);
1040              if(atime<=qtime[mu+1] && atime>=qtime[mu]){
1041                must = mu;
1042                incli = (qPitch[mu+1]-qPitch[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1043                orbitalinfo->theta =  incli*atime+qPitch[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1044                incli = (qRoll[mu+1]-qRoll[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1045                orbitalinfo->etha =  incli*atime+qRoll[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1046                incli = (qYaw[mu+1]-qYaw[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1047                orbitalinfo->phi =  incli*atime+qYaw[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1048                
1049                incli = (q0[mu+1]-q0[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1050                orbitalinfo->q0t =  incli*atime+q0[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1051                incli = (q1[mu+1]-q1[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1052                orbitalinfo->q1t =  incli*atime+q1[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1053                incli = (q2[mu+1]-q2[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1054                orbitalinfo->q2t =  incli*atime+q2[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1055                incli = (q3[mu+1]-q3[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1056                orbitalinfo->q3t =  incli*atime+q3[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1057                
1058                orbitalinfo->TimeGap = qtime[mu+1]-qtime[mu];
1059                orbitalinfo->mode = qmode[mu+1];
1060                if(qmode[mu+1]==-10) orbitalinfo->R10r = true;else orbitalinfo->R10r = false;
1061                if(qmode[mu+1]==-10 || qmode[mu+1]==0 || qmode[mu+1]==1 || qmode[mu+1]==3 || qmode[mu+1]==4 || qmode[mu+1]==6){
1062                  //linear interpolation
1063                  incli = (q0[mu+1]-q0[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1064                  orbitalinfo->q0 =  incli*atime+q0[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1065                  incli = (q1[mu+1]-q1[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1066                  orbitalinfo->q1 =  incli*atime+q1[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1067                  incli = (q2[mu+1]-q2[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1068                  orbitalinfo->q2 =  incli*atime+q2[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1069                  incli = (q3[mu+1]-q3[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1070                  orbitalinfo->q3 =  incli*atime+q3[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1071                }else{
1072                  //sine interpolation
1073                  for(UInt_t mt=0;mt<q0sine.size();mt++){
1074                    if(atime<=q0sine[mt].finishPoint && atime>=q0sine[mt].startPoint){
1075                      if(!q0sine[mt].NeedFit)orbitalinfo->q0=q0sine[mt].A*sin(q0sine[mt].b*atime+q0sine[mt].c);else{
1076                        incli = (q0[mu+1]-q0[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1077                        orbitalinfo->q0 =  incli*atime+q0[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1078                      }
1079                    }
1080                    if(atime<=q1sine[mt].finishPoint && atime>=q1sine[mt].startPoint){
1081                      if(!q1sine[mt].NeedFit)orbitalinfo->q1=q1sine[mt].A*sin(q1sine[mt].b*atime+q1sine[mt].c);else{
1082                        incli = (q1[mu+1]-q1[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1083                        orbitalinfo->q1 =  incli*atime+q1[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1084                      }
1085                    }
1086                    if(atime<=q2sine[mt].finishPoint && atime>=q2sine[mt].startPoint){
1087                      if(!q2sine[mt].NeedFit)orbitalinfo->q2=q0sine[mt].A*sin(q2sine[mt].b*atime+q2sine[mt].c);else{
1088                        incli = (q2[mu+1]-q2[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1089                        orbitalinfo->q2 =  incli*atime+q2[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1090                      }
1091                    }
1092                    if(atime<=q3sine[mt].finishPoint && atime>=q3sine[mt].startPoint){
1093                      if(!q3sine[mt].NeedFit)orbitalinfo->q3=q0sine[mt].A*sin(q3sine[mt].b*atime+q3sine[mt].c);else{
1094                        incli = (q3[mu+1]-q3[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1095                        orbitalinfo->q3 =  incli*atime+q3[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1096                      }
1097                    }
1098                    if(atime<=Yawsine[mt].finishPoint && atime>=Yawsine[mt].startPoint){
1099                      if(!Yawsine[mt].NeedFit)orbitalinfo->phi=Yawsine[mt].A*sin(Yawsine[mt].b*atime+Yawsine[mt].c);else{
1100                        incli = (qYaw[mu+1]-qYaw[mu])/(qtime[mu+1]-qtime[mu]);
1101                        orbitalinfo->phi =  incli*atime+qYaw[mu+1]-incli*qtime[mu+1];
1102                      }
1103                    }
1104                  }
1105                }
1106                //q0testing->Fill(atime,orbitalinfo->q0,100);
1107                //q1testing->Fill(atime,orbitalinfo->q1,100);
1108                //Pitchtesting->Fill(atime,orbitalinfo->etha);
1109                //q2testing->Fill(atime,orbitalinfo->q2);
1110                //q3testing->Fill(atime,orbitalinfo->q3);
1111                break;
1112              }
1113            }
1114          }
1115          }
1116          //
1117          // ops no inclination information
1118          //
1119    
1120          if ( orbitalinfo->q0< -999 || orbitalinfo->q1 < -999 || orbitalinfo->q2 < -999 || orbitalinfo->q3 < -999 || orbitalinfo->q0 != orbitalinfo->q0 || orbitalinfo->q1 != orbitalinfo->q1 || orbitalinfo->q2 != orbitalinfo->q2 || orbitalinfo->q3 != orbitalinfo->q3 ){
1121            orbitalinfo->mode = 10;
1122            orbitalinfo->q0 = -1000.;
1123            orbitalinfo->q1 = -1000.;
1124            orbitalinfo->q2 = -1000.;
1125            orbitalinfo->q3 = -1000.;
1126            orbitalinfo->etha = -1000.;
1127            orbitalinfo->phi = -1000.;
1128            orbitalinfo->theta = -1000.;
1129          };
1130          //
1131          // #########################################################################################################################  
1132          //
1133          // fill orbital positions
1134          //        
1135        // Build coordinates in the right range.  We want to convert,        // Build coordinates in the right range.  We want to convert,
1136        // longitude from (0, 2*pi) to (-180deg, 180deg).  Altitude is        // longitude from (0, 2*pi) to (-180deg, 180deg).  Altitude is
1137        // in meters.        // in meters.
1138        lon = (coo.m_Lon > M_PI) ? rad2deg(coo.m_Lon - 2*M_PI) : rad2deg(coo.m_Lon);        lon = (coo.m_Lon > M_PI) ? rad2deg(coo.m_Lon - 2*M_PI) : rad2deg(coo.m_Lon);
1139        lat = rad2deg(coo.m_Lat);        lat = rad2deg(coo.m_Lat);
1140        alt = coo.m_Alt;        alt = coo.m_Alt;
1141          //
   
       //      if((lon>180) || (lon<-180) || (lat>90) || (lat<-90) || (alt<0))  
       //        continue;  
1142        if( lon<180 && lon>-180 && lat<90 && lat>-90 && alt>0 ){          if( lon<180 && lon>-180 && lat<90 && lat>-90 && alt>0 ){  
1143            //      
1144          orbitalinfo->lon = lon;          orbitalinfo->lon = lon;
1145          orbitalinfo->lat = lat;          orbitalinfo->lat = lat;
1146          orbitalinfo->alt = alt ;          orbitalinfo->alt = alt ;
1147                    //
1148          // compute mag field components and L shell.          // compute mag field components and L shell.
1149            //
1150          feldg_(&lat, &lon, &alt, &bnorth, &beast, &bdown, &babs);          feldg_(&lat, &lon, &alt, &bnorth, &beast, &bdown, &babs);
1151          shellg_(&lat, &lon, &alt, &dimo, &xl, &icode, &bab1);          shellg_(&lat, &lon, &alt, &dimo, &xl, &icode, &bab1);
1152          findb0_(&stps, &bdel, &value, &bequ, &rr0);          findb0_(&stps, &bdel, &value, &bequ, &rr0);
1153                    //
1154          orbitalinfo->Bnorth = bnorth;          orbitalinfo->Bnorth = bnorth;
1155          orbitalinfo->Beast = beast;          orbitalinfo->Beast = beast;
1156          orbitalinfo->Bdown = bdown;          orbitalinfo->Bdown = bdown;
1157          orbitalinfo->Babs = babs;          orbitalinfo->Babs = babs;
1158          orbitalinfo->BB0 = babs/bequ;          orbitalinfo->BB0 = babs/bequ;
1159          orbitalinfo->L = xl;          orbitalinfo->L = xl;      
           
1160          // Set Stormer vertical cutoff using L shell.          // Set Stormer vertical cutoff using L shell.
1161          orbitalinfo->cutoff[0] = 14.9/(xl*xl);          orbitalinfo->cutoffsvl = 14.9/(xl*xl);
1162            //
1163          };      
1164          //
1165          if ( debug ) printf(" pitch angle \n");
1166          //
1167          // pitch angles
1168          //
1169          if ( orbitalinfo->mode != 10 && orbitalinfo->mode != 5 && orbitalinfo->mode !=7 && orbitalinfo->mode != 9 ){
1170            //
1171            Float_t Bx = -orbitalinfo->Bdown;                       //don't need for PamExp ExpOnly for all geography areas
1172            Float_t By = orbitalinfo->Beast;                        //don't need for PamExp ExpOnly for all geography areas
1173            Float_t Bz = orbitalinfo->Bnorth;                       //don't need for PamExp ExpOnly for all geography areas
1174            //
1175            TMatrixD Fij = PO->ECItoGreenwich(PO->QuatoECI(orbitalinfo->q0,orbitalinfo->q1,orbitalinfo->q2,orbitalinfo->q3),orbitalinfo->absTime);
1176            TMatrixD Dij = PO->GreenwichtoGEO(orbitalinfo->lat,orbitalinfo->lon,Fij);
1177            TMatrixD Iij = PO->ColPermutation(Dij);
1178            //
1179            orbitalinfo->Iij.ResizeTo(Iij);
1180            orbitalinfo->Iij = Iij;
1181            //
1182            A1 = Iij(0,2);
1183            A2 = Iij(1,2);
1184            A3 = Iij(2,2);
1185            //      
1186            //      orbitalinfo->pamzenitangle = (Float_t)PO->GetPitchAngle(1,0,0,A1,A2,A3);                        // Angle between zenit and Pamela's main axiz
1187            //      orbitalinfo->pamBangle = (Float_t)PO->GetPitchAngle(A1,A2,A3,Bx,By,Bz);                 // Angle between Pamela's main axiz and B
1188            //
1189            if ( !standalone && tof->ntrk() > 0 ){
1190              //
1191              Int_t nn = 0;
1192              for(Int_t nt=0; nt < tof->ntrk(); nt++){  
1193                //
1194                ToFTrkVar *ptt = tof->GetToFTrkVar(nt);
1195                Double_t E11x = ptt->xtr_tof[0]; // tr->x[0];
1196                Double_t E11y = ptt->ytr_tof[0]; //tr->y[0];
1197                Double_t E11z = zin[0];
1198                Double_t E22x = ptt->xtr_tof[3];//tr->x[3];
1199                Double_t E22y = ptt->ytr_tof[3];//tr->y[3];
1200                Double_t E22z = zin[3];
1201                if ( (E11x < 100. && E11y < 100. && E22x < 100. && E22y < 100.) || ptt->trkseqno != -1  ){
1202                  Double_t norm = sqrt(pow(E22x-E11x,2)+pow(E22y-E11y,2)+pow(E22z-E11z,2));
1203                  //              Double_t MyAzim = TMath::RadToDeg()*atan(TMath::Abs(E22y-E11y)/TMath::Abs(E22x-E11x));
1204                  //              if(E22x-E11x>=0 && E22y-E11y <0) MyAzim =  360. - MyAzim;
1205                  //              if(E22x-E11x>=0 && E22y-E11y >=0) MyAzim = MyAzim;
1206                  //              if(E22x-E11x<0 && E22y-E11y >0) MyAzim = 180. - MyAzim;
1207                  //              if(E22x-E11x<0 && E22y-E11y <0) MyAzim = 180. + MyAzim;
1208                  Px = (E22x-E11x)/norm;
1209                  Py = (E22y-E11y)/norm;
1210                  Pz = (E22z-E11z)/norm;
1211                  //
1212                  t_orb->trkseqno = ptt->trkseqno;
1213                  //
1214                  TMatrixD Eij = PO->PamelatoGEO(Iij,Px,Py,Pz);
1215                  t_orb->Eij.ResizeTo(Eij);
1216                  t_orb->Eij = Eij;
1217                  //
1218                  TMatrixD Sij = PO->PamelatoGEO(Fij,Px,Py,Pz);
1219                  t_orb->Sij.ResizeTo(Sij);
1220                  t_orb->Sij = Sij;
1221                  //            
1222                  t_orb->pitch = (Float_t)PO->GetPitchAngle(Eij(0,0),Eij(1,0),Eij(2,0),Bx,By,Bz);
1223                  //
1224                  //
1225                  Double_t omega = PO->GetPitchAngle(Eij(0,0),Eij(1,0),Eij(2,0),cos(orbitalinfo->lon+TMath::Pi()/2)-sin(orbitalinfo->lon+TMath::Pi()/2),cos(orbitalinfo->lon+TMath::Pi()/2)+sin(orbitalinfo->lon+TMath::Pi()/2),1);
1226                  //
1227                  t_orb->cutoff = 59.3/(pow(orbitalinfo->L,2)*pow((1+sqrt(1-pow(orbitalinfo->L,-3/2)*cos(omega))),2));
1228                  //
1229                  if ( t_orb->pitch != t_orb->pitch ) t_orb->pitch = -1000.;
1230                  if ( t_orb->cutoff != t_orb->cutoff ) t_orb->cutoff = -1000.;
1231                  //
1232                  if ( debug ) printf(" orbitalinfo->cutoffsvl %f vitaly %f \n",orbitalinfo->cutoffsvl,t_orb->cutoff);
1233                  //
1234                  new(tor[nn]) OrbitalInfoTrkVar(*t_orb);
1235                  nn++;
1236                  //
1237                  t_orb->Clear();
1238                  //
1239                };
1240                //
1241              };
1242            } else {
1243              if ( debug ) printf(" mmm... mode %u standalone %i ntrk %i \n",orbitalinfo->mode,standalone,tof->ntrk());
1244            };
1245            //
1246          } else {
1247            if ( !standalone && tof->ntrk() > 0 ){
1248              //
1249              Int_t nn = 0;
1250              for(Int_t nt=0; nt < tof->ntrk(); nt++){  
1251                //
1252                ToFTrkVar *ptt = tof->GetToFTrkVar(nt);
1253                if ( ptt->trkseqno != -1  ){
1254                  //
1255                  t_orb->trkseqno = ptt->trkseqno;
1256                  //
1257                  t_orb->Eij = 0;  
1258                  //
1259                  t_orb->Sij = 0;
1260                  //            
1261                  t_orb->pitch = -1000.;
1262                  //
1263                  t_orb->cutoff = -1000.;
1264                  //
1265                  new(tor[nn]) OrbitalInfoTrkVar(*t_orb);
1266                  nn++;
1267                  //
1268                  t_orb->Clear();
1269                  //
1270                };
1271                //
1272              };    
1273            };
1274        };        };
1275                //
1276        // end EM        // Fill the class
1277          //
1278        OrbitalInfotr->Fill();        OrbitalInfotr->Fill();
1279      }        //
1280              delete t_orb;
1281          //
1282        }; // loop over the events in the run
1283      //      //
1284      // Here you may want to clear some variables before processing another run        // Here you may want to clear some variables before processing another run  
1285      //      //
1286    
1287        //gStyle->SetOptStat(000000);
1288        //gStyle->SetPalette(1);
1289        
1290        /*TCanvas* c1 = new TCanvas("c1","",1200,800);
1291        //c1->Divide(1,4);
1292        c1->cd(1);
1293        //q0testing->Draw("colz");
1294        //c1->cd(2);
1295        //q1testing->Draw("colz");
1296        //c1->cd(3);
1297        Pitchtesting->Draw("colz");
1298        //c1->cd(4);
1299        //q3testing->Draw("colz");
1300        c1->SaveAs("9.Rollhyst.png");
1301        delete c1;*/
1302    
1303      delete dbtime;      delete dbtime;
1304        if ( L_QQ_Q_l_upper ) delete L_QQ_Q_l_upper;
1305        if ( L_QQ_Q_l_lower ) delete L_QQ_Q_l_lower;
1306        if ( RYPang_upper ) delete RYPang_upper;
1307        if ( RYPang_lower ) delete RYPang_lower;
1308    }; // process all the runs    }; // process all the runs
1309    //    
1310    if (verbose) printf("\n Finished processing data \n");    if (verbose) printf("\n Finished processing data \n");
1311    //    //
1312   closeandexit:   closeandexit:
# Line 606  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 1324  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
1324          //          //
1325          // Get entry from old tree          // Get entry from old tree
1326          //          //
1327          OrbitalInfotrclone->GetEntry(j);                    if ( OrbitalInfotrclone->GetEntry(j) <= 0 ) throw -36;    
1328          //          //
1329          // copy orbitalinfoclone to OrbitalInfo          // copy orbitalinfoclone to OrbitalInfo
1330          //          //
# Line 626  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f Line 1344  int OrbitalInfoCore(UInt_t run, TFile *f
1344    //    //
1345    if ( l0File ) l0File->Close();    if ( l0File ) l0File->Close();
1346    if ( tempfile ) tempfile->Close();                if ( tempfile ) tempfile->Close();            
1347    gSystem->Unlink(tempname.str().c_str());    if ( myfold ) gSystem->Unlink(tempname.str().c_str());
1348    //    //
1349    if ( runinfo ) runinfo->Close();        if ( runinfo ) runinfo->Close();    
1350    if ( OrbitalInfotr ) OrbitalInfotr->SetName("OrbitalInfo");        if ( OrbitalInfotr ) OrbitalInfotr->SetName("OrbitalInfo");    
1351      if ( tof ) tof->Delete();
1352      if ( ttof ) ttof->Delete();
1353      //
1354    if ( file ){    if ( file ){
1355      file->cd();      file->cd();
1356      file->Write();      file->Write();
1357    };    };
1358    //    //
1359    gSystem->Unlink(OrbitalInfofolder.str().c_str());    if ( myfold ) gSystem->Unlink(OrbitalInfofolder.str().c_str());
1360    //    //
1361    // the end    // the end
1362    //    //
1363      if ( dbc ){
1364        dbc->Close();
1365        delete dbc;
1366      };
1367    if (verbose) printf("\n Exiting...\n");    if (verbose) printf("\n Exiting...\n");
1368    if(OrbitalInfotr)OrbitalInfotr->Delete();    if(OrbitalInfotr)OrbitalInfotr->Delete();
1369    //    //
1370      if ( PO ) delete PO;
1371    if ( orbitalinfo ) delete orbitalinfo;    if ( orbitalinfo ) delete orbitalinfo;
1372    if ( orbitalinfoclone ) delete orbitalinfoclone;    if ( orbitalinfoclone ) delete orbitalinfoclone;
1373    if ( glroot ) delete glroot;    if ( glroot ) delete glroot;
# Line 663  cCoordGeo getCoo(UInt_t atime, UInt_t tl Line 1389  cCoordGeo getCoo(UInt_t atime, UInt_t tl
1389  {  {
1390    cEci eci;    cEci eci;
1391    cOrbit orbit(*tle);    cOrbit orbit(*tle);
     
1392    orbit.getPosition((double) (atime - tletime)/60., &eci);    orbit.getPosition((double) (atime - tletime)/60., &eci);
1393        
1394    return eci.toGeo();    return eci.toGeo();
1395  }  }
1396    
1397    // function of copyng of quatrnions classes
1398    
1399    void CopyQ(Quaternions *Q1, Quaternions *Q2){
1400      for(UInt_t i = 0; i < 6; i++){
1401        Q1->time[i]=Q2->time[i];
1402        for (UInt_t j = 0; j < 4; j++)Q1->quat[i][j]=Q2->quat[i][j];
1403      }
1404      return;
1405    }
1406    
1407    // functions of copyng InclinationInfo classes
1408    
1409    void CopyAng(InclinationInfo *A1, InclinationInfo *A2){
1410      A1->Tangazh = A2->Tangazh;
1411      A1->Ryskanie = A2->Ryskanie;
1412      A1->Kren = A2->Kren;
1413      return;
1414    }
1415    
1416    UInt_t holeq(Double_t lower,Double_t upper,Quaternions *Qlower, Quaternions *Qupper, UInt_t f){
1417      
1418      UInt_t hole = 10;
1419      Bool_t R10l = false;     // Sign of R10 mode in lower quaternions array
1420      Bool_t R10u = false;     // Sign of R10 mode in upper quaternions array
1421      Bool_t insm = false;     // Sign that we inside quaternions array
1422      Bool_t mxtml = false;    // Sign of mixt mode in lower quaternions array
1423      Bool_t mxtmu = false;    // Sign of mixt mode in upper quaternions array
1424      Bool_t npasm = false;     // Sign of normall pass between R10 and non R10 or between non R10 and R10
1425      UInt_t NCQl = 6;       // Number of correct quaternions in lower array
1426      UInt_t NCQu = 6;       // Number of correct quaternions in upper array
1427      if (f>0){
1428        insm = true;
1429        if(Qupper->time[f]-Qupper->time[f-1]==30) R10u = false;
1430        if(Qupper->time[f]-Qupper->time[f-1]<1) R10u = true;
1431      }else{
1432        insm = false;
1433        if((Qlower->time[5]-Qlower->time[0]<2)&&(Qlower->time[1]-Qlower->time[0]<2)) R10l = true;
1434        if((Qupper->time[5]-Qupper->time[0]<2)&&(Qupper->time[1]-Qupper->time[0]<2)) R10u = true;
1435        if((Qlower->time[5]-Qlower->time[0]==150)&&(Qlower->time[1]-Qlower->time[0]==30)) R10l = false;
1436        if((Qupper->time[5]-Qupper->time[0]==150)&&(Qupper->time[1]-Qupper->time[0]==30)) R10u = false;
1437        if((Qlower->time[5]-Qlower->time[0]<2)&&(Qlower->time[1]-Qlower->time[0]==30)){
1438          mxtml = true;
1439          for(UInt_t i = 1; i < 6; i++){
1440            if(Qlower->time[i]-Qlower->time[0]==30*i) NCQl=i;
1441          }
1442        }
1443        if((Qupper->time[5]-Qupper->time[0]<2)&&(Qupper->time[1]-Qupper->time[0]==30)){
1444          mxtmu = true;
1445          for(UInt_t i = 1; i < 6; i++){
1446            if(Qupper->time[i]-Qupper->time[0]==30*i) NCQu=i;
1447          }
1448        }
1449      }
1450      
1451      if(((upper-lower==1.5)||(upper-lower==3.)||(upper-lower==30.)||(upper-lower==31.5)||(upper-lower==33.)||(upper-lower==181.5)||(upper-lower==210.)||(upper-lower==211.5))&&!insm) npasm = true;
1452      
1453      
1454      if (R10u&&insm) hole=0; // best event R10
1455      if ((upper-lower<=5)&&(!insm)&&R10l&&R10u) hole = 1; // when first of 6 quaternions in array is correct
1456      if (((!R10u)&&insm)||((!insm)&&(!R10u)&&(!R10l)&&((upper-lower==210+(6-NCQl)*30)||(upper-lower==30)))) hole = 2; //non R10
1457      if (npasm&&(!insm)&&((R10l&&!R10u)||(R10u&&!R10l))) hole = 3; //normall pass from R10 to non R10 or from non R10 to R10
1458      if ((!npasm)&&(upper-lower<=300)&&(!insm)&&((R10l&&!R10u)||(R10u&&!R10l))) hole = 4; // eliminable hole between R10 and non R10 or between non R10 and R10
1459      if ((upper-lower>=300)&&(!insm)&&((R10l&&!R10u)||(R10u&&!R10l))) hole = 5; //uneliminable hole between R10 and non R10 or between non R10 and R10
1460      if ((upper-lower>5)&&(upper-lower<=300)&&R10u&&R10l) hole = 6; // eliminable hole inside R10
1461      if ((upper-lower>300)&&R10u&&R10l) hole = 7; //uneliminable hole inside R10
1462      if ((upper-lower>210)&&(upper-lower<=1200)&&(!R10u)&&(!R10l)) hole = 8; //eliminable hole inside non R10
1463      if ((upper-lower>1200)&&!R10u&&!R10l) hole = 9; // uneliminable hole inside non R10
1464      return hole;
1465    }
1466    
1467    void inclresize(vector<Double_t>& t,vector<Float_t>& q0,vector<Float_t>& q1,vector<Float_t>& q2,vector<Float_t>& q3,vector<Int_t>& mode,vector<Float_t>& Roll,vector<Float_t>& Pitch,vector<Float_t>& Yaw){
1468      Int_t sizee = t.size()+1;
1469      t.resize(sizee);
1470      q0.resize(sizee);
1471      q1.resize(sizee);
1472      q2.resize(sizee);
1473      q3.resize(sizee);
1474      mode.resize(sizee);
1475      Roll.resize(sizee);
1476      Pitch.resize(sizee);
1477      Yaw.resize(sizee);
1478    }
1479    
1480    //Find fitting sine functions for q0,q1,q2,q3 and Yaw-angle;
1481    void sineparam(vector<Sine>& qsine, vector<Double_t>& qtime, vector<Float_t>& q, vector<Float_t>& Roll, vector<Float_t>& Pitch, Float_t limsin){
1482      UInt_t mulast = 0;
1483      UInt_t munow = 0;
1484      UInt_t munext = 0;
1485      Bool_t increase = false;
1486      Bool_t decrease = false;
1487      Bool_t Max_is_defined = false;
1488      Bool_t Start_point_is_defined = false;
1489      Bool_t Period_is_defined = false;
1490      Bool_t Large_gap = false;
1491      Bool_t normal_way = true;
1492      Bool_t small_gap_on_ridge = false;
1493      Double_t t1 = 0;
1494      Double_t t1A = 0;
1495      Int_t sinesize = 0;
1496      Int_t nfi = 0;
1497      for(UInt_t mu = 0;mu<qtime.size();mu++){
1498        //cout<<"Roll["<<mu<<"] = "<<Roll[mu]<<endl;
1499        if(TMath::Abs(Roll[mu])<1. && TMath::Abs(Pitch[mu])<1. && TMath::Abs(q[mu])<limsin){
1500        //cout<<"q["<<mu<<endl<<"] = "<<q[mu]<<endl;
1501        if(mulast!=0 && munow!=0 && munext!=0){mulast=munow;munow=munext;munext=mu;}
1502        if(munext==0 && munow!=0)munext=mu;
1503        if(munow==0 && mulast!=0)munow=mu;
1504        if(mulast==0)mulast=mu;
1505        
1506        //cout<<"mulast = "<<mulast<<"\tmunow = "<<munow<<"\tmunext = "<<munext<<endl;
1507        //Int_t ref;
1508        //cin>>ref;
1509        if(TMath::Abs(q[munow])>TMath::Abs(q[mulast]) && TMath::Abs(q[munow])>TMath::Abs(q[munext]) && q[mulast]*q[munext]>0 && qtime[munext]-qtime[mulast]>400)small_gap_on_ridge = true;
1510        if(munext>mulast && (qtime[munext]-qtime[mulast]>=2000 || qtime[munext]-qtime[mulast]<0)){if(Large_gap){normal_way = false;Large_gap = false;}else{Large_gap = true;normal_way = false;}}else normal_way = true;
1511        //if(normal_way)cout<<"Normal_Way"<<endl;
1512        if(Large_gap || small_gap_on_ridge){
1513          //cout<<"Large gap..."<<endl;
1514          //if(small_gap_on_ridge)cout<<"small gap..."<<endl;
1515          //cout<<"q["<<mulast<<"] = "<<q[mulast]<<"\tq["<<munow<<"] = "<<q[munow]<<"\tq["<<munext<<"] = "<<q[munext]<<endl;
1516          //cout<<"qtime["<<mulast<<"] = "<<qtime[mulast]<<"\tqtime["<<munow<<"] = "<<qtime[munow]<<"\tqtime["<<munext<<"] = "<<qtime[munext]<<endl;
1517          increase = false;
1518          decrease = false;
1519          if(nfi>0){
1520            qsine.resize(qsine.size()-1);
1521            sinesize = qsine.size();
1522            //cout<<"nfi was larger then zero"<<endl;
1523          }else{
1524            //cout<<"nfi was not larger then zero :( nfi = "<<nfi<<endl;
1525            //cout<<"qsine.size = "<<qsine.size()<<endl;
1526            if(!Period_is_defined){
1527              //cout<<"Period was defined"<<endl;
1528              if(qsine.size()>1){
1529                qsine[sinesize-1].b = qsine[sinesize-2].b;
1530                qsine[sinesize-1].c = qsine[sinesize-2].c;
1531              }else{
1532                qsine[sinesize-1].b = TMath::Pi()/1591.54;
1533                qsine[sinesize-1].c = qsine[sinesize-1].startPoint;
1534              }
1535            }
1536            if(!Max_is_defined){
1537              //cout<<"Max was already defined"<<endl;
1538              if(qsine.size()>1)qsine[sinesize-1].A = qsine[sinesize-2].A;else qsine[sinesize-1].A = limsin;
1539            }
1540            qsine[sinesize-1].NeedFit = true;
1541          }
1542          qsine[sinesize-1].finishPoint = qtime[munow];
1543          //cout<<"finish point before large gap = "<<qtime[munow]<<endl;
1544          nfi = 0;
1545          Max_is_defined = false;
1546          Start_point_is_defined = false;
1547          Period_is_defined = false;
1548          small_gap_on_ridge = false;
1549        }
1550        //cout<<"Slope "<<increase<<"\t"<<decrease<<endl;
1551        //cout<<"mulast = "<<mulast<<"\tmunow = "<<munow<<"\tmunext = "<<munext<<endl;
1552        if((munext>munow) && (munow>mulast) && normal_way){
1553          if(!increase && !decrease){
1554            //cout<<"Normal way have started"<<endl;
1555            qsine.resize(qsine.size()+1);
1556            sinesize = qsine.size();
1557            qsine[sinesize-1].startPoint=qtime[mulast];
1558            if(q[munext]>q[munow] && q[munow]>q[mulast]) increase = true;
1559            if(q[munext]<q[munow] && q[munow]<q[mulast]) decrease = true;
1560          }
1561          //if(TMath::Abs(q[munow])>TMath::Abs(q[mulast]) && TMath::Abs(q[munow])>TMath::Abs(q[munext]) && TMath::Abs(q[munow])>limsin && qtime[munow]-qtime[mulast]>=400 || qtime[munext]-qtime[munow]>=400){small_gap_on_ridge = true;mu--;continue;}
1562          if(TMath::Abs(q[munow])>TMath::Abs(q[mulast]) && TMath::Abs(q[munow])>TMath::Abs(q[munext]) && TMath::Abs(q[munow])>0.9*limsin && qtime[munow]-qtime[mulast]<400 && qtime[munext]-qtime[munow]<400){
1563            //cout<<"Max point is qtime = "<<qtime[munow]<<"\tq = "<<q[munow]<<endl;
1564            if(q[munow]>q[mulast]){
1565              increase = false;
1566              decrease = true;
1567            }
1568            if(q[munow]<q[mulast]){
1569              increase = true;
1570              decrease = false;
1571            }
1572            if(Max_is_defined && !Start_point_is_defined){
1573              Double_t qPer = qtime[munow]-t1A;
1574              if(qPer>1000){
1575                //cout<<"qsine["<<sinesize-1<<"] = "<<qPer<<" = "<<qtime[munow]<<" - "<<t1A<<"\tlim = "<<limsin<<endl;
1576                qsine[sinesize-1].b=TMath::Pi()/qPer;
1577                if(decrease)qsine[sinesize-1].c=-qsine[sinesize-1].b*t1A;
1578                if(increase)qsine[sinesize-1].c=-qsine[sinesize-1].b*(t1A-qPer);
1579                Period_is_defined = true;
1580              }
1581            }
1582            Max_is_defined = true;
1583            qsine[sinesize-1].A = TMath::Abs(q[munow]);
1584            if(Start_point_is_defined && Period_is_defined){
1585              qsine[sinesize-1].finishPoint = qtime[munow];
1586              nfi++;
1587              qsine[sinesize-1].NeedFit = false;
1588              Max_is_defined = false;
1589              Start_point_is_defined = false;
1590              Period_is_defined = false;
1591              qsine.resize(qsine.size()+1);
1592              sinesize = qsine.size();
1593              qsine[sinesize-1].startPoint = qtime[munow];
1594            }
1595            if(!Start_point_is_defined) t1A=qtime[munow];
1596          }
1597          //if((q[munow]>=0 && q[mulast]<=0) || (q[munow]<=0 && q[mulast]>=0))cout<<"cross zero point diference = "<<qtime[munext] - qtime[mulast]<<"\tqlast = "<<qtime[mulast]<<"\tqnow = "<<qtime[munow]<<"\tqnext = "<<qtime[munext]<<endl;
1598          if(((q[munow]>=0 && q[mulast]<=0) || (q[munow]<=0 && q[mulast]>=0)) && qtime[munow]-qtime[mulast]<2000 && qtime[munext]-qtime[munow]<2000){
1599            Double_t tcrosszero = 0;
1600            //cout<<"cross zero point...qtime = "<<qtime[munow]<<endl;
1601            if(q[munow]==0.) tcrosszero = qtime[munow];else
1602              if(q[mulast]==0.)tcrosszero = qtime[mulast];else{
1603                Double_t k_ = (q[munow]-q[mulast])/(qtime[munow]-qtime[mulast]);
1604                Double_t b_ = q[munow]-k_*qtime[munow];
1605                tcrosszero = -b_/k_;
1606              }
1607            if(Start_point_is_defined){
1608              //cout<<"Start Point allready defined"<<endl;
1609              Double_t qPer = tcrosszero - t1;
1610              qsine[sinesize-1].b = TMath::Pi()/qPer;
1611              //cout<<"qsine["<<sinesize-1<<"].b = "<<TMath::Pi()/qPer<<endl;
1612              Period_is_defined = true;
1613              Float_t x0 = 0;
1614              if(decrease)x0 = t1;
1615              if(increase)x0 = tcrosszero;
1616              qsine[sinesize-1].c = -qsine[sinesize-1].b*x0;
1617              if(Max_is_defined){
1618                //cout<<"Max was previous defined"<<endl;
1619                qsine[sinesize-1].finishPoint = qtime[munow];
1620                nfi++;
1621                qsine[sinesize-1].NeedFit = false;
1622                Max_is_defined = false;
1623                t1 = tcrosszero;
1624                Start_point_is_defined = true;
1625                Period_is_defined = false;
1626                qsine.resize(qsine.size()+1);
1627                sinesize = qsine.size();
1628                qsine[sinesize-1].startPoint = qtime[munow];
1629              }
1630            }else{
1631              t1 = tcrosszero;
1632              Start_point_is_defined = true;
1633            }
1634          }
1635        }
1636        }
1637      }
1638    
1639      //cout<<"FINISH SINE INTERPOLATION FUNCTION..."<<endl<<endl;
1640    }
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